导读:本文包含了准种感染论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:病毒,乙型肝炎,基因组,肝炎,免疫,缺陷,维吾尔族。
准种感染论文文献综述
张园园,魏柯雯,高先,陈巧佩,潘丽璇[1]（2018）在《1例宫内感染HIV-1婴儿的病毒准种变化特征研究》一文中研究指出目的通过比较母婴的Ⅰ型艾滋病病毒(HIV-1)的准种特征,了解病毒垂直传播的规律,并分析叁联用药对婴儿体内病毒进化产生的影响。方法收集1例HIV阳性母亲及其所生新生儿各时间点的血液样本,提取全血和血浆中的脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA),经聚合酶链反应(PCR)扩增出HIV-1编码核心蛋白(env)、包膜蛋白(gag)以及多聚酶(pol)的基因片段,进行定性定量、基因亚型和耐药分析;Hiseq高通量测序用来分析各样本准种分布和变化情况。结果新生儿系列样本核酸检测结果均为阳性,母婴两者感染的HIV-1亚型为重组亚型(CRF08_BC),均未检测到耐药突变株,且产时母婴血浆样本内病毒载量分别为68 700拷贝/mL和102 000拷贝/mL。所有样本经高通量测序后,母亲样本叁区内的基因离散率都大于新生儿,但二者样本间的基因离散率均<1.09%。叁区系统进化树显示,新生儿体内的优势准种均来自母亲。新生儿产后样本中:前42天基因离散率稳定,叁月龄时离散率开始升高,六月龄时离散率回落;样本内的基因离散率均<0.85%,与基线样本间的基因离散率均<0.81%。pol区系统进化树显示相对明显的进化关系。结论母亲与新生儿感染的HIV-1病毒属当地流行亚型,两者有传播关系,新生儿感染了母亲全血样本内的多数优势准种。新生儿叁月龄后病毒准种呈现波动性变化,说明抗病毒治疗能影响体内优势准种的分布,但由于样本时间间隔短,系统进化树分析准种进化的能力有限。(本文来源于《中国艾滋病性病》期刊2018年05期）
杨之涛[2]（2015）在《采用新一代测序技术分析不同感染阶段乙型肝炎病毒准种异质性及其临床意义》一文中研究指出背景与目的本课题组之前采用克隆测序(CBS)的方法研究发现乙型肝炎病毒(HBV)逆转录酶区(RT区)准种异质性可作为接受核苷类似物治疗患者抗病毒疗效的一个预测指标。近年来,第二代测序技术(NGS)以其相对快速、超深度、高灵敏度的特点给HBV准种研究带来了新的策略。目前对于HBV感染后不同临床阶段的病毒全长准种异质性的研究还未见报道。本研究应用CBS及NGS方法扩增并获得急性乙型肝炎(AHB)、慢性HBV携带(IT)、慢性乙型肝炎(CHB)、慢加急性乙型肝炎伴肝衰竭(ACLF)、代偿期肝硬化(LC)患者血清病毒全长序列,结合生物信息学分析方法描述准种遗传异质性特征及探讨其临床意义,以期更好的阐述HBV自然史及致病机制。研究对象与方法本研究共纳入97名HBV感染的患者(AHB、IT、CHB、ACLF、LC)。40例应用CBS方法、87例应用NGS方法(30例同时应用两种方法)获得HBV全长基因组的准种后,通过生物信息学方法对准种的异质性(复杂度和离散度)特征进行分析,并建立了NGS大数据初筛流程和质控方法,最后分析五种不同感染阶段的病毒准种异质性、氨基酸突变指数、单个核苷酸复杂度、CP/Pre C核苷酸突变率的特点及其与临床病程演变的相关性。结果第一部分:40例HBV感染患者,采用CBS方法,平均每名患者获得14-17株HBV全长克隆,急性HBV感染的准种复杂度较慢性HBV感染的准种复杂度低;慢性HBV感染免疫耐受期准种复杂度低于免疫清除期;不同的免疫压力下Core区aa60-130及X区aa131-135氨基酸变异指数(MFI)有统计学差异,ACLF在这些区域氨基酸突变指数大于IT及AHB,CHB次之。高突变位点集中在Core区T、B细胞表位。第二部分:87例HBV感染患者,采用Illumina Miseq高通量测序获得30G数据,经过数据初筛获得可分析数据20G,约12 000 000条序列进入最终分析阶段。在建立高通量测序的大数据筛选流程的基础上,对于高通量数据进行筛选(步骤包括:测序质量、测序长度、序列比对优化、PCR错误纠正优化、内参质控评价)和生物信息学分析,每个区段丰度(除P3外)中位数为6 000(1 500-20000)。在五种不同感染阶段中,IT的复杂度(Sn)和平均遗传距离(d)最低,其次为CHB和AHB,ACLF与LC的Sn和d最高。准种的Sn和d在CHB患者中与高谷丙转氨酶(>5×ULN)、与总胆红素(>1×ULN)血症、与ACLF预后无关。