导读:本文包含了微量测序论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:微量,转录,引物,序论,产前诊断,核苷酸,红细胞。
微量测序论文文献综述
薛皖强,侯丽,李荣红,吴立刚[1]（2019）在《NaIO_4氧化–深度测序技术的优化用于检测微量RNA样品中小RNA 3′末端甲基化修饰》一文中研究指出2′-O-甲基化是存在于多种小RNA 3′末端的修饰,具有重要的生物学功能。目前高通量研究小RNA 3′末端2′-O-甲基化的方法主要是NaIO_4氧化处理结合小RNA深度测序,但该方法需要3μg总RNA,难以用于研究少量细胞中小RNA的3′末端甲基化修饰。该研究通过调整NaIO_4氧化处理的条件以及测试有无甘油终止氧化反应对小RNA文库构建的影响,优化了适用于微量RNA的氧化条件,实现对10 ng小鼠睾丸样本总RNA中的小RNA 3′末端甲基化修饰的深度测序检测,建立了用于检测微量RNA样品中小RNA 3′末端甲基化修饰的方法,为检测少量细胞中小RNA的3′末端甲基化修饰提供了有效方法。(本文来源于《中国细胞生物学学报》期刊2019年09期）
陆泓雨,刘波,秦超勇,张彦[2]（2018）在《基于模板转换的微量RNA测序建库方案探索》一文中研究指出目的:建立一套简便、对RNA样本起始量要求很低的RNA测序建库方法,在此基础上引入分子条形码技术,从而使RNA-seq的数据所反映的表达丰度更加客观真实。方法:将微量RNA用RNaseⅢ片段化后,利用反转录酶的反转录活性、模板转换活性以及DNA依赖的DNA聚合酶活性,一步实现从RNA到cDNA文库的反应,再通过PCR扩增获得适合测序仪的测序文库,通过测序分析验证建库效果,最后采用荧光定量PCR法测定部分基因的表达量以验证测序结果,同时比较分子条形码的引入对表达量分析的影响。结果:通过电泳观察和测序结果分析,选择Clontech公司的SMARTscribe,反转录和模板转换反应温度设为50℃,反转录完成后经AMPure Beads纯化再经PCR扩增得到测序文库,电泳检测文库DNA长度和浓度符合测序要求。比较发现,用分子条形码建库的测序结果能够更加真实地反应基因的实际表达量。结论:初步建立了针对10 ng RNA样品的RNA-seq建库技术,并在建库方案中加入分子条形码使其测序结果更加真实地反映基因表达量。该技术未来可适用于微量RNA样品的高通量测序。(本文来源于《生物技术通讯》期刊2018年06期）
吴立刚[3]（2018）在《超微量小RNA深度测序技术在单细胞研究中的应用》一文中研究指出已有的大量研究表明非编码小RNA具有重要的生物学功能。除了已知类型的小RNA,细胞中是否还存在其他未知类型的重要小RNA未被发现,它们存在于哪些细胞类型中,如何逐步演化的?但由于目前缺乏精确、高效的超微量小RNA深度测序技术对探索研究稀有细胞中的新型小RNA及其调控机制造成了极大障碍,建立超微量小RNA深度测序技术对于探索未知的小RNA世界具有重要意义。我们研究建立了微量小RNA深度测序技术,将检测灵敏度提高了10倍以上,通过对少于50个卵(本文来源于《中国生物化学与分子生物学会第十二届全国会员代表大会暨2018年全国学术会议摘要集》期刊2018-10-25）
李俊吉[4]（2018）在《基于微流控技术的微量核酸高通量测序样本制备应用研究》一文中研究指出高通量测序技术经过十多年的发展,已成为人们认识基因组最重要的工具,并广泛应用于动植物基因组构建、疾病的基因层面机理探究、微生物和环境生物安全以及遗传发育进化等生物学核心问题的研究中。然而,基因组的复杂性并不仅仅源自于其宏大的规模,更重要的是其作用机制非常复杂,需要更高分辨率的信息才能解析和重构出真实、全面的基因组结构和功能。全基因组扩增技术是高通量测序样本制备方面一个里程碑式的技术,它拓展了高通量测序的样本量检测下限,能够让研究者观测生物体中单细胞空间分辨率下的基因组结构改变。在常规测序研究中这些信息往往会湮没于平均化的测序结果中。然而,现有的全基因组扩增技术并不够完美,在测序覆盖度、均一性、可重复性、嵌合体产生以及碱基替换等方面存在不足,相关的改进方案往往需要引入复杂且昂贵的仪器设备、繁琐的实验操作或是可能干扰扩增进程的试剂等。