导读:本文包含了分子对接论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:分子,蛋白,头孢,荧光,氢氧化铵,拟南芥,药物。
分子对接论文文献综述
何田,贾玮娟,王弯弯,王弘[1]（2019）在《基于荧光光谱、表面等离子体共振、分子对接技术的天然产物中14-3-3τ蛋白抑制剂的筛选》一文中研究指出目的研究和建立一种从天然产物中高效筛选14-3-3τ蛋白抑制剂的方法,并初步探讨所筛选活性化合物与14-3-3τ蛋白相互作用的位点。方法采用液相色谱-荧光分析方法对天然产物中具有14-3-3τ结合活性的化合物进行筛选研究,通过表面等离子共振(SPR)技术对筛选结果进行验证,再通过分子对接技术进行活性化合物的作用位点的预测,进而选择主要的结合位点,使用氨基酸定点突变体进行结合位点的验证。结果从82个备选天然产物中筛选出了17个不同类别的具有潜在14-3-3τ结合活性的化合物,并通过SPR实验验证了其中10个化合物的结合活性;使用分子对接技术预测它们与14-3-3τ蛋白的结合位点主要为Arg56、Arg127和Tyr128,并使用3个14-3-3τ蛋白定点突变体R56A、R127A和Y128A,证明了其中5个化合物与目标蛋白的结合与此3位点相关。结论所建立的方法准确高效,可用于快速筛选天然产物中14-3-3τ小分子抑制剂,为新型乳腺癌治疗药物的研发提供了新的参考和途径。(本文来源于《国际药学研究杂志》期刊2019年08期）
李亚辉,杨欣,冯俐,钱海兵,陈向云[2]（2019）在《基于网络药理学及分子对接分析丹参黄芪配伍治疗冠心病和心绞痛的活性成分及作用机制》一文中研究指出目的:从分子水平研究丹参黄芪配伍抗冠心病和心绞痛的分子机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)获取丹参和黄芪活性成分,基于CTD(Comparative Toxicogenomics Database,比较毒物基因组学数据库)筛选冠心病和心绞痛的关键靶标。借助STRING软件对心绞痛和冠心病的靶标基因进行相互作用分析,基于分子对接(Sybyl2.1)对筛选所得的丹参、黄芪的活性成分与心绞痛及冠心病靶点进行分子对接验证。借助Cytoscape3.5.1构建"活性成分-靶点"网络模型。结果:丹参黄芪共筛选出61个活性成分,其中丹参44个,黄芪17个。筛选出冠心病靶标25个,心绞痛靶标7个,通过靶蛋白PPI网络分析,肿瘤坏死因子、基质金属蛋白酶-9、Toll样受体4、载脂蛋白E、脂肪酸转运蛋白、血管紧张素Ⅰ转化酶、基质金属蛋白酶-3、尿激酶为冠心病和心绞痛疾病的关键靶标蛋白。分子对接发现黄芪单味药、丹参单味药、黄芪丹参配伍用药可能通过调节尿激酶(PLAU)、载脂蛋白E(APOE)、血管紧张素I转化酶(ACE)发挥抗冠心病及心绞痛的作用。结论:从分子层面筛选丹参黄芪配伍治疗冠心病、心绞痛疾病的关键活性成分及靶点,为其配伍后实验研究和临床应用提供合理解释。(本文来源于《中国医院药学杂志》期刊2019年22期）
苏夕桐,何汇洋,吴蕾,高梓森,张鹏[3]（2019）在《基于分子对接仿真技术研究头孢地尼杂质分离机制》一文中研究指出目的结合分子对接仿真技术,研究反相离子对色谱法(reversed phase ion chromatography,RPIC)对头孢地尼立体异构体杂质I、J、K、L、T、U的分离机制。方法采用RPIC对各杂质进行分离,考察在流动相中加入四甲基氢氧化铵(tetramethylammonium hydroxide,TMAH),体积分数分别为0.01%、0.05%、0.1%、0.25%、0.3%、0.5%的色谱条件下以及流动相pH在4.5～6.5内变化时,各杂质间的分离度以及保留时间的变化。采用分子对接仿真技术,研究各杂质与TMAH分子的结合能力的差异,阐明了RPIC洗脱过程中,在TMAH作用下,各杂质的分离度及保留行为产生差异的原因。