导读:本文包含了东方鲀基因组论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,线粒体,舌鳎,亚硫酸盐,特异性,中科院,序列。
东方鲀基因组论文文献综述
王昊泽[1]（2018）在《红鳍东方鲀红肌、白肌全基因组甲基化的比较分析》一文中研究指出红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)是一种研究应用广泛、经济值高和营养丰富的养殖模式生物。在影响红鳍东方鲀生长速度的理化环境、养殖模式和分子水平已有广泛研究。随着研究的深入被誉为敲开转录组学与基因组联系大门——DNA甲基化(DNA methylation)引发了越来越多学者的兴趣。本研究以红鳍东方鲀研究对象,取红肌和白肌两种肌肉组织为实验材料。对表观遗传学(epigenetics inheritance)现象之一的DNA甲基化,进行全基因组重亚硫酸盐测序分析。通过生物信息学分析手段,得到影响红鳍东方鲀肌肉组织生长与发育的DNA甲基化修饰信息。深入分析肌肉生长发育相关基因的甲基化修饰,并初步在信号通路水平上,探讨了DNA甲基化修饰的影响。将红肌、白肌的甲基化数据结果比对分析,我们发现:成肌调节因子(myogenic regulatory factors,MRFs)、盒转录因子家族(paired box famly,Pax)和生长抑制素2基因(Myostatin 2)存在显着的甲基化修饰差异。其中发生在红肌Myostatin2、Myf5、MyoD和Pax3的甲基化修饰,抑制了红肌萎缩、促进红肌的形成;发生在白肌的Pax7和MyoG增加了肌纤维的形成和脂肪含量,促进白肌的生长与增重,这些结果或许可作为两种肌肉分化与生长的解释。对影响肌肉生长与分化的促分裂素原活化蛋白激酶信号通路(MAPK)和GH—IGFs信号通路上相关信号因子存在的甲基化修饰水平进行探讨,得到大量可能影响肌细胞增殖、肌细胞分化和肌细胞营养比的锚定基因DNA甲基化修饰。其中MAX(MYC associated factor X)、蛋白酪氨酸磷酸酶(protein tyrosine phosphatase,ptp)、丝裂原活化蛋白激酶激活蛋白激酶5(mitogen-activated protein kinase-activated protein kinase 5,PRAK)等调节因子在白肌中甲基化修饰水平高,抑制了白肌纤维的增大,降低了蛋白质含量,使红肌肌肉质量提高成为优秀的运动器官。而胰岛素样生长因子受体(IGF like family receptor 1,igflr1)和生长激素受体(Growth hormone receptor,GHR)在红肌的甲基化水平高于白肌,有助于成肌纤维的增加,促进白肌快速生长。通过WGBS测序技术和生物信息学分析手段,本研究为红鳍东方鲀生长发育的表观遗传学研究提供了大量数据,同时也为红鳍东方鲀肌肉组织DNA甲基化研究奠定了一定基础。(本文来源于《大连海洋大学》期刊2018-06-01）
赵笛[2]（2014）在《中科院海洋所绘制完成菊黄东方鲀基因组草图》一文中研究指出本报讯 我国科研人员在大型鱼类基因组测序方面又取得重要突破。近日，中国科学院海洋研究所宋林生研究员研究团队绘制完成了菊黄东方鲀基因组草图。这也是中国科学家首次完成河鲀基因组测序。 菊黄东方鲀俗称“满天星”，隶属鲀形目、东方鲀科，在亚洲有着悠久(本文来源于《青岛日报》期刊2014-09-09）
邵爱华[3]（2012）在《暗纹东方鲀线粒体基因组全序列和CD8基因的克隆与表达特征分析》一文中研究指出暗纹东方鲀（Takifugu fasciatus）是具有较高经济价值的鱼类，其产量居鲀形目鱼类之前列，并能进行人工养殖。鲀形目鱼类的分子系统学研究是国内外关注的热点，从种级至目各分类阶元的系统发育研究中，多数是部分或全部用到了线粒体基因组序列。为此，本研究通过设计13对引物进行PCR扩增并测序，首次获得了暗纹东方鲀线粒体基因组DNA (Mitochondrial DNA, mtDNA)全序列，并结合东方鲀属其它种类的mtDNA进行了线粒体全基因组水平的系统发育分析。暗纹东方鲀mtDNA基因组序列全长16444bp，A+T含量为55.8%，其mtDNA由22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1段819bp非编码的控制区（D-loop）所组成。