为了应对上述问题,本论文旨在开发一种新的全基因组扩增技术及相关微流控器件,以实现高效、高性能、低成本且操作方便的微量样本扩增。本论文提出了一种基于改变反应空间几何形态的全基因组扩增方法——微流道多重置换扩增。该方法将常规多重置换扩增的叁维反应空间压缩到拟一维的微流道中,大幅度增加了反应单元之间的总相对距离。因此,扩增优势片段不断掠夺周围空间中的反应物并进一步过度扩增的正反馈过程将被切断,所有片段将以相近的速度稳定扩增,从而抑制了常规多重置换扩增方法中的偏好性扩增这个主要的技术难题。我们对新方法的原理模型进行了推测,并对其中影响扩增均一性的主要参数——管径,进行了控制变量实验,验证了该参数与扩增均一性的相关性并优化了它的取值范围,以此进行后续的扩增实验。我们使用微流道多重置换扩增方法扩增了正常二倍体YH-1基因组以及非整倍体K562肿瘤基因组,并在从生化实验开始至最终测序信息分析统计的完整流程中,验证了新方法在多个重要参数方面的性能优势。在测序覆盖度方面,30×的测序深度下YH-1数据的覆盖度远超MALBAC的68.71%,达到了92.18%,仅比直接测序的参考组(实验理论上限)低0.19%;在测序效力方面,10×的新方法数据能够覆盖常规方法25×测序深度才能达到的覆盖度,意味着60%的测序成本缩减;在扩增均一性方面,我们用变异系数、洛伦兹曲线、自相关性分析以及功率谱密度等数据验证了新方法能够提供显着更加均一的基因组覆盖,同时验证了该均一性误差的抑制来源于对10 kb级扩增子大小以上结构更加稳定地扩增。该方法在工程学方面还具有如下优点:无需引入额外的仪器设备和反应试剂;实验耗材可直接通过购买获得;方法操作简单,降低了扩增体系受外源性污染的概率。本论文将微流道多重置换扩增应用到基于高通量测序的单核苷酸变异和拷贝数变异的检测中。在对YH-1基因组深度测序数据中的单核苷酸变异的检测时,无论对于纯合还是杂合的单核苷酸变异,检出率均相对于公认的以单核苷酸变异检测见长的常规多重置换扩增方法提高了约27%;而用较少测序数据检测灵敏度时,发现效果提升约为11%左右;在等位基因缺失、检测错误以及假阳性判定等方面该方法也取得了更优的检测结果。这些优势由微流道多重置换扩增高保真性、高覆盖度以及高扩增均一性等性质共同决定。在拷贝数变异的检测中,我们首先分析了拷贝数变异检测算法对扩增性能提出的核心需求——扩增均一性和低GC误差,验证了微流道多重置换扩增在这两方面的性能优势。随即我们在YH-1正常二倍体基因组中进行了模拟拷贝数变异的定量检测,对于大小设定在300 kb到2 Mb之间的所有模拟拷贝数变异,新方法均能够提供高于常规方法平均20%以上的检出率;在检测K562多倍体肿瘤基因组中的真实拷贝数变异的实验中,我们进一步将样本输入量降低至单细胞量级,并用50 kb大小的主流可变窗宽检测到了大小约250 kb的微小拷贝数变异,达到了该窗口设定下最高的检测分辨率。利用拷贝数变异热图进行相关性分析以及聚类分析,我们发现新方法得到的拷贝数变异图谱具有更高的自身相似性以及与直接测序的参考图谱具有更好的一致性,体现了新方法更加稳定的实验可重复性和对目标基因组拷贝数形貌还原的准确性。本论文设计了与微流道多重置换扩增方法配套的微流控芯片实验方案。该芯片采用多组并联流道设计,在提供了同样大小的试剂容量的前提下,显着降低了串联长流道经典结果中需要的巨大进样压力,并拓展了使用该芯片进行多样本并行扩增的能力。在样本制备相关的液滴操控微流控技术方面,我们实现了多组单分散液滴的生成、低电压液滴融合以及动态可调节液滴分裂等,为后续拓展基于测序标签的多样本并行扩增及测序的研究打下基础。(本文来源于《东南大学》期刊2018-06-14）
杨芳芳,罗利玲,陈跃刚,王晓丽[5]（2017）在《基于微量建库测序的毛皮鉴定技术研究》一文中研究指出本研究目的是通过微量建库测序的方法,搭建动物物种DNA片段化数据库,建立毛皮动物物种鉴定检测技术体系。本研究选择11个无参考基因的物种,一共21份样品,提取样品的DNA,通过微量建库测序,成功建立了11个物种的DNA片段化数据库,建库成功率100%。测试:随机选择了5个物种共9个测试样品进行方法验证,测试样与所对应的物种聚类吻合率达100%。本研究建立的微量建库测序方法可以用于毛皮的物种鉴定。(本文来源于《皮革科学与工程》期刊2017年04期）
