2型猪链球菌葡萄糖胺-6-磷酸脱氨酶的生物信息学分析

论文摘要

目的利用生物信息学方法分析预测2型猪链球菌葡萄糖胺-6-磷酸脱氨酶（Glucosamine 6-phosphate deaminase,NagB）的性质、结构与功能等信息。方法利用DNAStar、ProtParam、PredictProtein、PSORT、SignalP、TMHMM、SOMPA、PROSITE、SWISS-MODEL、SYBYL-X和ClustalX等在线分析软件对2型猪链球菌中的NagB理化性质、亚细胞定位、二级结构、三级结构及活性中心等进行分析。结果 NagB由378个氨基酸残基构成,无信号肽及跨膜区,是稳定的亲水性胞浆蛋白。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主分别占46.30%和32.28%,三级结构模拟显示其为典型的二聚体结构,单体的活性中心可能由Ala52、Ser55、Arg106、Ser107、Ser110、Phe164、Met166、Glu242、Val364、Asn365、Arg366、Val367、Val368等多个核心氨基酸构成。结论生物信息学预测NagB含有2个SIS功能结构域（34-190aa;210-358aa）,涉及磷酸糖的异构酶功能,NagB的特征信息为进一步研究其在S.suis 2生长增殖以及致病过程中可能发挥的作用奠定了基础。

论文目录

• 材料与方法
•   1 氨基酸序列
•   2 生物信息学分析
•     2.1 NagB编码基因的一般特性分析
•     2.2 NagB一级结构与理化性质分析
•     2.3 NagB的亚细胞定位、跨膜区、信号肽及亲疏水性分析
•     2.4 NagB的二级结构分析
•     2.5 NagB三级结构分析与活性位点预测
•     2.6 NagB进化树的构建
• 结 果
• 0195的一般特性'>  1 NagB编码基因ssu05₀195的一般特性
•   2 NagB的一级结构与理化性质
•   3 NagB的亚细胞定位、跨膜区、信号肽及亲疏水性
•   4 NagB的二级结构
•   5 NagB的卷曲螺旋域
•   6 NagB的三级结构分析与活性中心预测
•   7 NagB分子进化树
• 讨 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 钱思彤,王一男,龚秀芳,丁晨曦,胡丹,艾乐乐,王长军

关键词: 型猪链球菌,葡萄糖胺磷酸脱氨酶,生物信息学

来源: 中国病原生物学杂志 2019年10期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学,农业科技

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 徐州医科大学药学院,中国人民解放军东部战区疾病预防控制中心

基金: 国家传染病重大专项(No.2018ZX10713-003-001-010,2017ZX10303401-007),国家自然科学基金(No.81481920)项目,江苏省卫生计生委2018年度医学科研课题(No.Z2018006),徐州市科技计划项目(No.KC18054)

分类号: S852.611

DOI: 10.13350/j.cjpb.191009

页码: 1160-1165+1170

总页数: 7

文件大小: 1706K

下载量: 41