导读:本文包含了单染色体文库论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:染色体,文库,细菌,橡胶树,巴西,抗病性,甘蓝。
单染色体文库论文文献综述
马梦晨[1]（2017）在《巴西橡胶树热研7-33-97五条染色体文库的构建及序列分析》一文中研究指出巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)是重要的热带作物,是我国特种经济作物。目前包括RFLP、AFLP、RAPD、SSR、SNP等十多种分子标记已在橡胶树上得到应用,主要集中在橡胶树连锁遗传图谱的构建、品种鉴定、分子标记辅助育种和遗传多样性研究中。巴西橡胶树的全基因组测序开展的较晚,于2013、2016和2017年分别完成对RRIM600、热研7-33-97和BPM 24叁个橡胶树品种的全基因组测序,但也仅组装到Scaffold水平,尚未达到染色体水平,因此本研究从单条染色体入手,构建巴西橡胶树单染色体文库,对单染色体文库部分序列进行基因功能注释,旨在为橡胶树基因组研究提供新的思路与方法,为分子辅助育种提供基础。具体研究结果如下:(1)以巴西橡胶树热研7-33-97古铜期幼叶为材料制备染色体制片,从其中期分裂相中分离出32条染色体,并将分离出的单染色体用LA-PCR法扩增,其中有24条染色体检测有条带,条带大小多为300-4000 bp,对24条检测有条带的单染色体进行Dot-blot杂交验证其扩增来源,其中有22条杂交成功,证明其来自巴西橡胶树。随机选取5条斑点杂交成功的染色体进行Southern杂交,进一步证明了其来源于巴西橡胶树基因组,进而对这5条染色体进行荧光原位杂交验证并结合核型分析确定其分别为热研7-33-97的第3、7、13、15及16号染色体。(2)对已构建的单染色体文库连接转化与培养体系步骤进行了优化,优化后震荡培养时间为45 min,涂平板时菌液涂布体积确定为20μl/板,37℃倒置培养16 h。利用此体系本试验成功构建了巴西橡胶树热研7-33-97的第3、7、13、15及16号染色体微克隆文库,分别获得了 4.26×105个、3.6×105个、4.97×105个、2.83×105个、2.91×105个克隆子,插入片段范围依次为250～850bp、150～800bp、250～1200 bp、250～800 bp、250～1000 bp,平均插入片段依次为 437 bp、382 bp、491 bp、460 bp、456 bp,文库的覆盖率依次为2.1倍、1.6倍、3.6倍、2.1倍、2.3倍,空载率分别为3%、7%、2%、1%、2%。(3)随机获得了热研7-33-97的第3、7、13、15、16号染色体文库中的部分阳性克隆子测序序列,分别为80、88、83、81、111条,将测序结果与NCBI上巴西橡胶树热研7-33-97全基因组数据库(GCA_001654055.1)、RRIM600全基因组数据库(GCA_001907995.1)、EST数据库、巴西橡胶树18个分子标记的遗传图谱进行在线比对。该五条染色体文库中与热研7-33-97全基因组数据库(GCA_001654055.1)有高同源性的分别为19、40、15、14、18条;与橡胶树EST文库同源性大于90%的依次为20、42、16、29、21条,经功能分析后多数与橡胶树耐割性、抗冻性、割面干涸病(死皮病)、耐盐性及胶乳形成相关。其中L-7Chr-4与橡胶树胶乳形成相关,还与EST序列GenBank: JZ378253.1的同源相似性为97%,经功能注释该编号与陆地棉苗根系抗盐胁迫相关。(4)对五个染色体文库中与橡胶树全基因组数据库和EST数据库有高同源性的21条序列进行了 Blast2GO软件分析,比对上有高同源性的序列有14条,对这14条序列用Blast2GO软件进行GO MAP比对,其中8条序列得到了 GO术语注释结果,共得到41个GO ID,其中生物学途径(P) 22个、细胞组分(C) 12个和分子功能(F) 7个,对41个注释结果进行GO分级,共分为5级,有不同的功能,在生物学途径方面主要参与细胞过程、代谢过程、单有机体过程、生物体调控、生物合成过程、初级代谢等方面;在分子功能方面,主要参与催化活性、运输活性和转移酶活性等;在细胞组件部分主要是参与细胞部分、细胞、细胞器的组成。对经过GO注释后的序列进行Enzyme Code和KEGG代谢途径分析,在3号染色体文库的L-3Chr-3序列上得到一个酶注释,ID为2.7.7.49,为谷氨酰胺腺苷转移酶,但并未获得代谢途径。(本文来源于《海南大学》期刊2017-05-01）
