导读:本文包含了终止子论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:转基因,酵母,胭脂,生物学,序列,基因,测量。
终止子论文文献综述
王召霞[1]（2019）在《酿酒酵母终止子的人工设计及在途径优化中的应用》一文中研究指出RNA聚合酶II转录的终止代表转录循环的最后一步。真核生物终止子通过影响mRNA的稳定性、转录效率和位置对转录和翻译过程起到重要的调控作用。本论文依据酿酒酵母终止子关键核心区的序列和结构特点,按照可调节、可控制等原则设计人工终止子,对酿酒酵母人工终止子进行克隆和表征,以番茄红素生物合成途径在酿酒酵母中的精细调控为验证对象,研究人工终止子对代谢途径的调控规律和对合成途径代谢流的调节效率。主要结果如下:(1)将合成的含有不同linker 1序列的人工终止子与含有中等强度的启动子TYS1p和绿色荧光蛋白基因eGFP的验证载体连接,筛选得到了266个人工酿酒酵母终止子,建立了人工终止子文库。以eGFP基因的荧光蛋白表达强度(FI)作为人工终止子强度的表征指标,酵母人工终止子的强度范围为2.3648~3.5270,平均荧光强度值为3.0719。(2)通过对人工终止子测序及对终止子linker 1序列分析发现,人工终止子的强度随着终止子的linker 1序列GC含量的升高而降低。统计文库中的88个强人工终止子,90个中等强度人工终止子和88个弱人工终止子发现,在弱人工终止子linker 1序列中的任何位置,碱基G的出现概率总是大于强终止子中相应位置碱基G的出现概率。且人工终止子强度随着linker 1序列中碱T的增加而增加。通过改变酵母人工终止子的茎长(由linker 2序列构成)发现,茎长的改变对不同强度的人工终止子有不同程度的影响。弱终止子和中强终止子茎长的改变能导致mRNA表达水平和蛋白质产量的升高,表明终止子的强度可通过改变终止子的茎长来调节。(3)以番茄红素外源合成途径为验证对象,采用不同强度的人工终止子设计平行实验,构建由不同强度人工终止子控制下的基因表达模块,验证人工终止子在途径工程中的应用潜力,发现使用中等强度终止子T-307的菌株控制番茄红素合成途径表达时,合成的番茄红素产量达到了26.72 mg/L,比使用弱终止子T-414的菌株产量提高了34.74%。研究说明,人工终止子的强度具有灵活的调节性,在基因表达和代谢途径精细调控中具有较大的应用潜力。(本文来源于《石河子大学》期刊2019-06-01）
冯朝琴[2]（2019）在《基于序列的细菌终止子识别》一文中研究指出转录终止是基因表达的重要调节步骤,而转录的结束由终止子决定。如果基因中没有终止子,则转录不能停止,从而导致基因表达异常。检测细菌中的终止子不仅可以确定细菌生物中的操纵子结构,还可以改善基因组的注释。因此,准确识别转录终止子对于转录调控的研究来说是非常重要的。虽然生物化学实验方法可以清楚准确地识别终止子序列,但是非常耗时且昂贵。为提高效率,人们已提出一些计算方法。这些方法主要分为两类:(1)使用核酸组成信息来描述终止子。(2)将发夹结构特征以及下游的T富含区域作为特征用于描述终止子。由于这些方法不能反映终止子的统计特征,所以本文提出了基于序列信息,用机器学习的方法来识别细菌终止子。本文基于低冗余性基准数据集构建了用于识别细菌转录终止子的“iTerm-PseKNC”模型和“DeepTerm”模型。(1)“iTerm-PseKNC”是基于支持向量机(SVM)开发的终止子预测模型,该模型使用二项分布特征筛选技术得到伪K-元组核苷酸组成(PseKNC)的最佳特征子集,利用五重交叉检验来测试模型的预测性能,结果显示,该模型的预测精度达到了95%的准确率。