结果 TMAH与杂质I、J、K、L的结合能力存在差异。与TMAH结合后,杂质I形成3个分子内氢键,杂质J形成2个分子内氢键,且与TMAH之间存在1个分子间氢键,杂质K形成1个分子内氢键,杂质L无分子内氢键,杂质I、J、K、L与TMAH分子之间均存在静电作用力和疏水作用力。TMAH与杂质T、U的结合能力无显着性差异。杂质T、U均可以形成3个分子内氢键,与TMAH之间均存在静电作用力和疏水作用力。随着流动相中的TMAH浓度的增大,杂质I、J、K、L的保留时间延长,分离度逐渐增大,杂质T、U的色谱行为无显着变化。结论采用分子对接仿真技术,在分析各杂质与TMAH自身理化性质的基础上,研究各杂质在流动相环境中与TMAH之间的相互作用能够更加精确地阐述RPIC法中头孢地尼立体异构体杂质的分离机制。(本文来源于《沈阳药科大学学报》期刊2019年11期）
杨淑玲,廖先萍,范星,庹浔[4]（2019）在《光谱法及分子对接技术研究黄体酮与牛血清白蛋白的结合机制》一文中研究指出黄体酮(Progesterone,PROG)是临床用于治疗先兆流产的常用药物之一,但其在生物体内的运输机制尚不明确。本文整合荧光光谱、红外光谱及分子对接等实验技术研究了PROG和牛血清白蛋白(BSA)之间的相互作用机制。光谱学实验结果表明,PROG在BSA的结合位点Ⅰ处与其结合,从而引起BSA的内源荧光猝灭,猝灭机制为静态猝灭和非辐射能量转移,两者之间的结合距离为1.63 nm。在人体正常体温条件下,两者的结合常数为1.423×10~4 L·mol~(-1)。根据热力学公式计算得到两者结合过程中ΔH=-65.31 kJ·mol~(-1)和ΔS=-131.63 J·mol~(-1)·K~(-1),说明PROG和BSA之间的主要作用力为氢键和范德华力。红外光谱研究结果表明,PROG能使BSA构象发生改变,其中α-螺旋结构和β-片层结构含量下降,β-折迭结构含量上升。分子对接结果表明,PROG与Trp214之间的相互作用是引起BSA荧光猝灭的主要原因,且PROG与Lys195残基之间存在的氢键有利于PROG-BSA复合物的稳定。分子对接结果与光谱实验结果相互印证,为揭示PROG在人体运输储藏过程提供了数据支撑。(本文来源于《发光学报》期刊2019年11期）
叶孟亮,朱玲玉,张春晖,贾伟,张鸿儒[5]（2019）在《基于分子对接技术探讨牦牛骨胶原蛋白肽GP-12促成骨活性作用机制》一文中研究指出牦牛骨中含有丰富胶原蛋白,研究表明补充胶原蛋白肽可以增加机体骨胶原纤维网架的规则性和牢固性,促进钙盐有序沉积,增加骨密度和骨强度。因此,牦牛骨胶原蛋白肽可能是其发挥抗骨质疏活性作用的功能成分之一,深入研究牦牛骨胶原蛋白肽促成骨细胞增殖作用机制对全面阐明牦牛骨胶原蛋白肽促成骨活性具有重要意义。基于此,本文拟以实验室前期制备的促成骨细胞增殖活性较强的GPAGPPGPIGNV(GP-12)肽为研究对象,通过计算机模拟分子对接技术探讨GP-12促成骨活性作用机制。利用Discovery Studio 2018软件对上述肽段GP-12和表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)执行对接。根据CDOCKER能量评分、相互作用结合位点以及与EGFR相互作用类型综合评价分子对接结果。体外模拟分子对接结果显示,GP-12肽和表皮生长因子受体EGFR的氨基酸残基结合位点为Asn12、Lys13、Leu14、Thr15、Gln16、Leu17、Gly18、Tyr45、Leu325和Phe357,结合力主要为氢键作用和范德华力。牦牛骨胶原蛋白肽GP-12潜在促成骨细胞增殖作用机制可能为:GP-12肽首先将表皮生长因子受体EGFR激活,活化后的EGFR进一步将GSK-3β因子磷酸化,从而阻止β-catenin蛋白降解,造成β-catenin蛋白在成骨细胞内的积累,从而激活Wnt/β-catenin信号通路诱导成骨细胞增殖过程。综上,牦牛骨胶原蛋白肽在未来工业生产功能性和促进营养健康的食品中具有很大的应用潜力,可用于介导治疗骨质疏松症。(本文来源于《中国食品科学技术学会第十六届年会暨第十届中美食品业高层论坛论文摘要集》期刊2019-11-13）