BCP/Pre C区核苷酸的分析发现:ACLF和LC患者在CP区A1762T、G1764A、A1846T/C的变异率达到50%-90%,高于其他组(P<0.001)。T1800C在感染B基因型的ACLF患者中变异率最高达46%,而在C基因型中仅有2.4%。未经核苷类似物治疗的患者病毒准种耐药位点突变率在LC组高于其他组(1-4%vs.<1%)。CBS与NGS的Sn和d相关性和一致性较差(P>0.05)。综合上述结果发现,AHB准种异质性在CBS研究中为最低,但是在NGS研究中高于IT及CHB准种异质性。慢性感染患者的HBV准种复杂度与免疫压力和感染时间有关,即免疫压力越大(ACLF),感染时间越长(LC),复杂度越高,B细胞表位对应的氨基酸突变率(HBc Ag)越高。IT患者叁年的HBV准种变化的主要发生在HBs Ag/RT区域,表现为突变的积累。结论本研究建立了Illumina Miseq高通量测序研究HBV准种的大数据筛选流程和质控分析方法,发现在低丰度变异的检测和准种模拟方面,Illumina Miseq描述准种异质性的表现力较CBS方法更敏感、准确和高效。对HBV准种异质性的分析可以间接反映机体免疫系统对病毒的应答状态及感染时间的长短,从而为临床个体化抗病毒治疗提供科学依据。(本文来源于《上海交通大学》期刊2015-05-01）
辛若雷,马泽芹,程春林,邢辉,洪坤学[3]（2013）在《静脉注射吸毒感染者体内HIV-1CRF07_BC的准种变异特征》一文中研究指出为了研究静脉注射吸毒者(IDU)体内HIV-1CRF07_BC病毒准种变异和遗传多样性特征,本文采用单基因组扩增(SGA)技术分别从6份CRF07_BC感染者血浆获得HIV-1病毒准种env基因gp120片段序列11～28条,采用构建系统进化树的方法进行聚类分析,描述感染者血浆中CRF07_BC病毒准种的变异特征;运用Simplot软件、分段系统进化树和对平均两两比对基因距离进行遗传多样性作图(Diversity plot)的方法分析病毒准种间的重组。系统进化树分析结果显示仅1个病例具有较高的遗传同质性,而其他5个病例的遗传异质性较高,主要表现为系统进化树上形成2～4个次级进化簇。此外,有3个病例存在病毒准种间的重组。本研究表明SGA技术能有效地分析感染者体内病毒准种复杂的变异特征。(本文来源于《病毒学报》期刊2013年03期）
杨之涛,黄素园,陈立,刘锋,张欣欣[4]（2013）在《乙型肝炎病毒感染不同临床转归患者血清中病毒全长基因组准种特点》一文中研究指出[目的]乙型肝炎病毒感染(HBV)的临床转归差异很大,HBV在体内以准种形式存在,准种的变异谱系及其进化方向、可逃避选择压力和改变毒力的变异出现影响了HBV的致病力,从而影响了HBV感染的临床表现和转归。本研究旨在应用生物信息学方法分析HBV感染不同临床转归中病毒全长基因组准种特点及相关基因突变的差异,探索HBV生物学特性对临床转归的影响。[方法]41例未接受抗病毒治疗的HBV感染者纳入本研究,其中急性乙型肝炎(AHB)10例、慢性HBV携带(ASC) 10例、慢性乙型肝炎(CHB)11例和慢性重型乙型肝炎(CSHB)10例。分离患者外周血血清中HBV DNA,PCR扩增全长基因组后克隆、测序。每例患者获得14-16个序列,并进行HBV全长基因组、大/中/主蛋白编码序列,核心启动区(CP),C、X、P基因和rt区的准种异质性分析及相关基因突变统计等生物信息学分析。[结果]41例患者共获得619个HBV全长基因组序列。AHB、ASC、CHB和CSHB组间基因型构成无统计学差异。HBV准种异质性上,CHB组和CSHB组无显着性差异;ASC组与CHB或CSHB组相比,大/中/主蛋白编码序列、P基因、C基因及rt区的异质性小于后两者;而AHB组和其余叁组比较,准种异质性最小。CSHB组内死亡患者的中/主蛋白编码序列的准种复杂度明显高于存活患者(P均<0.05)。四组患者的G1896A、T1753C、A1762T、G1764A、C1766T突变率显着不同,均是CSHB组>CHB组>AHB组>ASC组。AHB组和CHB组各有2例患者发现单个位点的拉米夫定相关补偿性耐药突变,突变位点为rtT128P、rtV173L、rtW153Q。CHB和CSHB组中观察到C基因的核苷酸缺失,其中CSHB组患者发生较长片段的框移突变,而AHB和ASC患者未发现C基因的缺失或插入变异。[结论]慢性感染比急性感染具有更宽的HBV变异谱系,慢性感染中免疫清除期比免疫耐受期具有更宽的HBV变异谱系。病情的严重患者中,HBV的准种的复杂度及核心启动子及PreC区突变率较高。(本文来源于《第7届全国疑难及重症肝病大会论文集》期刊2013-05-01）
