导读:本文包含了简单序列重复论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:多样性,序列,简单,转录,分子,标记,引物。
简单序列重复论文文献综述
忻雅,方献平,王淑珍,童建新,来文国[1]（2019）在《简单重复序列标记和序列相关扩增多态性标记在草莓遗传多样性分析中的比较》一文中研究指出利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplified polymorphism, SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态性位点数为6.43个,每个位点的平均多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)值为0.628 4;20个SRAP引物组合平均多态性位点数为14.30个,PIC值高达0.911 4。基于SSR标记的聚类结果与基于SRAP标记的聚类结果的相关系数为0.817,呈显着水平。而SSR标记、SRAP标记分别与SSR+SRAP联合标记的相关系数为0.938和0.966,都达到极显着水平。SSR和SRAP标记都能较好地分析草莓遗传多样性,其中SRAP标记的效果略优于SSR标记,而SSR+SRAP联合标记分析则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。(本文来源于《浙江大学学报(农业与生命科学版)》期刊2019年03期）
周敏,高慧新,封毅,曾昭清,田慧[2]（2019）在《白花蛇舌草的简单重复序列区间(ISSR)遗传多样性分析》一文中研究指出采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记对不同产地白花蛇舌草的遗传多样性进行分析。分别在广西壮族自治区、广东省、湖南省、浙江省、福建省、江西省和安徽省共采集23份白花蛇舌草样品,选用150条ISSR引物进行PCR扩增,运用POPGENE1.32、NTSYS2.10软件进行遗传多样性分析。筛选出11条引物,扩增出115条多态性条带,多态性比率为85.22%,等位基因数(Na)为1.852 2,有效等位基因(Ne)为1.543 4,Neis基因多样性指数(H)为0.316 5,Shannon′s信息指数(I)为0.470 0。聚类分析结果表明白花蛇舌草可分成3类,实验结果表明ISSR分子标记可以为白花蛇舌草的系统分类和鉴定提供分子水平的科学依据。(本文来源于《中国药科大学学报》期刊2019年02期）
马文瑞,严密,刘业伟,江伟,全莉[3]（2018）在《酿酒葡萄品种遗传多样性的简单序列重复分析和分子身份证的建立》一文中研究指出以10个红白酿酒葡萄品种为试材,采用简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术,对供试材料进行了遗传多样性分析及分子身份证的构建。根据SSR-PCR聚丙烯酰胺凝胶图谱显示,选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,多态性百分率为100%。利用NTSYSpc2. 10e软件进行遗传相似性系数分析,所有品种间的遗传相似系数变化范围在0. 71~0. 85之间,平均遗传相似系数为0. 76。通过非加权类平均法(unweighted pair-group method with arithmetic mean,UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0. 73处,将10个葡萄品种分成了2个类群,在一定程度上揭示了红白酿酒葡萄之间的亲缘关系。将扩增片段图谱按大小赋值后利用6对引物构建了酿酒葡萄分子身份证编码,可区分所有试材。同时,选择多态性高,重复性好的Vr ZAG79、Vr ZAG62、VVMD27、VVMD5和VVS2引物构建了酿酒葡萄品种的SSR位点荧光图谱,这为鉴定和检测葡萄品种及葡萄酒真实性和纯度提供了参考依据。(本文来源于《食品与发酵工业》期刊2018年09期）
