首页> 正文

一株赛鸽源基因Ⅵk亚型新城疫病毒的分离鉴定及其全基因组分析

2020-12-08阅读(469)

一株赛鸽源基因Ⅵk亚型新城疫病毒的分离鉴定及其全基因组分析

论文摘要

新城疫是由新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）引起并导致禽类高死亡率的一种烈性传染性疾病,该病毒可引起包括鸽子在内的多种禽类或鸟类发病。鸽源新城疫病毒又被称为鸽副黏病毒Ⅰ型,其基因组为单股负链、无节段RNA,共编码6个结构蛋白和2个非结构蛋白,结构基因在基因组中排列为3’-NP-P-M-F-HN-L-5’,病毒基因组长度遵循“六碱基原则”。根据对鸡的致病性可以将新城疫病毒分为强毒力毒株、中等毒力毒株和弱毒力毒株3种,鸽源新城疫病毒通常对鸽子的致病性较强,主要引起鸽子出现典型的神经症状。根据基因组大小和遗传进化分析可以将新城疫病毒分为ClassⅠ和ClassⅡ两大类,ClassⅠ分支包括基因19型,ClassⅡ分支包括基因ⅠⅩⅧ型,而鸽源新城疫病毒通常属于ClassⅡ基因Ⅵ型。本研究采集陕西省西安市某赛鸽公棚疑似感染新城疫赛鸽的肝脏、脾脏、肾脏和脑等组织病料,使用9日龄SPF鸡胚分离病毒,并运用HA、HI试验验证,确定分离病毒为新城疫病毒,并命名为NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018。运用RT-PCR技术扩增NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分离株F基因,经测序验证后进行遗传进化分析,结果显示该分离株属于ClassⅡ基因Ⅵk亚型NDV毒株。F基因同源性分析结果显示NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分离株与上海株Pigeon/Shanghai/215/2011、Pi/China/SH/2013/163和Pi/China/SH/2013/168核苷酸同源性最高,与山东株Pigeon/China/SD069/2012、比利时株PPMV-1/Belgium/11-09620/2011氨基酸同源性最高。测定该分离株致病指数MDT（110 h）和ICPI（0.31）,根据OIE规定的毒力判定标准显示该毒株为弱毒力毒株。然而,该毒株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合OIE规定的NDV强毒株的分子生物学判定标准。以Pigeon/Shanghai/215/2011株的全基因组核苷酸序列为参考,设计6对互有重叠并包含整个NDV全基因组的引物,运用RT-PCR、分子克隆、测序和序列拼接等方法,获得NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分离株全基因组序列,全长为15192 nt。与32株NDV参考毒株进行基于全基因组水平的遗传进化和同源性分析,结果显示NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分离株与上海株Pigeon/Shanghai/215/2011、山东株Pigeon/China/SDLC/2011、云南株Pigeon/Yunnan/1111/2013和安徽株Pigeon/Anhui/2369/2012亲缘关系较近,而与疫苗株、基因Ⅶ型毒株以及ClassⅠ毒株亲缘关系较远。各结构基因的遗传进化关系和同源性数据分析结果同全基因组分析结果相同。NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分离株全基因组序列的分析将为鸽源NDV的遗传演化情况提供理论依据,此外,基因Ⅵk亚型新城疫病毒流传范围的扩大提示有必要对鸽子进行密切关注并开展鸽新城疫流行病学调查。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 文献综述
  •   第一章 新城疫病毒研究进展
  •     1.1 鸽新城疫概述
  •     1.2 鸽新城疫国内外流行情况概述
  •     1.3 鸽源新城疫病毒概述
  •       1.3.1 形态结构
  •       1.3.2 生物学特性
  •       1.3.3 基因组结构与功能
  •     1.4 新城疫病毒的毒力研究
  •     1.5 鸽新城疫的诊断与预防
  •       1.5.1 鸽新城疫的诊断
  •       1.5.2 鸽新城疫的预防
  •     1.6 研究目的与意义
  • 试验研究
  •   第二章 鸽源新城疫病毒的分离鉴定及其F基因遗传进化分析
  •     2.1 材料与方法
  •       2.1.1 鸡胚
  •       2.1.2 酶与主要试剂
  •       2.1.3 主要仪器
  •       2.1.4 扩增F基因的引物
  •       2.1.5 病料采集
  •       2.1.6 病毒分离与血清学鉴定
  •       2.1.7 病毒的MDT测定
  •       2.1.8 病毒的ICPI测定
  •       2.1.9 病毒总RNA的提取与RT-PCR
  •       2.1.10 分离株F基因扩增
  •       2.1.11 F基因的克隆与鉴定
  •       2.1.12 F基因序列分析
  •     2.2 结果
  •       2.2.1 病鸽剖检病变情况
  •       2.2.2 HA试验、HI试验及致病性指数结果
  •       2.2.3 NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018 毒株F基因扩增结果
  •       2.2.4 NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018 毒株F基因序列测定与拼接
  •       2.2.5 NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018 毒株F基因遗传进化树绘制与分析
  •       2.2.6 NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018 毒株 F 基因同源性分析
  •       2.2.7 NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018 毒株F蛋白裂解位点处氨基酸分析
  •     2.3 讨论
  •     2.4 小结
  •   第三章 NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018 毒株全基因组序列测定及分析
  •     3.1 材料与方法
  •       3.1.1 毒株、载体与菌种
  •       3.1.2 主要试剂与仪器
  •       3.1.3 引物设计与合成
  •       3.1.4 序列分析软件
  •       3.1.5 病毒总RNA提取与RT-PCR
  •       3.1.6 全基因组目的片段的扩增
  •       3.1.7 目的基因的克隆与鉴定
  •       3.1.8 序列比对与分析
  •     3.2 结果
  •       3.2.1 NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018 毒株全基因RT-PCR扩增结果
  •       3.2.2 NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018 毒株全基因组分析
  •       3.2.3 NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018 毒株各基因非编码序列分析
  •       3.2.4 NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018 毒株NP, P, M, HN, L基因遗传进化及同源性分析
  •     3.3 讨论
  •     3.4 小结
  • 结论
  • 附录
  • 参考文献
  • 致谢
  • 个人简历

    • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 姜智文

    导师: 王承宝

    关键词: 赛鸽,新城疫病毒,分离鉴定,全基因组,遗传进化

    来源: 西北农林科技大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学,农业科技

    专业: 生物学,畜牧与动物医学

    单位: 西北农林科技大学

    分类号: S852.65

    总页数: 70

    文件大小: 2358K

    下载量: 163

    相关论文文献

    • [1].2014—2018年我国5株基因Ⅶ型新城疫病毒的基因组特性[J]. 中国动物检疫 2020(05)
    • [2].强、弱毒力新城疫病毒双重荧光定量RT-PCR检测方法的建立[J]. 中国兽医学报 2017(01)
    • [3].新城疫病毒在消化道肿瘤中的研究进展[J]. 现代肿瘤医学 2015(12)
    • [4].鸡新城疫并发大肠杆菌病的防治[J]. 农业知识 2017(06)
    • [5].重组新城疫病毒对肺癌荷瘤鼠的治疗效果研究[J]. 东北农业大学学报 2018(11)
    • [6].重组新城疫病毒疫苗研制现状[J]. 生物技术通讯 2019(02)
    • [7].1株鸽Ⅵ型新城疫病毒的分离与鉴定[J]. 养禽与禽病防治 2018(06)
    • [8].影响新城疫病毒疫苗效果的因素分析[J]. 中国畜牧兽医文摘 2018(04)
    • [9].鸡新城疫病毒的分离和鉴定[J]. 甘肃畜牧兽医 2016(21)
    • [10].一株新疆野鸟源新城疫病毒的分离鉴定、F基因克隆及遗传进化分析[J]. 中国畜牧兽医 2017(09)
    • [11].鹅源新城疫病毒云南流行株免疫交叉保护试验[J]. 中兽医医药杂志 2013(01)
    • [12].鹅源新城疫病毒油乳剂灭活苗的研制[J]. 中国动物检疫 2013(05)
    • [13].简述新城疫病毒的实验室检测方法[J]. 兽医导刊 2013(10)
    • [14].新城疫病毒在全球的变异研究[J]. 兽医导刊 2012(05)
    • [15].1株蛋鸡典型新城疫病毒的分离鉴定[J]. 养殖与饲料 2011(04)
    • [16].新城疫病毒分子生物学研究进展[J]. 中国畜禽种业 2009(11)
    • [17].基因10型Ⅰ类新城疫病毒的生物学与基因组学特征[J]. 病毒学报 2018(02)
    • [18].科技[J]. 中国畜牧业 2017(04)
    • [19].鸭新城疫病毒M基因的原核表达与多抗制备[J]. 河南农业科学 2016(01)
    • [20].临沂地区商品肉鸡新城疫病毒的分离鉴定及流行性调查[J]. 黑龙江畜牧兽医 2016(06)
    • [21].江西遂川地区禽流感和新城疫病毒的监测研究[J]. 安徽农业科学 2015(27)
    • [22].新城疫病毒非编码序列的遗传演化趋势[J]. 微生物学报 2014(09)
    • [23].鹅源新城疫病毒的分离鉴定及其致病性[J]. 中国兽医学报 2013(07)
    • [24].鹅源新城疫病毒云南流行株动物回归试验[J]. 中兽医医药杂志 2012(06)
    • [25].影响新城疫病毒抗原性和分子变异的因素分析[J]. 中国家禽 2010(22)
    • [26].中国部分地区2008年I类新城疫病毒F基因遗传变异分析[J]. 病毒学报 2009(05)
    • [27].鹅源新城疫病毒F基因的原核表达及间接ELISA诊断方法的建立[J]. 中国兽医学报 2008(12)
    • [28].新城疫病毒抗肿瘤研究进展[J]. 生物工程学报 2018(09)
    • [29].18株中国新城疫病毒F基因变异特性分析[J]. 黑龙江畜牧兽医 2013(03)
    • [30].鸭在新城疫病毒传播和流行中的作用[J]. 中国家禽 2011(17)

    标签：;  ;  ;  ;  ;  

    一株赛鸽源基因Ⅵk亚型新城疫病毒的分离鉴定及其全基因组分析
    下载Doc文档

    猜你喜欢

    © 2024 神降笔 版权所有 鄂ICP备12018319号-6