(2)“DeepTerm”是一个基于卷积神经网络的终止子预测模型。该模型使用One-Hot编码作为输入特征,五重交叉验证测试结果显示“DeepTerm”能够获得99.40%的准确度。为了进一步评估“iTerm-PseKNC”模型和“DeepTerm”模型的泛化能力,本文构建了两个独立测试集,分别是经实验验证了的大肠杆菌和枯草芽孢杆菌Rho非依赖终止子序列。结果表明“iTerm-PseKNC”模型和“DeepTerm”模型都可以识别大肠杆菌独立测试集中的所有终止子序列,在枯草芽孢杆菌独立测试集上的测试精度分别为87.5%和99.24%。本文基于“iTerm-PseKNC”模型建立了的服务网站http://lin-group.cn/server/iTerm-PseKNC/,实验人员不需要做复杂的计算,可以直接使用该网站很轻松的预测序列是否为终止子。(本文来源于《电子科技大学》期刊2019-04-01）
宋君,常丽娟,张富丽,王东,李洁[3]（2019）在《采用蒙特卡洛法评定转基因水稻样品中NOS终止子的测量不确定度》一文中研究指出采用蒙特卡洛方法(MCM)实施"概率分布传播"来评定转基因水稻样品中NOS终止子的测量不确定度,解析转基因成分测量不确定度的概率分布。评定结果表明:NOS终止子的相对含量为2. 95%,非常接近理论含量(3%),而且其标准不确定度为2. 13×10-4,远小于1. 00×10-2。在95%的包含概率下,NOS终止子的相对含量分布在2. 91%～3. 00%非常窄的包含区间内,充分说明测量质量好,测量结果可靠; NOS终止子相对含量的概率分布呈标准正态分布,揭示转基因成分测量条件满足GUM法的假设,MCM和GUM法都可以应用于转基因成分测量不确定度评定。(本文来源于《计量学报》期刊2019年01期）
张嵩元,邱建辉,王宣,董一名,李昱龙[4]（2018）在《基于重组酶和终止子的状态调控开关设计》一文中研究指出合成生物学研究常用基因开关来调控细胞的状态以实现相应功能。已有的基因开关往往需要持续的输入信号来维持特定的开关状态,开关功能的维持需要持续消耗能量,并且对扰动较为敏感。文中利用了位点特异性重组酶的倒位效应反转终止子,构建了一种转录层次的状态调控开关,使得脉冲信号即可触发开关状态改变,并在下一次信号来临前稳定维持当前状态。应用自下而上的工程化思想,文中先后对重组酶和终止子进行了单独表征和组合表征,探究了二者之间的相互影响,筛选出了相互兼容的组合,成功实现了细胞的单次、二次状态切换。最后,此开关成功地被用于构建生物七段译码器,显示出了其较好的应用潜力。(本文来源于《生物工程学报》期刊2018年12期）
李文静,冯雪,孙艳香[5]（2018）在《水稻GluB-4终止子的克隆与功能分析》一文中研究指出目前转基因常用的终止子大多为细菌或真菌来源,有可能引起转基因食品安全性问题。本研究以水稻(Oryzasativa)‘kitaake’为材料,克隆了谷蛋白B-4基因(GluB-4)的终止子GluB-4-T(GenBank登记号:X14393),分析了其在不同启动子驱动下替代根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)胭脂碱合酶终止子(nos-T)的可能性。β-d-葡糖醛酸酶(GUS)组织化学染色结果表明, GluB-4-T在GluB-3启动子驱动下,未改变GluB-3启动子的组织表达特异性,但GUS表达强度发生了改变; GUS活性分析显示GluB-4-T GUS活性是nos-T的2.4倍。