BCG感染牛肺泡巨噬细胞的转录组测序和分析

论文摘要

目的:通过卡介苗（BCG）感染牛肺泡巨噬细胞（BAM）的转录组测序及生物信息学分析,揭示差异表达的基因和长链非编码RNA （lncRNA）,为巨噬细胞抗结核分枝杆菌感染的免疫调控机制研究提供理论依据。方法:采用肺脏灌洗离心法收集并培养BAM,分为感染组和未感染组,感染组经BCG感染后12h,利用转录组测序技术（RNA-Seq）检测感染组和未感染组BAM mRNA表达谱及lncRNA表达谱,并进行生物信息学相关分析。结果:与未感染组比较,感染组BAM差异表达的lncRNAs共有119个（P<0.05）,差异表达的mRNA共有1 111个（P<0.05）。在差异表达基因的功能富集分析中,最显著富集项与免疫功能相关（GO:0006955,P<0.05）,共有125个基因,其中有63个基因表达上调,62个基因表达下调,且白细胞介素6（IL-6）、白细胞介素17 （IL-17）和白细胞介素23A （IL-23A）等促炎因子表达上调。lncRNA靶基因预测,差异表达的lncRNA参与转化生长因子β（TGF-β）信号通路及ABC转运体信号通路的调控（P<0.05）。结论:BCG感染BAM后,激发宿主细胞产生强烈的免疫反应,引起lncRNA和mRNA表达谱的改变。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 实验分组及处理
•   1.3 检测方法
•   1.4 分析指标及应用软件
• 2 结果
•   2.1 BAM原代细胞培养结果
•   2.2 数据产出质量
•   2.3 测序序列 （reads） 与参考基因组比对结果
•   2.4 差异表达分析结果
•   2.5 GO分析结果
•   2.6 lncRNA靶向基因分析结果
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 徐金瑞,吕翠萍,杨易,周彦兵,骆佳,王玉炯

关键词: 卡介苗,牛肺泡巨噬细胞,转录组测序,长链非编码

来源: 吉林大学学报(医学版) 2019年01期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 宁夏大学西部特色生物资源保护与利用教育部重点实验室

基金: 国家自然科学基金资助课题(31572494,31760733),宁夏回族自治区科技厅自然科学基金资助课题(2018AAC03019),宁夏回族自治区重点研发计划项目资助课题(东西部合作,2017BN04)

分类号: R392

DOI: 10.13481/j.1671-587x.20190103

页码: 12-16+217

总页数: 6

文件大小: 4933K

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