郭栋梁,王静,韩冬梅,潘学文,李建光[4]（2018）在《龙眼顶芽转录组简单重复序列(SSR)标记信息分析及分子标记开发》一文中研究指出随着新一代测序技术的发展,大量的转录组数据和表达序列标签(EST)成为开发简单重复序列(SSR)标记的可利用资源。本研究利用MISA软件筛选龙眼(Dimocarpus longan)顶芽转录组数据库序列,从114 445条龙眼转录组unigene序列中发现11 546个SSR位点,SSR出现频率为10.09%。其中1 975条unigene含有两个或两个以上EST-SSR位点,占所有SSR位点的比例为17.10%,SSR出现的平均距离为7.52 kb。从龙眼转录组SSR核苷酸基序类型来看,二核苷酸(52.11%)和叁核苷酸(46.15%)出现频率最高,占所有核苷酸出现频率的99.26%。在龙眼转录组SSR中二核苷酸重复基元出现频率最高的是AG/CT(4 250个,占36.81%),叁核苷酸重复基元出现频率最高的是AAG/CTT(1 109个,占9.61%)。对含SSR位点的9 571条unigene序列进行引物设计,共设计出了8 347对SSR位点特异引物。随机挑选合成50对EST-SSR引物,以‘石硖’、‘储良’、‘古山2号’、‘立冬本’等四份龙眼材料的基因组DNA为模板对这批引物进行PCR扩增、筛选,结果表明,其中21对引物能产生理想的PCR产物,有效扩增率为42%;16对引物扩增条带具有多态性,占有效引物的76.2%;16对多态性引物共扩增获得50个条带,其中多态性片段21个,每对引物平均产生1.31个多态性片段。(本文来源于《植物生理学报》期刊2018年05期）
张国庆[5]（2018）在《五种葫芦科物种简单重复序列的分析及应用》一文中研究指出葫芦科(Cucurbitaceae)是一种具有非常高的经济价值和营养价值的植物家族。葫芦科家族所表现出来的丰富的多种形状,可用作性别表达分析的主要模型。随着DNA分子标记技术的快速发展,以及在葫芦科物种领域中的应用,有关葫芦科物种的遗传、育种、病害和产量的研究课题已经逐步迈向了快速发展的现代分子领域。在葫芦科物种例如黄瓜、西瓜等基因组完成测序的背景下,有关葫芦科物种的组学研究进入了一个高通量信息爆发的时代。为了能够进一步开发有关葫芦科物种的遗传信息,利用生物信息学技术对5个葫芦科物种的6组基因组序列以及4组EST序列进行了微卫星标记的大规模挖掘,并开发出相关的引物和通用引物。我们在葫芦科物种的基因组中共开发出2,590,063个完整的微卫星标记以及174,493对引物。在其EST序列中共开发出663,852个微卫星标记和60,700对引物,同时开发出54对通用引物。葫芦科物种基因组的SSRs密度整体上要高于对照物种。在葫芦科物种的基因组当中,葫芦具有最高的SSRs密度(1723.6 SSRs/Mb),而在EST序列中,黄瓜的SSRs密度最高(1424.1 SSRs/Mb)。在葫芦科所有类型的SSRs中,六聚物重复类型具有最高的比重,其中在基因组中能够占到50.64%,而在EST序列中的比重更高,达到了60.18%。同时发现,在EST序列中,叁聚物重复类型的比重有明显的升高。以AT基序为基础的微卫星类型在葫芦科中具有明显的优势。除了叁聚物和六聚物重复类型,随着基序碱基数量的增多,基序的数量总体上处于不断减少的趋势,但是在叁聚物和六聚物重复类型中则表现出不减反增的状态。葫芦科物种的微卫星序列的GC含量整体偏低(20%左右),EST序列仅比基因组序列的微卫星的GC含量略高一点。最后,构建了一个葫芦科的微卫星数据库,数据库中包括了本研究所开发的所有的微卫星标记及其引物序列,以方便用户的查询和使用。(本文来源于《山东农业大学》期刊2018-04-01）
