论文摘要
西红花是中国传统中药材,以花柱入药,被誉为"植物黄金"。MADS-box转录因子家族在显花植物的花器官形成和分化过程中发挥重要作用,其有极大的可能影响西红花花器官的形成进而影响花柱发育。本研究采用生物信息学方法,对来自西红花转录组数据库中的17条MADS-box转录因子的核苷酸进行解读,及对其编码的氨基酸序列的组成成分、理化性质、信号肽、导肽、跨膜结构域、亚细胞定位、亲疏水性、蛋白质的二级、三级结构及功能域进行预测分析,并将西红花和其他植物的MADS-box蛋白进行同源比对,同时构建了西红花和模式植物拟南芥MADS-box蛋白家族的系统进化树。结果表明,西红花MADS-box基因的开放阅读框在630~750 bp左右,分子量在24~29 kD之间,理论等电点(pI)均大于7,介于8.69~9.54之间,表现为碱性疏水蛋白,既不含有信号肽也没有跨膜结构,二级结构主要原件为α-螺旋和无规则卷曲,含有一个MADS-MEF结构域和K-box结构域。氨基酸同源性比对结果表明西红花和石刁柏的MADS-box蛋白同源性较高。与拟南芥的进化树分析结果显示,西红花MADS-box蛋白可聚为两大类,分属于MIKC和Mβ亚家族。本工作可为今后进一步深入研究西红花MADS-box蛋白的生物学功能提供可靠的参考依据。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 张一菡,李卿,张磊,谭何新,陈祥慧
关键词: 西红花,生物信息学,系统进化树
来源: 基因组学与应用生物学 2019年07期
年度: 2019
分类: 基础科学,医药卫生科技,农业科技
专业: 生物学,农作物
单位: 第二军医大学长海医院药学部,第二军医大学药学院药用植物学教研室,第二军医大学长征医院药材科
基金: 上海市科学技术委员会基金(No.15391900500),上海市青年科技启明星基金(14QB1402700),国家自然科学基金(81673529,31670292),中国人民解放军第二军医大学2017年优秀硕士研究生苗子培育基金共同资助
分类号: Q943.2;S567.239
DOI: 10.13417/j.gab.038.003140
页码: 3140-3154
总页数: 15
文件大小: 4237K
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