HOMPPD:一个全面的人类口腔宏蛋白质组序列数据库

论文摘要

与宏基因组学相比,宏蛋白质组学可以系统地描绘微生物功能的动态变化,因此用其研究口腔微生物的组成和功能已成为一个新兴的领域。一个适当、完整的蛋白质组序列数据库在宏蛋白质组的数据分析中至关重要。在口腔宏蛋白质组研究中,常用的数据库为人类口腔微生物数据库(Human Oral Microbiome Database,HOMD),其中收录来自117个菌属和367个菌种的蛋白质组序列。但在近年来的口腔宏基因组研究中,已报道大量HOMD未收录的菌属。通过对宏基因组研究报道的95个菌属的蛋白质序列进行筛选和去冗余,然后与HOMD进行整合,构建一个更完整的人类口腔微生物蛋白质组数据库HOMPPD(Human Oral MetaProteome Plus Database);同时基于口腔微生物的高度个体化,提出对每个样本进行一次两步搜索的改进的两步检索法,最后利用已发表的唾液蛋白质组数据对其进行测试。通过整合,HOMPPD最终收录184个菌属和2 793个菌种的蛋白质组序列;测试结果表明,采用HOMPPD和改进的两步检索法可以鉴定到39个HOMD中未收录的新菌属和124个新菌种。新鉴定到的菌属主要分布在Proteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes三个门中。HOMPPD是目前为止收录蛋白质序列最全的口腔细菌蛋白质组数据库,使用其检索可以更加全面地鉴定唾液微生物的类群构成,其下载链接为ftp://111.198.139.72:4000//pub//metaproteomics//homppd.fasta。

论文目录

• 引言
• 1 材料与方法
•   1.1 测试数据与获取
•   1.2 口腔细菌蛋白质组数据库HOMPPD构建
•   1.3 数据库检索
•   1.4 数据库检索结果分析
• 2 结果
•   2.1 HOMPPD构建
•   2.2 两个数据库检索结果比较
•   2.3 唾液微环境新菌属和菌种的鉴定
•   2.4 唾液微生物的进化关系
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 宋婷婷,邵晨,杜鹏,张本煜,朱伟民,蒋继志

关键词: 宏蛋白质组学,口腔微生物,数据库

来源: 中国生物医学工程学报 2019年03期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 河北大学生命科学学院,国家蛋白质科学中心(北京)/北京蛋白质组研究中心/北京生命组学研究所

基金: 北京市优秀人才培养资助项目(2015000021223TD04)

分类号: Q811.4;R341

页码: 315-323

总页数: 9

文件大小: 1749K

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