西红花MADS-box基因家族的生物信息学分析

西红花MADS-box基因家族的生物信息学分析

论文摘要

西红花是中国传统中药材,以花柱入药,被誉为"植物黄金"。MADS-box转录因子家族在显花植物的花器官形成和分化过程中发挥重要作用,其有极大的可能影响西红花花器官的形成进而影响花柱发育。本研究采用生物信息学方法,对来自西红花转录组数据库中的17条MADS-box转录因子的核苷酸进行解读,及对其编码的氨基酸序列的组成成分、理化性质、信号肽、导肽、跨膜结构域、亚细胞定位、亲疏水性、蛋白质的二级、三级结构及功能域进行预测分析,并将西红花和其他植物的MADS-box蛋白进行同源比对,同时构建了西红花和模式植物拟南芥MADS-box蛋白家族的系统进化树。结果表明,西红花MADS-box基因的开放阅读框在630~750 bp左右,分子量在24~29 kD之间,理论等电点(pI)均大于7,介于8.69~9.54之间,表现为碱性疏水蛋白,既不含有信号肽也没有跨膜结构,二级结构主要原件为α-螺旋和无规则卷曲,含有一个MADS-MEF结构域和K-box结构域。氨基酸同源性比对结果表明西红花和石刁柏的MADS-box蛋白同源性较高。与拟南芥的进化树分析结果显示,西红花MADS-box蛋白可聚为两大类,分属于MIKC和Mβ亚家族。本工作可为今后进一步深入研究西红花MADS-box蛋白的生物学功能提供可靠的参考依据。

论文目录

  • 1 结果与分析
  •   1.1 西红花MADS-box基因家族的发现
  •   1.2 西红花MADS-box转录因子蛋白序列的相似性比较
  •   1.3 西红花MADS-box蛋白序列理化性质分析
  •   1.4 导肽、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位预测
  •   1.5 西红花MADS-box转录因子蛋白的亲疏水性预测分析
  •   1.6 西红花MADS-box转录因子二级结构预测分析
  •   1.7 西红花MADS-box转录因子三级结构分析和同源建模
  •   1.8 西红花MADS-box转录因子蛋白同源性比对及系统进化树构建
  • 2 讨论
  • 3 材料与方法
  •   3.1 西红花MADS-box基因家族参考序列的获得和鉴别
  •   3.2 西红花MADS-box基因家族蛋白信息学分析
  •   3.3 西红花MADS-box基因家族蛋白序列比对和系统进化分析
  • 作者贡献
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 张一菡,李卿,张磊,谭何新,陈祥慧

    关键词: 西红花,生物信息学,系统进化树

    来源: 基因组学与应用生物学 2019年07期

    年度: 2019

    分类: 基础科学,医药卫生科技,农业科技

    专业: 生物学,农作物

    单位: 第二军医大学长海医院药学部,第二军医大学药学院药用植物学教研室,第二军医大学长征医院药材科

    基金: 上海市科学技术委员会基金(No.15391900500),上海市青年科技启明星基金(14QB1402700),国家自然科学基金(81673529,31670292),中国人民解放军第二军医大学2017年优秀硕士研究生苗子培育基金共同资助

    分类号: Q943.2;S567.239

    DOI: 10.13417/j.gab.038.003140

    页码: 3140-3154

    总页数: 15

    文件大小: 4237K

    下载量: 447

    相关论文文献

    • [1].金属离子对西红花苷稳定性的影响[J]. 中成药 2020(01)
    • [2].一测多评法测定通滞苏润江胶囊中西红花苷-Ⅰ、西红花苷-Ⅱ的含量[J]. 中国药品标准 2020(05)
    • [3].西红花采后加工关键技术[J]. 浙江农业科学 2019(06)
    • [4].不同叶果型栀子植株果内栀子苷和西红花苷含量分析[J]. 经济林研究 2017(03)
    • [5].西红花苷药理活性的研究进展[J]. 现代药物与临床 2017(09)
    • [6].西红花与常见伪劣品鉴别[J]. 实用中医药杂志 2016(07)
    • [7].活血佳药——西红花[J]. 抗癌之窗 2019(06)
    • [8].红花≠西红花[J]. 中老年保健 2020(07)
    • [9].西红花的真伪鉴别[J]. 开卷有益-求医问药 2017(10)
    • [10].基于网络药理学研究西红花抗炎作用的分子机制[J]. 中国野生植物资源 2020(06)
    • [11].西红花色泽与化学成分含量的相关性分析[J]. 中药材 2018(08)
    • [12].西红花及其活性成分的国内、外临床研究概况[J]. 中国药房 2019(17)
    • [13].“标准+种植”双平台共造崇明西红花生态圈[J]. 华东科技 2018(08)
    • [14].二十五味珊瑚丸中西红花苷Ⅰ&Ⅱ的含量测定研究[J]. 西藏大学学报(自然科学版) 2012(01)
    • [15].不同结构西红花苷稳定性的研究[J]. 食品科技 2012(08)
    • [16].栀子中西红花苷Ⅰ和西红花苷Ⅱ的高效液相色谱法测定[J]. 时珍国医国药 2012(10)
    • [17].反相高效液相色谱法同时测定西红花苷Ⅰ和西红花酸[J]. 东华理工大学学报(自然科学版) 2012(04)
    • [18].西红花苷的药理研究进展[J]. 西南国防医药 2011(08)
    • [19].西红花中西红花苷的研究进展[J]. 化工科技市场 2010(06)
    • [20].西红花苷类成分药理作用研究概况[J]. 成都大学学报(自然科学版) 2008(01)
    • [21].西红花栽培技术[J]. 杭州农业科技 2008(04)
    • [22].西红花苷生物合成途径研究进展[J]. 中国野生植物资源 2020(05)
    • [23].一种鉴定西红花和红花源性成分的实时荧光PCR方法[J]. 中国中药杂志 2018(23)
    • [24].西红花有效成分含量及相关性研究[J]. 临床医药文献电子杂志 2019(61)
    • [25].名卉珍药西红花[J]. 现代养生 2009(10)
    • [26].镉铬胁迫对西红花重金属吸收及转移的影响[J]. 湖北农业科学 2013(06)
    • [27].西红花苷调血脂作用机制研究[J]. 中国执业药师 2009(02)
    • [28].西红花苷促进小鼠脾淋巴细胞增殖[J]. 细胞与分子免疫学杂志 2016(06)
    • [29].西红花茬口复种甜叶菊[J]. 农家致富 2009(13)
    • [30].西红花苷对氧化性低密度脂蛋白致内皮细胞损伤的保护作用[J]. 中外医疗 2010(22)

    标签:;  ;  ;  

    西红花MADS-box基因家族的生物信息学分析
    下载Doc文档

    猜你喜欢