芸薹属物种(B.napus,B.rapa,B.oleracea)防御素基因PDF1.1的生物信息学分析

论文摘要

本研究利用生物信息学方法分析芸薹属物种PDF1.1家族的结构功能,探究芸薹属物种PDF1.1家族的分子进化,为芸薹属物种PDF1.1家族抗菌性提供理论基础。本研究以甘蓝型油菜,白菜,甘蓝为例,利用生物信息学方法,鉴定了这3个芸薹属物种共有8个PDF1.1,并分析其PDF1.1的基本特征、同源性及系统发生关系。结果显示,8个PDF1.1均有1个内含子和2个外显子;共有79～80个氨基酸残基;均具有Knot1结构域,具有多个磷酸化位点,其中丝氨酸磷酸化位点0～1个,苏氨酸磷酸化位点0～1个,酪氨酸磷酸化位点1个;它们的二级结构主要为随机卷曲;既是疏水性蛋白,也是稳定蛋白;在不同物种间芸薹属PDF1.1的同源性高于种内同源性。芸薹属的结构特点是防御素抗菌作用的重要条件之一;其三个物种的PDF1.1进化符合禹氏三角理论,且三个物种PDF1.1位点符合三倍化学说。本研究为芸薹属物种PDF1.1抗菌性提供了科学依据。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 3个芸薹属物种PDF1.1的鉴定
•   1.2 芸薹属PDF1.1的基本特征及染色体定位
•   1.3 芸薹属PDF1.1家族的结构域
•   1.4 芸薹属PDF1.1家族的同源性
•   1.5 芸薹属PDF1.1家族的系统发生关系
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 序列的鉴定
•   3.2 生物信息学分析

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 向奥玲,张涛,唐蓓,陆俊杏

关键词: 芸薹属物种,同源性,生物信息学

来源: 分子植物育种 2019年09期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学

单位: 重庆师范大学生命科学学院重庆师范大学油用牡丹种质资源创新与利用重点实验室重庆市特色作物资源工程技术研究中心

基金: 重庆市科学技术委员会基金项目(cstc2017jcyjAX0108,cstc2016shmszx80051),重庆市教育委员会基金项目(kj1500329),重庆高校创新团队(CXTDX201601018)共同资助

分类号: Q943.2

DOI: 10.13271/j.mpb.017.002799

页码: 2799-2806

总页数: 8

文件大小: 923K

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