导读:本文包含了物理图谱论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:图谱,物理,染色体,油菜,芥菜,基因组,标记。
物理图谱论文文献综述
尹振功,王强,孟宪欣,刘广阳,郭怡璠[1]（2019）在《基于Overview和物理图谱的大豆株高性状候选基因挖掘》一文中研究指出为更加准确地挖掘大豆株高性状候选基因,本研究利用已有研究中与大豆株高性状相关的249个QTL位点,以大豆基因组物理图谱为背景进行整合,并通过Overview分析得到32个重演性较好的置信区间,分布在大豆D1b、N、C1、A1、C2、M、K、O、B1、F、J、D2、G和L连锁群上,其中D1b、A1、C2、M、F、L连锁群的重演性较好的置信区间较多。对候选区段进行基因注释,分析得出植物激素信号转导通路(ID:Ko04075)可能为大豆株高调控的主要通路,该通路与植物细胞增大、分化、茎生长、休眠、果实成熟和抗逆性等植物生理过程紧密相关。通路中13个候选基因与大豆株高性状相关,9个基因被注释为编码生长素响应蛋白,3个基因被注释为编码脱落酸相关蛋白,1个基因为GH3生长素响应启动子。本研究为挖掘大豆株型性状候选基因、构建大豆理想株型和促进分子辅助育种提供新思路。(本文来源于《大豆科学》期刊2019年06期）
杨晓慧,杨煜,凌建,官建涛,郭晓[2]（2019）在《BAC-anchor：高通量BAC-end测序辅助基因组组装和物理图谱构建新方法》一文中研究指出【研究背景】目前已有众多作物的基因组相继完成,但仍存在组装不准确或组装错误问题,特别是同源多倍体作物的基因组组装和基因组分型依然是一个重要难题。细菌人工染色体(BAC)的大片段基因组承载能力,可以跨过几乎所有的重复序列,有效的将不同的contig连到一起,其BAC-end的成对测序辅助组装可大大提高基因组组装的准确性和效率。马铃薯是世界上第四大作物,但因其同源四倍体特性,其基因组的组装仍然存在一些困难。【材料与方法】基于四倍体马铃薯栽培种合作88(C88)BAC文库(平均插入片段90 kb),利用内切酶Cla I/Mlu I完全酶切,舍弃BAC克隆插入片段的中间序列,自连后转化大肠杆菌构建C88 BAC文库的BAC-end文库;利用Illumina HiSeq X10高通量测序获得BAC-end序列,将含有Cla I/Mlu I酶切位点的序列,利用Bowtie2与马铃薯单倍型参考基因组(DM)比对,鉴定酶切位点两侧序列在DM上的比对情况,统计比对位置间的距离(InterGap)。利用GATK鉴定SNP/InDel位点。Sanger法测序BAC-end单克隆和PCR产物验证BAC-endHiSeq序列的比对结果和SNP/InDel类型。【结果与分析】建立了高通量BAC-end测序辅助基因组组装和物理图谱构建新方法BAC-anchor,可以提供60-100 kb甚至200 kb的基因组片段,填补PacBio和Hi-C测序片段之间的Gap。BAC-anchor主要是将高通量测序获得的含有酶切位点的序列锚定到DM上,根据锚定的位置信息来评估基因组或指导基因组组装。该方法不同于传统Sanger法,可高效低成本的完成BAC-end测序和分析,极大促进了BAC末端序列的开发与利用。酶切位点两侧序列在DM上的比对分为3种类型:Matchsamechr reads(比对到同一条染色体)、Matchdifferentchr reads(比对到不同染色体或一端比对上而另一端比对到Gap上)和No matched reads(两端序列均比对不上)。本研究以马铃薯栽培种C88为例,利用该方法进行了验证。通过C88BAC-end文库测序与分析发现约有45.10%(ClaI)和27.2%(Mlu I)的reads唯一比对到DM上,其中属于Matchsamechr reads的比例分别为20.32%(Cla I)和10.16%(Mlu I)。