导读:本文包含了同源序列基因克隆论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,序列,基因组,稻瘟病,紫花苜蓿,豚草,过敏原。
同源序列基因克隆论文文献综述
王晓辉,曹洪玉,张庆芳,迟乃玉[1]（2015）在《低温几丁质酶chiA基因克隆、同源建模及序列分析》一文中研究指出从假交替单胞菌(Pseudoalteromonas sp.DL-6)中克隆低温几丁质酶chiA基因(Gen Bank登录号KF234015)。该序列全长3160个核苷酸,编码1053个氨基酸,预测相对分子质量113.5 KDa,等电点(pI)4.49,命名为chiA。功能结构域分析显示其编码区包含信号肽、2个几丁质结合域、2个成人多囊肾病结构域、18家族几丁质酶催化域与18家族糖苷水解酶C端部分序列。利用Discovery Studio平台以同源建模的方法构建低温几丁质酶chi A的催化域叁维结构模型,并对其进行结构优化和评估,Ramachandram图谱检测和Verify-3D评估显示模拟出的模型结构合理,整体的相容性较为可信。本结果拟为后期低温几丁质酶chiA的催化机理研究提供理论依据。(本文来源于《大连大学学报》期刊2015年06期）
桂枝,肖婷,皮永硕,袁庆华,杨建翔[2]（2015）在《紫花苜蓿PGIP同源基因克隆与序列核苷酸多态性分析》一文中研究指出多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(PGIP)是植物重要的防卫蛋白之一,了解PGIP基因的核苷酸序列是对其进行分子遗传学与分子生物学研究的前提与基础。本研究采用同源克隆法,从16个紫花苜蓿(Medicago sativa)品种的集群DNA中克隆了7个苜蓿PGIP基因的部分基因组编码序列,分别对应于蒺藜苜蓿(M.truncatula)7个不同的PGIP基因,并命名为Ms PGIP5、Ms PGIP6、Ms PGIP7、Ms PGIP8、Ms PGIP9、Ms PGIP10和Ms PGIP11。其中,Ms PGIP5、Ms PGIP6、Ms PGIP8、Ms PGIP9和Ms PGIP11的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点间的平均距离分别为20、74、34、423和21 bp,差异较大。对Ms PGIP5、Ms PGIP6、Ms PGIP8和Ms PGIP11进行荧光标记PCR单链构象多态性(FPCR-SSCP)分析,结果表明,其等位基因数目与PCR片段长度的比值分别为20、56、22和19 bp,变化趋势与这4个基因SNP位点间的平均距离基本一致。比较而言,在发现的7个苜蓿PGIP基因中,Ms PGIP9序列高度保守,Ms PGIP5和Ms PGIP11的变异较大,而Ms PGIP6与Ms PGIP8的变异中等。(本文来源于《草业科学》期刊2015年10期）
王海洲,丁永贵,贾晓晖[3]（2011）在《五莲黑猪IFN-γ基因克隆、序列分析及同源建模研究》一文中研究指出从GenBank/DDBJ/EMBL基因库中读取猪IFN-γ基因进行序列分析设计引物,基因组中克隆了IFN-γ基因序列并分析其基因组结构,运用生物信息学技术对测序结果进行分析,同源建模分析,发现该基因由氨基末端结构域和羧基末端结构域构成。(本文来源于《山东畜牧兽医》期刊2011年12期）
左阳[4]（2010）在《蔷薇科几种植物FT同源基因克隆及序列分析》一文中研究指出近几年,通过对模式植物拟南芥、水稻、矮牵牛等花发育基因的研究,科学家们逐步完善了这个复杂的基因调控网络,并认为FT基因在其中扮演着重要的角色。然而,对FT基因的研究仅仅局限在代表性的物种和各个实验室有限的探索,很少有从一个科和属的角度对FT基因进行深入研究的报道,并且蔷薇科物种中研究也局限于苹果和桃等,为了深入了解FT基因序列的多态性与植物开花时间相互关系及FT基因调控元件等信息。本研究以蔷薇科草莓、月季、石楠、桃、麻叶绣线菊、梅花、火棘为材料,获得了以下主要结果：1、采用同源克隆方法获得草莓、月季、梅花、桃、石楠、火棘FT基因保守片段,其中火棘976bp,草莓319bp,月季316bp,石楠979bp,桃653bp,梅花648bp,各个物种Blastn分析说明：扩增的目的片段就是预期的FT基因保守片段,进一步通过序列比对详细信息以及FT基因结构,证实所获得FT基因保守片段的序列是处于第叁个外显子和第四个外显子之间的；2.Tail-pcr技术扩增序列拼接后得到了草莓、月季、梅花、石楠、火棘核DNA水平FT基因序列信息,大小分别是2522bp,2213bp,2025bp,3036bp,2837bp。