导读:本文包含了基因克隆测序论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,转录,多态性,巴马,序论,籽粒,卵泡。
基因克隆测序论文文献综述
王丽君,李艳青,谢舒平,石雨荷,朱敏[1]（2019）在《基于转录组测序黑老虎角鲨烯合酶基因克隆和生物信息学分析》一文中研究指出目的研究黑老虎[Kadsura coccinea(Lem.)A. C. Smith]转录组特征,克隆叁萜生物合成上游途径的关键酶基因角鲨烯合酶(KcSQS),为黑老虎资源利用奠定基础。方法对黑老虎不同部位进行转录组测序分析,根据筛选出的KcSQS候选基因序列设计引物,利用PCR技术进行基因克隆,并借助生物学软件进行生物信息学分析。结果克隆得到一个KcSQS基因,包含全长1 227 bp的开放阅读框(ORF),编码408个氨基酸,预测其蛋白分子量为46.65 kD,定位于细胞质膜,含一段跨膜超螺旋结构。该基因在黑老虎叶片中表达量最高,与同科植物厚朴(Magnolia officinalis Rehd. et Wils.)角鲨烯合酶(MoSQS)蛋白序列相似性为76.77%,预测为角鲨烯合酶。结论该研究对黑老虎植物根、茎和叶进行转录组测序,成功克隆了角鲨烯合酶基因,并对其进行生物信息学分析,可为进一步研究黑老虎叁萜类化合物的生物合成提供依据。(本文来源于《中药新药与临床药理》期刊2019年07期）
俎峰,李霞,何晓莹,张国建,张建昆[2]（2019）在《甘蓝型油菜BnEOD3基因克隆与比较测序分析》一文中研究指出【目的】克隆拟南芥籽粒大小发育母体效应基因EOD3在甘蓝型油菜籽粒中表达的同源基因拷贝,并在大、小籽粒材料间开展序列比较分析。【方法】以1份大籽粒与1份小籽粒种质发育中的籽粒为研究材料,利用RT-PCR克隆发育中籽粒表达的BnEOD3基因拷贝,结合生物信息学手段在大、小籽粒材料间进行差异比较分析。【结果】生物信息学分析发现BnEOD3基因在甘蓝型油菜中有4个同源拷贝(BnaC04g00760D,BnaA05g01200D,BnaC04g50960D,BnaA04g27100D)。其中BnaA04g27100D在大、小籽粒材料发育籽粒中均有表达,且在第114碱基处存在SNP变异(大籽粒为C,小籽粒为G),BnaC04g50960D则仅在小籽粒材料中检测到表达,BnaC04g00760D与BnaA05g01200D基因则在大、小籽粒中均未检测到表达。【结论】BnEOD3基因仅有2个拷贝(BnaA04g27100D和BnaC04g50960D)在发育籽粒中检测到表达,其中BnaA04g27100D在第114碱基处的SNP变异导致氨基酸序列甘氨酸(G)与丙氨酸(A)的氨基酸的差异,可能与大、小籽粒性状有关。(本文来源于《西南农业学报》期刊2019年01期）
龙熙,张廷焕,赵久刚,蓝静,柴捷[3]（2018）在《猪EIF2S3基因克隆测序及其组织表达谱分析》一文中研究指出【目的】克隆猪EIF2S3基因mRNA全长,并进行生物信息学分析及检测其在猪各组织中的表达特征,为研究真核翻译起始因子2(eIF2)蛋白γ亚基的生物学功能打下基础。【方法】以荣昌猪胸腺mRNA为模板,采用RCAE-PCR克隆EIF2S3基因的m RNA全长序列,在线完成各种生物信息学分析后,利用实时荧光定量PCR分析猪EIF2S3基因的组织表达特征。【结果】猪EIF2S3基因mRNA全长1813 bp,其中蛋白质编码区(CDS)长1419 bp,5'UTR区、3'UTR区分别长14和380 bp,编码472个氨基酸。