七鳃鳗LIP蛋白晶体结构解析和相关位点突变的活性鉴定

七鳃鳗LIP蛋白晶体结构解析和相关位点突变的活性鉴定

论文摘要

七鳃鳗属于原始的无颌类脊椎动物,是研究免疫起源与进化的重要模式生物。本实验室发现七鳃鳗体内存在一种具有细胞毒性作用的蛋白分子,并命名为LIP(Lamprey Immune Protein)蛋白。现已比较深入的了解到这种独特蛋白的信息及功能,比如对多种癌细胞具有强烈的杀伤活性,并且对于正常细胞没有杀伤现象,以及从多个角度证实了LIP蛋白能够损伤肿瘤细胞的细胞膜和细胞器,并明确了LIP蛋白作用肿瘤细胞的信号通路等,这就为LIP能够作为治疗肿瘤药物提供了实验基础。天然活性的LIP蛋白是否有翻译后修饰现象至今未知。本研究通过DIA蛋白质组学定量技术检测到LIP蛋白存在多种不同的修饰方式,在Asn286具有N-糖基化残基修饰,在Ser295具有O-糖基化残基修饰,为检测糖基化位点的作用,将这两个氨基酸均突变为Ala称为第一号突变体LIPN286A和第二号突变体LIPS295A。为能够深入探究LIP空间结构方面的信息,随后解析LIP蛋白结晶结构,通过数据收集、相位解析、分析数据后建模得出LIP蛋白结构为P43212空间群,分辨率为44.52.25?。LIP中存在一个与甘油分子稳定结合的氢键网络,并发现Asp135残基位于与配体结合的最中心位置,遂将这个氨基酸残基突变为Ala作为第三号突变体LIPD135A,进而确定这个残基位点对LIP的空间构造是否具有重要作用。LIP晶体结构解析还显示其具有Jacalin-like和Aerolysin两个结构域,将LIP通过与其结构类似的斑马鱼气单胞菌家族蛋白Dln1(Danio rerio aerolysin-like protein 1)同源建模后,发现二体相互作用面上的Met158、Phe229和Pro163、Phe227残基彼此能够形成氢键,将这四个氨基酸突变成半胱氨酸,期望在突变体中形成二硫键,此作为第四号突变体LIPM158C-F229C和第五号突变体LIPP163C-F227C。氨基酸序列比对和疏水性分析表明,LIP的一段氨基酸链(Phe209至Gly232)可形成两个含有疏水亲水残基的两亲性β链,遂将这一氨基酸链去除作为第六号突变体LIPSer212-Ala238。通过圆二色谱和荧光光谱检测LIP蛋白及六种突变体蛋白二级结构,发现它们都是以β片层为主,除突变体LIPSer212-Ala238变得更亲水外,其它突变体二级结构没有较大差异。LDH检测细胞活力实验发现突变体LIPD135A、LIPM158C-F229C和LIPP163C-F227C不能与癌细胞膜表面特异性结合并丧失了杀伤作用,结果说明二体相互作用面上彼此形成氢键的Met158、Phe229和Pro163、Phe227残基和氢键网络中心的Asp135残基对于LIP蛋白特异性识别并杀伤癌细胞有重要作用;而LIP和LIPS295A蛋白对MCF-7细胞显示明显的杀伤作用,在免疫荧光检测结果中LIP、LIPN286A和LIPS295A蛋白均定位于HeLa细胞的细胞膜上,并且呈现荧光颗粒状。免疫印迹结果显示LIP、LIPN286A和LIPS295A蛋白以多聚体形式存在细胞膜上。突变体LIPS295A和野生型LIP蛋白的活性相似度很高,说明Ser295位点的O-糖基化残基的去除不影响LIP蛋白功能;突变体LIPN286A保留与LIP蛋白可特异性结合细胞膜的这一功能下对细胞没有明显的杀伤作用,说明Asn286位点的N-糖基化残基的去除能够在不影响和细胞膜结合的情况下极大的减弱LIP的杀伤作用。值得注意的是,LIPN286A突变体蛋白对MCF-7细胞不仅没有明显的杀伤作用,而且可以与细胞膜表面特异性结合,超高荧光显微镜结果表明LIPN286A突变体蛋白与商品化的膜标记染料Cholera Toxin Subunit B Cenjugates Alexa 555在细胞膜表面不完全重合,证明了可以将LIPN286A突变体蛋白开发成为一种新型的细胞膜染料。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 中英文对照
  • 1 绪论
  •   1.1 七鳃鳗简介
  •   1.2 七鳃鳗免疫蛋白LIP简介
