埃博拉病毒基因组中微卫星序列的分布分析

论文摘要

微卫星或简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)在真核和原核生物以及病毒基因组中普遍存在,并被广泛用于遗传与进化研究。本研究从NCBI中下载埃博拉病毒属的四个不同种的埃博拉病毒全基因组序列,筛选36条作为实验材料,利用IMEx在线提取软件提取SSRs,用Python编程统计数据,从而分析SSRs在埃博拉病毒全基因组序列中的分布情况。分析得出,埃博拉病毒基因组序列中二型SSRs含量最为丰富,其次是一型SSRs,三型SSRs有少量,四型SSRs则更少,没有发现五型和六型SSRs。在更深入的分析中得出在埃博拉病毒属四个种中,含A/T碱基的SSRs含量远远大于含C/G碱基的SSRs。分析得出一型SSRs中(A)n/(T)n远多于(G)n/(C)n,二型SSRs中不存在(GC/CG)n,三型中也不存在(GGC/CGG/GCG/CCG/CGC/GCC) n。上述发现可能跟埃博拉病毒的致病机理有密切联系。通过对埃博拉病毒基因组序列中SSRs的分析,为研究埃博拉病毒的变异情况及致病机制提供更多参考。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 SSR在埃博拉病毒属不同种型中分布的总体概况
•   1.2 不同基因组中SSRs的相对丰度、相对密度
•   1.3 总基因组与SSRs中GC含量的比较分析
•   1.4 不同基序类型的SSR在埃博拉病毒四个不同种中的分布情况
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 基因组序列
•   3.2 基因组微卫星序列分析
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 周思倩,焦伟丽,彭珠黎,周靖宇,何兴鑫,李都悦,李明福,谭钟扬

关键词: 生物信息学,埃博拉病毒,微卫星序列

来源: 基因组学与应用生物学 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,基础医学

单位: 湖南大学生物学院生物信息学中心,中国检科院动植物检疫研究所

基金: 2016年中国国家重点科学研究和发展计划(2016YFD0500300和2016YFC1200200),海量跨境生物物种查验控制技术研究与应用(2017YFF0210300),海量跨境物种大数据平台及评估预警系统(2017YFF0210301)共同资助

分类号: R373

DOI: 10.13417/j.gab.038.001087

页码: 1087-1095

总页数: 9

文件大小: 424K

下载量: 143