王存新,许先进[6]（2019）在《基于分子对接的反向虚拟筛选方法》一文中研究指出基于分子对接的反向虚拟筛选方法在药物靶点确定、老药新用以及药物副作用/毒理研究领域具有重要的应用前景,吸引了药物发现领域研究人员的广泛关注.首先对分子对接方法和蛋白质数据库进行细致的介绍,然后列举目前可以用于反向虚拟筛选的网络服务器,并列举该方法在药物设计领域的一些具体应用,最后对该方法目前所存在的问题进行讨论.(本文来源于《北京工业大学学报》期刊2019年11期）
马翼龙,李铁,吕丽娜,耿轶钊,纪青[7]（2019）在《驱动蛋白的能量转换过程——从ATP分子结合到颈链对接》一文中研究指出驱动蛋白是一种分子马达,同时也是一种核苷酸酶,它能够将ATP分子所携带的化学能转化为其沿微管蛋白行走的机械能,每消耗一个ATP分子行走一步。对于驱动蛋白如何将ATP的化学能转化为构象变化的机械能的研究一直是生物物理学研究的热点问题。本文从3个方面对此问题的研究进展进行了综述:ATP分子与驱动蛋白结合; ATP结合引起驱动蛋白头部产生转动;驱动蛋白头部转动引起驱动蛋白颈链向头部的对接。将这叁个方面的内容合并起来就构成了驱动蛋白的能量传递路径。(本文来源于《生命科学研究》期刊2019年05期）
周凤,郑韦韦,刘鹏飞,马文静,康文斌[8]（2019）在《钙调蛋白质与富勒烯结合模式的分子对接研究》一文中研究指出目的:研究富勒烯(C_(60))与钙调蛋白质的分子对接结合模式。方法:以钙调蛋白为模型,采用AutoDock计算模拟C_(60)与钙调蛋白的结合模型,并计算结合能。结果:分子对接计算结果显示,apo态和holo态钙调蛋白与C_(60)可能的结合位点分别有7个和5个,其中C_(60)和钙调蛋白最优位点的结合能分别为-7.42 kcal/mol和-8.63 kcal/mol。结论:富勒烯能够与钙调蛋白结合,并可能引起钙调蛋白结构和活性的变化。(本文来源于《湖北医药学院学报》期刊2019年05期）
袁凡,周敏,丁君辉,彭晓赟,徐文忠[9]（2019）在《基于分子对接技术的拟南芥植酸酶的水解特性》一文中研究指出采用生物信息学、同源建模、分子对接等方法,对拟南芥植酸酶(ATMINPP)的功能结构及其与植酸的分子对接模式进行了预测。结果表明:ATMINPP由487个氨基酸组成,其二级结构由18个α螺旋、6个β折叠、伸展片段和无规则卷曲等4个主要部分构成;保守半胱氨酸在螺旋结构之间形成4个二硫键;ATMINPP蛋白有2个结构域(α/β–结构域和α–结构域),活性位点位于2个结构域的中间;对接时,带负电的植酸结合在ATMINPP带正电的亲水性口袋内;保守序列RHGARYP中的His 66对植酸氢键所结合的磷酸基团进行亲核攻击,形成中间复合物,中间复合物水解得到磷酸和磷酸肌醇衍生物,His 343为解离基团氧原子提供质子,使得磷酸基团解离。(本文来源于《湖南农业大学学报(自然科学版)》期刊2019年05期）
曾巧玲,刘鹰翔,李耿,马玉卓[10]（2019）在《二氢嘧啶并[4,5-d]嘧啶类衍生物作为集落刺激因子-1受体激酶抑制剂的分子对接和定量构效关系研究》一文中研究指出集落刺激因子-1受体激酶(CSF-1R)属于Ⅲ型受体酪氨酸激酶家族成员,其在调控单核巨噬细胞系中发挥重要作用。CSF-1R及其配体异常表达与肿瘤发展过程密切相关。因此,CSF-1R信号传导可成为抗肿瘤治疗的有吸引力的靶标。本文用比较分子场分析法(Co MFA)和比较分子相似性指数分析法(Co MSIA)研究了54个二氢嘧啶并[4,5-d]嘧啶类CSF-1R激酶抑制剂的叁维定量构效关系(3D-QSAR)。