利用生物信息学方法解析自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的动态表达

论文摘要

为了探究自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的表达概况,利用生物信息学方法对人体终末分化各阶段红细胞转录组测序（RNA sequencing,RNA-Seq）数据中自噬相关基因的表达进行提取并分析。结果表明,自噬相关基因在红细胞终末分化各阶段呈现不同的表达模式;在红细胞终末分化的早期,超过50%的自噬相关基因呈现高表达状态;原始红细胞及早幼红细胞中高表达的自噬相关基因富集的生物学过程主要包括细胞自噬及其调节、蛋白质的磷酸化及囊泡的运输,而线粒体自噬相关基因主要在中幼红细胞及晚幼红细胞阶段高表达。研究发现,自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的表达呈现动态变化;不同阶段的红细胞中高表达的自噬相关基因及其富集的生物学过程均不同。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 数据来源及类型
•   1.2 自噬相关基因集的获得
•   1.3 基因注释
•   1.4 数据分析平台及统计学分析
• 2 结果与分析
•   2.1 自噬相关基因在红细胞终末分化各阶段的表达模式
•   2.2 表达模式Pattern 1自噬相关基因集的注释
•   2.3 表达模式Pattern 2自噬相关基因集的注释
•   2.4 表达模式Pattern 3自噬相关基因集的注释
•   2.5 3种不同表达模式自噬相关基因集的综合分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 徐长禄,赵艳红,马艺戈,王冰蕊,王鼎,郭青,佟静媛,高洁,李亚朴,刘金花,石莉红

关键词: 自噬相关基因,红细胞终末分化,红细胞成熟,生物信息学分析

来源: 生物技术进展 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,基础医学

单位: 中国医学科学院&北京协和医学院血液病医院(血液学研究所)实验血液学国家重点实验室

基金: 国家自然科学基金项目(81870089),国家重点研发计划项目(2016YFA0102300,2017YFA0103100),中央高校基本科研业务费专项资金(3332018157),中国医学科学院医学与健康科技创新工程项目(2016-I2M-1-018,2016-I2M-3-002,2017-I2M-1-015)资助

分类号: Q811.4;R329.2

DOI: 10.19586/j.2095-2341.2018.0111

页码: 271-276

总页数: 6

文件大小: 1984K

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