Matchsamechr reads中,约有1/4的BAC-end reads含有60-100 kb InterGap(22.81%_Cla I、24.55%_Mlu I),可准确有效的比对到DM上,并得到了BAC-end单克隆Sanger法测序验证,大部分BAC-end序列不能很好地比对,预示着同源四倍体马铃薯基因组与DM基因组存在较大差异或马铃薯同源四倍体本身具有丰富的基因组结构变异。Matchsamechr reads可以对现有的DM基因组进行质量评估和分析;Matchdiffrentchr reads和No matched reads可用于contig/scaffold sequences的进一步组装和分型。【结论】本研究通过高效低成本的高通量BAC-end测序,突破传统Sanger法测定BAC文库末端序列费时费力的瓶颈,建立了BAC-end辅助基因组组装和物理图谱构建的新方法BAC-anchor,对于复杂基因组特别是同源多倍体基因组的高效准确组装具有重要意义。(本文来源于《2019年中国作物学会学术年会论文摘要集》期刊2019-10-27）
代渴丽,赵仁慧,石妙妙,肖进,余钟毓[3]（2019）在《簇毛麦4VS结构变异体的创制及物理图谱的构建》一文中研究指出簇毛麦(Haynaldia villosa L.2n=14基因组:VV)作为小麦的叁级基因库,表现出抗病、抗逆等多种优良性状,是普通小麦遗传改良的重要基因资源。簇毛麦4V染色体上携带有抗黄花叶病、抗全蚀病、抗眼斑病以及编码醇溶蛋白等有益基因。前期研究表明小麦-簇毛麦4V(4D)二体异代换系及T4DL4VS纯合易位系高抗小麦黄花叶病(Wheat Yellow Mosaic Virus,WYMV),并将抗黄花叶病基因(Wss1)定位于4V染色体短臂上FL值0.78-1.00的染色体区段上。为了更好地利用和精细定位抗黄花叶病基因,本研究通过利用中国春ph1b突变体和电离辐射的方法诱导簇毛麦4VS染色体结构变异,分别得到39份和18份易位材料。利用GISH和FISH分析发现,这些结构变异体包括:顶端易位,中间易位,缺失和复杂易位。利用199个4VS上特异的分子标记,分析这57份小麦-簇毛麦的结构变异体,将簇毛麦4VS染色体分为39个区段,每个区段有1-34个标记,平均物理距离4,794,592bp。此物理图谱的构建为簇毛麦4VS上其他优异基因的挖掘和其在小麦遗传改良中的应用奠定基础。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
李乐,刘芳瑛,陆赢,刘忠松[4]（2019）在《芥菜型油菜A9染色体物理图谱构建和结构变异分析》一文中研究指出以四川黄籽自交系和紫叶芥自交系多次杂交形成的F6代重组自交系(RIL)群体为材料,运用基因分析技术,构建芥菜型油菜遗传图谱。采用锚定BAC的方法,构建重迭群,最终构建了由16个重迭群共计538个BAC组成的芥菜型油菜A9染色体物理图谱,参考芥菜基因组,估计该物理图谱长度为46.26 Mb,与已发表的白菜、甘蓝型油菜和芥菜参考基因组进行比较,发现芥菜型油菜A9染色体均发生了倒位和缺失等结构变异。(本文来源于《湖南农业大学学报(自然科学版)》期刊2019年01期）
尹振功,王强,孟宪欣,郭怡璠,魏淑红[5]（2018）在《基于物理图谱的大豆倒伏性状QTL整合及元分析》一文中研究指出倒伏性状是影响大豆品种产量、品质及能否大面积推广的一个重要数量性状。为促进大豆抗倒伏基因的精细定位和分子标记辅助选择育种,本研究共搜集整理30年来SoyBase网站上已经报道的大豆倒伏性状QTL,以2010年发布的大豆基因组物理图谱为参考图谱,通过BioMercator2.1软件将大豆倒伏性QTL映射到物理图谱上,并进行元分析得到有效的QTL位点,共得到17个通用QTL分布于8个连锁群上,通用QTL的最小图距为0.08 Mb,最大图距为13.47 Mb。(本文来源于《黑龙江农业科学》期刊2018年09期）