基于配体迭合,Co MFA和Co MSIA模型的交叉验证系数(q~2)分别为0. 725和0. 636,拟合验证系数(r~2)分别为0. 960和0. 958,结果表明这两种模型均具有较好的预测能力。所建模型的等势图能直观反映分子不同取代基对活性的影响,其中立体场和疏水场对活性的贡献较大。通过分子对接研究显示,氨基酸残基Cys666、Asp796在配体和受体结合过程中产生作用,分子对接的结合模式与3D-QSAR得到的结果一致。这些信息为进一步优化CSF-1R激酶抑制剂提供了理论基础。(本文来源于《化学通报》期刊2019年10期）
分子对接论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:从分子水平研究丹参黄芪配伍抗冠心病和心绞痛的分子机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)获取丹参和黄芪活性成分,基于CTD(Comparative Toxicogenomics Database,比较毒物基因组学数据库)筛选冠心病和心绞痛的关键靶标。借助STRING软件对心绞痛和冠心病的靶标基因进行相互作用分析,基于分子对接(Sybyl2.1)对筛选所得的丹参、黄芪的活性成分与心绞痛及冠心病靶点进行分子对接验证。借助Cytoscape3.5.1构建"活性成分-靶点"网络模型。结果:丹参黄芪共筛选出61个活性成分,其中丹参44个,黄芪17个。筛选出冠心病靶标25个,心绞痛靶标7个,通过靶蛋白PPI网络分析,肿瘤坏死因子、基质金属蛋白酶-9、Toll样受体4、载脂蛋白E、脂肪酸转运蛋白、血管紧张素Ⅰ转化酶、基质金属蛋白酶-3、尿激酶为冠心病和心绞痛疾病的关键靶标蛋白。分子对接发现黄芪单味药、丹参单味药、黄芪丹参配伍用药可能通过调节尿激酶(PLAU)、载脂蛋白E(APOE)、血管紧张素I转化酶(ACE)发挥抗冠心病及心绞痛的作用。结论:从分子层面筛选丹参黄芪配伍治疗冠心病、心绞痛疾病的关键活性成分及靶点,为其配伍后实验研究和临床应用提供合理解释。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分子对接论文参考文献
[1].何田,贾玮娟,王弯弯,王弘.基于荧光光谱、表面等离子体共振、分子对接技术的天然产物中14-3-3τ蛋白抑制剂的筛选[J].国际药学研究杂志.2019
[2].李亚辉,杨欣,冯俐,钱海兵,陈向云.基于网络药理学及分子对接分析丹参黄芪配伍治疗冠心病和心绞痛的活性成分及作用机制[J].中国医院药学杂志.2019
[3].苏夕桐,何汇洋,吴蕾,高梓森,张鹏.基于分子对接仿真技术研究头孢地尼杂质分离机制[J].沈阳药科大学学报.2019
[4].杨淑玲,廖先萍,范星,庹浔.光谱法及分子对接技术研究黄体酮与牛血清白蛋白的结合机制[J].发光学报.2019
[5].叶孟亮,朱玲玉,张春晖,贾伟,张鸿儒.基于分子对接技术探讨牦牛骨胶原蛋白肽GP-12促成骨活性作用机制[C].中国食品科学技术学会第十六届年会暨第十届中美食品业高层论坛论文摘要集.2019
[6].王存新,许先进.基于分子对接的反向虚拟筛选方法[J].北京工业大学学报.2019
[7].马翼龙,李铁,吕丽娜,耿轶钊,纪青.驱动蛋白的能量转换过程——从ATP分子结合到颈链对接[J].生命科学研究.2019
[8].周凤,郑韦韦,刘鹏飞,马文静,康文斌.钙调蛋白质与富勒烯结合模式的分子对接研究[J].湖北医药学院学报.2019
[9].袁凡,周敏,丁君辉,彭晓赟,徐文忠.基于分子对接技术的拟南芥植酸酶的水解特性[J].湖南农业大学学报(自然科学版).2019
[10].曾巧玲,刘鹰翔,李耿,马玉卓.二氢嘧啶并[4,5-d]嘧啶类衍生物作为集落刺激因子-1受体激酶抑制剂的分子对接和定量构效关系研究[J].化学通报.2019
论文知识图