王国荣,华为,陈功海,龙周锴,李博[6]（2018）在《基于反转录转座子及简单重复序列标记的裸大麦遗传多样性研究》一文中研究指出为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到315、143、38个等位变化,变异范围分别为9~58、7~25、2~4个,平均每对引物检测24.23、14.30、2.38个等位变化。REMAP和IRAP单一标记多态性位点贡献率高于SSR标记。反转录转座子标记揭示材料间遗传相似性系数(GS)为0.452~0.937,平均为0.674,在GS值0.620水平上将63份材料分为2大类,分别包含20份和43份材料。SSR标记结果显示材料间GS为0.351~0.973,平均为0.716,在GS值0.620水平上将63份材料区分为2大类,分别包含2份和61份材料。反转录转座子标记聚类结果在GS值0.740水平上能区分西藏野生资源和栽培资源,但SSR标记不能有效区分这2类材料。反转录转座子标记的主坐标及群体结构分析结果与GS聚类分析结果一致性较高;SSR标记群体结构与主坐标分析、GS聚类分析结果存在明显差异。本研究表明,裸大麦材料遗传背景简单,亚类间缺少基因交流,反转录转座子标记在裸大麦品种亲缘关系鉴定中有一定的优势。反转录转座子标记与SSR标记的协同使用可为裸大麦遗传多样性分析、种质鉴定及亲本选配揭示更多有用信息。(本文来源于《浙江农业学报》期刊2018年03期）
程琴,庞新华,吕平,周全光,谭秦亮[7]（2018）在《两个桂热甘蔗品种(系)的简单重复序列间扩增(ISSR)分子鉴别》一文中研究指出利用筛选出的10个简单重复序列间扩增(inter-simple sequence repeat,ISSR)引物对两个甘蔗优良品系的基因组DNA进行扩增,共扩增出126条条带,多态性比率分别是81.7%和80.2%。从中筛选出3对带型分布均匀、多态性丰富且分辨能力强的引物,对两个桂热甘蔗品种(系)进行分子标记鉴别。结果表明,两品种间的谱带基本相同,但均存在桂热2号和桂热3号特有的谱带;这表明了两品种间在DNA水平上存在真实的遗传差异,834、844和846引物利用特殊ISSR标记的存在或缺失鉴别了两个桂热甘蔗品种(系)。此结果为后续应用分子标记方法鉴别甘蔗品种及选育新品种提供重要依据。(本文来源于《科学技术与工程》期刊2018年08期）
潘滢,郑利兵,王军[8]（2018）在《条纹斑竹鲨5个地理群体的简单重复序列中间区域分析》一文中研究指出简单重复序列中间区域(inter-simple sequence repeat,ISSR)是一种微卫星类分子标记。为明确条纹斑竹鲨(Chiloscyllium plagiosum)中国群体的遗传多样性和遗传关系,作者利用ISSR技术对福建厦门(XM)、福建平潭(PT)、广东湛江(ZJ)、海南海口(HK)和台湾(TW)5个土着地理群体的条纹斑竹鲨进行了遗传多样性和遗传关系分析。从56对ISSR引物中筛选出13对多态性引物,扩增共获得81个重复性的位点,其中多态性位点57个,多态位点百分率为70.37%。5个群体的多态位点百分率、Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为38.27%~58.02%,0.1353~0.2155和0.2032~0.3193。UPGMA聚类分析表明PT群体首先和XM群体聚类,再与TW群体聚类,最后与ZJ群体和HK群体形成的分支聚类,即形成了与地理距离远近相关的基因交流模式。(本文来源于《海洋科学》期刊2018年03期）
时博,赵乐,霍常青[9]（2017）在《白花前胡转录组简单重复序列位点分析》一文中研究指出目的:根据白花前胡转录组数据中简单重复序列(simple sequence repea,SSR)的位点信息,统计分析后进行引物设计,为开发新的SSR标记做准备。方法:利用Microsatellite(MISA)软件对前胡转录组数据70 752条Unigenes的SSR位点信息进行分析,使用Primer 3软件设计引物,并进行筛选。