EIF2S3蛋白分子量51.1 kD,理论等电点(pI)8.62,包含58个带正电的氨基酸和52个带负电的氨基酸,其前体蛋白靠近N端区域有一个强疏水区;EIF2S3蛋白的空间结构由α-螺旋、β-折迭、延伸及无规则卷曲构成。EIF2S3蛋白氨基酸序列与狗和大白鼠的相似性最高(99.6%),其次是马、猫、牛、羊和人类(99.4%),与斑马鱼的相似性最低(96.6%)。EIF2S3基因在猪的心脏、胸腺和淋巴组织中表达量较高,在脾脏和肌肉中呈中度表达,在肾脏中的表达量较低,而在肝脏中基本不表达。【结论】猪EIF2S3基因全长1813 bp,在核酸和氨基酸水平上与其他物种的EIF2S3基因高度同源,尤其与狗和大白鼠的遗传距离最近;其在猪心脏、胸腺和淋巴组织中的表达量较高,在肝脏中基本不表达,据此推测EIF2S3参与合成的蛋白更多地参与心脏泵血和免疫相关功能,基本不发挥能量代谢功能。(本文来源于《南方农业学报》期刊2018年10期）
邢漫萍,黄丽丽,王峰,郑心力,林哲敏[4]（2018）在《海南文昌鸡生长激素基因克隆测序及生物信息学分析》一文中研究指出为了克隆文昌鸡的生长激素(growth hormone,GH)基因,获得该基因序列并分析基因结构和相关遗传变异,采用PCR方法扩增GH基因组序列,通过克隆测序寻找基因中的突变位点,利用PCR产物直接测序检测GH基因的多态性。结果显示:在鸡GH基因组中共发现7处碱基突变位点,分别位于GH基因的5'端、第1内含子、第4外显子和第4内含子中;多态性分析发现,在GH基因-391 bp处的A/G突变位点、-360bp处的A/G突变位点、-121 bp处的C/T突变位点上,文昌鸡的优势基因型分别是AA、GG和CC;鸡GH基因启动子区域发现多种潜在的转录因子结合位点,如GATA序列结合因子1(GATA-binding factor 1,GATA-1)、环磷酸腺苷应答元件结合蛋白(c AMP response element-binding protein,CREB)、核因子1(nuclear factor 1,NF-1)、上游刺激因子(upstream stimulatory factor,USF)、增强子结合蛋白α(CCAAT/enhancer binding protein alpha,C/EBPalp)等。本试验为进一步研究文昌鸡GH基因的功能提供了参考。(本文来源于《畜牧与兽医》期刊2018年10期）
魏珊珊[5]（2018）在《糙皮侧耳转录组测序、木质素降解关键基因及基因克隆》一文中研究指出本研究通过对木本基质下培养的糙皮侧耳7株不同菌株进行降解木质素的高效菌株进行筛选,对筛选出来的糙皮侧耳菌株采用Illumina HiSeq 4000 SBS高通量测序平台进行转录组测序,挖掘糙皮侧耳降解木质基质的候选基因,通过比对到NR、Swissprot、KEGG、String、Pfam等数据库中得到差异基因相关信息,再通过GO富集分析、pathway富集分析,得到与降解木质素、纤维素相关的候选基因以及相关的主要代谢通路。再对与木质素降解相关的候选基因中挑选出3个过氧化物酶基因c30793-g1、c28624_g1、c31898_g1,利用基因工程手段对3个过氧化物酶基因进行克隆以及异源表达载体的构建,主要研究结果如下:1、对糙皮侧耳四季大白、平菇1号、平菇2号、pL109、pL206、pL305、pL539这7株菌株进行了定性筛选和定量筛选,通过变色圈实验来实现对菌株的定性,实验结果表明7株菌株均有降解木质素的能力,根据菌落直径与变色圈直径比值d1/d2以及生长状况筛选出四季大白与PL305降解木质素的能力较强。定量筛选通过计算木质素降解率和综纤维素降解率以及SF值,SF值0.91为平菇1号和PL206,SF值0.83为四季大白。