马梦茹[2]（2017）在《巴西橡胶树热研7-33-97第4，12，17和18号染色体文库的构建及序列分析》一文中研究指出橡胶树是天然橡胶的主要来源。巴西橡胶树(Heveabrasiliensis)是目前国内外产生胶乳的重要物种。对巴西橡胶树进行深入的分子细胞学研究在橡胶树的育种上具有重要意义。近年来,研究者们先后在2013、2016和2017年采用高通量测序技术完成了 RRIM600、热研7-33-97、BPM24等巴西橡胶树品种的全基因组测序,但拼接水平仅达到scaffold水平。其遗传图谱、连锁群等信息并没有与染色体进行对应,功能基因在染色体组上位置和连锁关系尚未完全确定。目前的研究结果直接应用于橡胶树育种的难度较大,本研究构建了巴西橡胶树单染色体文库,可在一定程度上解决此问题。本课题组成员在国内从2013年率先开启了巴西橡胶树单染色体文库的构建工作,其他有关此方面的研究尚未见报道。故本研究从其单染色体入手,运用单染色体显微分离、LA-PCR法扩增单条染色体技术,构建了 4条巴西橡胶树单染色体文库,旨在为橡胶树的分子辅助育种提供理论基础。研究结果如下:(1)本研究采用微细玻璃针法成功地从巴西橡胶树热研7-33-97多个中期分裂相细胞中分离出31条单染色体。挑选出其中4条,用LA-PCR法对单染色体进行两轮体外扩增,通过Dot-blot杂交证实扩增产物来自巴西橡胶树基因组;将此4条染色体LA-PCR二轮扩增产物用DIG或BIO标记成探针,经荧光原位杂交(FISH)验证结合核型分析确定出4条染色体分别来自于热研7-33-97的第4、12、17和18号染色体。并成功构建了其微克隆文库,依次获得了 2.11×105、2.75×105、2.77×105、1.32×105个克隆子,其插入片段范围分别为250～1100bp、250～1200bp、300～1400bp,300～1100 bp,平均插入片段分别约为450 bp、500 bp、500 bp、550 bp。四条染色体文库的覆盖率依次约为1.1倍、1.9倍、2.4倍、1.4倍,空载率分别为0%、0%、1%、1%。(2)在热研7-33-97的第4、12、17、18号染色体文库中分别随机取100个左右阳性克隆子进行了测序,测序后分别得到100、100、101、99条序列,去除重复序列后依次有87、83、91、87条。将这些序列进行BLAST在线同源比对,与巴西橡胶树RRIM600全基因组数据库同源性大于90%的各为13、11、20、11条;与巴西橡胶树热研7-33-97全基因组数据库同源性大于90%的各为17、15、23、13条;与橡胶树EST文库同源性大于90%的分别为18、19、19、14条。EST注释的功能多数与橡胶树抗冻性、胶乳合成、耐割性、死皮病等功能相关,也有参与氨基酸前体和LCR69前体、defensin蛋白质前体的合成。(3)对四个染色体文库中与橡胶树的全基因组数据库和EST数据库高同源的序列共27条序列进行了 Blast2GO软件分析。第4号染色体构建的文库中的8条序列共得到了 9个术语注释结果:5个有关分子途径(P),3个有关细胞组件(C),1个有关分子功能(F);第12号染色体构建的文库中的7条序列中共得到9个GO术语注释结果4个有关分子途径(P), 3个有关细胞组件(C),2个有关分子功能(F);第17号染色体构建的文库6条序列共得到了 8个GO术语注释结果,3个有关分子途径(P),4个有关细胞组件(C), 1个有关分子功能(F);第18号染色体构建的文库中2条序列获得了 2个GO术语注释结果,1个有关分子途径(P),1个有关细胞组件(C),未获得有关分子功能方面的注释。