兰道亮,熊显荣,林宝山,陈亚冰,胡敏[6]（2014）在《基于微量RNA高通量测序技术的牦牛MⅡ期卵母细胞转录组研究》一文中研究指出旨在现有高通量测序的基础上,建立一种针对牦牛卵母细胞等微量样本的RNA高通量测序方法,为进一步研究牦牛卵母细胞的转录组学提供基础。以微量MII期牦牛卵母细胞RNA(10ng)作为研究样本,应用SMART cDNA PCR扩增技术对样本进行富集并构建测序文库,再应用改进的RNA高通量测序技术对其进行高通量测序分析。经Illumina-Solexa深度测序后,得到了一个包含47 619 254条测序序列,4Gb大小数据量的微量MII期牦牛卵母细胞测序文库。质量控制(Quality control,QC)及基本结果分析表明测序文库质量良好。基因组比对分析显示,共有15 626个牦牛基因被映射。此外,还获得了7 348个新的转录本。GO分类注释结果显示,共有13 795个比对上的基因参与了生物过程、细胞组分及分子功能3大主要类别。进一步富集分析显示,分别有333 134及113个GO类别在上述3大类中得到富集。KEGG通路分析结果显示,共有13 496个比对上的基因参与了258条通路,其中101条通路得到有效富集。本研究以牦牛卵母细胞为样本成功建立了一种起始RNA量可低至10ng的微量转录组测序方法。该研究结果为进一步研究牦牛基因组提供了基础,同时也为研究牦牛MII期卵母细胞的分子机理提供了新的视角。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2014年05期）
刘传书[7]（2012）在《华大科技推出微量转录组测序技术服务》一文中研究指出本报深圳9月4日电 （记者 刘传书）今天，华大基因科技公司在国内率先推出微量真核转录组测序技术服务—TruSeq微量转录组。该技术在国内首次通过TruSeq RNA试剂盒成功实现转录组的微量建库，总RNA建库起始量低至200ng，突破了微量或珍贵样品进(本文来源于《科技日报》期刊2012-09-05）
王春林,龚大江,张丽丽,臧留琴,李明[8]（2007）在《焦磷酸核酸测序仪中微量加样系统的研制》一文中研究指出焦磷酸测序(Pyrosequencing)方法是一种新型基因测序方法,相比传统双脱氧核苷酸链终止法(Sanger)原理不同,具有高速、高通量、低成本的优点。本文针对焦磷酸测序反应中dNTP试剂加样的微量和高精度要求,设计了满足要求的加样系统,该系统的压电陶瓷喷头可以在步进电机驱动下,对96孔标准板样本分别进行4种dNTP试剂的轮流加样,加样重复精度大于99％,单次加样最小量能达到0．1μL。(本文来源于《中国生物医学工程进展——2007中国生物医学工程联合学术年会论文集（上册）》期刊2007-04-01）
周宁,鲁永鲜,江森,于萍[9]（2004）在《微量胎儿细胞中Y染色体锌指结构基因自动测序及影响因素的探讨》一文中研究指出目的 :在已建立的较简便、敏感的对性连锁遗传病胎儿进行产前性别鉴定方法的基础上探讨高温循环全自动测序中几个因素对测序鉴定ZFY基因结果的影响。方法 :自行设计ZFY引物并建立了富集胎儿细胞结合巢式聚合酶链反应扩增男性特异性ZFY基因并进一步循环测序方法 ,计算机辅助设计的两对寡核苷酸引物位于Y染色体短臂的Ucdo 4 3保守区内 ;同时对DNA纯度、浓度和测序过程中水的质量对DNA自动测序结果的影响进行回顾性分析。结果 :实验表明利用孕妇外周血中微量胎儿细胞扩增男性特异性ZFY基因并进行高温循环全自动测序方法可行 ,结果可靠 ,在DNA纯度、浓度较低以及配制测序胶时所用纯水水质较差时 ,对测序曲线造成不同程度的影响 ,从而影响测序结果。结论 :提示该方法检测胎儿DNA是可行的 ,同时在DNA自动测序鉴定产物特异性时需使用高纯度高浓度的DNA和高质量的纯水 ,要想获得较长的测序片段 ,所用模板浓度不能太低。(本文来源于《军医进修学院学报》期刊2004年01期）