木质素降解率最高的为四季大白14.87%,,综纤维素降解率最低为PL109为7.80%。综上筛选出四季大白是本次实验的高效菌株。2、转录组测序共得到有效数据共78.47Gb,糙皮侧耳转录本序列64228条,单基因序列共46417条。使用BLast工具将转录本序列比对到NR、Swissprot、KEGG、String、Pfam等数据库中,共有33736条序列得到注释。得到1408条差异表达基因,其中有1183条基因为上调,通过GO富集分析得到,差异基因显着富集于木质素分解代谢过程、锰过氧化物酶活性、苯丙素分解代谢过程中。将差异基因比对到KEGG数据库中,共有313条得到注释的序列并对其进行pathway富集分析,得到差异基因显着富集于氨基苯甲酸降解过程、色氨酸代谢、β-丙氨酸代谢、等通路中。其中c27028_g1、c28624_g1、c30793_g1、c30849_g1等基因与木质素降解过程相关性较高。c24893_g1、c29559_g1、c29956_g2等基因与纤维素降解的过程相关性较高。转录组数据分析结果筛选出来的与木质素降解相关的候选关键基因中,挑选出c31898_g1、c28624_g1、c30793-g1叁个过氧化物酶基因,利用RT-PCR技术对这3个基因进行了克隆,成功克隆3个基因后,进行PMD-19T载体的连接,得到了c30793-PlxMD19-T、c28624-PMD19-T、c31898-PMD19-T 叁个重组载体,c30793-PMD19-T、c28624-PMD19-T、c31898-PMD19-T叁个重组载体与目的载体pGAPZαA进行双酶切,酶切后进行连接,成功构建3个重组表达载体c28624-pGAPZαA、c31898-pGAPZαA、c30793-pGAPZαA。(本文来源于《东北林业大学》期刊2018-04-01）
张广杰,崔悦悦,邱庆庆,夏琴,李龙[6]（2018）在《广西巴马小型猪SP1基因克隆测序及其真核表达载体的构建》一文中研究指出【目的】克隆广西巴马小型猪特异性蛋白1(SP1)基因,并构建其真核表达载体,为揭示其对猪生长发育的调控机理打下基础。【方法】利用RT-PCR从广西巴马小型猪背最长肌组织中扩增SP1基因,采用DNASTAR、TMHMM等分别进行基因生物信息学分析;以p EGFP-N1质粒构建真核表达载体pEGFP-N1-SP1并转染293T细胞,于转染48 h后在倒置荧光显微镜下观察并拍照。【结果】克隆获得的广西巴马小型猪SP1基因与Gen Bank中野猪(Sus scrofa)的参考序列(XM_005652569.3)一致,未发现碱基突变位点;其编码序列(CDS)全长2340 bp,编码779个氨基酸。广西巴马小型猪SP1蛋白不存在跨膜结构,也不存在信号肽,不属于分泌型蛋白;其二级结构中α-螺旋占17.84%,延伸链占21.31%,β-转角占9.76%,无规则卷曲占51.09%。构建的真核表达载体pEGFP-N1-SP1能成功转染至293T细胞中并表达出绿色荧光蛋白。【结论】广西巴马小型猪SP1基因CDS序列编码蛋白主要参与细胞内活动,而非外分泌型蛋白,以SP1基因构建的真核表达载体pEGFP-N1-SP1能转染293T细胞并成功表达,可直接用于后期SP1基因功能探索及干扰表达等研究。(本文来源于《南方农业学报》期刊2018年02期）