这些获得注释的序列在生物学途径中参与细胞增殖、负调控的生物过程、细胞调控的过程、生物合成、N代谢等过程;在分子功能方面,有些序列影响到了转化酶的活性;在细胞组件方面,这些序列主要是参与细胞器组成、细胞固有成分组成等。第4号、12号、17号染色体文库中L-4Chr-25、L-12Chr-59、L-17Chr-4均获得了同一个酶注释:谷氨酰胺腺苷转移酶(EC 2.7.7.49),进行KEGG代谢途径分析,未获得代谢途径。(本文来源于《海南大学》期刊2017-04-01）
武亚磊,王玉红,刘玉玲,王春英,蔡小彦[3]（2016）在《雷蒙德氏棉细菌人工染色体文库的构建》一文中研究指出细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库是开展基因组测序、基因图位克隆、分子标记开发、物理作图等研究的重要基因组资源。本研究以二倍体野生棉雷蒙德氏棉(G.raimondii,D5)为材料,从成株期暗培养的黄化幼嫩叶片中得到纯净、完整和高质量的基因组DNA。经脉冲场凝胶电泳检测,所提取基因组DNA大于700 kb。经酶切、片段选择、连接转化,构建了雷蒙德氏棉的基因组BAC文库,文库共包含26 880个克隆,平均插入片段为127 kb,覆盖该棉种全基因组的3.7倍左右,克隆空载率小于5%。该文库的构建,为雷蒙德氏棉基因组物理图谱的构建、功能基因的定位与克隆、以及比较基因组研究提供了重要的基因组资源。(本文来源于《分子植物育种》期刊2016年08期）
殷卉[4]（2016）在《巴西橡胶树热研7-33-97叁条染色体文库的构建及第4号染色体高通量测序初步分析》一文中研究指出巴西橡胶树(Hevea brasiiensis)属大戟科植物,是一种天然的产胶植物和重要的经济作物。目前分子标记技术应用在橡胶树研究方面已取得一定进展,但关于橡胶树分子生物学研究还很欠缺。已构建的橡胶树连锁遗传图饱和度不够,许多功能基因在染色体组上位置和连锁关系尚未确定,直接应用于橡胶树育种难度较大。而从单条染色体入手,构建单条染色体文库,对单条染色体进行高通量测序和基因功能注释,可有效解决上述问题。在目前国内外有关橡胶树文库构建的研究仅在全基因组文库或cDNA文库方面,除了本课题组成员从2013年开启橡胶树单染色体文库构建工作外,与橡胶树单染色体文库构建方面相关的研究所见较少。而在橡胶树高通量测序方面,目前仅在RRIM品种全基因组测序草图和其他品种的转录组方面的测序,单条染色体高通量测序报道罕见。本研究采用巴西橡胶树单染色体显微分离体系分离热研7-33-97单染色体,一方面利用LA-PCR法扩增单条染色体后构建单染色体微克隆文库;另一方面,利用单细胞全基因组扩增法扩增单条染色体后进行Illumina高通量测序。旨在为橡胶树基因组研究提供新的思路与方法,为分子辅助育种提供理论基础。具体研究结果如下:(1)以巴西橡胶树热研7-33-97幼叶为材料,采用酶解去壁低渗法制备染色体标本,选择酶解时间为7h40min,后低渗时间为30min,可获得高质量的染色体标本。采用实验室自建的橡胶树玻璃针显微分离技术体系,成功地从橡胶树中期分裂相细胞中分离出29条单染色体。随机挑选出3条,采用LA-PCR法对单染色体进行体外扩增,通过Southern杂交证实扩增产物来自巴西橡胶树基因组;将这3条染色体的LA-PCR二轮扩增产物用DIG标记成探针,经荧光原位杂交(FISH)验证并结合核型分析确定出这叁条染色体的序号分别为热研7-33-97的第10、11及14号染色体。(2)构建了巴西橡胶树热研7-33-97的第10、11及14号染色体的微克隆文库,分别获得了 1.8×105个、2.4×105个、1.5×105个克隆子,插入片段范围为200-1100bp、200-1100bp、300-1100bp,平均插入片段分别约为400bp、450bp、450bp,文库的覆盖率依次约为7倍、5倍、5倍,空载率分别为5%、4%、5%。