NaIO4氧化–深度测序技术的优化用于检测微量RNA样品中小RNA 3′末端甲基化修饰

论文摘要

2′-O-甲基化是存在于多种小RNA 3′末端的修饰,具有重要的生物学功能。目前高通量研究小RNA 3′末端2′-O-甲基化的方法主要是NaIO4氧化处理结合小RNA深度测序,但该方法需要3μg总RNA,难以用于研究少量细胞中小RNA的3′末端甲基化修饰。该研究通过调整NaIO4氧化处理的条件以及测试有无甘油终止氧化反应对小RNA文库构建的影响,优化了适用于微量RNA的氧化条件,实现对10 ng小鼠睾丸样本总RNA中的小RNA 3′末端甲基化修饰的深度测序检测,建立了用于检测微量RNA样品中小RNA 3′末端甲基化修饰的方法,为检测少量细胞中小RNA的3′末端甲基化修饰提供了有效方法。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 试剂和仪器
•   1.2 实验材料
•   1.3 实验方法
•     1.3.1 氧化处理对RNA连接3′接头效率的影响
•     1.3.2 甘油对RNA氧化处理后建库结果的影响
•     1.3.3 测试微量RNA氧化处理后的回收效率
•     1.3.4 小鼠睾丸微量RNA氧化处理及建库
•     1.3.5 小鼠睾丸中非编码小RNA深度测序数据分析
• 2 结果
•   2.1 氧化处理对RNA连接3′接头效率的影响
•   2.2 甘油终止氧化反应对小RNA文库构建的影响
•   2.3 优化微量RNA氧化处理后的回收方法
•   2.4 小鼠睾丸微量RNA的氧化和测序分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 薛皖强,侯丽,李荣红,吴立刚

关键词: 末端甲基化,修饰,深度测序

来源: 中国细胞生物学学报 2019年09期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 上海大学生命科学学院,中国科学院分子细胞科学卓越创新中心/生物化学与细胞生物学研究所

基金: 国家重点研发计划(批准号:2017YFA0504400)资助的课题~~

分类号: Q78

页码: 1779-1786

总页数: 8

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