蛋白质基因除COI和ND6的起始密码子为GTG、CCT以外，均为典型的起始密码子ATG。ND1、ATPase8、COIII、ND4L、 ND5、Cyt b使用典型的终止密码子TAA，其他的使用不完全终止密码子。除ND6和tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu、tRNAPro在L-链上编码之外，其余基因均在H-链编码。基因排列顺序与已测定的鲀类一致。tRNA基因核苷酸长度为64-73nt，预测了22个tRNA基因的二级结构，大多呈较为典型的叁叶草状。基于线粒体基因组全序列构建的进化树表明，暗纹东方鲀和红鳍东方鲀(T. rubripes)、中华东方鲀(T. chinensis)聚成一个姊妹群。研究表明，暗纹东方鲀线粒体基因组的组成、顺序、编码链的选择、tRNA的结构以及GC和AT偏斜等，都与典型的脊椎动物线粒体相同，亦未发现重排和假基因。基于东方鲀属鱼类线粒体全序列构建的进化树与形态学分类的阶元关系比较吻合，结果再次支持东方鲀属鱼类为一个单系类群。研究将为暗纹东方鲀线粒体基因组的遗传特点和物种多样性的分析提供分子依据。在暗纹东方鲀的放养过程中，由于集约化养殖的现状会导致鱼体经常受到细菌、寄生虫以及病毒的侵染而导致免疫能力下降。鱼类分子免疫学尚处于起始阶段。在免疫应答研究中，相对于体液免疫相关分子，细胞免疫相关分子的研究更少。因此，本文选取了细胞毒T细胞(CTL)表面辅助受体CD8分子进行研究。CD8是T细胞表面的双链糖蛋白，存在CD8α和CD8β两种亚基形式，是与I型主要组织相容性复合体(MHC I)结合，是T细胞表面受体(TCR)的共受体，也是T淋巴细胞表面的重要标志物，作为粘附分子和辅助受体广泛参与TCR对MHC I分子递呈抗原的识别和信号传递过程。本研究在前期工作基础上，克隆和分析暗纹东方鲀CD8分子两亚基CD8α和CD8β，运用荧光实时定量PCR（Real-time RT-PCR）、免疫组织化学（Immunohistochemistry, IHC）、流式细胞术（flow cytometry, FCM）等方法探讨CD8在mRNA和蛋白质水平上的基因表达特征。克隆获得的暗纹东方鲀CD8α cDNA序列为1533bp，包含一个657bp的开放读码框(ORF)，编码218个氨基酸；其对应的基因组序列为1533bp，包含5个内含子和6个外显子。CD8β cDNA序列长1063bp，ORF长为654bp，编码217个氨基酸，其相应的基因组序列长2639bp，包含6个外显子和6个内含子。生物信息学表明，未成熟的CD8α和CD8β分子多肽序列都由信号肽、胞外可变区、铰链区、跨膜区和胞内区五部分组成。在胞外区可变区和铰链区部分各有两个高度保守的半胱氨酸残基，参与链内和链间二硫键的形成。氨基酸序列多重比对表明，暗纹东方鲀与其他鱼类的CD8蛋白在结构上是相似的，进化上和鲈形目、鲽形目的鱼类关系较近。RT-PCR结果显示，CD8α和CD8β mRNA在暗纹东方鲀组织中的表达量基本上是相一致的，各组织中都有表达但存在差异性。CD8在胸腺中呈现最高的表达水平，在其他组织器官中也有一定量的表达，而在肝脏中的表达量低弱。IHC和FCM研究结果表明，CD8在暗纹东方鲀的组织器官均呈现免疫细胞阳性，但组织间存在一定差异。其中，属于主要免疫器官的头肾、胸腺、脾脏等CD8+细胞数量较多，而属于黏膜样淋巴组织的肠、皮肤、腮等相对于体肾、脑、心脏、肝脏等组织的CD8+细胞检出率较高。这与RT-PCR结果较为一致，提供了有力的形态学和分子水平的依据。这些结果为揭示CD8分子在暗纹东方鲀免疫系统中的作用奠定了基础。(本文来源于《苏州大学》期刊2012-03-01）
邵爱华,杜建,陈葵,盛烨,郑峰丰[4]（2010）在《暗纹东方鲀线粒体基因组核苷酸全序列测定与分析》一文中研究指出以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝的线粒体DNA为模板,参照红鳍东方鲀(T.rubripes)等近源鱼类的线粒体基因组DNA序列,设计合成14对特异引物,进行PCR扩增并测序,首次获得了暗纹东方鲀线粒体基因组全序列。结果表明,暗纹东方鲀线粒体基因组序列全长16 444 bp(GenBank登录号为GQ409967),A+T含量为55.8%,其mtDNA结构与其他脊椎动物相似,由22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1段819 bp非编码的控制区(D-loop)所组成。