(3)分别随机对热研7-33-97的第10、11、14号染色体文库中的各100个阳性克隆子进行了测序,测序后分别得到100、100、94条序列,去除重复序列后依次有有93、91、86条。将这些序列进行BLAST在线同源比对,与橡胶树(RRIM600)WGS文库同源性大于90%的各为1、3、3条,与橡胶树EST文库同源性大于90%的分别为1、3、4条。(4)将叁个染色体文库与橡胶树的全基因组数据库和EST数据库高同源的序列进行Blast2GO软件分析。第10号染色体文库中的有2条序列用Blast2GO软件分析后,共计获得了7个GO术语注释结果,其中2个有关生物学途径方面,5个有关分子功能方面,进而对序列进行Enzyme Code和KEGG代谢途径的分析,获得2个酶注释,酶ID号为EC3.6.1、EC3.6.15,参与嘌呤代谢、硫胺素代谢KEGG两条代谢途径;第11号染色体文库中有6条序列用Blast2GO软件分析后,未获得GO术语注释结果,只获得了 2条序列有8个GO MAP结果,表明这两条序列与这些GO序列有一定的同源性,这些GO中,3个有关生物学途径(P)方面,3个有关细胞组件(C)方面,2个有关分子功能方面;第14号染色体文库中的有7条序列用Blast2GO软件分析后,共计获得11个GO术语注释结果,有关分子途径(P)方面的有5个,有关细胞组件(C)的有5个,有关分子功能(F)的有1个,进而对序列进行Enzyme Code和KEGG代谢途径的分析,获得2个酶注释,酶ID号均为EC2.7.7.49,但未获得代谢途径结果。(5)从分离的染色体中随机选择一条单染色体,用单细胞全基因组扩增(MALBAC)法对其进行体外扩增。Southern杂交证实其扩增产物来自于巴西橡胶树基因组,经荧光原位杂交(FISH)和核型分析确定出这条染色体为热研7-33-97的第4号染色体。(6)对热研7-33-97的第4号染色体二轮扩增产物进行Illumina平台高通量测序。测序结果双重过滤后进行分析统计,得到与橡胶树基因组匹配上的Reads为100 bp的有效序列770470条,又经变异检测得到SNP位点共8019个,InDel位点82个,SV位点184个。(7)本研究从热研7-33-97的第4号染色体叁重过滤后的clean reads中随机挑选出2000条与橡胶树(RRIM600)基因组数据库进行在线比对,同源性达90%以上的序列有1846条。随机挑选3000条序列与在库的EST序列同源性达90%以上的序列有25条,进而对与在库的EST序列高同源性的24条序列用Blast2GO软件分析后,共计获得5个GO注释结果,其中属于生物学途径(P)方面的有1个,细胞组件(C)方面的有1个,分子功能(F)方面的有3个,进而对序列进行Enzyme Code和KEGG代谢途径的分析,未有序列注释到相关酶功能和KEGG代谢途径。(本文来源于《海南大学》期刊2016-06-01）
蒋立坤,陈宝华,游伟伟,张晓军,许建[5]（2015）在《杂色鲍细菌人工染色体文库的构建及质量评估》一文中研究指出杂色鲍(Haliotisdiversicolor)为南方亚热带和热带种,是一种适于海峡两岸养殖的优良鲍种。由于两岸养殖的杂色鲍最早均来自台湾野生群体,在随后的几十年间再无其他群体加入近交效应十分显着,造成种质资源退化,从而导致群体遗传多样性下降,隐性有害基因纯合,养殖鲍抗性和生产性能明显下降。因此在现代基因组学和基因组选择育种兴起的背景下深入开展杂色鲍生长性状的遗传学基础研究,以提高生长性状为主要目标、兼顾抗逆性状的杂色鲍优良品种培育研究十分必要。细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库是一种大片段基因组DNA文库,构建大片段基因组文库是进行基因组学研究的一项重要的基础工作,而且随着克隆载体的不断优化,插入片段的转化率稳定性的不断提高大片段基因组文库逐渐成为真核生物基因组研究的关键平台。本实验将杂色鲍的基因组DNA采用限制性内切酶Hind III部分酶切的办法获取平均分子量在100到300kb的限制性基因组DNA片段,连接入载体p CC1BAC,转化到大肠杆菌DH10B细胞内,接种到含有氯霉素的LB培养基上。