云南丝膜菌属真菌分子系统发育研究

论文摘要

丝膜菌属(Cortinarius)是世界上最大的真菌类群之一,含有数量众多的物种,具有非常重要的经济价值和生态价值。由于该属物种多样性丰富,经典的形态地理学方法不能很好地解决属内分类问题,相关的分子系统发育研究亦不充分,使得该属的分类问题争议不断。本论文对采自云南的疑似丝膜菌属真菌的50份样品的核糖体基因内转录间隔区(ITS)、核糖体大亚基(LSU)、核糖体小亚基(SSU)三个序列片段进行PCR扩增和克隆测序,共获得了 108条自测序列。将ITS序列、LSU序列分别与GenBank中的数据进行BLAST 比对,进行初步的物种鉴定。对每个序列片段运用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯分析(Bayesian Analysis)分别构建系统发育树,再将三个序列片段串联起来运用三种方法进行分析,比较不同的方法构建的系统树的拓扑结构,比较每个序列提供的系统发育信息。研究结果表明:在本论文所获得的36份样品的ITS、LSU和SSU序列通过BLAST比对,下载相似度接近99%的序列构建系统发育树,进行分子系统发育分析后得出36份样品均为丝膜菌属物种,且C22(半血红丝膜菌)、C30(黏柄丝膜菌)、C42(白紫丝膜菌)、C46(半血红丝膜菌)、C49(皱盖丝膜菌)的分子鉴定结果与形态鉴定结果一致。所构建的12棵系统发育树表明该研究的36份样品分属于Subg.Phlegmacium,Subg.Myxacizum,Subg.Dermocybe,Subg.Anomali,Subg.Telamonia,Subg.Leprocybe六个亚属,其中Sect.Anomdli是一个独立的亚属。在三种分析方法中,贝叶斯分析提供较高的分支后验概率,邻接法和最大似然法中每个序列的分支支持率都不是很高;贝叶斯分析提供的分支信息不如邻接法和最大似然法多,其中最大似然法较邻接法更优。在单个序列的分析中,LSU序列能提供更多的信息。因此建议将LSU序列作为丝膜菌属真菌分子鉴定及系统发育分析的主要片段,ITS、SSU序列作为辅助片段,使我们能更好地借助分子数据研究丝膜菌属物种的形态和生态学的演变情况。

论文目录

• 中文摘要
• Abstrat
• 第一章 文献综述
•   1.1 丝膜菌属概况
•   1.2 丝膜菌属的国内外研究概况
•     1.2.1 丝膜菌属分类研究历史
•     1.2.2 丝膜菌属的国外研究进展
•     1.2.3 中国丝膜菌属真菌研究概况
•   1.3 丝膜菌属真菌研究中存在并亟待解决的问题
•   1.4 研究目的及意义
• 第二章 实验材料与方法
•   2.1 实验材料
•     2.1.1 实验样品
•     2.1.2 实验仪器与实验试剂
•   2.2 形态学研究
•   2.3 分子系统学研究
•     2.3.1 基因组DNA提取及检测
•     2.3.2 目的片段PCR扩增、检测及回收
•     2.3.3 目的片段克隆测序
•     2.3.4 测序结果拼装及BLAST比对
•     2.3.5 分子系统发育分析
• 第三章 形态描述,基因组DNA检测与PCR扩增结果
•   3.1 样品的形态描述
•   3.2 样品基因组DNA检测结果
•   3.3 目的片段PCR扩增结果
•   3.4 目的片段DNA回收检测结果
• 第四章 分子系统发育分析
•   4.1 BLAST比对结果
•   4.2 系统发育分析
•     4.2.1 序列获取情况
•     4.2.2 基于ITS序列的分子系统发育分析
•     4.2.3 基于LSU序列的分子系统发育分析
•     4.2.4 基于SSU序列的分子系统发育分析
•     4.2.5 SSU-ITS-LSU序列联合的分子系统发育分析
•     4.2.6 关于系统发育分析的讨论
• 第五章 结论
• 第六章 总结与展望
•   6.1 总结
•   6.2 展望
• 参考文献
• 附录1 常用试剂配方
• 附录2 NJ法、ML法系统发育树
• 在读期间论文发表及获奖情况
• 致谢

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 方媛

导师: 马绍宾,郭相

关键词: 丝膜菌属,序列,分子鉴定,分子系统发育

来源: 云南大学

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学,生物学

单位: 云南大学

分类号: Q949.32

总页数: 96

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