瓜类褪绿黄化病毒山东分离物全基因组序列扩增及分析

论文摘要

为明确分离自山东省寿光市甜瓜上的瓜类褪绿黄化病毒（cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV）分离物的全基因组序列信息和遗传变异情况,利用毛形病毒属Crinivirus简并引物进行RTPCR检测,利用RACE技术结合RT-PCR方法克隆CCYV山东分离物2条RNA链的全基因组序列,通过与GenBank中其它地区CCYV分离物的全长序列进行比对分析其同源性,并基于CP基因序列构建系统进化树分析其遗传变异情况。结果表明,山东分离物经RT-PCR检测和测序后确定为CCYV。CCYV山东分离物与其它CCYV分离物的RNA1链和RNA2链的全基因组序列一致性的平均值分别为99.82%和99.88%,且2条链的5′末端均比较保守,没有碱基突变的情况发生;RNA1链3′末端存在2个碱基变异,RNA2链3′末端存在1个碱基变异。CCYV不同地区分离物主要分为3个簇群,其中山东分离物和中国其它地区分离物、日本分离物、苏丹分离物、黎巴嫩分离物和塞浦路斯分离物聚类在一起。研究表明CCYV基因组序列比较保守,该病毒的分化可能与地理来源存在一定的相关性。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 方法
•     1.2.1 CCYV山东分离物全基因组序列的扩增
•     1.2.2 CCYV山东分离物全序列的一致性及重组分析
•     1.2.3 CCYV山东分离物的系统进化分析
• 2 结果与分析
•   2.1 CCYV山东分离物全基因组序列扩增结果
•   2.2 CCYV山东分离物序列一致性及重组分析
•   2.3 CCYV山东分离物的系统进化分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 臧连毅,孙晓辉,苏文敏,张先平,刘晓莹,竺晓平

关键词: 瓜类褪绿黄化病毒,全基因组,系统进化树

来源: 植物保护学报 2019年06期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 植物保护

单位: 山东农业大学植物保护学院山东省蔬菜病虫生物学重点实验室

基金: 山东省自然科学基金(ZR2017CM058),山东省科技发展计划项目(2014GGB01911),山东省重大科技创新工程(2017CXGC0207)

分类号: S432.41

DOI: 10.13802/j.cnki.zwbhxb.2019.2018181

页码: 1195-1202

总页数: 8

文件大小: 2018K

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