向贤,陈露露,张丹丹,翟文学,夏志辉[6]（2019）在《水稻白叶枯病抗性基因物理图谱定位与功能标记》一文中研究指出分子标记辅助选择育种已成为水稻分子育种的主要策略。明确目标基因在染色体上的物理图谱定位与功能标记的开发应用是开展分子标记辅助选择育种的前提条件。本研究对已报道的40个抗白叶枯病基因在染色体上的定位、分子标记详情进行了整理总结,并将31个水稻白叶枯病抗病基因在水稻基因组物理图谱上进行定位标注;此外,本研究还归纳xa5、xa13、Xa21、Xa27四个抗病基因的功能标记,新开发了抗性基因Xa10、Xa23的功能标记。本研究将给育种工作者更好地利用水稻抗白叶枯病基因与鉴定抗性材料提供便利。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年02期）
李乐[7]（2018）在《芥菜型油菜A9染色体物理图谱构建和结构变异分析》一文中研究指出作为芸薹属叁个异源四倍体之一的芥菜型油菜在世界上有很长的种植历史。芥菜型油菜是由白菜和黑芥杂交产生的,漫长的进化过程中染色体是否发生变异、产生了什么类型的结构变异等还不为人们所知。研究者首先利用开发的各种标记来进行变异分析,后来,随着测序技术的不断完善,人们开始探究对芥菜型油菜进行全基因组测序,期望从序列水平解答进化过程中发生的结构变异。作为芥菜型油菜A基因组最长的一条染色体,A9染色体上有很多控制植株性状的基因。因此,构建芥菜型油菜A9染色体遗传图谱和物理图谱对芥菜型油菜研究和生产具有指导意义。利用不基于参考序列基因型分析的方法开发标记,最终获得一张芥菜型油菜高密度遗传图谱。同时,基于标记定位的BAC进行BAC双末端测序,利用BAC末端序列、白菜基因组、芥菜型油菜GSS序列等设计引物来筛选BAC文库构建芥菜型油菜A9染色体物理图谱。以四川黄籽自交系和紫叶芥进行自交系多次杂交形成的172个RIL单株及2个亲本为材料,利用基因分型技术鉴定大量的SNP位点,开发高密度GBS标记。最终开发的15,543个标记定位在18条染色体上,遗传图总长为1,526.8cM,每条染色体平均有888个标记,平均标记密度为0.751cM。将遗传位置相同的标记划分为一个标记簇(bin),最后得到了2,085个bin。将A9染色体上的GBS标记锚定在白菜和甘蓝型油菜A9染色体参考基因组上进行共线性分析,发现与白菜、甘蓝型油菜A9染色体存在大小不一的结构变异。通过标记锚定BAC的方法来构建重迭群,同时在参考基因组基础上通过BES锚定BAC,最终构建了由16个重迭群共计538个BAC组成的芥菜型油菜A9染色体物理图谱。将BAC末端序列映射到芥菜型油菜参考基因组上,估计该物理图谱长度为46.26Mb。与已发表的白菜、甘蓝型油菜和芥菜参考基因组A9染色体比较,发现芥菜型油菜A9染色体均发生了倒位和缺失等结构变异。(本文来源于《湖南农业大学》期刊2018-06-01）
程远芳[8]（2018）在《基于BAC文库指纹特征的油菜物理图谱构建及其测序、组装》一文中研究指出油菜(Brassica napus L.)是仅次于大豆和棕榈的第叁大油料作物。我国的油菜种植面积和产量曾经均居世界首位,但与欧洲和加拿大等相比,我国的油菜籽含油量和产量偏低,种植油菜的比较效益低,导致近年来我国的油菜种植面积大幅度下降,油菜籽严重依赖进口。通过品种遗传改良,提高我国油菜产量和产油量是提振油菜产业的根本出路。高质量的参考基因组对油菜重要农艺性状基因定位和克隆、品种改良具有重要意义。目前已发表两个油菜品种Darmor-bzh和中双11号的参考基因组,这两个基因组主要是以全基因组鸟枪法测序策略和第二代测序技术完成的,基因组覆盖度为80%左右。这两个参考基因组的共同缺点是基因组覆盖度不高、还有很多scaffold没有定位到染色体上、存在组装错误和大量的gap区域,给基因定位和克隆、染色体结构分析带来很多困惑。