结果:在白花前胡转录组中共检测到12 267个SSR位点(出现频率为17.34%),分布在10 674条Unigenes中,平均3.78 kb就出现1个SSR位点;在白花前胡转录组SSR中,从单核苷酸至六核苷酸重复类型均有出现,其中二核苷酸重复基元是主要重复类型,占SSR总数的61.57%,其次是单核苷酸重复(16.82%)和叁核苷酸重复(15.73%),其余仅占0.73%,并且不同重复类型之间的平均距离差异较大;在93种重复基元中,单核苷酸、二核苷酸、叁核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重复基元分别为2、6、30、40、8、7种,其中单核苷酸重复基元A/T、二核苷酸重复基元AT/TA和叁核苷酸重复基元CTT/GAA是优势重复基元,分别占SSR总数的16.59%、38.21%和1.14%,其余类型核苷酸重复基元较多,数量较少;通过设计共得到10 254对引物,按照SSR序列长度大于20bp的标准筛选得到其中841对SSR引物。结论:白花前胡转录组中SSR位点出现频率高,重复类型多样,特别是以单、二、叁核苷酸重复为主SSR在多态性潜能方面有较高的应用价值,可以有针对性的进行引物设计并加以应用。(本文来源于《中医学报》期刊2017年10期）
崔明明,陶静,宗世祥[10]（2017）在《基于转录组的沙棘木蠹蛾简单重复序列特征分析》一文中研究指出为开发沙棘木蠹蛾微卫星信息,利用已获得的转录组数据,对其EST-SSR位点进行发掘,进而分析其特征。结果发现含SSR的序列5126条,识别的SSR总数为7499个,SSR出现频率为51.41%。微卫星序列主要以单碱基重复为主,发生频率为39.52%。研究共发现77种碱基重复基元,所占比例最高的为(A/T)n(73.74%),其次是(AT/AT)n(3.37%)。微卫星多为重复次数为10且长度为10 bp的短序列。研究结果为沙棘木蠹蛾的SSR分子标记研究,遗传多样性分析,种群遗传结构以及关键性状基因的发掘等研究奠定基础。(本文来源于《环境昆虫学报》期刊2017年03期）
简单序列重复论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记对不同产地白花蛇舌草的遗传多样性进行分析。分别在广西壮族自治区、广东省、湖南省、浙江省、福建省、江西省和安徽省共采集23份白花蛇舌草样品,选用150条ISSR引物进行PCR扩增,运用POPGENE1.32、NTSYS2.10软件进行遗传多样性分析。筛选出11条引物,扩增出115条多态性条带,多态性比率为85.22%,等位基因数(Na)为1.852 2,有效等位基因(Ne)为1.543 4,Neis基因多样性指数(H)为0.316 5,Shannon′s信息指数(I)为0.470 0。聚类分析结果表明白花蛇舌草可分成3类,实验结果表明ISSR分子标记可以为白花蛇舌草的系统分类和鉴定提供分子水平的科学依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
简单序列重复论文参考文献
[1].忻雅,方献平,王淑珍,童建新,来文国.简单重复序列标记和序列相关扩增多态性标记在草莓遗传多样性分析中的比较[J].浙江大学学报(农业与生命科学版).2019
[2].周敏,高慧新,封毅,曾昭清,田慧.白花蛇舌草的简单重复序列区间(ISSR)遗传多样性分析[J].中国药科大学学报.2019
[3].马文瑞,严密,刘业伟,江伟,全莉.酿酒葡萄品种遗传多样性的简单序列重复分析和分子身份证的建立[J].食品与发酵工业.2018
[4].郭栋梁,王静,韩冬梅,潘学文,李建光.龙眼顶芽转录组简单重复序列(SSR)标记信息分析及分子标记开发[J].植物生理学报.2018
[5].张国庆.五种葫芦科物种简单重复序列的分析及应用[D].山东农业大学.2018
[6].王国荣,华为,陈功海,龙周锴,李博.基于反转录转座子及简单重复序列标记的裸大麦遗传多样性研究[J].浙江农业学报.2018
[7].程琴,庞新华,吕平,周全光,谭秦亮.两个桂热甘蔗品种(系)的简单重复序列间扩增(ISSR)分子鉴别[J].科学技术与工程.2018
[8].潘滢,郑利兵,王军.条纹斑竹鲨5个地理群体的简单重复序列中间区域分析[J].海洋科学.2018
[9].时博,赵乐,霍常青.白花前胡转录组简单重复序列位点分析[J].中医学报.2017
[10].崔明明,陶静,宗世祥.基于转录组的沙棘木蠹蛾简单重复序列特征分析[J].环境昆虫学报.2017
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