最终得到杂色鲍的BAC文库包括92160个平均大小在120kb的BAC克隆,分装在240个384孔板中,空载率为0.55%。文库覆盖杂色鲍全基因组约为7.3倍。利用48个384板的18432个克隆构建了高效的叁维筛选池,筛选得到12个基因的16个阳性克隆,我们利用二代测序平台将其中的8个阳性克隆进行测序,得到928Kb的杂色鲍基因组数据,为杂色鲍基因组序列评估和鉴定提供数据基础。在这8个BAC克隆中我们注释了包括7个目的基因在内的21个基因,表明文库可在目的基因筛选发挥重要作用。此外,我们根据测得的基因组数据还得到了150个微卫星标记。因此我们得到一个高覆盖率高质量的杂色鲍BAC文库,能有效用于目的基因的分离。杂色鲍BAC文库的构建为杂色鲍基因组研究的QTL精确定位、物理图谱构建、全基因组测序、基因结构与功能分析奠定坚实基础,最终为杂色鲍的分子育种提供服务。(本文来源于《2015年中国水产学会学术年会论文摘要集》期刊2015-11-05）
杨煜,杨晓慧,李灿辉,郭晓,单伟伟[6]（2015）在《马铃薯栽培品种‘合作88’细菌人工染色体文库的构建与评价》一文中研究指出以四倍体马铃薯栽培品种‘合作88’培养12~15 d苗龄的幼嫩叶片为试材,提取高分子量基因组DNA,利用限制性内切酶HindⅢ部分酶切后回收100~300 kb片段,连接到载体Copy ControlTM p CC1BACTM的HindⅢ位点上,构建了细菌人工染色体(BAC)文库。该文库约由850 000个克隆组成,空载率约2.08%,保存在1 700个混合池中,克隆插入片段平均大小约为90 kb,覆盖单倍型马铃薯基因组约85倍。随机挑取6个BAC克隆连续培养5 d,提取DNA进行HindⅢ完全酶切检测,确认不同培养时间的BAC克隆的指纹图谱完全一致,表明文库较好的稳定性。BAC文库的构建为马铃薯重要农艺性状基因克隆、基因组测序以及比较基因组研究等奠定了基础。(本文来源于《园艺学报》期刊2015年02期）
邢苗苗,田多成,李海龙,姚丽君,冀瑞琴[7]（2014）在《甘蓝基因组细菌人工染色体文库的构建》一文中研究指出细菌人工染色体(BAC)文库是克隆甘蓝抗病优质重要基因的基础,以抗枯萎病、富含硫代葡萄糖苷的结球甘蓝自交系R4P1为材料,美国Epicentre公司的CopyControlTMpCC1BACTM为载体,构建了甘蓝细菌人工染色体文库。该文库有73 344个克隆,插入片段平均大小约97 kb,空载率<3%,覆盖甘蓝基因组约10.9倍,筛选到甘蓝任一基因的概率为99.99%,这些结果表明,构建的文库质量较好,可用于后续分析。构建的甘蓝BAC文库不仅可用于枯萎病基因的克隆,而且为克隆其他重要的功能基因及基因组学等的研究奠定了基础。(本文来源于《华北农学报》期刊2014年05期）
张浩浩[8]（2014）在《羊巴贝斯虫细菌人工染色体文库构建及物理图谱绘制》一文中研究指出巴贝斯虫病是一种蜱传性血液原虫病,广泛分布于温带、亚热带以及热带地区,对全世界养殖业造成巨大的危害。鉴于巴贝斯虫对畜牧业发展的重大影响,自上个世纪中期,科学家就针对巴贝斯虫的致病机理、病原入侵宿主细胞机制及防治技术和策略等方面,开展了一系列的研究工作。然而由于研究手段的限制,相对于其它顶复门寄生虫(如弓形虫、疟原虫等),研究进展还显缓慢。究其原因,主要是对病原生物学的认知程度不高,尤其是在基因组水平的研究方面。本研究选用在我国广泛分布的羊巴贝斯虫未定种新疆株和莫氏巴贝斯虫临潭株为研究对象,通过体外培养虫体,接种除脾羊,当染虫率达到10～25%时收集羊血液,纯化巴贝斯虫裂殖子阶段虫体。