基于质谱的蛋白质N末端乙酰化程度定量方法的研究

论文摘要

随着质谱技术及各种定量方法的不断完善和发展,定量蛋白质组学的方法不断地被应用到各类生物学研究中。蛋白质组学定性定量数据的处理主要通过一些多功能的商业化或者开源软件来进行,如常用的数据分析软件Proteome Discoverer和Maxquant。但是在通过化学标记对蛋白质N末端乙酰化程度进行定量这一方面,Proteome Discoverer和Maxquant在一定程度上存在准确性不高和完整度不够的问题。于是本研究针对自己的实验特点,通过Java算法编写了相应的定量程序Acequant来完成N末端乙酰化程度的相对定量。本研究将该程序在已有相关报道的He La cell上进行了验证,Acequant共定量到1 587个蛋白质N末端,而Proteome Discoverer和Maxquant分别只定量到42个和306个N末端。同时,手动验证原始图谱也证实了Acequant定量的准确性更好。于是,本研究将此方法进一步应用到秀丽隐杆线虫N末端乙酰化的研究中,并初步发现了线虫整体的N末端乙酰化状态,为进一步的N末端研究提供了支持。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 Maxquant和Proteome Discoverer给出的蛋白N末端乙酰化程度定量信息分析及存在的问题
•     1.1.1 Maxquant给出的线虫样品N末端乙酰化定量信息
•     1.1.2 Maxquant在线虫样品N末端乙酰化定量中存在的问题
•     1.1.3 Proteome Discoverer给出的线虫样品中的N末端乙酰化定量信息
•     1.1.4 Proteome Discoverer在线虫样品N末端乙酰化定量中存在的问题
•   1.2 Acequant软件定量
•     1.2.1 Acequant软件定量流程
•     1.2.2 特征肽段在原始图谱中的手动匹配
•     1.2.3 3种软件在N末端乙酰化定量上的准确性比较
•     1.2.4 用Acequant程序在HeLa cell中进行蛋白质N末端乙酰化程度的验证
•   1.3 Acequant对线虫样品N末端乙酰化的定量信息
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 材料
•   3.2 从线虫中提取蛋白质
•   3.3 蛋白质还原烷基化
•   3.4 乙酰化及乙酰化试剂的去除
•   3.5 丝氨酸, 苏氨酸乙酰化的去除及酶解
•   3.6 利用溴化氰活化的琼脂糖4B （CNBr-activated Sepharose 4B） 富集N末端乙酰化肽段
•   3.7 脱盐
•   3.8 富集样品的质谱分析
•   3.9 数据定性分析
•   3.1 0 数据定量分析

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 王洁,张旭敏

关键词: 定量蛋白质组学,质谱,化学标记相对定量,末端乙酰化

来源: 基因组学与应用生物学 2019年01期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学

单位: 复旦大学生命科学学院生物化学与分子生物学系遗传工程国家重点实验室

基金: 国家自然科学基金(31470806,31300264)资助

分类号: Q51

DOI: 10.13417/j.gab.038.000135

页码: 135-142

总页数: 8

文件大小: 1207K

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