基于高通量测序分析肺炎支原体感染姜曲海猪肺组织miRNA表达谱

论文摘要

为探明姜曲海猪感染肺炎支原体后肺组织miRNA（microRNA）表达谱和分子机制,选取50日龄姜曲海猪为实验猪,随机分成感染组和对照组,人工感染肺炎支原体28 d后,采集肺部组织,进行高通量miRNA测序,采用生物信息学软件进行miRNA鉴定和靶基因预测。结果显示:感染组和对照组的肺组织分别筛选到14 265 786条和14 000 588条小RNA纯净序列（clean reads）。与对照组相比,感染组中筛选到73个显著差异表达的miRNAs,其中39个表达上调,34个表达下调,从中随机选取4个miRNAs进行定量PCR（quantitative real time PCR,qRT-PCR）验证,感染组和对照组的表达水平与测序结果基本一致。73个差异表达miRNAs预测到1 685个靶基因和4 220个靶位点,靶基因预测筛选到8个与免疫调控相关的miRNAs。靶基因GO（gene ontology）分析显示,miRNA广泛参与生物过程、细胞组成和分子功能的调控。靶基因KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）分析显示,miRNA参与调控细胞凋亡、ECM受体相互作用、粘附斑通路等信号通路。本研究通过高通量测序获得姜曲海猪感染肺炎支原体后肺组织miRNA表达谱,通过生物信息学分析筛选到与免疫调控相关的miRNAs和信号通路,为进一步阐明姜曲海猪的肺炎支原体感染机制奠定了基础。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 实验动物及样本采集
•   1.2 试验试剂
•   1.3 样本总RNA的提取及测序
•   1.4 数据处理与分析
•   1.5 qRT-PCR验证差异表达miRNA
• 2 结果与分析
•   2.1 miRNA表达基本数据分析
•   2.2 差异表达miRNA分析
•   2.3 miRNA调控靶基因预测与分析
•   2.4 靶基因GO和KEGG分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 倪黎纲,赵旭庭,王宵燕,宋成义,吴信生,甘源

关键词: 姜曲海猪,猪肺炎支原体,高通量测序,表达谱

来源: 浙江农业学报 2019年12期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 畜牧与动物医学

单位: 扬州大学动物科学与技术学院,江苏农牧科技职业学院,江苏省农业科学院兽医研究所

基金: 江苏现代农业产业技术体系建设项目(JATS[2018]237),江苏农牧科技职业学院凤凰专家人才工程(201602)

分类号: S858.28

页码: 1979-1986

总页数: 8

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