为验证GluB-4-T增强外源基因表达的特性不依赖于上游启动子序列,将其克隆到强的胚乳特异性启动子GluC和组成型启动子OsActin下, GUS活性分别是nos-T的2.0和2.2倍,说明GluB-4-T增强外源基因表达的特性不依赖于上游启动子序列。以上结果表明GluB-4-T在水稻体内发挥正常的转录终止活性,且比nos-T表达活性强,可以作为有效终止子用于遗传转化,避免多基因转化系统中由于转基因同源性过高引起的转基因沉默现象。该结果为实现外源目的基因在水稻胚乳中特异表达提供理论依据。(本文来源于《植物生理学报》期刊2018年10期）
魏琳娜[6]（2018）在《酿酒酵母终止子的表征及在番茄红素合成途径中的应用》一文中研究指出终止子作为RNA聚合酶转录终止信号的DNA序列,负责基因表达的“输出”。真核生物终止子通过影响mRNA的稳定性、转录效率和位置对转录过程起到重要的调控作用。本论文通过对酿酒酵母基因组序列分析,对自然酿酒酵母终止子进行克隆和表征,同时以番茄红素生物合成途径为验证对象,探讨终止子在基因表达和途径精细调控中的应用潜力,主要结果如下:(1)从酿酒酵母糖酵解途径和TCA循环途径中克隆得到了100个酿酒酵母终止子,并与含有启动子TYS1p和绿色荧光蛋白基因eGFP的验证载体连接,建立了终止子文库。以eGFP基因的荧光蛋白表达强度(FI)作为终止子强度的表征指标,以终止子PGK1t为标准,在文库里发现了45个强终止子,31个中强度终止子和24个弱终止子,酵母终止子的强度范围为0.0613~1.8002,平均相对荧光强度值为0.9945。(2)通过突变酵母终止子的控制元件(效率元件、位置元件和Ploy(A)),发现效率元件是控制终止子强度的重要元件。强终止子的使用能导致mRNA表达水平和蛋白质产量的增加,表明基因的表达可通过终止子的选择而调节。采用不同类型和强度的启动子研究了启动子的使用对终止子强度的影响,发现诱导型启动子(如GAL1p)和强启动子(如FBA1p)对终止子强度的影响不大,而弱启动子(CDC60p)结合中强度终止子的FI值是其结合弱终止子的5倍。并且,弱启动子与强终止子的互补使用能达到和强启动子相似的基因表达效果。终止子对不同报告基因的研究说明终止子作为基因元件是独立于报告基因和编码区序列而行使功能。(3)以番茄红素外源合成途径为验证对象,采用不同强度启动子和终止子设计正交实验,构建由不同终止子控制下的基因表达模块,验证终止子在途径工程中的应用潜力,发现以强终止子ATP15t结合弱终止子TDH3t控制番茄红素合成途径表达时,合成的番茄红素产量最高,最高为0.5681 mg/L,是番茄红素产量最低菌株的5倍。研究说明,终止子作为重要的基因调控元件,在基因表达和代谢途径精细调控中具有较大的应用潜力。(本文来源于《石河子大学》期刊2018-06-01）
Jean,Paul,Sinumvayo,杨森,陈坚,堵国成,康振[7]（2017）在《枯草芽孢杆菌168新型转录终止子的构建与表征（英文）》一文中研究指出转录终止子作为一种位于终止密码子后的调控信号,负责终止DNA的转录和RNA的释放。文中首次改造并分析了来源于噬菌体的λt_o终止子的发卡结构与富含尿嘧啶的序列对枯草芽孢杆菌168中基因转录终止效率以及mRNA稳定性的影响。结果表明,相对于野生型的λt_0终止子,突变体M3、M11和M12表现出了更高的转录终止效率,突变体M3、M4和M11更有利于上游绿色荧光蛋白mRNA的稳定。另外,我们发现插入RNase作用位点同样提高了mRNA的稳定性。研究结果表明终止子中的发卡环对转录终止不是必需的,同时,结果也证明了转录终止子可以作为一种潜在的工具用于提高枯草芽孢杆菌中mRNA的稳定性以及相应酶的表达。(本文来源于《生物工程学报》期刊2017年07期）
