基于生物信息学途径探索与高原低氧心肌损伤相关微小RNA

论文摘要

目的通过高通量测序,筛选与高原低氧心肌损伤相关miRNA,为评估高原低氧心肌损伤提供新方法。方法首先选取雄性6周龄SD大鼠置于实验舱模拟海拔7000 m环境下饲养,随机将大鼠分为低氧3 d、7 d、14 d和28 d组及常压常氧对照组,每组12只,记录大鼠呼吸频率及血氧饱和度。超声心动图评估大鼠心脏结构及功能。根据超声心动图和心肌组织病理,进一步选取高原低氧7 d组及对照组大鼠心肌组织,进行miRNA表达谱高通量测序,筛选差异表达miRNA。应用生物信息学方法,对差异表达miRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析。选取5个显著差异表达miRNA,应用荧光定量PCR法,检测其在低压低氧暴露后不同时间点大鼠心肌和血浆表达变化。结果成功构建大鼠高原低氧心肌损伤模型。与对照组比较,低氧暴露7 d大鼠左心室收缩和舒张功能显著下降（P<0.05）。心肌细胞出现肿胀、肌浆凝聚。高通量测序结果提示,与对照组比较,低氧暴露7 d大鼠心肌组织中18个miRNA表达发生显著变化。其中15个miRNA表达上调,3个miRNA表达下调。差异表达miRNA功能主要富集在氧化应激、细胞凋亡、自噬、细胞增殖、炎症等方面。PCR结果提示,随着低氧暴露时间延长,大鼠血浆中miR-144-3p表达水平显著升高。结论高原低氧环境可造成大鼠心脏收缩和舒张功能受损。血浆miR-144-3p可能成为评估高原低压低氧心肌损伤的新的生物标志物。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 实验动物及其分组
•   1.2 实验仪器及实验条件
•   1.3 超声心动图检查
•   1.4 心肌组织病理学检查
•   1.5 心肌组织miRNA表达谱高通量测序
•   1.6 差异表达miRNA的生物信息学分析
•   1.7 qRT-PCR检测差异表达miRNA在心肌组织表达水平
•   1.8 qRT-PCR检测差异表达miRNA在血浆表达水平
•   1.9 统计学分析
• 2 结果
•   2.1 成功构建模拟高原低氧心肌损伤动物模型
•   2.2 心肌组织病理学检查结果
•   2.3 心肌组织高通量测序和差异表达miRNA筛选
•   2.4 差异基因的功能富集和信号通路富集分析
•   2.5 低压低氧7 d大鼠血浆miRNA表达
•   2.6 低压低氧不同时间血浆中miR-144-3p表达水平检测
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 施冰,崔庆华,冯振龙,李俊峡

关键词: 高原,低压低氧,心肌损伤,高通量测序,微小,大鼠

来源: 中国循证心血管医学杂志 2019年04期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,心血管系统疾病

单位: 中国人民解放军总医院第七医学中心,Department of Cardiology, No 7 Medical Center of PLA Army General Hospital,北京大学医学部生物信息学系,安徽医科大学研究生院

基金: 全军后勤重点课题资助项目(BBJ14L001)

分类号: R54;Q811.4

页码: 423-427

总页数: 5

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