  •     1.2.1 七鳃鳗免疫分子LIP的发现
  •     1.2.2 七鳃鳗LIP免疫蛋白的功能
  •   1.3 本文研究意义
  • 2 LIP天然蛋白深度修饰分析以及突变体突变位点选择
  •   2.1 实验材料与仪器
  •     2.1.1 材料和试剂
  •     2.1.2 主要仪器
  •   2.2 方法
  •     2.2.1 LIP天然蛋白De novo测序
  •     2.2.2 DIA蛋白质组学定量技术
  •   2.3 结果
  •     2.3.1 数据分析
  •     2.3.2 DIA蛋白质组学定量
  •     2.3.3 LIP糖基化修饰位点来源突变体突变位点分析
  •   2.4 讨论
  • 3 LIP蛋白结晶、晶体解析以及突变体突变位点选择
  •   3.1 实验材料和仪器
  •     3.1.1 主要试剂及菌株
  •     3.1.2 主要仪器
  •   3.2 实验方法
  •     3.2.1 重组LIP蛋白的原核表达
  •     3.2.2 原核重组LIP蛋白的纯化
  •     3.2.3 X射线晶体学
  •     3.2.4 晶体的生长条件筛选及优化
  •   3.3 实验结果
  •     3.3.1 重组LIP蛋白的原核表达与纯化
  •     3.3.2 结晶
  •     3.3.3 相位解析及整体结构
  •     3.3.4 LIP晶体来源突变体突变位点分析
  •   3.4 讨论
  • 4 LIP及六种突变体蛋白二级结构结构分析以及突变位点活性鉴定
  •   4.1 材料及试剂
  •     4.1.1 实验药品和试剂
  •     4.1.2 主要仪器
  •   4.2 方法
  •     4.2.1 突变体原核表达载体构建、蛋白表达及纯化
  •     4.2.2 圆二色谱
  •     4.2.3 荧光光谱
  •     4.2.4 高内涵检测
  •     4.2.5 酶标仪检测
  •     4.2.6 共聚焦免疫荧光检测
  •     4.2.7 免疫印迹检测
  •     4.2.8 超高荧光显微镜检测
  •   4.3 结果
  •     4.3.1 LIP及六种突变体原核表达载体构建、蛋白表达及纯化
  •     4.3.2 圆二色谱分析LIP蛋白及LIP六种突变体蛋白二级结构
  •     4.3.3 荧光光谱分析LIP蛋白及LIP六种突变体蛋白构象
  •     4.3.4 LIP及和六种突变体蛋白对MCF-7 细胞活力的影响
  •     4.3.5 LIP及六种突变体蛋白MCF-7 细胞LDH的释放情况
  •     4.3.6 LIP及六种突变体蛋白在He La细胞定位情况
  •     4.3.7 LIP及六种突变体蛋白在MCF-7 细胞膜上聚合体形成情况
  • N286A突变体在MCF-7、He La细胞定位情况'>    4.3.8 LIPN286A突变体在MCF-7、He La细胞定位情况
  •   4.4 讨论
  • 结论
  • 本文创新点
  • 参考文献
  • 附录A 附录内容名称
  • 攻读硕士期间论文发表情况
  • 项目支持
  • 致谢
  • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 张珂嘉

    导师: 李庆伟,逢越

    关键词: 七鳃鳗,免疫分子,结晶,结构解析,突变体,癌细胞标记

    来源: 辽宁师范大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学

    单位: 辽宁师范大学

    基金: 国家重点基础研究发展计划973计划项目天然免疫与适应性免疫应答的协作与替演化,项目编号:2013CB835304,全国海洋公益项目(项目编号:201305016),国家自然科学基金项目(项目编号:31202020)

    分类号: Q51

    总页数: 73

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