将纯化的虫体包埋于低熔点琼脂糖,用蛋白酶K进行消化处理,得到相对完整的高分子量巴贝斯虫基因组DNA；利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析二者染色体大小及条数；酶切后分离大片段基因组DNA,将其与EPIcentre公司的CopyControl pCC1BAC Cloning-ready Vector进行连接,并转入大肠杆菌TransforMax EPI300,构建二者的细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome, BAC)文库；根据已有的羊巴贝斯虫未定种新疆株基因组测序拼接数据,设计了199对引物,筛选羊巴贝斯虫未定种新疆株细菌人工染色体文库,利用酶切指纹图谱获得阳性克隆之间的重迭关系。核型分析结果表明,两种巴贝斯虫均有4条染色体,但基因组大小不相同,羊巴贝斯虫未定种新疆株和莫氏巴贝斯虫临潭株基因组大小分别约为7.0Mb和11.1Mb(小于测序拼接数据)；成功构建两个巴贝斯虫细菌人工染色体文库,其中羊巴贝斯虫未定种新疆株共装配了19,200个克隆,羊莫氏巴贝斯虫临潭株共装配了34,560个克隆,文库平均插入片段大小约为65kb,两个巴贝斯虫基因组文库对其基因组的覆盖率均在100倍以上。本研究首次构建了两个羊巴贝斯虫细菌人工染色体文库,该文库为进一步绘制二者精细物理图谱、基因序列测定、利用比较基因组学筛选诊断、疫苗抗原基因以及药物靶点等方面的研究奠定了一定基础。通过对羊巴贝斯虫未定种新疆株BAC文库约1.3万个PCR筛选和酶切指纹图谱验证,共获得194个阳性克隆,在已有测序结果的基础了搭建了10条scaffold,总长度约为7.3Mb,这10条scaffold对其基因组覆盖程度达到了93%左右。同时也发现在已有的拼接数据中有3对引物没有筛选到阳性克隆,有2对引物虽然筛选到了阳性克隆,但实际目的片段大小与预期不一致,这也意味着已有数据的拼接结果中存在有错误拼接。该研究初步绘制了羊巴贝斯虫未定种新疆株的基因组物理图谱,同时也是对已有测序数据拼接正确与否的验证,发现了已有测序数据中存在错误拼接的地方,为进一步组装其精细物理图谱以及序列图谱奠定了坚实的基础。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2014-05-01）
李孟军,杨煜,高欣娜,郭晓,何明琦[9]（2014）在《石麦15细菌人工染色体文库构建与鉴定》一文中研究指出为给小麦功能基因研究提供参考信息,以冬小麦栽培品种石麦15(Triticum aestivum L.)为试材,从暗培养7~10d的黄化幼苗地上部提取高分子量基因组DNA,使用载体pCC1BAC的HindⅢ位点构建了六倍体小麦细菌人工染色体文库。该文库由1 000 000个以上克隆组成,保存在1 020个混合池中,克隆插入片段平均大小为85kb,空载率为2.5%;覆盖小麦基因组5倍以上;挑取7个克隆培养5d后,经HindⅢ完全酶切检测,其指纹图谱稳定一致。石麦15细菌人工染色体文库的构建为小麦基因克隆、调控序列克隆以及比较基因组学研究奠定了基础。(本文来源于《麦类作物学报》期刊2014年02期）
孙瑞芬,闫素丽,安玉麟[10]（2014）在《向日葵单染色体显微分离及特异文库的构建》一文中研究指出采用玻璃针分离法,通过显微操作系统成功地分离到内葵杂3号叁交种和单交种的随体染色体,经两轮LA-PCR扩增得到250~1 500 bp的DNA片段。用各自的基因组DNA标记成探针,与随体染色体扩增产物进行Southern杂交,显示杂交信号,证明内葵杂3号叁交种和单交种随体染色体DNA已被成功扩增。将第2轮PCR产物构建质粒文库,得到叁交种和单交种克隆数分别约为2.26×105和2.57×105。各随机挑取30个重组子进行分析,发现插入片段大小分别为200~700 bp和200~500 bp,平均插入片段大小分别为535 bp和480 bp。这是染色体微分离与微克隆技术首次在向日葵上的应用。(本文来源于《中国细胞生物学学报》期刊2014年01期）
单染色体文库论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