因此有必要利用逐步克隆法结合新一代测序技术构建一个高质量的油菜参考基因组。本研究中,我们基于中双11号(ZS11)BAC文库利用whole genome profiling方法构建BAC重迭群,并将BAC重迭群定位到染色体上,获得物理图。根据图谱上的最小路径挑选BAC进行测序。同时,用PacBio Sequel测序平台对中双11号进行全基因组测序,并用测序获得的序列辅助组装每个BAC,结果如下:(1)物理图谱构建:中双11号BAC文库一共包含有73,728个质粒克隆,存放于192个384孔板中,克隆的平均插入片段长度为120Kb左右。每6个384孔板按“2(列)×3(行)”的格式排列,长、宽方向都为48个克隆。将每行、每列的所有克隆分别混合形成48个行的pool混合池、48个列的pool混合池,存放于96孔板上形成一个单元。整个BAC文库共混合成32个单元,共计3,072个pool。随后,提取pool混池中的质粒、利用SacI/MseI两种酶进行完全酶切,然后加上接头和barcode序列进行NGS双端测序。测序一共得到1.02Gb PE150(paired-end 150bp)reads,去掉大肠杆菌污染的reads(4.4%),将PE150 reads按照90bp×2的长度截短生成tag标签,并根据barcode序列和行列交叉将所有tag标签分配到各个BAC克隆上。整个BAC文库,tag标签在BAC中的分布范围在0~220之间,10,274个BAC没有tag标签,剩下63,454个BAC平均每个克隆含有16个tag标签。最后通过FPC软件,设置FPC cutoff值为10~(-15),根据BAC之间的共有tag标签一共构建了4,049个BAC重迭群(contigs),共包含42,331个BAC,另外21,123个没有锚定到contigs的BAC,称为singleton。Contigs中BAC数目分布在0~142之间,平均每个contig含有10个BAC克隆。基于实验室NAM群体构建的高密度遗传图,利用37,607个遗传标记将2,934(72.46%)个contigs定位到基因组染色体。(2)BAC挑选、NGS测序:从物理图的最小路径上挑选出10,846个BAC进行二代测序。在开始大规模测序前,我们先评估了不同测序深度对BAC组装的影响,发现测序深度为500×时组装效果最好。分别构建每个BAC克隆的测序文库,平均插入片段为400bp,读长为PE150,测序深度500×,一共得到得到266.74Gb reads,去掉质粒载体、大肠杆菌以及PCR重复后的净数据约为186.9Gb。(3)全基因组叁代测序:利用PacBio Sequel平台对中双11号进行全基因组叁代测序。测序深度80×,共得到97.07Gb subreads,subreads N50为11,767bp,平均读长为8,378bp。(4)BAC组装:经过k-mer测试和组装软件选择测试,最终利用SOAPdenovo软件对挑选出的10,846个BAC进行NGS组装,选择k-mer=95作为组装输入参数,组装得到contigs N50平均长度约为10Kb。随后通过blasr软件比对contigs和subreads,按照(a)小于10Kb的contigs比对长度大于自身长度的90%;(b)大于10Kb的contigs比对长度大于自身长度的70%;(c)subreads累计比对长度大于自身长度的50%的条件抽取符合的subreads,平均每个BAC获得的subreads数目为1,800。利用每个BAC抽取的叁代测序数据进行组装,共10,764个BAC获得组装结果,其中8,901个BAC克隆组装成一条完整的序列,1,665个BAC克隆组装成2-3条片段,contigs N50平均长度为120Kb。(5)结果评估:利用随机函数随机抽取6个BAC的组装结果,通过bowtie软件比对,将其NGS数据回贴到组装结果上,检测reads在组装结果的覆盖深度是否均匀、覆盖范围是否全面,最后发现6个克隆的覆盖范围全面且未出现极端覆盖深度的现象,说明BAC克隆组装正确;将10,764个BAC组装结果与已发表的中双11号参考基因组比对,结果显示BAC克隆覆盖了已发表的中双11号参考基因组的67.56%,两者序列相似度达到99%,说明BAC克隆组装准确。(本文来源于《华中农业大学》期刊2018-06-01）
