罗汉果几丁质酶基因家族的生物信息学分析

论文摘要

几丁质酶是一类在植物抵抗病原真菌等过程中具有重要作用的蛋白质,为探讨几丁质酶在罗汉果抗根结线虫病中的调控作用,本研究基于南方根结线虫侵染下的罗汉果幼苗根系的转录组测序结果,采用生物信息学技术对筛选到的15个罗汉果几丁质酶基因进行分析。结果表明,15个罗汉果几丁质相关蛋白基因编码的氨基酸序列其N段均有一段信号肽,亚细胞定位在胞外;分子量从27 kDa到37 KDa不等;多数为酸性蛋白。基于氨基酸保守结构域和系统发育关系分析,15个罗汉果几丁质酶分属于GH18和GH19两大家族中的3个组别（Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ）的成员,GH18家族成员三级结构预测具有典型的（α/β）8桶状结构,而GH19家族成员三级结构预测只有α螺旋结构域。这些分析结果可为今后深入研究罗汉果几丁质酶的生物学功能和调控机制提供一定的理论依据,为罗汉果抗根结线虫病育种提供参考。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 方法
•     1.2.1 罗汉果几丁质酶基因鉴定及理化特性分析
•     1.2.2 信号肽预测及亚细胞定位
•     1.2.3 罗汉果几丁质酶系统进化树构建及氨基酸序列结构分析
• 2 结果与分析
•   2.1 罗汉果几丁质酶基因家族成员的鉴定与理化性质分析
•   2.2 信号肽预测及亚细胞定位结果
•   2.3 罗汉果几丁质酶系统发育分析及分类
•   2.4 罗汉果几丁质酶序列结构特点
• 3 结论与讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李惠敏,李璐璐,陈玉梅,李佳慧

关键词: 罗汉果,转录组测序,几丁质酶基因家族,理化特性

来源: 生物信息学 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,植物保护,园艺

单位: 广西师范大学生命科学学院

基金: 广西自然科学基金青年基金(No.2016GXNSFBA380061),广西高校中青年教师基础能力提升项目(No.2018KY0084),广西师范大学青年骨干教师成长支撑计划项目([2013]3)

分类号: Q811.4;S436.68

页码: 167-174

总页数: 8

文件大小: 2566K

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