王小婷,黄锁,徐兆师,李连城,马有志[8]（2017）在《豌豆终止子rbc-T在转基因小麦研究中的应用》一文中研究指出目前常用的转基因载体元件大多为真菌或细菌来源,引发对转基因食品安全性的担忧。本研究克隆了豌豆终止子rbc-T,并用其替换农杆菌终止子nos-T构建转化载体,利用基因枪法将携带Ubi启动子、GUS基因和终止子rbc-T组成的最小表达框片段转化普通小麦,同时以带有nos-T终止子的载体为对照,经过PCR检测筛选获得T2代稳定遗传的转基因小麦株系。GUS组织化学染色及酶活定量分析结果表明,带有nos-T及rbc-T的转基因小麦中均能检测到GUS基因不同程度的表达。因此认为,豌豆终止子rbc-T可以代替农杆菌终止子nos-T用于小麦的转基因研究。(本文来源于《作物学报》期刊2017年08期）
沈春雪[9]（2015）在《终止子元件在链霉菌中的定量表征》一文中研究指出合成生物学作为本世纪新兴的一门学科,已经向人们展示了其在医药工业中发挥的巨大潜力。近年来由于抗生素的滥用使得病原菌的耐药性一直居高不下,挖掘更多的新化合物成为解决这一困境最为直接的策略。自然界中大部分天然产物来自于放线菌,其中大部分来自链霉菌,因此利用合成生物学挖掘链霉菌中新的化合物成为近期研究的热点。相应的链霉菌中关于合成生物学元件的研究也有了突破进展,本论文主要在链霉菌中终止子元件的筛选、定量表征及应用几个方面展开研究：一、对链霉菌中的终止子元件的筛选和定量表征。以本实验室在链霉菌中启动子、RBS这些生物学元件量化的研究平台为基础,继续对其终止子元件进行探索。根据文献报道我们选取委内瑞拉链霉菌这一宿主,用含有xylE基因和neo基因的双报告系统筛选方法,从人工合成的22个终止子中筛选到12个在委内瑞拉链霉菌中工作的终止子。然后对这些终止子的强度进行定量表征,得到强度范围在4.4～57.8倍范围内变化的终止子。与此同时还发现,不同的终止子对其上游基因的表达有不同程度的影响。二、在不同链霉菌中对终止子普适性进行验证及将其应用于阿维菌素的生物合成基因簇中。我们还将其在天蓝色链霉菌中进行了半定量测试,结果与委内瑞拉中一致,证明筛选到的终止子在链霉菌中的普适性。与此同时还用阿维链霉菌中自身的番茄红素基因进行测试,发现终止子影响上游基因表达量的现象在不同基因间有一定的差异。最后,我们从定量表征的终止子中选取两个强度比较好的termA47和term5,应用于阿维链霉菌中以解决其体内aveR和aveF基因之间的通读问题。本论文通过对链霉菌中终止子元件的筛选和定量表征,得到在链霉菌中发挥功能的一系列不同强度范围的终止子元件,并将其应用于解决阿维链霉菌的次级代谢产物阿维菌素的合成上。本研究不仅大大推动力链霉菌中合成生物学元件的发展,更进一步促进了我们对基因功能的优化和挖掘链霉菌次级代谢的进程。(本文来源于《中国科学技术大学》期刊2015-10-01）
蔡翠雅,庄宇慧,张冲,曾缘欢,陈顺辉[10]（2014）在《烟草根特异NtR19基因终止子的克隆及功能分析》一文中研究指出为了开发具有自主知识产权的且来源于烟草的终止子,本研究根据烟草根特异NtR19基因的3'UTR序列设计引物,从烟草基因组中克隆并获得了该基因的终止子(T19),并构建植物表达载体转化翠碧一号烟草,通过分子检测和GUS染色验证了NtR19基因终止子具有转录终止的功能,同时也说明NtR19基因全长mRNA的3'UTR可以作为终止子加以利用,使用来自烟草的终止子能在一定程度上解决外源基因安全性的研究,这对转基因的安全性提供了资源基础。(本文来源于《分子植物育种》期刊2014年03期）