程彪[9]（2017）在《中华按蚊物理图谱构建及中华按蚊与雷氏按蚊多线染色体比较分析》一文中研究指出中华按蚊(Anophelessinensis)属于双翅目(Diptera)蚊科(Culicidae)按蚊属(Anopheles genus)按蚊亚属(Anopheles subgenus)的赫坎按蚊种团的(Anopheles hyrcanus group)是我国重要的疟疾(malaria)和丝虫病(filariasis)的传播媒介,除青海和新疆之外皆有广泛分布。按蚊高分辨率染色体图谱是鉴定近似种和复合体内小种以及地理株的重要手段,也是构建物理图谱(physicalmap)的前提条件。近年来,中华按蚊全基因组序列的相继发表为其生态习性和传疟能力的研究打下了坚实的基础,但是中华按蚊物理图谱的缺乏严重阻碍了中华按蚊进化分析以及相关的研究。本研究中,通过分析已经发表的中华按蚊全基因组数据,我们选择52个Scaffold来进行物理图谱的构建。根据每个Scaffold首尾两端的特异序列分别设计两个DNA荧光探针进行标记,利用荧光原位杂交技术将其定位到中华按蚊的多线染色体上。本项目总共将104个DNA荧光探针定位到染色体上,构建的中华按蚊物理图谱包含有52个中华按蚊大片段Scaffold的染色体位置,总长度为83.43 Mb,占总组装的全基因组序列(220.8Mb)的38%,其中有48个Scaffold已经确定了方向,其余的Scaffold因为其片段太小而无法确定方向。在3R染色体臂上共定位14个Scaffold是中华按蚊染色体臂中定位最多的一条,而其总基因组长度仅为11.01Mb,是所有染色体臂基因组总长度最短的。2R染色体臂定位Scaffold数量适中,是所有染色体臂中基因组总长度最长的,占中华按蚊总基因组长度的10%。AS2_scf7180000696055是所有Scaffold中最长的,其大小为5,918,260 bp,占总基因组的2.68%,被定位在3L染色体臂的38C-39C之间的区域。这是到目前为止完成的第一幅中华按蚊物理图谱,为中华按蚊的比较基因组学(comparativegenomics)以及染色体进化分析(chromosomeevolution analysis)等研究提供巨大的便利。雷氏按蚊(Anopheleslesteri)也是赫坎按蚊种团的一员,是中华按蚊的近缘种。二者在形态上十分相似,利用传统的鉴定方法很难将两者区分开来。雷氏按蚊同样具有高品质的唾液腺多线染色体,其染色体带纹与中华按蚊的染色体大体相似,但在某些染色体片段上存在显着差异,因此可以用来作为两个物种鉴定的细胞遗传学标志。对两者染色体差异的研究对揭示传疟能力的不同具有重要的研究意义。本研究中,我们构建了一副雷氏按蚊的高分辨多线染色体图谱,并将其与发表的中华按蚊染色体图谱进行了比较分析,并详细描述了染色体带纹的差异,为鉴别雷氏按蚊和中华按蚊提供了一种有效的方法。利用荧光原位杂交技术,将31个保守的中华按蚊和冈比亚按蚊的DNA探针定位在雷氏按蚊的多线染色体上。经过比较发现两种蚊虫的染色体臂具有高度的同源性,即中华按蚊的X、2R、2L、3R、3L染色体臂分别对应雷氏按蚊的X、2R、2L、3R、3L染色体臂。此结果进一步证实了两个蚊种进化上的亲缘关系。本研究构建的雷氏按蚊的高分辨染色体图谱及与中华按蚊染色体的比较分析为两个蚊种的分类鉴定以及传病能力差异等的研究奠定了理论基础。(本文来源于《南京农业大学》期刊2017-06-01）
