运用COBRA方法研究聚球藻代谢网络

论文摘要

生物过程的系统级建模和模拟,在定量和动态获得细胞功能方面具有指导作用。利用基于约束的代谢网络分析方法在计算机中模拟细胞代谢,分析聚球藻代谢网络的基本拓扑结构和网络内在联系。通过对代谢网络中的反应进行逐一删除,使用FBA和FVA方法分析敲除反应后的代谢网络的流量分布,以及该反应的敲除对其余反应的影响,并找到代谢网络中对整个系统有影响的反应,进一步验证其网络理论和模型方法的可行性。

论文目录

• 0 引言
• 1 理论与方法
•   1.1 FBA
•   1.2 FVA
• 2 模型及工具
•   2.1 模型介绍
•   2.2 COBRA Toolbox
•   2.3 COBRA Toolbox测试
• 3 实验步骤
•   3.1 代谢网络的操作
•     3.1.1 代谢模型读取
•     3.1.2 反应删除
•     3.1.3 获取FBA值
•     3.1.4 获取FVA值
•     3.1.5 结果保存和导出
•   3.2 数据处理
• 4 结果分析
•   4.1 横向对比显示
•   4.2 纵向对比显示

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 赵圆圆,付子爔,申铁

关键词: 基于约束的重建和分析方法,流量平衡分析,流量可变性分析,代谢网络,聚球藻

来源: 贵州师范大学学报(自然科学版) 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室

基金: 国家自然科学基金(No.31460233)

分类号: Q945

DOI: 10.16614/j.gznuj.zrb.2019.03.011

页码: 67-71+83

总页数: 6

文件大小: 303K

下载量: 88