终止子论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
转录终止是基因表达的重要调节步骤,而转录的结束由终止子决定。如果基因中没有终止子,则转录不能停止,从而导致基因表达异常。检测细菌中的终止子不仅可以确定细菌生物中的操纵子结构,还可以改善基因组的注释。因此,准确识别转录终止子对于转录调控的研究来说是非常重要的。虽然生物化学实验方法可以清楚准确地识别终止子序列,但是非常耗时且昂贵。为提高效率,人们已提出一些计算方法。这些方法主要分为两类:(1)使用核酸组成信息来描述终止子。(2)将发夹结构特征以及下游的T富含区域作为特征用于描述终止子。由于这些方法不能反映终止子的统计特征,所以本文提出了基于序列信息,用机器学习的方法来识别细菌终止子。本文基于低冗余性基准数据集构建了用于识别细菌转录终止子的“iTerm-PseKNC”模型和“DeepTerm”模型。(1)“iTerm-PseKNC”是基于支持向量机(SVM)开发的终止子预测模型,该模型使用二项分布特征筛选技术得到伪K-元组核苷酸组成(PseKNC)的最佳特征子集,利用五重交叉检验来测试模型的预测性能,结果显示,该模型的预测精度达到了95%的准确率。(2)“DeepTerm”是一个基于卷积神经网络的终止子预测模型。该模型使用One-Hot编码作为输入特征,五重交叉验证测试结果显示“DeepTerm”能够获得99.40%的准确度。为了进一步评估“iTerm-PseKNC”模型和“DeepTerm”模型的泛化能力,本文构建了两个独立测试集,分别是经实验验证了的大肠杆菌和枯草芽孢杆菌Rho非依赖终止子序列。结果表明“iTerm-PseKNC”模型和“DeepTerm”模型都可以识别大肠杆菌独立测试集中的所有终止子序列,在枯草芽孢杆菌独立测试集上的测试精度分别为87.5%和99.24%。本文基于“iTerm-PseKNC”模型建立了的服务网站http://lin-group.cn/server/iTerm-PseKNC/,实验人员不需要做复杂的计算,可以直接使用该网站很轻松的预测序列是否为终止子。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
终止子论文参考文献
[1].王召霞.酿酒酵母终止子的人工设计及在途径优化中的应用[D].石河子大学.2019
[2].冯朝琴.基于序列的细菌终止子识别[D].电子科技大学.2019
[3].宋君,常丽娟,张富丽,王东,李洁.采用蒙特卡洛法评定转基因水稻样品中NOS终止子的测量不确定度[J].计量学报.2019
[4].张嵩元,邱建辉,王宣,董一名,李昱龙.基于重组酶和终止子的状态调控开关设计[J].生物工程学报.2018
[5].李文静,冯雪,孙艳香.水稻GluB-4终止子的克隆与功能分析[J].植物生理学报.2018
[6].魏琳娜.酿酒酵母终止子的表征及在番茄红素合成途径中的应用[D].石河子大学.2018
[7].Jean,Paul,Sinumvayo,杨森,陈坚,堵国成,康振.枯草芽孢杆菌168新型转录终止子的构建与表征（英文）[J].生物工程学报.2017
[8].王小婷,黄锁,徐兆师,李连城,马有志.豌豆终止子rbc-T在转基因小麦研究中的应用[J].作物学报.2017
[9].沈春雪.终止子元件在链霉菌中的定量表征[D].中国科学技术大学.2015
[10].蔡翠雅,庄宇慧,张冲,曾缘欢,陈顺辉.烟草根特异NtR19基因终止子的克隆及功能分析[J].分子植物育种.2014
论文知识图
