论文摘要
应用Illumina HiSeq测序技术,对中国沙棘雌雄株叶片分别进行了转录组测序,实验共获得48.31 G有效数据,平均错误率为0.015%。经Trinity软件混合拼接后共得到320 876条Transcripts和187 362条Unigenes,平均长度分别为808 bp和588 bp,最大长度均为17 291 bp。将Unigenes与公共数据库进行比对,得到注释的Unigenes为104 926条,占总数的56%。转录组数据经搜索共得到33 248个微卫星标记。中国沙棘雌株和雄株转录组基因表达量差异比较数据显示,雌雄样本间表达差异基因共92 970个。上述工作不仅为中国沙棘的基因克隆和基因挖掘提供了基础数据,也为初步阐明中国沙棘性别决定的分子机制打下了基础。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 周武,胡娜,刘晓彤,王煜伟,索有瑞
关键词: 中国沙棘,转录组,差异基因
来源: 基因组学与应用生物学 2019年12期
年度: 2019
分类: 基础科学,医药卫生科技,农业科技
专业: 林业
单位: 中国科学院藏药研究重点实验室中国科学院西北高原生物研究所,省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室青海大学,中国科学院大学,青海省藏药研究重点实验室
基金: 青海省科技厅项目(2015-NK-509,2017-SF-A8,2017-ZJ-Y11),中国科学院西部之光青年学者B类项目共同资助
分类号: S793.6
DOI: 10.13417/j.gab.038.005516
页码: 5516-5526
总页数: 11
文件大小: 1765K
下载量: 151