橡胶树是天然橡胶的主要来源。巴西橡胶树(Heveabrasiliensis)是目前国内外产生胶乳的重要物种。对巴西橡胶树进行深入的分子细胞学研究在橡胶树的育种上具有重要意义。近年来,研究者们先后在2013、2016和2017年采用高通量测序技术完成了 RRIM600、热研7-33-97、BPM24等巴西橡胶树品种的全基因组测序,但拼接水平仅达到scaffold水平。其遗传图谱、连锁群等信息并没有与染色体进行对应,功能基因在染色体组上位置和连锁关系尚未完全确定。目前的研究结果直接应用于橡胶树育种的难度较大,本研究构建了巴西橡胶树单染色体文库,可在一定程度上解决此问题。本课题组成员在国内从2013年率先开启了巴西橡胶树单染色体文库的构建工作,其他有关此方面的研究尚未见报道。故本研究从其单染色体入手,运用单染色体显微分离、LA-PCR法扩增单条染色体技术,构建了 4条巴西橡胶树单染色体文库,旨在为橡胶树的分子辅助育种提供理论基础。研究结果如下:(1)本研究采用微细玻璃针法成功地从巴西橡胶树热研7-33-97多个中期分裂相细胞中分离出31条单染色体。挑选出其中4条,用LA-PCR法对单染色体进行两轮体外扩增,通过Dot-blot杂交证实扩增产物来自巴西橡胶树基因组;将此4条染色体LA-PCR二轮扩增产物用DIG或BIO标记成探针,经荧光原位杂交(FISH)验证结合核型分析确定出4条染色体分别来自于热研7-33-97的第4、12、17和18号染色体。并成功构建了其微克隆文库,依次获得了 2.11×105、2.75×105、2.77×105、1.32×105个克隆子,其插入片段范围分别为250～1100bp、250～1200bp、300～1400bp,300～1100 bp,平均插入片段分别约为450 bp、500 bp、500 bp、550 bp。四条染色体文库的覆盖率依次约为1.1倍、1.9倍、2.4倍、1.4倍,空载率分别为0%、0%、1%、1%。(2)在热研7-33-97的第4、12、17、18号染色体文库中分别随机取100个左右阳性克隆子进行了测序,测序后分别得到100、100、101、99条序列,去除重复序列后依次有87、83、91、87条。将这些序列进行BLAST在线同源比对,与巴西橡胶树RRIM600全基因组数据库同源性大于90%的各为13、11、20、11条;与巴西橡胶树热研7-33-97全基因组数据库同源性大于90%的各为17、15、23、13条;与橡胶树EST文库同源性大于90%的分别为18、19、19、14条。EST注释的功能多数与橡胶树抗冻性、胶乳合成、耐割性、死皮病等功能相关,也有参与氨基酸前体和LCR69前体、defensin蛋白质前体的合成。(3)对四个染色体文库中与橡胶树的全基因组数据库和EST数据库高同源的序列共27条序列进行了 Blast2GO软件分析。第4号染色体构建的文库中的8条序列共得到了 9个术语注释结果:5个有关分子途径(P),3个有关细胞组件(C),1个有关分子功能(F);第12号染色体构建的文库中的7条序列中共得到9个GO术语注释结果4个有关分子途径(P), 3个有关细胞组件(C),2个有关分子功能(F);第17号染色体构建的文库6条序列共得到了 8个GO术语注释结果,3个有关分子途径(P),4个有关细胞组件(C), 1个有关分子功能(F);第18号染色体构建的文库中2条序列获得了 2个GO术语注释结果,1个有关分子途径(P),1个有关细胞组件(C),未获得有关分子功能方面的注释。这些获得注释的序列在生物学途径中参与细胞增殖、负调控的生物过程、细胞调控的过程、生物合成、N代谢等过程;在分子功能方面,有些序列影响到了转化酶的活性;在细胞组件方面,这些序列主要是参与细胞器组成、细胞固有成分组成等。第4号、12号、17号染色体文库中L-4Chr-25、L-12Chr-59、L-17Chr-4均获得了同一个酶注释:谷氨酰胺腺苷转移酶(EC 2.7.7.49),进行KEGG代谢途径分析,未获得代谢途径。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
单染色体文库论文参考文献
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