朱世馨[7]（2017）在《基于球囊菌感染的蜜蜂转录组测序及部分差异基因克隆与序列分析》一文中研究指出蜜蜂作为一种重要的传粉昆虫在全球农作物和生态农业中发挥着重要的作用。然而,疾病和环境因素的协同作用共同威胁着蜜蜂健康及养蜂行业的持续发展,并可能导致蜂群的大量损失。在所有蜜蜂传染病中,白垩病一直处于上升趋势。为了更好的探究蜜蜂应对球囊菌Ascosphaera apis的免疫反应,我们利用临床分离的一株蜜蜂白垩病病原真菌蜂球囊菌,对蜜蜂幼虫进行人工感染,进行了基于高通量测序的蜜蜂幼虫应对蜂球囊菌感染的转录组学分析,并对部分显着差异表达的免疫相关基因进行克隆测序及生物信息学分析,以期为蜜蜂的抗病基因的筛选及分子标记提供宝贵的基因资源,为今后进一步深入研究蜜蜂免疫防御相关分子机制及基因功能提供一定的理论依据。1.蜜蜂球囊菌的分离与鉴定本研究从临床上疑似白垩病感染的蜂群患病幼虫中,通过分离培养出一株致病性真菌,根据真菌形态学及18s核糖体RNA区域的通用引物进行分子生物学鉴定,确定该菌为蜜蜂白垩病病原真菌—蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis),该致病菌的分离鉴定与培养,将为后续的实验研究提供基础。2.基于球囊菌感染的蜜蜂转录组学分析通过饲喂蜂球囊菌孢子进行人工感染,利用转录组学分析,基于Illumina RNA测序技术和序列拼接从实验组和对照组中共获得50175666、42001818条unigenes。从文库中筛选到2890个差异表达的基因。显着性分析发现,在健康的蜜蜂幼虫和患白垩病幼虫中共有2214个表达上调基因和676个表达下调基因。GO富集分析及Pathways富集分析在蜜蜂球囊菌病原压力下的主要基因家族及其相关途径,筛选在转录水平免疫相关基因的差异表达。在这项研究中,我们发现蜜蜂幼虫机体中参与球囊菌反应的几个关键的免疫相关转录途径JAK-STAT信号通路、NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路的显着差异表达及协同激活作用,这些途径可能导致抗微生物活性物质及抗菌肽的产生。3.部分差异基因的克隆与序列分析根据转录组测序获得显着差异表达的基因数据,设计特异性引物对蜜蜂髓样分化因子(myeloid differentiation factor 88,MyD88),蜜蜂抗菌肽基因家族Abaecin,Hymenoptaecin,Defensin 1基因CDs区序列全长进行扩增并构建克隆载体,对相关序列进行系统发育分析、氨基酸组成、抗原指数、抗原表位、二级结构及叁级结构预测的相关生物信息学分析,为今后进一步研究相关基因及蛋白功能提供一定的理论参考。(本文来源于《吉林农业大学》期刊2017-05-01）
黄羽琪[8]（2017）在《基于转录组测序冬虫夏草虫草素合成基因的预测、RNR基因克隆与表达研究》一文中研究指出冬虫夏草是我国着名的名贵中药,具有悠久的药用历史。虫草素作为冬虫夏草的有效成分之一,是第一个从真菌中分离出来的核苷类抗菌素。近年来其抗菌、抗肿瘤、免疫调节及抗炎等方面是研究热点,但其合成机制尚未理清,影响了大规模应用。因此,虫草素生物合成机制成为关键。本研究利用Illumina/Solexa HiSeq 2500高通量测序平台对冬虫夏草菌丝体和子实体转录组进行测序、数据组装、分析并预测虫草素合成相关基因及差异表达水平,发现代谢途径中多数酶在菌丝体发育阶段的表达水平较高,其中RNR(核糖核苷酸还原酶)是腺苷代谢的关键酶,从转录组数据中挖掘到RNR大小亚基各1条,及4条RNR同源序列。RNR大小亚基作为后续研究的对象。采用cDNA克隆技术从新鲜冬虫夏草子实体中克隆到RNR基因大小亚基,RNRL(RNR大亚基)cDNA全长2733bp,编码910aa,RNRM(RNR小亚基)cDNA全长1257bp,编码418aa。通过保守区域和功能结构域分析发现主要催化活性位点位于RNRL,RNRM含有铁结合蛋白保守位点,大小亚基均含有二聚体和亚基结合区域。