导读:本文包含了标记序列论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:小奥德蘑,序列特异性扩增标记,PCR扩增
标记序列论文文献综述
荣成博,牛玉蓉,刘宇,杨丽,王月雪[1]（2019）在《热带小奥德蘑的序列特异性扩增标记开发》一文中研究指出[目的]为了快速、准确地对热带小奥德蘑JZB2115055进行鉴定和保护,该研究开发了该菌的序列特异性扩增(SCAR)标记。[方法]采用26个ISSR引物对19个小奥德蘑属菌株进行PCR扩增,以引物P826扩增时,JZB2115055在700 bp～1 000 bp之间出现了一条特异条带,获得此条带的DNA序列并设计特异性引物对P826-1-2XF/R。[结果]以19个小奥德蘑DNA为模板,P826-1-2XF/R为引物在JZB2115055中能够特异性地扩增出2条条带,长度分别为431 bp、537 bp;该引物在2～19号菌株中扩增不出目的条带或者扩增条带在2 000～5 000 bp之间。[结论]开发了热带小奥德蘑JZB2115055的SCAR标记,能够在该菌中特异性地扩增出431 bp和537 bp大小的条带,而其他18株菌株不能扩增出特异条带,此标记能够快速、准确地进行该菌的鉴定和保护。(本文来源于《生物技术》期刊2019年05期）
盛文涛,周劲松,贡继尚,李袁飞,饶友生[2]（2019）在《基于芦笋全雄品种核基因组序列的SSR标记开发及特征分析》一文中研究指出在天门冬属中,芦笋是全球重要的蔬菜作物,质嫩味美,营养丰富。随着芦笋种植规模的不断扩大,对芦笋品种的产量和品质提出了更高的要求。开发芦笋基因组中的分子标记,有助于开展芦笋遗传多样性分析、遗传图谱的构建、分子标记辅助选择育种等工作。本研究中基于课题组发表的全雄品种(编号:SAMN04606231)细胞核基因组测序数据(NCBI登录号:GCA_001876935.1,累计总长为1 187 538 024 bp),利用MISA程序(https://webblast.ipkgatersleben.de/misa/)识别和定位SSR位点,利用Primer 3(http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/)软件对搜索到的SSR位点两端设计引物,随机合成100对引物进行多态性引物筛选,再从多态性引物中选取易扩增、多态性高的引物,对10种天门冬属芦笋野生近缘种和20份栽培品种基因组进行扩增,检测引物的通用性,并进行UPGMA聚类分析。经检测,在芦笋基因组中共获得了375 435个SSR位点,平均每1个基因有13.57个SSR位点,其中二、叁核苷酸重复基序分别为155 458个和91 010个,占总SSR位点数的65.64%。在二核苷酸重复基序中,TA/AT所占比例最高,占41.4%,CG/GC所占比例最低,占4.6%;在叁核苷酸碱基重复基序中,TGT/ACA所占比例最高,为15.6%。在挖掘的重复类型中,随机选取100个基序重复次数在20～60之间的SSR位点进行引物设计与合成,在30份天门冬属材料中进行PCR扩增分析,从中筛选出62对具有多态性的SSR引物,其中有27对引物在研究的芦笋品种种质资源间表现出多态性,将芦笋栽培品种与近缘野生类群划分为两大类群。可见,芦笋基因组SSR标记的开发,不仅可以用于芦笋栽培品种DNA指纹图谱分析,而且为天门冬属不同种的遗传图谱构建、遗传多样性分析、重要性状的遗传机制解析、分子育种等研究奠定基础。(本文来源于《中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集》期刊2019-10-21）
白霄霞,沈风娇,李志斌,赵建成,蒋淑磊[3]（2019）在《杜鹃花属(Rhododendron L.)植物DNA条形码鉴定——参考序列库、分子标记与栽培品种野生亲本溯源》一文中研究指出杜鹃花属(Rhododendron L.)植物作为重要观赏和中药植物,市场前景广阔,发展潜力巨大。本文通过归纳杜鹃花属植物的分类、鉴定相关问题,发现利用DNA条形码可有效解决杜鹃花属植物(品种)的鉴定问题。基于杜鹃花属植物的具体情况,本文对序列参考数据库建设、分子标记开发以及杜鹃花品种的野生亲本溯源叁方面内容进行综述,并结合GenBank中1 311条杜鹃花属DNA序列及作者测序获得的463条序列,初步建立杜鹃花属DNA条形码数据库,并通过非加权组平均法利用matK与psbA-trnH序列联合建立UPGMA树,部分杜鹃花属栽培品种可与野生种聚为一支。综合说明DNA条形码技术可用于对杜鹃花属栽培品种开展初步的野生亲本溯源。(本文来源于《天津农业科学》期刊2019年10期）