陈娜[10]（2017）在《马铃薯薯形基因位点标记开发与物理图谱构建》一文中研究指出薯形是马铃薯块茎最重要的外观性状,位于10号染色体上的Ro基因是控制薯形遗传的主效位点,贡献率超过70%。本研究在已有的二倍体F_1代分离群体连续4年表型鉴定的基础上,将混合群体组分法与基因组测序相结合,开发了与薯形紧密连锁的分子标记,利用标准圆薯形分离后代材料,构建了细菌人工染色体(BAC)文库,并利用薯形连锁分子标记进行了文库筛选,通过获得的阳性BAC单克隆末端测序和标记开发,将阳性BAC单克隆拼接,初步构建了薯形主效基因Ro区域的物理图谱。获得的主要研究结果如下:1.完成了薯形群体分离后代的块茎表型鉴定。经连续两年的块茎表型鉴定,结合本实验室已有的连续4年的鉴定结果,筛选获得了遗传稳定的圆薯形材料227份(I<1.2),椭圆薯形材料105份(1.2≤I<1.5),长薯形材料155份(I≥1.5),其中极端圆薯形材料151份(0.9≤I≤1.1),极端长薯形材料59份(I≥1.8)。2.开发出10个与薯形性状紧密连锁的分子标记。选出106份后代材料,分别构建了极端圆薯形材料DNA混池RB_2bRAD和极端长薯形材料DNA混池LB_2b RAD,进行了混池高通量简化基因组测序。经混池间差异标签的比对与筛选,发现了1个与薯形遗传相关的混池差异区域,并在此区域内开发出1个与薯形紧密连锁的多态性标记。选出66份后代材料,分别构建了两个极端圆薯形材料DNA混池RB1和RB2以及一个极端长薯形材料DNA混池LB,进行了全基因组测序。通过对混池之间差异SNP的检测与比较,筛选出10号染色体47.31-49.40Mb物理区间内混池差异SNP集中的区间17个,根据每个区间内SNP位点变化信息及其侧翼序列设计引物,开发出与薯形基因紧密连锁的多态性标记9个。3.初步构建了圆薯形主效基因Ro位点区域的物理图谱。根据分离群体的表型鉴定数据结合分子标记检测结果,提取8份标准圆薯形材料(I≈1.0)混合基因组DNA,以pCC1BAC质粒为载体,构建了圆薯形材料BAC文库。利用与Ro位点紧密连锁的分子标记筛选BAC文库,获得了8个阳性BAC单克隆,并进行BAC末端测序、标记开发,获得了2个与薯形连锁的末端多态性分子标记,最终通过染色体步移方法构建了Ro位点区域约180kb的物理图谱。整合薯形连锁分子标记和BAC末端标记构建了Ro位点区域的遗传图谱,结合物理图谱的位置,将Ro基因重新定位到两个分子标记之间,为其最终克隆奠定了基础。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2017-05-01）
物理图谱论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
【研究背景】目前已有众多作物的基因组相继完成,但仍存在组装不准确或组装错误问题,特别是同源多倍体作物的基因组组装和基因组分型依然是一个重要难题。细菌人工染色体(BAC)的大片段基因组承载能力,可以跨过几乎所有的重复序列,有效的将不同的contig连到一起,其BAC-end的成对测序辅助组装可大大提高基因组组装的准确性和效率。马铃薯是世界上第四大作物,但因其同源四倍体特性,其基因组的组装仍然存在一些困难。【材料与方法】基于四倍体马铃薯栽培种合作88(C88)BAC文库(平均插入片段90 kb),利用内切酶Cla I/Mlu I完全酶切,舍弃BAC克隆插入片段的中间序列,自连后转化大肠杆菌构建C88 BAC文库的BAC-end文库;利用Illumina HiSeq X10高通量测序获得BAC-end序列,将含有Cla I/Mlu I酶切位点的序列,利用Bowtie2与马铃薯单倍型参考基因组(DM)比对,鉴定酶切位点两侧序列在DM上的比对情况,统计比对位置间的距离(InterGap)。利用GATK鉴定SNP/InDel位点。Sanger法测序BAC-end单克隆和PCR产物验证BAC-endHiSeq序列的比对结果和SNP/InDel类型。