通过设计带flag表达标签的引物,利用PCR得到RNRL和RNRM基因片段,并分别插入到YEp351和YEp352质粒中,得到YEp351-RNRL和YEp352-RNRM重组质粒,分别转入大肠杆菌DH5α中,测序结果表明重组质粒构建完成。采用LiAc转化法将重组表达质粒YEp351-RNRL和YEp352-RNRM同时转化到酿酒酵母(Sacchaminyces cerevisiae)BY4741,利用缺乏亮氨酸和尿嘧啶的Leu Ura Minus Media培养基筛选重组子,并利用PCR鉴定得到阳性转化子。利用实时荧光定量PCR和Western Blot鉴定表达产物,结果表明,RNRL和RNRM分别已在基因和蛋白质水平上表达。利用HPLC检测终产物虫草素,利用UPLC-MS/MS检测虫草素合成的中间产物3'-dADP。实验确定样品峰质谱离子为[M+H]+(m/z 412.04202),分子式显示为C_(10)H_(15)N_5O_9P_2,该信息与3'-dADP物质一致。由于3'-dADP的化学性质未见报道,其保留时间与同分异构体2'-dADP(已知物质)可能一致。因此,下一步将进一步确认中间产物3'-dADP,以明确预测的合成途径。(本文来源于《成都中医药大学》期刊2017-04-01）
郑心力,刘海隆,黄丽丽,孙瑞萍,晁哲[9]（2016）在《五指山猪FSHβ基因克隆测序及生物信息学分析》一文中研究指出为了克隆五指山猪的促卵泡素(follicle-stimulating hormone,FSHβ)基因,获得该基因序列并分析基因结构和相关遗传变异,试验采用PCR扩增FSHβ基因组序列,通过克隆测序寻找基因中的突变位点,采用PCR产物直接电泳法检测FSHβ基因位点的多态性。结果表明:在猪FSHβ基因组中共发现6处单碱基突变位点,分别位于第1内含子(A-757G、A-645G、A-531G)和第2内含子(C+1 431T、A+1 434G、C+1 502T);多态性分析发现,在五指山猪中存在AA和AB两种基因型,其中A等位基因频率为0.96,B等位基因频率为0.04。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2016年17期）
邵凌云[10]（2016）在《茶树BAC文库构建与相关基因克隆的筛选及测序》一文中研究指出茶树(Camellia sinensis)是一种重要的经济作物,它的经济价值不仅体现在茶叶上,茶树花、果实也有很高的经济价值。茶被誉为“世界叁大无酒精饮料之一”,现已成为世界上流行的保健饮品。随着生物技术的发展与应用,关于茶树的科学研究已经逐渐深入至分子生物学水平,茶树基因的分离与克隆已成为分子生物学研究的重要内容。本课题是与安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室合作完成,以茶树品种“舒茶早”植株为材料构建茶树BAC(bacterial artificial chromosome)文库。该文库含有161,280个克隆,保存在420块384板中。随机挑选450个BAC克隆检测DNA插入片段,片段大小集中在100~130 kb之间,平均插入片段约为113 kb,空载率小于2.5%,以茶树基因组2.9 Gb计算,该文库大约覆盖整个茶树基因组6.2倍。随机挑选48个BAC克隆测BAC末端序列,参考NCBI数据库中茶树细胞器基因组序列信息,对BAC末端序列进行比对。Blastn分析表明随机挑选的48个克隆中没有检测到细胞器污染的克隆存在。建立高效率的2步PCR筛选基因的方法对“舒茶早”茶树BAC文库进行筛选,获得7个含有茶树功能基因(Csi092H17、Csi020O15、Csi044B12、Csi274K14、Csi271P8、Csi106D7、Csi047O18)的BAC克隆。