潘竹林,李津婴,闵碧荷,应康,周虹[10]（2003）在《人红细胞嘧啶5′-核苷酸酶Ⅰ分子量鉴定、氨基酸组成分析及其微量测序》一文中研究指出为进一步探讨遗传性红细胞嘧啶 5′ 核苷酸酶Ⅰ (P5′N Ⅰ )缺乏症的发病机制 ,在纯化人红细胞P5′N Ⅰ的基础上 ,分别用质谱仪和氨基酸分析仪分析其分子量及氨基酸组成 ,同时将该酶经胰蛋白酶水解后进行微量测序 ,并行生物信息学分析。研究结果 :质谱分析表明在蛋白电泳呈一条带的纯化的人红细胞P5′N Ⅰ中发现 3种分子量成倍数关系 ,且质谱图曲线非常吻合的蛋白 ,分子量分别为 2 6 95 2 .9,5 5 4 76及 110 938。测出 1个酶解肽片段N末端的 10个氨基酸序列为 :I E G P T I R Q I E。在数据库中未发现同源性片段。氨基酸分析表明该酶至少由 18种氨基酸 ,约 2 5 3个氨基酸残基组成。结论 :人红细胞P5′N Ⅰ可能为一种多亚基组成的变构酶 ,生理状态下可能存在同源二聚体或四聚体。所测氨基酸序列可作为筛选目的基因的探针。所测氨基酸组成为确定其蛋白一级结构提供了重要依据。(本文来源于《中国实验血液学杂志》期刊2003年01期）
微量测序论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:建立一套简便、对RNA样本起始量要求很低的RNA测序建库方法,在此基础上引入分子条形码技术,从而使RNA-seq的数据所反映的表达丰度更加客观真实。方法:将微量RNA用RNaseⅢ片段化后,利用反转录酶的反转录活性、模板转换活性以及DNA依赖的DNA聚合酶活性,一步实现从RNA到cDNA文库的反应,再通过PCR扩增获得适合测序仪的测序文库,通过测序分析验证建库效果,最后采用荧光定量PCR法测定部分基因的表达量以验证测序结果,同时比较分子条形码的引入对表达量分析的影响。结果:通过电泳观察和测序结果分析,选择Clontech公司的SMARTscribe,反转录和模板转换反应温度设为50℃,反转录完成后经AMPure Beads纯化再经PCR扩增得到测序文库,电泳检测文库DNA长度和浓度符合测序要求。比较发现,用分子条形码建库的测序结果能够更加真实地反应基因的实际表达量。结论:初步建立了针对10 ng RNA样品的RNA-seq建库技术,并在建库方案中加入分子条形码使其测序结果更加真实地反映基因表达量。该技术未来可适用于微量RNA样品的高通量测序。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
微量测序论文参考文献
[1].薛皖强,侯丽,李荣红,吴立刚.NaIO_4氧化–深度测序技术的优化用于检测微量RNA样品中小RNA3′末端甲基化修饰[J].中国细胞生物学学报.2019
[2].陆泓雨,刘波,秦超勇,张彦.基于模板转换的微量RNA测序建库方案探索[J].生物技术通讯.2018
[3].吴立刚.超微量小RNA深度测序技术在单细胞研究中的应用[C].中国生物化学与分子生物学会第十二届全国会员代表大会暨2018年全国学术会议摘要集.2018
[4].李俊吉.基于微流控技术的微量核酸高通量测序样本制备应用研究[D].东南大学.2018
[5].杨芳芳,罗利玲,陈跃刚,王晓丽.基于微量建库测序的毛皮鉴定技术研究[J].皮革科学与工程.2017
[6].兰道亮,熊显荣,林宝山,陈亚冰,胡敏.基于微量RNA高通量测序技术的牦牛MⅡ期卵母细胞转录组研究[J].畜牧兽医学报.2014
[7].刘传书.华大科技推出微量转录组测序技术服务[N].科技日报.2012
[8].王春林,龚大江,张丽丽,臧留琴,李明.焦磷酸核酸测序仪中微量加样系统的研制[C].中国生物医学工程进展——2007中国生物医学工程联合学术年会论文集（上册）.2007
[9].周宁,鲁永鲜,江森,于萍.微量胎儿细胞中Y染色体锌指结构基因自动测序及影响因素的探讨[J].军医进修学院学报.2004
[10].潘竹林,李津婴,闵碧荷,应康,周虹.人红细胞嘧啶5′-核苷酸酶Ⅰ分子量鉴定、氨基酸组成分析及其微量测序[J].中国实验血液学杂志.2003
论文知识图