其中梅花FT基因5’端1210bp,3’端350bp,月季5’端序列257bp,3’端822bp,草莓5’端171bp,3’端1247bp,石楠5’端341bp。3、特异引物扩增得到了草莓、月季、梅花、石楠DNA水平FT基因全长,与拼接序列比对进一步证实了FT基因DNA水平序列信息。4、提取草莓和月季两个物种RNA,特异扩增得到了cDNA水平FT基因全长,草莓,月季,梅花,苹果内含子外显子比较说明：FT基因外显子保守性强,特别是第二个和第叁个外显子,蔷薇科亚科物种间的内含子也存在保守区域,3个内含子边界都具有有GT-AG序列特征。草莓FT基因编码199个氨基酸,月季编码190个氨基酸,选择14种其它植物FT基因氨基酸序列进行遗传进化分析说明：FT基因进化度较小,草莓、月季FT蛋白两者之间的亲缘关系较近,同蔷薇科其它物种亲缘关系也较近。5、尝试对FT基因在蔷薇科不同物种中的表达进行分析,草莓半定量RT-PCR结果表明：FT基因在草莓根中基本上没有转录本,叶和茎中均有,但茎中较弱。(本文来源于《华中农业大学》期刊2010-06-01）
张敏,汤青林,宋明,王志敏,刘婷[5]（2009）在《芥菜LFY同源基因克隆及序列分析》一文中研究指出在提取芥菜基因组DNA的基础上,克隆了芥菜中的LEAFY(LFY)同源基因,该基因长为1 307 bp.经过对该基因片段的核苷酸序列分析表明,它和花椰菜的BOFH基因在结构上有高度的保守性,同源率高达93%,与拟南芥中的LFY基因同源性达87%.(本文来源于《西南大学学报(自然科学版)》期刊2009年04期）
任鄄胜[6]（2008）在《水稻抗病基因同源序列分析及抗稻瘟病候选基因克隆》一文中研究指出稻瘟病菌(有性态:Magnaporthe grisea,无性态:Pyricularia grisea)引起的稻瘟病是我国稻区和世界其它稻区最为严重的病害之一,该病害常年流行,致使稻米生产损失严重。稻瘟病的发生和流行同样要求流行病学叁要素,即病原体、寄主、环境。选育和利用抗病品种不仅是有效切断流行病学叁要素之一,为防止植物病害最经济、最有效的途径,而且还可以避免或减轻因使用农药而造成的残毒和环境污染问题。因此,抗病性一直为植物育种目标之一。抗病育种原理深入研究,对植物抗病育种具有理论指导和促进育种的作用。本研究通过分子生物学和生物信息学的方法,对四川省育种遗传材料和日本晴基因组进行了较为系统地研究;并结合育种实践提出了独特的抗病杂交育种方法。概括如下:1.利用模糊搜索的方法,在TIGR水稻日本晴基因组数据库(TIGR RiceGenome Annotation-Release 5)中识别出565个编码抗病蛋白质的同源序列:利用识别出565个编码抗病蛋白质序列分别与籼稻基因组数据库进行BLASTP联配,共确定320个对应的抗病基因同源序列。通过在线生物信息学软件,我们识别了这565个抗病基因的保守结构域、保守模体和DNA序列内转座子元件,其中有14个抗病基因同源序列注释错误。同时绘出了这些基因的基因组分布,并基于这些基因的同源树分析和基因组物理分布,认为基因的原位和远程复制事件产生了抗病基因的现存分布和多样性,其中转座子在复制过程中扮演了重要角色。2.利用25个稻瘟病鉴别品种(系)和20个水稻品种(系)在人工接种条件下的对稻瘟病单孢菌株的抗性表型和抗病基因同源序列(Resistance geneanalogs,RGAs)多态性进行聚类比较分析。以单孢菌株接种的抗性表型聚类,取相似系数0.450,可将45个品种(系)划分为A、B两大类;取相似系数0.618,A、B两大类又分别可分为ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ四个亚类。以抗病基因同源序列多态性聚类,取遗传相似系数0.620,可将45个品种(系)划归Ⅰ,Ⅱ两类,这两类明显地趋向籼粳两亚种划分;取遗传相似系数0.783时,类群Ⅰ又可划分为ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ、ⅴ、ⅵ六个亚类,类群Ⅱ又可划分为ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ、ⅴ、ⅵ、ⅶ七个亚类。