洪文娟,郝兆祥,刘康佳,罗华,毕润霞[4]（2019）在《基于石榴全基因组序列的SSR标记开发及鉴定》一文中研究指出【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1～6核苷酸重复的SSR位点进行了查找,分析了不同类型SSR位点的序列特征,进而设计引物并检测了引物的有效性和多态性。【结果】(1)石榴基因组中共检测到146 445个SSR位点,其中以单核苷酸重复型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重复型最少(仅占0.38%);SSR序列以A/T碱基占主导,具有偏向性。(2)石榴基因组SSR序列长度变化范围为10～252 bp,平均长度15.48 bp。不同长度重复单元类型的SSR序列长度存在丰富变异,呈现随着重复次数增多,SSR序列丰度减少的趋势。(3)根据不同类型SSR位点设计并合成引物140对,其中119对在12份石榴种质中可扩增出有效条带,41对可产生多态性条带,PIC值在0.007～0.566之间;从中筛选出多态性较高、稳定性好的引物15对,共检测到等位基因44个,平均每个SSR位点检测到2.933 3个等位基因。【结论】利用石榴全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出大量适用于石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究的SSR引物。相关研究为石榴的遗传育种研究提供了丰富的SSR序列信息和标记资源。(本文来源于《北京林业大学学报》期刊2019年08期）
董碧麟,刘伟,陈瑶,童中胜,李东升[5]（2019）在《ITS/CHS1靶位序列分析结合SRAP分子标记技术鉴定Nannizzia incurvata临床分离株》一文中研究指出以转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和几丁质合成酶1(chitinase synthase 1,CHS1)为鉴定靶位,结合种系进化分析将2007年至2016年分离自头癣或面癣患儿的12株石膏样小孢子菌复合体成员(现被归入Nannizzia菌属)鉴定到种水平,其中5株为Nannizzia gypsea(Microsporum gypseum),另7株为Nannizzia incurvata(Microsporum incurvatum)。在此基础上,通过序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记进一步证实二者在DNA多位点存在扩增多态性。本研究证实在我国湖北地区存在Nannizzia incurvata,为我国开展Nannizzia菌属的分子流行病学研究提供了实验室依据和支持。(本文来源于《菌物学报》期刊2019年08期）
忻雅,方献平,王淑珍,童建新,来文国[6]（2019）在《简单重复序列标记和序列相关扩增多态性标记在草莓遗传多样性分析中的比较》一文中研究指出利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplified polymorphism, SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态性位点数为6.43个,每个位点的平均多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)值为0.628 4;20个SRAP引物组合平均多态性位点数为14.30个,PIC值高达0.911 4。基于SSR标记的聚类结果与基于SRAP标记的聚类结果的相关系数为0.817,呈显着水平。而SSR标记、SRAP标记分别与SSR+SRAP联合标记的相关系数为0.938和0.966,都达到极显着水平。SSR和SRAP标记都能较好地分析草莓遗传多样性,其中SRAP标记的效果略优于SSR标记,而SSR+SRAP联合标记分析则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。(本文来源于《浙江大学学报(农业与生命科学版)》期刊2019年03期）
谷振军,杨春霞,丁伟,李康琴,黄宝祥[7]（2019）在《南酸枣转录组SSR序列特征分析及其分子标记开发》一文中研究指出为了开发南酸枣植物的微卫星分子标记,本研究基于Illumina-HiSeq 2000测序平台对南酸枣叶片和果实的转录组进行高通量测序。利用MISA软件对获得的转录组数据库进行搜索与分析,共鉴别出15 168个SSR位点,SSR位点的发生频率为25.52%,平均分布距离3.98 kb,以单核苷酸重复类型相对比例最高,占总数的62.32%,二核苷酸重复类型和叁核苷酸重复类型分别占18.74%和17.47%。利用Gen Script在线软件设计出150对SSR引物,以不同来源南酸枣4个无性系DNA样品对150对SSR引物进行扩增效率检验,发现有115对引物可扩增出清晰条带,其中25对引物具有多态性。本研究结果表明,利用高通量测序技术开发南酸枣SSR分子标记是一种简单而高效的途径,可为南酸枣的居群遗传多样性、遗传结构以及种质资源鉴定研究奠定基础。(本文来源于《南方林业科学》期刊2019年03期）
李涛,王哲,崔铱婕,殷倩,王智宝[8]（2019）在《双期相脉冲式动脉自旋标记序列评估急性脑梗死临床研究》一文中研究指出目的探讨双期相脉冲式动脉自旋标记(biphasic pulsed arterial spin markers,BPASL)序列能否在定量评估急性脑梗死患者的脑血流速度(CBF)及判断梗死区周围有无侧支循环方面具有类似多个PLD的伪连续标记ASL序列(pCASL)同样的效果。方法使用2个不同反转时间(TI)的PASL流动敏感交替反转恢复(FAIR)序列扫描所得的控制像及标记像经后处理工作站计算处理后所得伪彩图评估梗死区周围是否存在侧支循环。比较存在侧支循环组及无侧支循环组不同TI时脑血流速度(CBF)及脑血流速增加量(ΔCBF)是否存在明显差别,同时比较存在侧支循环组及无侧支循环组的梗死区及镜像区的ΔCBF是否存在明显差别。结果有侧支组与无侧支组梗死区CBF及ΔCBF值差异有统计学意义(P<0.05)。有侧支组梗死区及无侧支组梗死区与镜像区CBF及ΔCBF值差异有统计学意义(P<0.05)。结论应用双期相动脉自旋标记(BPASL)序列扫描能够准确判断梗死区有无侧支循环形成,并能够对相应区域脑血流量的变化进行准确的量化评估。(本文来源于《河北医药》期刊2019年10期）
