基于纯培养方法和PacBio三代测序技术研究蒙古国传统酸马奶中乳酸菌多样性

论文摘要

通过纯培养方法结合PacBio三代测序技术对采自蒙古国的12份传统酸马奶中的乳酸菌多样性进行研究。应用传统的纯培养技术从12份传统酸马奶样品中分离出62株乳酸菌,通过16S rRNA基因序列分析和系统进化关系研究,62株乳酸菌被鉴定为5个属,6个种,分别是:25株瑞士乳杆菌、20株植物乳杆菌、7株产马乳酒乳杆菌、5株屎肠球菌、3株嗜热链球菌和2株粪肠球菌。采用PacBio SMRT测序技术研究其中8份样品中乳酸菌的多样性,宏基因组测序得到的优势菌为乳酸菌,同时也检测到一些痕量的其它种属细菌。共检测到5个乳酸菌的属,分别是:乳杆菌属、乳球菌属、链球菌属、明串珠菌属和肠球菌属,20个乳酸菌的种,即:瑞士乳杆菌、乳酸乳球菌、副乳链球菌、棉子糖乳球菌、肠膜阴串珠球菌和产马乳酒乳杆菌。宏基因组测序相对含量表明:蒙古国酸马奶样品中乳酸菌优势属为乳杆菌属(95.56%),优势种为瑞士乳杆菌(94.64%),纯培养方法和宏基因组三代测序方法都表明瑞士乳杆菌为蒙古国传统酸马奶中的优势菌种。宏基因组测序技术除检测到纯培养获得的菌株外,还获得14个低丰度乳酸菌,如棉籽糖乳球菌、肠膜明串珠球菌和开菲尔乳杆菌等,这些菌在酸马奶中含量较少。通过PacBio SMRT测序技术可以全面了解酸马奶中乳酸菌的多样性,为通过纯培养方法获得低丰度乳酸菌提供指导。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•     1.1.1 样品来源
•     1.1.2 试剂与仪器
•   1.2 试验方法
•     1.2.1 样品采集
•     1.2.2 乳酸菌的分离与鉴定
•     1.2.3 16S rRNA基因序列测定和构建系统发育树
•     1.2.4 样品中微生物宏基因组DNA的提取
•     1.2.5 文库构建与上机测序
•     1.2.6 高质量序列的提取
•     1.2.7 生物信息学分析
•     1.2.8 数据统计
•     1.2.9 核酸序列登记号
• 2 结果与分析
•   2.1 酸马奶中乳酸菌的纯培养法分离鉴定
•     2.1.1 系统发育树的构建和乳酸菌鉴定
•     2.1.2 蒙古国传统酸马奶中优势菌群分析
•   2.2 酸马奶中乳酸菌宏基因组学多样性分析
•     2.2.1 测序深度评估
•     2.2.2 酸马奶中乳酸菌多样性分析
•     2.2.3 OTU水平乳酸菌组成分析
• 3 讨论和结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 刘文俊,多拉娜,刘亚华,任冬艳,张和平,孟和毕力格

关键词: 酸马奶,乳酸菌,测序技术,生物多样性

来源: 中国食品学报 2019年04期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅰ辑

专业: 轻工业手工业

单位: 内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室农业农村部奶制品加工重点实验室内蒙古自治区乳品生物技术与工程重点实验室

基金: 国家现代农业产业技术体系建设项目(CARS-36),内蒙古自治区科技计划项目(2018),国家自然科学基金面上项目(31671871),内蒙古自治区自然科学基金面上项目(2016MS0316)

分类号: TS252.1

DOI: 10.16429/j.1009-7848.2019.04.003

页码: 27-37

总页数: 11

文件大小: 603K

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