用抗感单孢稻瘟病菌表型聚类,倾向于抗谱相似的聚为一类;按RGA相似性聚类,倾向于遗传背景相近的聚为一类。对于抗病频率低或是抗病频率高的品种两者类与类之间有较好的对应关系,但总体看来类与类之间没有明显的对应关系。在抗稻瘟病育种方面,对亲本材料进行单孢菌株抗性鉴定和抗病基因同源序列多态性分析,可以更准确地反映亲本抗性遗传背景,从而避免同一抗源反复使用,还可以丰富培育品种的抗性遗传基础和延长品种抗性。3.以高抗稻瘟病的水稻保持系福伊B为材料,利用已知在水稻籼、粳亚种间存在差异的RGA简并性引物N1N2克隆RGA序列片段。通过对抗病品系福伊B克隆扩增,获得一个通读的水稻抗病基因NBS类抗病基因同源片段FUyi_NBS1,长度为540bp,编码176个氨基酸。生物信息学分析表明,FUyi_NBS1在水稻基因组第二染色体上有3个拷贝,其中两个为抗病基因拷贝;经Blastp比较,含有一个NB-ARC保守结构域,与OsI_005459和CR273高度同源;与大麦NBS-LRR类抗病基因同源序列CAD45026同源率为58%。同源建模分析发现FUyi_NBS1包含至少7个α—螺旋区域和3个β—折叠。4.利用GenBank数据库中的候选基因序列,设计分子引物,进行抗感品种之间的扩增差异,进行亚克隆抗病基因同源序列。在抗稻瘟病品系福伊B中获得了2条抗病基因同源序列,分别记为“FY_2”和“FY_3”,长度大小分别为2518bp和4168bp。经过生物信息学分析,FY_2的mRNA长度为1902bp,编码634个氨基酸;FY_3的mRNA长度为2226bp,编码742个氨基酸。通过蛋白质序列分析,两者均属于CC-NBS类型的抗病基因同源序列。与籼稻第2号染色体上的鸟枪片断OsI_005457高度同源。蛋白质叁维结构分析,发现FY_2的NBS结构域与OSI_005457N端的NBS结构域在C端明显不同。本研究为福伊B中抗病基因克隆奠定了重要基础。5.根据育种实践经验,提出了抗病杂交育种的策略和方法。概括起来为:抗抗杂交,胁迫选择,低代宽基数,抗中选优,连续鉴定,抗中选抗。(本文来源于《四川农业大学》期刊2008-10-24）
杨学明,张立,黄光华,何荆州,朱佳杰[7]（2008）在《革胡子鲶生长激素基因克隆与序列同源分析》一文中研究指出应用RT-PCR技术从革胡子鲶(Clarias lazera)脑垂体RNA中扩增出生长激素(growth hormone,GH)基因cDNA片段,并克隆到质粒载体pMD18-T,鉴定测序。克隆的革胡子鲶GHcDNA开放阅读框全长603bp,编码由200个氨基酸残基组成的生长激素前体。5个科7种鲶形目鱼类GH基因序列同源比较结果表明,7种鲶形目鱼类间GH基因序列的同源性很高,平均为92.4%,大口鲶和鲶之间的同源性最高,为98.5%,革胡子鲶和鲶之间的同源性最低,为89.4%。并据此构建了鲶形目鱼类间的系统进化树,聚类分析结果与鲶形目鱼类传统的分类进化地位基本一致。(本文来源于《西南农业学报》期刊2008年02期）
何新华,郭永泽,张利,李杨瑞[8]（2007）在《金柑LEAFY同源基因克隆与全序列分析》一文中研究指出通过PCR扩增,从融安金柑基因组DNA中克隆出一条2 361 bp的DNA片段,该DNA克隆含有1个2 081 bp的LEAFY同源基因全长序列(FcLFY)。金柑LEAFY同源基因包含2个内含子和3个外显子,编码398个氨基酸。比对结果表明,金柑LEAFY同源基因与甜橙、枳的LEAFY同源基因的核苷酸和氨基酸序列的同源性均为98%。该研究为今后从分子水平上研究金柑开花调控机理打下了坚实的基础。(本文来源于《广西农业生物科学》期刊2007年04期）
傅玉才,徐虹,刘红,张可浩,林晖榕[9]（2004）在《原生动物阴道毛滴虫的酵酶长寿保障基因LAG1同源基因克隆和序列分析(英文)》一文中研究指出为了探讨寄生性原虫阴道毛滴虫细胞生长和衰老相关基因 ,作者从阴道毛滴虫的cDNA表达文库中分离出一具 91 0碱基对的cDNA克隆 ,其编码框长 834bp ,推测蛋白质序列有 2 77个氨基酸。序列分析显示该克隆与酵酶长寿保障基因LAG1同源性最高 ,其氨基酸序列中含有LAG1及其同源基因保守的Lag1结构域和TLC结构域以及 6个跨膜螺旋区和一个C 未端的内质网保留信号域。因此推测该克隆系酵酶LAG1的同源基因 ,该基因可能参与阴道毛滴虫的神经酰胺生物合成以及调解细胞的生命期或细胞衰老。该基因的基因组DNA与其cDNA序列一致 ,提示该基因序列中可能无内含子(本文来源于《寄生虫与医学昆虫学报》期刊2004年03期）