吴月平,张红春,韩刚,沈张平,宋健辉[5]（2012）在《核苷类药与慢性HBV感染者病毒P基因准种及变异特点的关系》一文中研究指出目的观察核苷类药治疗不同时间段慢性HBV感染患者血清乙肝病毒聚合酶(HBV P)基因准种变化及变异特点。方法运用焦磷酸测序仪器配套的软件Assay Design SW在目的区域两端保守区域设计PCR引物及测序引物,采用套式PCR方法检测血清中HBV DNA,按照Pyro-Mark ID遗传分析系统用SNP模式进行PCR产物(HBV P基因相关位点)的焦磷酸测序和突变频率检测。108例慢性HBV感染患者中用药史明确者同期测定HBV DNA、HBV标志物、ALT。结果108例患者中,61例发生变异,变异模式以经典突变L180M、M204V/I、A181V/T、N236T突变为主,有少量V173L、S202G、T184G突变;其中40例用药史明确患者中,18例发生变异,发生变异者耐药突变型在样本中所占比例为20%-100%,HBV P基因变异可以在HBV DNA、ALT发生突变前、中、后检出。结论焦磷酸测序可以快速检测HBV P基因变异;变异株突变频率变化可初步反映HBVP基因准种异质性;HBV P基因变异模式、突变频率与核苷类药物敏感性密切相关。(本文来源于《江苏医药》期刊2012年07期）
黄素圆,于德敏,刘峰,龚启明,韩悦[6]（2012）在《乙型肝炎病毒感染者血清病毒全基因组准种特征》一文中研究指出Aim To investigate the features of hepatitis B virus(HBV) whole genome quasispecies and mutations in patients with different infection spectrum. Methods Forty-one treatment-naive HBV infected patients were included in the present study and divided into acute hepatitis B group(AHB,10 cases),asymptomatic carriers group(ASC,10 cases),chronic hepatitis B group(CHB,11 cases) and chronic severe hepatitis B group(CSHB, 10 cases).HBV genomes were extracted from serum samples,full-length fragments were amplified by PCR and cloned into vectors.Fourteen to sixteen clones per sample were sequenced randomly. Quasispecies heterogeneity within the full genome and each gene or region[envelope proteins coding sequence,Core Promoter(CP),C,X,P gene and reverse transcriptase(rt) region)]were calculated and related mutations were analyzed as well. Results Totally 619 HBV full-length nucleotide sequences were obtained.The HBV genotypes showed no significant difference among AHB,ASC,CHB and CSHB group.The quasispecies heterogeneity seemed no difference between CHB and CSHB patients,while ASC patients had less complexity than that of CHB or CSHB patients.AHB patients had the lowest quasispecies heterogeneity while compared