金山区柯萨奇病毒A组6型基因特征分析

论文摘要

目的分析上海市金山区2017—2018年分离的柯萨奇病毒A组6型(Cox A6) VP1基因特征和氨基酸位点突变,为手足口病防控提供依据。方法对金山区2017—2018年采集并分离到16株Cox A6分离株VP1全长基因进行扩增、测序、序列比对,构建系统发生树,分析核苷酸和氨基酸同源性以及氨基酸位点突变。结果金山区16株Cox A6分离株均属于E2亚型同一个进化分支,16株间VP1基因核苷酸同源性为92.3%～97.7%,氨基酸同源性为98.4%～100.0%。与金山区16株分离株同源性最高的是2018年山东分离株MK357081/CHN/SD/JN/2018,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7%～99.3%和98.7%～99.7%。13株Cox A6分离株VP1氨基酸序列存在氨基酸位点变异,涉及8个氨基酸变异位点,但在抗原表位重要位点201D、243H、245R、247Y、248M和249R均未检测到抗原漂移。结论 16株Cox A6分离株核苷酸和氨基酸序列高度同源且位于E2亚型同一进化分支;Cox A6 E2亚型可能是金山区2017—2018年流行的主导基因型,金山区Cox A6 VP1存在氨基酸突变位点但未涉及关键的抗原表位。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 方法
•     1.2.1 核酸提取
•     1.2.2 VP1基因全长序列PCR检测
•     1.2.3 Cox A6 VP1测序和系统发育分析
•     1.2.4 氨基酸变异位点分析
• 2 结果
•   2.1 CoxA6分离株VP1基因序列和系统发育分析
•   2.2 CoxA6 VP1基因核苷酸和氨基酸同源性分析
•   2.3 氨基酸变异位点分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 董兆鹏,孙箐爽,臧昊,王唐,蔡光,宋灿磊,李淑华

关键词: 柯萨奇病毒组型,基因,系统发育分析,同源性分析,抗原表位

来源: 预防医学 2019年11期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 上海市金山区疾病预防控制中心

基金: 上海市卫生计生委科研课题(20184Y0023)

分类号: R373.23

DOI: 10.19485/j.cnki.issn2096-5087.2019.11.014

页码: 1136-1139

总页数: 4

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