赵立祥,董浚键,孙成飞,田园园,胡婕[9]（2019）在《结合线粒体D-loop序列和SSR标记对宝石鲈养殖群体遗传多样性的分析》一文中研究指出采用线粒体D-loop序列及SSR标记分析广东4个宝石鲈(Scortum barcoo)养殖群体的遗传多样性。D-loop序列分析显示,长度为598 bp的D-loop片段上有14个多态性位点,共定义8个单倍型。4个群体单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.000 0～0.543 5、0.000 00～0.001 76,表明4个群体遗传多样性水平均较低。利用11个SSR位点分析显示,4个群体期望杂合度(H_e)=0.396～0.516、PIC=0.320～0.420,说明各群体遗传多样性处于中低水平。虽然二种方法获得的遗传分化指数F_(ST)上存在差异,分别为0.403 5(D-loop)和0.044 5(SSR),但二种分析结果均显示4个广东群体的遗传多样性较低、亲缘关系较近,因此有必要引进原种以丰富国内养殖群体的遗传多样性。(本文来源于《淡水渔业》期刊2019年03期）
上官艳妮,李林,潘胤池,陈红波,罗才林[10]（2019）在《千里光过氧化物酶基因的SSR标记及序列分析》一文中研究指出目的研究千里光过氧化物酶(peroxidase,POD)基因结构特征和功能的关系,并根据其核苷酸序列设计SSR引物,进一步验证其在多个千里光地方种中的多态性。方法从千里光全长c DNA文库中分离到POD全长序列,运用系列生物信息学软件进行核苷酸与氨基酸的序列特征分析,分析序列中的SSR位点并对多个千里光品系进行PAGE检测和验证。结果基因具有典型的POD结构特征,表现出高度的保守性。PAGE电泳显示该引物在不同地方品系的千里光中扩增稳定,且存在明显多态性。结论研究结果拓展了对千里光POD基因序列和功能的认识,新开发标记能有效应用于POD基因的检测和育种鉴定,同时也可为其他物种的POD研究提供参考。(本文来源于《中草药》期刊2019年08期）
标记序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
在天门冬属中,芦笋是全球重要的蔬菜作物,质嫩味美,营养丰富。随着芦笋种植规模的不断扩大,对芦笋品种的产量和品质提出了更高的要求。开发芦笋基因组中的分子标记,有助于开展芦笋遗传多样性分析、遗传图谱的构建、分子标记辅助选择育种等工作。本研究中基于课题组发表的全雄品种(编号:SAMN04606231)细胞核基因组测序数据(NCBI登录号:GCA_001876935.1,累计总长为1 187 538 024 bp),利用MISA程序(https://webblast.ipkgatersleben.de/misa/)识别和定位SSR位点,利用Primer 3(http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/)软件对搜索到的SSR位点两端设计引物,随机合成100对引物进行多态性引物筛选,再从多态性引物中选取易扩增、多态性高的引物,对10种天门冬属芦笋野生近缘种和20份栽培品种基因组进行扩增,检测引物的通用性,并进行UPGMA聚类分析。经检测,在芦笋基因组中共获得了375 435个SSR位点,平均每1个基因有13.57个SSR位点,其中二、叁核苷酸重复基序分别为155 458个和91 010个,占总SSR位点数的65.64%。在二核苷酸重复基序中,TA/AT所占比例最高,占41.4%,CG/GC所占比例最低,占4.6%;在叁核苷酸碱基重复基序中,TGT/ACA所占比例最高,为15.6%。在挖掘的重复类型中,随机选取100个基序重复次数在20～60之间的SSR位点进行引物设计与合成,在30份天门冬属材料中进行PCR扩增分析,从中筛选出62对具有多态性的SSR引物,其中有27对引物在研究的芦笋品种种质资源间表现出多态性,将芦笋栽培品种与近缘野生类群划分为两大类群。可见,芦笋基因组SSR标记的开发,不仅可以用于芦笋栽培品种DNA指纹图谱分析,而且为天门冬属不同种的遗传图谱构建、遗传多样性分析、重要性状的遗传机制解析、分子育种等研究奠定基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
标记序列论文参考文献
[1].荣成博,牛玉蓉,刘宇,杨丽,王月雪.热带小奥德蘑的序列特异性扩增标记开发[J].生物技术.2019
[2].盛文涛,周劲松,贡继尚,李袁飞,饶友生.基于芦笋全雄品种核基因组序列的SSR标记开发及特征分析[C].中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集.2019
[3].白霄霞,沈风娇,李志斌,赵建成,蒋淑磊.杜鹃花属(RhododendronL.)植物DNA条形码鉴定——参考序列库、分子标记与栽培品种野生亲本溯源[J].天津农业科学.2019
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[10].上官艳妮,李林,潘胤池,陈红波,罗才林.千里光过氧化物酶基因的SSR标记及序列分析[J].中草药.2019