【结果与分析】建立了高通量BAC-end测序辅助基因组组装和物理图谱构建新方法BAC-anchor,可以提供60-100 kb甚至200 kb的基因组片段,填补PacBio和Hi-C测序片段之间的Gap。BAC-anchor主要是将高通量测序获得的含有酶切位点的序列锚定到DM上,根据锚定的位置信息来评估基因组或指导基因组组装。该方法不同于传统Sanger法,可高效低成本的完成BAC-end测序和分析,极大促进了BAC末端序列的开发与利用。酶切位点两侧序列在DM上的比对分为3种类型:Matchsamechr reads(比对到同一条染色体)、Matchdifferentchr reads(比对到不同染色体或一端比对上而另一端比对到Gap上)和No matched reads(两端序列均比对不上)。本研究以马铃薯栽培种C88为例,利用该方法进行了验证。通过C88BAC-end文库测序与分析发现约有45.10%(ClaI)和27.2%(Mlu I)的reads唯一比对到DM上,其中属于Matchsamechr reads的比例分别为20.32%(Cla I)和10.16%(Mlu I)。Matchsamechr reads中,约有1/4的BAC-end reads含有60-100 kb InterGap(22.81%_Cla I、24.55%_Mlu I),可准确有效的比对到DM上,并得到了BAC-end单克隆Sanger法测序验证,大部分BAC-end序列不能很好地比对,预示着同源四倍体马铃薯基因组与DM基因组存在较大差异或马铃薯同源四倍体本身具有丰富的基因组结构变异。Matchsamechr reads可以对现有的DM基因组进行质量评估和分析;Matchdiffrentchr reads和No matched reads可用于contig/scaffold sequences的进一步组装和分型。【结论】本研究通过高效低成本的高通量BAC-end测序,突破传统Sanger法测定BAC文库末端序列费时费力的瓶颈,建立了BAC-end辅助基因组组装和物理图谱构建的新方法BAC-anchor,对于复杂基因组特别是同源多倍体基因组的高效准确组装具有重要意义。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
物理图谱论文参考文献
[1].尹振功,王强,孟宪欣,刘广阳,郭怡璠.基于Overview和物理图谱的大豆株高性状候选基因挖掘[J].大豆科学.2019
[2].杨晓慧,杨煜,凌建,官建涛,郭晓.BAC-anchor：高通量BAC-end测序辅助基因组组装和物理图谱构建新方法[C].2019年中国作物学会学术年会论文摘要集.2019
[3].代渴丽,赵仁慧,石妙妙,肖进,余钟毓.簇毛麦4VS结构变异体的创制及物理图谱的构建[C].第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集.2019
[4].李乐,刘芳瑛,陆赢,刘忠松.芥菜型油菜A9染色体物理图谱构建和结构变异分析[J].湖南农业大学学报(自然科学版).2019
[5].尹振功,王强,孟宪欣,郭怡璠,魏淑红.基于物理图谱的大豆倒伏性状QTL整合及元分析[J].黑龙江农业科学.2018
[6].向贤,陈露露,张丹丹,翟文学,夏志辉.水稻白叶枯病抗性基因物理图谱定位与功能标记[J].分子植物育种.2019
[7].李乐.芥菜型油菜A9染色体物理图谱构建和结构变异分析[D].湖南农业大学.2018
[8].程远芳.基于BAC文库指纹特征的油菜物理图谱构建及其测序、组装[D].华中农业大学.2018
[9].程彪.中华按蚊物理图谱构建及中华按蚊与雷氏按蚊多线染色体比较分析[D].南京农业大学.2017
[10].陈娜.马铃薯薯形基因位点标记开发与物理图谱构建[D].中国农业科学院.2017
论文知识图
