基于三代测序技术的微生物组学研究进展

论文摘要

微生物在人类生活中无处不在,过去人们对微生物的认识仅停留在单菌培养和定性研究上,而测序技术的发展极大地促进了微生物组学的研究。越来越多的证据表明:人体共生微生物、特别是肠道微生物与人类健康息息相关。二代测序技术凭借其高通量、高准确率和低成本的特点,成为微生物组学研究中的主流测序技术。但是随着研究的深入,二代测序技术的短读长(<450 bp)增加了后续数据分析和基因组拼接难度,也限制了该技术在未来研究中的应用。在此背景下,第三代测序技术应运而生。第三代测序技术又称单分子测序,能够直接对单个DNA分子进行实时测序,而不需要经过PCR扩增。第三代测序技术的平均读长在2–10 kb左右,最高可以达到2.2 Mb,实现了长序列的高通量测序。凭借其超长的测序读长、无GC偏好性等优势,三代测序技术为微生物基因组全长测序,组装完整可靠的基因组提供了新的方法。本文在描述三代测序的技术特点和原理的基础上,重点介绍了三代测序技术在微生物16S/18S rRNA基因测序、单菌的基因组组装以及宏基因组中的研究应用和进展。

论文目录

• 1 测序技术的发展
•   1.1 第一代测序技术
•   1.2 第二代测序技术
•   1.3 第三代测序技术
•     1.3.1 SMRT技术
•     1.3.2 Nanopore技术
• 2 三代测序技术在微生物组学研究中的应用
•   2.1 16S/18S三代测序
•   2.2 细菌/真菌基因组三代测序
•   2.3 宏基因组三代测序
• 3 结语

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 许亚昆,马越,胡小茜,王军

关键词: 微生物,三代测序,宏基因组

来源: 生物多样性 2019年05期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 中国科学院微生物研究所,中国科学院大学

基金: 科技部重点研发子课题(2018YFC2000504),国家自然科学基金(31771481)

分类号: Q933

页码: 534-542

总页数: 9

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