to the other three groups.The frequency of mutations,such as G1896A,T1753C, A1762T,G1764A and C1766T,was significantly different among the four groups,and the descending order of the mutation rates was CSHB,CHB,AHB and ASC.Deletion mutations were found in both CHB and CSHB group,but not in AHB or ASC group.Furthermore,longer frame shift mutations were observed in CSHB patients. Conclusions The HBV mutant spectrum in chronic infection is wider than in acute infection, while it is wider in immune clearance phase than in immune tolerance phase during chronic infection. In patients with more severe disease,the more HBV genome mutations contributed to increase of viral replication and change of core gene expression,or immune escape were found.The HBV mutant spectrum may be associated with the duration of infection and the immune pressure.(本文来源于《第二届全国病毒性肝炎慢性化重症化基础与临床研究进展学术会议论文汇编》期刊2012-04-12）
姚碧莲,刘峰,黄素园,于德敏,陈立[7]（2011）在《乙型肝炎病毒感染不同状态下血清病毒RT区准种特点及其临床意义》一文中研究指出目的研究乙型肝炎病毒(RT)感染不同状态下血清病毒RT区准种特点和临床意义。方法 50例未接受抗病毒治疗的HBV感染者纳入本研究,分为慢性HBV携带组(ASC,10例)、慢性乙型肝炎组(CHB,30例)和慢性乙型肝炎肝硬化组(LC,10例)。收集患者外周血血清,抽提HBVDNA,PCR扩增RT区基因组后克隆、测序。每例患者获得15-30个序列,并进行HBVRT区的准种异质性分析及相关基因突变统计等生物信息学分析。结果总共测序1221个克隆(ASC组共152个,CHB组780个,LC组共289个)。ASC、CHB和LC组间基因型构成无统计学差异。准种复杂度LC组>CHB组>ASC组,叁组间有统计学差异。准种离散度LC组>CHB组>ASC组,LC组与其它两组均有统计学差异,CHB组与ASC组无统计学差异。结论慢性HBV感染过程中免疫清除期比免疫耐受期具有更宽的HBV变异谱系,随着病程的延长,HBV的准种越趋向于复杂,HBV的准种异质性可能与病毒感染的时间及免疫压力有关。(本文来源于《新发和再发传染病防治热点研讨会论文集》期刊2011-12-01）
鲁晓擘,王晓岚,沙尼亚·尼亚孜,汤影子,刘霖[8]（2011）在《维吾尔族慢性HBV感染者HBV RT区准种研究》一文中研究指出目的初步探讨新疆维吾尔族慢性HBV感染者HBV准种特性。方法选择5例维吾尔族慢性HBV感染者(抗乙型肝炎病毒治疗与未治疗)为主要研究对象,选择HBV RT区为研究靶区。采用克隆-测序方法进行准种研究。使用BioEdit和NCBI-BLAST工具进行生物信息学分析,并探讨其与临床的关系。结果治疗的患者(拉米夫定)HBV准种复杂性为12、14,未治疗者HBV准种复杂性为7、8、10、5。核酸变异的主要形式为点突变,包括碱基的替换和缺失,所有标本的优势克隆在HBV RT区"热点"变异位点V173、L180、A181、A184、S202、M204、N236和M250位均未发生变异。治疗和未治疗患者HBV的优势克隆均发生了rtA222T(A:丙氨酸;T:苏氨酸)突变。1例患者HBV准种动力学结果提示,病情重时其准种复杂性为8,好转时复杂性为10。结论治疗患者(拉米夫定)HBV准种复杂性似要高于未治疗者,未经药物选择下HBV准种组成相对较单一。HBV准种群会发生漂变,即病情重时其准种复杂性低,病情好转时复杂性上升。(本文来源于《新疆医科大学学报》期刊2011年09期）
