牛源IL-6基因克隆与生物信息学分析

论文摘要

试验旨在克隆牛白细胞介素-6（IL-6）基因,并对其编码蛋白进行生物信息学分析,对荷斯坦奶牛进行尾根采血提取RNA后逆转录为cDNA,根据NCBI数据库中已知的牛IL-6基因mRNA序列设计特异性引物,应用RT-PCR技术克隆得到CDS区全长序列,利用生物信息学软件分析牛IL-6基因序列特征、同源性及编码产物的理化性质等。结果表明,试验成功克隆了牛IL-6基因CDS区,全长627 bp,分子质量为23.759 ku,共编码208个氨基酸,理论等电点为7.58,脂溶系数为93.37,属于亲水性蛋白;牛IL-6基因与猪、绵羊、大鼠、人、猫、犬、鸡、小鼠、马和兔的同源性分别为84.4%、96.2%、66.7%、77.5%、75.9%、79.3%、48.5%、67.0%、79.5%和67.5%;系统进化树分析发现,牛与绵羊亲缘关系最近,猪次之,鸡最远;在二级结构预测中,该蛋白无规则卷曲与α-螺旋分别为34.6%和60.1%;亚细胞定位于细胞质;该蛋白含有信号肽和跨膜螺旋结构。本研究为进一步分析牛IL-6基因的功能奠定了一定的理论基础。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 样品采集
•   1.2 主要试剂
•   1.3 引物设计及合成
•   1.4 总RNA提取和cDNA合成
•   1.5 PCR扩增及克隆
•   1.6 生物信息学分析
• 2 结 果
•   2.1 牛IL-6基因克隆
•   2.2 牛IL-6基因序列的生物信息学分析
•     2.2.1 牛IL-6基因同源性对比及进化树构建
•     2.2.2 牛IL-6基因编码氨基酸理化性质分析
•     2.2.3 牛IL-6蛋白亚细胞定位分析
•     2.2.4 牛IL-6蛋白信号肽和跨膜螺旋结构预测
•     2.2.5 牛IL-6蛋白疏水性分析
•     2.2.6 IL-6蛋白二级结构和三级结构预测
• 3 讨 论
• 4 结 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 吕亚南,刘静雨,姚竞杰,安志兴,白跃宇,张晓建

关键词: 基因,克隆,生物信息学分析

来源: 中国畜牧兽医 2019年11期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 河南科技学院动物科技学院,河南省动物卫生监督所

基金: 河南省基础与前沿技术研究计划(152300410095),NSFC-河南人才培养联合基金(U1504306),2014年度高层次人才科研启动项目(206010615007)

分类号: S823;Q78

DOI: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2019.11.004

页码: 3163-3171

总页数: 9

文件大小: 2745K

下载量: 184