蛋白质基因除COⅠ和ND6的起始密码子为GTG、CCT以外,均为典型的起始密码子ATG。ND1、ATPase8、COⅢ、ND4L、ND5、Cyt b使用典型的终止密码子TAA,其他的使用不完全终止密码子。除ND6和tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu、tRNAPro在L-链上编码之外,其余基因均在H-链编码。基因排列顺序与已测定的鲀类一致,这显示了鲀类线粒体基因排列顺序上的保守性。tRNA基因核苷酸长度为64～73nt,预测了22个tRNA基因的二级结构,均呈较为典型的叁叶草状。基于19种鲀类mtDNA全序列构建的进化树表明,暗纹东方鲀与红鳍东方鲀、中华东方鲀(T.chinensis)聚成一个姊妹群。结果还支持东方鲀属鱼类为一单系类群。(本文来源于《动物学杂志》期刊2010年05期）
黄军,陈国宏,许盛海,朱金金,严美姣[5]（2007）在《暗纹东方鲀基因组DNA提取及生长激素基因Exon4扩增》一文中研究指出以暗纹东方鲀的肌肉、尾鳍为样品,对基因组DNA的提取进行了初步研究,从尾鳍中提取的DNA质量较好。新鲜组织、无水乙醇处理的尾鳍样品得到的DNA完全满足后续实验的开展;而从10%福尔马林溶液处理的尾鳍样品中提取的DNA得率太低,10μg/mL以下。运用巢式PCR成功扩增了暗纹东方鲀生长激素基因外显子4,为下一步的SNPs检测以及克隆测序创造了必要条件。(本文来源于《水利渔业》期刊2007年03期）
崔建洲,申雪艳,杨官品,宫庆礼,顾谦群[6]（2006）在《红鳍东方鲀基因组微卫星特征分析》一文中研究指出对河豚基因组微卫星分布特征进行研究,在约365Mb基因组序列中共找到49 647个微卫星序列,平均每隔7 351个碱基就有1个。微卫星序列长度主要分布在20~60个碱基的长度范围内。全部微卫星序列重复区长度(2 802 374bp)占整个基因组的比例为0.77%。两碱基重复类型数目最多,为35 339个,占总数的71.30%;其次是四碱基类型,6 837个,占13.77%;再次分别是叁碱基类型3 548个,占7.14%,五碱基类型1 856个,占3.73%,六碱基类型1 605个,占3.23%,单碱基类型最少,共402个,占0.80%。按降序排列,出现最多的前20个微卫星重复类别为:CA,TG,GT,AC,GA,CT,TC,TA,AG,AT,TCCA,ATCC,TCTG,GATG,ATCT,CATC,TGGA,ATGG,GATA,GAG,占全部微卫星序列的75.21%。在河豚基因组中未发现GC微卫星序列的存在。与其它生物基因组中微卫星分布特征相比,河豚基因组具有更高的简洁性。本研究将为研究河豚微卫星标记、研究其群体遗传多样性,进行不同基因组的比较研究提供基础。(本文来源于《中国海洋大学学报(自然科学版)》期刊2006年02期）
东方鲀基因组论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本报讯 我国科研人员在大型鱼类基因组测序方面又取得重要突破。近日，中国科学院海洋研究所宋林生研究员研究团队绘制完成了菊黄东方鲀基因组草图。这也是中国科学家首次完成河鲀基因组测序。 菊黄东方鲀俗称“满天星”，隶属鲀形目、东方鲀科，在亚洲有着悠久
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
东方鲀基因组论文参考文献
[1].王昊泽.红鳍东方鲀红肌、白肌全基因组甲基化的比较分析[D].大连海洋大学.2018
[2].赵笛.中科院海洋所绘制完成菊黄东方鲀基因组草图[N].青岛日报.2014
[3].邵爱华.暗纹东方鲀线粒体基因组全序列和CD8基因的克隆与表达特征分析[D].苏州大学.2012
[4].邵爱华,杜建,陈葵,盛烨,郑峰丰.暗纹东方鲀线粒体基因组核苷酸全序列测定与分析[J].动物学杂志.2010
[5].黄军,陈国宏,许盛海,朱金金,严美姣.暗纹东方鲀基因组DNA提取及生长激素基因Exon4扩增[J].水利渔业.2007
[6].崔建洲,申雪艳,杨官品,宫庆礼,顾谦群.红鳍东方鲀基因组微卫星特征分析[J].中国海洋大学学报(自然科学版).2006
论文知识图
![补体级联概述图（引自[72]）](/uploads/article/2020/01/06/99b7be80122a4947b8053a26.jpg)