胡越凯,齐唐凯,张云智,张仁芳,刘莉[9]（2011）在《上海地区HIV/HCV重迭感染者HCV准种的分子流行病学研究》一文中研究指出目的观察HIV/HCV重迭感染和高效抗反转录病毒治疗(HAART)对HCV准种的影响。方法通过PCR、测序及单链构象多态性分析建立HCV高变1区(HVR1)准种变异率检测方法,运用该方法对我国上海地区48例HIV/HCV重迭感染者HCV准种变异的分子流行病学进行研究。结果与单独HCV感染组和HIV/HCV重迭感染且已行HAART组相比较,HIV/HCV重迭感染但未行HAART组的HCV准种变异率较低,差异有统计学意义(P均<0.05)。单独HCV感染组与HIV/HCV重迭感染且已行HAART组之间作比较,HCV准种的复杂性和多样性差异均无统计学意义。结论 HIV感染可降低HCV准种变异率。随着HAART长期应用,HIV/HCV重迭感染者的HCV准种率增加。(本文来源于《肝脏》期刊2011年04期）
刘永健[10]（2011）在《云南省HIV-1流行毒株及HIV早期感染病毒准种的基因变异和分子进化研究》一文中研究指出研究背景:HIV在全球经历了复杂的起源和流行过程,HIV-1的M群已经进化为9种基因亚型、49种流行重组型(CRF)以及难以计数的独特重组型(URF)。我国流行的HIV-1毒株主要是CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AE重组型以及B′亚型,并正处在疫情快速上升、多种传播途径及多种毒株共存的快速进化阶段。了解和掌握我国HIV-1毒株在人群间及个体内的变异和进化特点是艾滋病防治及研究的基础,能够为认识流行规律、设计艾滋病疫苗、研发诊断试剂及药物提供科学的依据。由于HIV-1基因的高度变异及复杂的准种,对病毒基因组扩增和测序的难度很大。以往国内外主要采用扩增和测定HIV-1基因组短片段的方法,这常常不能准确鉴定病毒的基因型及发现病毒基因的重组。在我们的课题开始前,GenBank收录的20多年间获得的中国HIV-1毒株全长基因组序列共有33条。HIV-1早期感染是其感染过程的特殊阶段,具有独特的流行病学、病毒和免疫学特征。这个时期病毒快速高水平复制、病毒血症的浓度高、传播的危险最大,约56-92%新的HIV感染是由处在这个时期的HIV感染者传播的,这个时期病毒准种的进化对病程发展和预后也有十分重要的影响。本研究建立了从血浆中扩增HIV-1全长基因组的方法和扩增测定HIV-1gp120准种序列的方法,采用建立的方法对我国艾滋病的起源和疫情最严重的云南省进行了基于全基因组序列分析的HIV-1变异和进化研究;对目前我国HIV新发感染率最高的男男同性性行为(MSM)人群进行了部分早期HIV感染者HIV-1gp120准种序列的变异和进化研究。第一部分基于全长基因组分析的云南省HIV-1毒株的基因变异和分子进化研究首先建立了5′半分子和3′半分子两段法从血浆中扩增和测定HIV-1全长基因组序列的方法。采用这个方法对云南省2009年采集的72名HIV感染者/艾滋病病人的血浆标本进行了全长基因组序列的扩增和测定,经过编辑和拼接,获得了57条HIV-1的近似全长基因序列(Near Full-Length Genome,NFLG)。基于获得的57条HIV-1近似全长基因序列和从数据库中下载的部分序列,采用MEGA、jpHMM、BEAST v 1.5.4等多个软件工具进行了云南省HIV-1流行毒株的变异和进化的研究,主要结果如下:(1)确定了云南省目前流行的主要HIV-1毒株:云南省的HIV-1流行毒株主要以CRF08_BC和CRF01_AE为主,构成比分别为45.5%和40.9%;伴随CRF07_BC和C的低度流行,构成比分别为9.1%和4.5%。描述了主要流行毒株在云南省的地区和人群分布特征。(2)发现云南省存在多种形式的HIV-1独特重组型(URF)毒株:鉴定了9株新型B′/C重组毒株,其中3株为CRF08_BC和CRF07_BC的二代重组毒株。鉴定了3株新型CRF01_AE/B/C的重组毒株,1株新型CRF01_AE/B的重组毒株。(3)分析了云南省CRF01_AE毒株与邻近地区毒株的进化关系、推断出毒株传入云南的时间和路线:证实云南的CRF01_AE毒株与比邻的广西和越南北部不存在传播关系,排除了云南省CRF01_AE毒株由广西和越南北部传入的可能,推测云南的CRF01_AE毒株是由缅甸和泰国多途径、多点传入的。