首先构建420个一级混合池用于第一轮PCR筛选,随后对第一轮PCR筛选出的384板构建行池和列池,用于第二轮PCR筛选。筛选出这些基因的BAC克隆后,再挑选5个BAC克隆(分别包含Csi092H17,Csi020O15,Csi044B12,Csi271P8,Csi106D7基因)构建shotgun文库,进行鸟枪法(shotgun)测定BAC克隆序列。通过测序、组装、拼接及补平缺口得到其全长序列,拼装后的序列供安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室分析使用。(本文来源于《华中农业大学》期刊2016-06-01）
基因克隆测序论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
【目的】克隆拟南芥籽粒大小发育母体效应基因EOD3在甘蓝型油菜籽粒中表达的同源基因拷贝,并在大、小籽粒材料间开展序列比较分析。【方法】以1份大籽粒与1份小籽粒种质发育中的籽粒为研究材料,利用RT-PCR克隆发育中籽粒表达的BnEOD3基因拷贝,结合生物信息学手段在大、小籽粒材料间进行差异比较分析。【结果】生物信息学分析发现BnEOD3基因在甘蓝型油菜中有4个同源拷贝(BnaC04g00760D,BnaA05g01200D,BnaC04g50960D,BnaA04g27100D)。其中BnaA04g27100D在大、小籽粒材料发育籽粒中均有表达,且在第114碱基处存在SNP变异(大籽粒为C,小籽粒为G),BnaC04g50960D则仅在小籽粒材料中检测到表达,BnaC04g00760D与BnaA05g01200D基因则在大、小籽粒中均未检测到表达。【结论】BnEOD3基因仅有2个拷贝(BnaA04g27100D和BnaC04g50960D)在发育籽粒中检测到表达,其中BnaA04g27100D在第114碱基处的SNP变异导致氨基酸序列甘氨酸(G)与丙氨酸(A)的氨基酸的差异,可能与大、小籽粒性状有关。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因克隆测序论文参考文献
[1].王丽君,李艳青,谢舒平,石雨荷,朱敏.基于转录组测序黑老虎角鲨烯合酶基因克隆和生物信息学分析[J].中药新药与临床药理.2019
[2].俎峰,李霞,何晓莹,张国建,张建昆.甘蓝型油菜BnEOD3基因克隆与比较测序分析[J].西南农业学报.2019
[3].龙熙,张廷焕,赵久刚,蓝静,柴捷.猪EIF2S3基因克隆测序及其组织表达谱分析[J].南方农业学报.2018
[4].邢漫萍,黄丽丽,王峰,郑心力,林哲敏.海南文昌鸡生长激素基因克隆测序及生物信息学分析[J].畜牧与兽医.2018
[5].魏珊珊.糙皮侧耳转录组测序、木质素降解关键基因及基因克隆[D].东北林业大学.2018
[6].张广杰,崔悦悦,邱庆庆,夏琴,李龙.广西巴马小型猪SP1基因克隆测序及其真核表达载体的构建[J].南方农业学报.2018
[7].朱世馨.基于球囊菌感染的蜜蜂转录组测序及部分差异基因克隆与序列分析[D].吉林农业大学.2017
[8].黄羽琪.基于转录组测序冬虫夏草虫草素合成基因的预测、RNR基因克隆与表达研究[D].成都中医药大学.2017
[9].郑心力,刘海隆,黄丽丽,孙瑞萍,晁哲.五指山猪FSHβ基因克隆测序及生物信息学分析[J].黑龙江畜牧兽医.2016
[10].邵凌云.茶树BAC文库构建与相关基因克隆的筛选及测序[D].华中农业大学.2016
论文知识图
