基于新一代高通量测序技术分析拮抗酵母Cryptoccocus laurentii诱导处理樱桃番茄果实后转录组学的变化

论文摘要

罗伦隐球酵母（Cryptococcus laurentii）作为生物激发子,能显著诱导采后樱桃番茄对灰葡萄孢（Botrytis cinerea）的抗性响应,但其防治机制尚未完全明确。本实验以樱桃番茄为材料,利用新一代高通量测序技术Illumina HiSeqTM4000对罗伦隐球酵母处理及水对照处理的番茄果肉组织进行转录组测序,采用生物信息学方法对差异基因进行功能注释和通路分析,并利用实时荧光定量聚合酶链式反应（real time-quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR）技术对随机选取的差异表达基因进行验证。结果表明,樱桃番茄果实经过罗伦隐球酵母诱导处理48 h后,共有3 141个基因差异表达,上、下调表达基因分别为1 689个和1 452个,这些差异表达基因涉及多个代谢路径,揭示罗伦隐球酵母对番茄的诱导作用是一个多代谢路径参与的调控过程。此外,RT-qPCR验证结果与转录组分析结果趋势一致。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料与试剂
•   1.2 仪器与设备
•   1.3 方法
•     1.3.1 番茄的选择和预处理
•     1.3.2 罗伦隐球酵母的培养和收集
•     1.3.3 番茄果实组织样品制备
•     1.3.4 番茄果实伤口组织中总RNA的提取及cDNA文库的构建
•     1.3.5 测序及数据过滤
•     1.3.6 Unigene表达量计算和差异表达基因检测
•     1.3.7 差异表达基因GO功能注释和Pathway富集分析
•     1.3.8 实时荧光定量聚合酶链式反应（realtime-quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR）对转录组结果的验证
•   1.4 数据统计分析
• 2 结果与分析
•   2.1 测序数据的统计和质控报告
•   2.2 罗伦隐球酵母处理后的差异表达基因检测结果
•   2.3 差异表达基因的GO功能注释和富集分析
•   2.4 差异表达基因的Pathway富集分析
•     2.4.1 罗伦隐球酵母对番茄果肉组织中植物激素信号通路的影响
•     2.4.2 罗伦隐球酵母对番茄果肉组织中次级代谢路径的影响
•     2.4.3 罗伦隐球酵母对番茄果肉组织中抗病相关路径的影响
•   2.5 差异表达基因的RT-qPCR验证
• 3 讨论
•   3.1 植物激素信号通路参与罗伦隐球酵母诱导番茄果实抗病过程
•   3.2 罗伦隐球酵母激活樱桃番茄果实次级代谢通路关键酶基因的转录表达和对能量代谢的影响
•   3.3 罗伦隐球酵母诱导樱桃番茄果实PRs的转录表达

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 唐琼,郑晓冬

关键词: 罗伦隐球酵母,樱桃番茄,转录组学

来源: 食品科学 2019年18期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅰ辑,农业科技

专业: 轻工业手工业,植物保护,园艺

单位: 浙江大学生物系统工程与食品科学学院

基金: 国家自然科学基金面上项目（31571897）

分类号: TS255.1;S436.412.1;S476

页码: 55-62

总页数: 8

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