根据MCC树的节点对应时间,推测进化树上的4簇CRF01_AE毒株传入云南的时间大约为1989年—1993年6月(90年代初期)。(4)推断出HIV-1C亚型毒株起源及传入中国的时间:证实C亚型毒株大约在50年代初中期(1953.8)起源于非洲,进化速率为1.86×10-3per site/per year。C亚型毒株首先传入印度,由印度传入缅甸和中国云南。通过MCC树的节点时间坐标,推断由非洲传入印度的时间大约为70年代中期(1974年)、传入缅甸和云南的时间大约为80年代早期(1982年)。(5)推断出HIV-1CRF08_BC和CRF07_BC毒株的起源时间和传播路线:CRF08_BC和CRF07_BC毒株起源时间大约为80年代中后期,进化速率为2.07×10-3per site/per year和1.83×10-3per site/per year。虽然它们起源的时间基本是一致的,但表现了在我国存在不同的传播路线。第二部分采用单基因组扩增法研究HIV-1早期感染者体内gp120准种的进化规律首先建立了单基因组扩增法(Single Genome Amplification,SGA)扩增和测定HIV-1gp120准种序列的方法,通过对多个单一模板的扩增和测序,得到来自样本中单一模板的多条序列。经检验,每个PCR反应孔的理论cDNA模板拷贝数为0.44个,说明扩增反应是特异有效的。在24份血浆样本中共获得了gp120准种序列459条,每份样本的获得的准种序列数范围为4～35条,平均为19.1±8.6条。基于获得的459条准种序列和从数据库中下载的部分序列、采用Highlighter、TreeRate、Heatmap、Mega等多个软件工具进行了HIV-1早期感染者体内gp120基因准种的变异和进化规律研究,主要结果如下:(1)确定了研究对象感染毒株的基因型:12例研究对象中有9例感染的毒株为明确的CRF01_AE亚型、1例为明确的B亚型毒株、1例为明确的CRF07_BC亚型毒株。另有1例样本感染了2个不同的亚型的毒株,分别为B亚型毒株及C和CRF01_AE嵌合的URF毒株。(2)确定了建立感染时的毒株及其数目: 12例研究对象中有9例建立感染时的毒株数目是1株病毒,剩余3例建立感染时的毒株数目是等于或者大于2株病毒。(3)分析了早期感染进程中的准种变异度及其进化规律:12例早期感染者前一个时间点核苷酸和氨基酸水平的变异度均显着低于后一时间点(P<0.05),说明随着感染进程的发展,病毒准种在核苷酸和氨基酸水平的变异均显着增加。由1个病毒引起感染的样本进化速率均值为1.61±0.39E-05替换/每个位点/每天(5.7E-03替换/每个位点/每年),范围为1.28-2.22 E-05替换/每个位点/每天。早期感染者前后2个时间点的gp120准种序列均发现有APOBEC蛋白导致的G→A突变,后一个时间点比前一个时间点APOBEC蛋白导致的G→A的突变位点数显着增加(P =0.03),提示APOBEC蛋白导致的G→A的突变随感染的进程显着地累积。(4)发现了准种序列的重组并影响病毒的复制适应性:分析由2个同型CRF01_AE病毒感染的YA-106号感染者两个时间点病毒准种的构成,说明同型病毒间的重组极易在感染后很快发生,重组毒株比非重组毒株具有明显高的复制适应性,可在较短时间内占据准种的优势。分析由两个不同亚型(URF_01C重组型和B亚型)病毒感染的YA113号感染者两个时间点病毒准种的构成,发现从第一个时间点至第二个时间点,在54天时间内两个亚型的病毒序列并无重组,且均以重组型病毒为准种的优势。这一方面说明重组病毒具有更强的复制适应性,也提示不同亚型病毒间的重组比同亚型病毒间的重组难度大、频率低。(5)阐述了准种序列糖基化位点的特点和规律:病毒准种序列糖基化位点的数目范围为22-28个/序列,平均值为24.6±1.6个/序列。多数感染者前后2个时间点的糖基化位点数目没有显着变化(P>0.05)。CRF01_AE毒株早期感染者和非早期感染者gp120区域的糖基化位点的数目没有显着差异、糖基化位点的位置也基本一致。(6)分析了准种序列的可变区及选择压力:比较CRF01_AE毒株早期感染者与非早期感染者(来自数据库)的gp120序列可变区的肽链长度,两组序列的肽链长度均无显着性差异(P>0.05)。两组序列V3区的顶端4肽均以GPGQ为主。早期感染者携带的毒株均以CCR5作为辅助受体。9例早期感染样本gp120基因的选择压力分析结果显示4例样本呈现正向选择压力特征、5例样本呈现负向选择压力特征。不同的毒株呈现不同丰度的正向选择位点,在不同的毒株中发现了一定数量的相对集中的正向选择位点分布区域。(本文来源于《中国人民解放军军事医学科学院》期刊2011-06-10）