陶爱林,何韶衡[10]（2004）在《豚草花粉泛过敏原同源基因克隆与序列分析》一文中研究指出目的 克隆豚草花粉泛过敏原同源基因。方法 采用生物信息学分析方法对众多的花粉过敏原基因进行序列同源性比较 ,以序列保守区域为依据设计合成简并引物 ,在特殊的RT PCR条件下 ,结合RACE技术对豚草花粉中的过敏原全长基因进行克隆 ;通过Northern杂交及序列分析初步确定基因产物是否为花粉过敏原。结果 获得了 3个新的全长基因。序列分析显示 :所得过敏原同源基因与数十种不同种属来源的过敏原肌动蛋白结合蛋白 (profilin)具有较高的同源性 ,初步认定其为泛过敏原 ,并暂命名为Amba 8(t)。Northern杂交证实该基因在花粉中表达。结论 采用本研究方法成功地在豚草花粉中克隆到 3个泛过敏原基因 ,为豚草花粉重组过敏原的蛋白质表达及标准化奠定了物质基础(本文来源于《中华微生物学和免疫学杂志》期刊2004年03期）
同源序列基因克隆论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(PGIP)是植物重要的防卫蛋白之一,了解PGIP基因的核苷酸序列是对其进行分子遗传学与分子生物学研究的前提与基础。本研究采用同源克隆法,从16个紫花苜蓿(Medicago sativa)品种的集群DNA中克隆了7个苜蓿PGIP基因的部分基因组编码序列,分别对应于蒺藜苜蓿(M.truncatula)7个不同的PGIP基因,并命名为Ms PGIP5、Ms PGIP6、Ms PGIP7、Ms PGIP8、Ms PGIP9、Ms PGIP10和Ms PGIP11。其中,Ms PGIP5、Ms PGIP6、Ms PGIP8、Ms PGIP9和Ms PGIP11的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点间的平均距离分别为20、74、34、423和21 bp,差异较大。对Ms PGIP5、Ms PGIP6、Ms PGIP8和Ms PGIP11进行荧光标记PCR单链构象多态性(FPCR-SSCP)分析,结果表明,其等位基因数目与PCR片段长度的比值分别为20、56、22和19 bp,变化趋势与这4个基因SNP位点间的平均距离基本一致。比较而言,在发现的7个苜蓿PGIP基因中,Ms PGIP9序列高度保守,Ms PGIP5和Ms PGIP11的变异较大,而Ms PGIP6与Ms PGIP8的变异中等。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
同源序列基因克隆论文参考文献
[1].王晓辉,曹洪玉,张庆芳,迟乃玉.低温几丁质酶chiA基因克隆、同源建模及序列分析[J].大连大学学报.2015
[2].桂枝,肖婷,皮永硕,袁庆华,杨建翔.紫花苜蓿PGIP同源基因克隆与序列核苷酸多态性分析[J].草业科学.2015
[3].王海洲,丁永贵,贾晓晖.五莲黑猪IFN-γ基因克隆、序列分析及同源建模研究[J].山东畜牧兽医.2011
[4].左阳.蔷薇科几种植物FT同源基因克隆及序列分析[D].华中农业大学.2010
[5].张敏,汤青林,宋明,王志敏,刘婷.芥菜LFY同源基因克隆及序列分析[J].西南大学学报(自然科学版).2009
[6].任鄄胜.水稻抗病基因同源序列分析及抗稻瘟病候选基因克隆[D].四川农业大学.2008
[7].杨学明,张立,黄光华,何荆州,朱佳杰.革胡子鲶生长激素基因克隆与序列同源分析[J].西南农业学报.2008
[8].何新华,郭永泽,张利,李杨瑞.金柑LEAFY同源基因克隆与全序列分析[J].广西农业生物科学.2007
[9].傅玉才,徐虹,刘红,张可浩,林晖榕.原生动物阴道毛滴虫的酵酶长寿保障基因LAG1同源基因克隆和序列分析(英文)[J].寄生虫与医学昆虫学报.2004
[10].陶爱林,何韶衡.豚草花粉泛过敏原同源基因克隆与序列分析[J].中华微生物学和免疫学杂志.2004
论文知识图
