SXT/R391元件核心基因的生物信息学分析

论文摘要

目的:SXT/R391元件是革兰阴性菌中研究最充分、已知成员最多的整合性接合元件家族,本研究的主要目的是探讨SXT/R391元件核心基因组的适应性进化规律。方法:收集数据库中及文献报道的SXT/R391家族元件数据,并利用已测序的细菌基因组序列预测该家族元件,分析元件核心基因的进化特性。结果:通过文献搜集和预测,共获得83个SXT/R391元件的基因组序列。在52个核心基因中,计算发现22个基因在进化过程中经历了重组,基因分布于SXT/R391元件的4个必需模块。此外,在7个基因中检测到了正选择信号。结论:分析了SXT/R391元件核心基因的进化机制,为了解该家族的进化和扩散奠定了基础。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 数据搜集
•   1.2 研究方法
•     1.2.1 重组分析
•     1.2.2 正选择分析
• 2 结果
•   2.1 SXT/R391元件的序列整理及菌属分布
•   2.2 核心基因分析
•   2.3 核心基因的融合和裂解
•   2.4 核心基因的重组分析
•   2.5 正选择分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张琪,周静,周江林,孔娜,胡明达,彭小川,李北平,梁龙,靳远,任洪广,岳俊杰

关键词: 元件,重组分析,正选择分析

来源: 生物技术通讯 2019年05期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,生物医学工程

单位: 军事科学院军事医学研究院生物工程研究所

基金: 国家自然科学基金（31671363,31801096）,国家科技重大专项（2018ZX10101003-001-008）,北京市自然科学基金（7162146）

分类号: Q811.4

页码: 597-603

总页数: 7

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