东南亚地区寨卡病毒的流行及结构蛋白分子进化特征分析

论文摘要

目的分析寨卡病毒（Zika virus,ZIKV）在东南亚地区的感染传播情况,探讨其分子水平上的进化特征。方法用关键词和主题词检索ZIKV在东南亚地区暴发感染流行情况。在GenBank中获取ZIKV东南亚病毒株全基因序列,采用BIOEDIT软件进行比对;利用MEGA 7. 0软件绘制系统进化树;将结构蛋白核苷酸翻译获得其相应的氨基酸序列,分析突变情况;统计不同株型间结构蛋白核苷酸突变和氨基酸替代位点;预测包膜蛋白第三结构域（envelop domainⅢ,ED-Ⅲ）的二级结构。结果 ZIKV在东南亚国家均有血清学感染或回顾性检测阳性报道,其中越南、泰国和新加坡ZIKV感染病例较多,疾病负担较为严重。系统进化树表明,东南亚ZIKV株均属于亚洲型,2016年新加坡株（序列号:KY241788）与2015年巴西株亲缘关系最近,1966年分离的马来西亚株与其他东南亚株亲缘关系较远。东南亚ZIKV各株型间衣壳蛋白（capsid protein,C）的碱基突变点为22处,突变率为6. 36%,造成非同义氨基酸突变点为19处,突变率为16. 52%。前膜蛋白（pre-membrane protein,prM）的碱基突变点为51处,突变率为10. 12%,造成非同义氨基酸突变点为37处,突变率为22. 02%。包膜蛋白（envelope protein,E）的碱基突变点为141处,突变率为9. 33%,造成非同义氨基酸突变点为101处,突变率为20. 04%。ED-Ⅲ二级结构预测结果显示,在该区域2株代表株有相同数量的蛋白结合位点,代表株2（1966 Malaysia KX377336）存在1个蛋白结合位点富集区（ED-Ⅲ:55-63）,而代表株1（2014 Thailand KU681081）蛋白结合位点分布较均匀,代表株2的ED-Ⅲ存在1个二硫键,而代表株1不存在,代表株1（ED-Ⅲ:79-80）存在1个解螺旋,而代表株2不存在。结论通过病例统计分析、系统发育分析、蛋白质核苷酸及氨基酸序列比较分析、ED-Ⅲ二级结构预测,为研究东南亚地区ZIKV不同株型间的生物学和流行致病性差异提供参考。

论文目录

• 1 资料与方法
•   1.1 ZIKV东南亚流行情况分析
•   1.2 东南亚ZIKV流行毒株分子进化分析
•   1.3 结构蛋白突变分析及E蛋白第三结构域（enve-lop domainⅢ，ED-Ⅲ）二级结构预测
• 2 结果
•   2.1 ZIKV东南亚流行情况
•   2.2 东南亚ZIKV流行毒株分子进化分析
•   2.3 结构蛋白突变分析及ED-Ⅲ二级结构预测
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 林垚,洪珊,蓝青萍,孙强明

关键词: 寨卡病毒,东南亚,流行,结构蛋白,分子特征

来源: 中国生物制品学杂志 2019年09期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室

基金: 中央高校基本科研业务费专项资金资助(3332018163),中国医学科学院创新工程项目(2016-I2M-1-19)

分类号: R373

DOI: 10.13200/j.cnki.cjb.002757

页码: 958-964

总页数: 7

文件大小: 775K

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