准种感染论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
背景与目的本课题组之前采用克隆测序(CBS)的方法研究发现乙型肝炎病毒(HBV)逆转录酶区(RT区)准种异质性可作为接受核苷类似物治疗患者抗病毒疗效的一个预测指标。近年来,第二代测序技术(NGS)以其相对快速、超深度、高灵敏度的特点给HBV准种研究带来了新的策略。目前对于HBV感染后不同临床阶段的病毒全长准种异质性的研究还未见报道。本研究应用CBS及NGS方法扩增并获得急性乙型肝炎(AHB)、慢性HBV携带(IT)、慢性乙型肝炎(CHB)、慢加急性乙型肝炎伴肝衰竭(ACLF)、代偿期肝硬化(LC)患者血清病毒全长序列,结合生物信息学分析方法描述准种遗传异质性特征及探讨其临床意义,以期更好的阐述HBV自然史及致病机制。研究对象与方法本研究共纳入97名HBV感染的患者(AHB、IT、CHB、ACLF、LC)。40例应用CBS方法、87例应用NGS方法(30例同时应用两种方法)获得HBV全长基因组的准种后,通过生物信息学方法对准种的异质性(复杂度和离散度)特征进行分析,并建立了NGS大数据初筛流程和质控方法,最后分析五种不同感染阶段的病毒准种异质性、氨基酸突变指数、单个核苷酸复杂度、CP/Pre C核苷酸突变率的特点及其与临床病程演变的相关性。结果第一部分:40例HBV感染患者,采用CBS方法,平均每名患者获得14-17株HBV全长克隆,急性HBV感染的准种复杂度较慢性HBV感染的准种复杂度低;慢性HBV感染免疫耐受期准种复杂度低于免疫清除期;不同的免疫压力下Core区aa60-130及X区aa131-135氨基酸变异指数(MFI)有统计学差异,ACLF在这些区域氨基酸突变指数大于IT及AHB,CHB次之。高突变位点集中在Core区T、B细胞表位。第二部分:87例HBV感染患者,采用Illumina Miseq高通量测序获得30G数据,经过数据初筛获得可分析数据20G,约12 000 000条序列进入最终分析阶段。在建立高通量测序的大数据筛选流程的基础上,对于高通量数据进行筛选(步骤包括:测序质量、测序长度、序列比对优化、PCR错误纠正优化、内参质控评价)和生物信息学分析,每个区段丰度(除P3外)中位数为6 000(1 500-20000)。在五种不同感染阶段中,IT的复杂度(Sn)和平均遗传距离(d)最低,其次为CHB和AHB,ACLF与LC的Sn和d最高。准种的Sn和d在CHB患者中与高谷丙转氨酶(>5×ULN)、与总胆红素(>1×ULN)血症、与ACLF预后无关。BCP/Pre C区核苷酸的分析发现:ACLF和LC患者在CP区A1762T、G1764A、A1846T/C的变异率达到50%-90%,高于其他组(P<0.001)。T1800C在感染B基因型的ACLF患者中变异率最高达46%,而在C基因型中仅有2.4%。未经核苷类似物治疗的患者病毒准种耐药位点突变率在LC组高于其他组(1-4%vs.<1%)。CBS与NGS的Sn和d相关性和一致性较差(P>0.05)。综合上述结果发现,AHB准种异质性在CBS研究中为最低,但是在NGS研究中高于IT及CHB准种异质性。慢性感染患者的HBV准种复杂度与免疫压力和感染时间有关,即免疫压力越大(ACLF),感染时间越长(LC),复杂度越高,B细胞表位对应的氨基酸突变率(HBc Ag)越高。IT患者叁年的HBV准种变化的主要发生在HBs Ag/RT区域,表现为突变的积累。结论本研究建立了Illumina Miseq高通量测序研究HBV准种的大数据筛选流程和质控分析方法,发现在低丰度变异的检测和准种模拟方面,Illumina Miseq描述准种异质性的表现力较CBS方法更敏感、准确和高效。对HBV准种异质性的分析可以间接反映机体免疫系统对病毒的应答状态及感染时间的长短,从而为临床个体化抗病毒治疗提供科学依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
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论文知识图
![准种存在的空间模型[9]种的作用](/uploads/article/2020/01/05/b16fb16420500b29a30295f3.jpg)