猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析

论文摘要

对猪细小病毒6型(PPV6)安徽分离株PPV6 AH进行全基因组序列克隆,并进行遗传进化树构建及同源性分析。将病毒基因分10段进行PCR扩增并测序,用SeqMan进行拼接,获得全基因组序列。将PPV6 AH株与GenBank中PPV6其他毒株进行遗传进化分析。结果显示,PPV6 AH基因组全长6 180 bp,与其他国内外15株PPV6全基因的核苷酸序列同源性达到97.1%～99.5%。基于PPV6全基因、NS1及Cap基因构建的遗传进化树显示PPV6 AH株与PPV6 BJ、BJ2、SC及JS株有着共同的进化起源。NS1基因第708、996、1 932核苷酸位点发生突变;Cap基因在第1 205、1 211、1 582、1 614核苷酸位点发生突变;Cap蛋白氨基酸在第402和404位点发生突变。本研究首次报道PPV6在安徽省猪群中存在,该研究结果为安徽地区PPV6的分子遗传进化特征提供了一定的参考。

论文目录

• 1 材料和方法
•   1.1 病料来源
•   1.2 主要试剂
•   1.3 引物的设计与合成
•   1.4 病毒DNA提取
•   1.5 阳性PPV6样本检测
•   1.6 目的基因分段扩增及测序
•   1.7 遗传进化树的构建
•   1.8 序列分析
• 2 结果与分析
•   2.1 病毒PCR鉴定结果
•   2.2 全基因序列扩增结果
•   2.3 遗传进化树构建结果
•   2.4 序列分析结果
• 3 讨 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达,李永东,孙裴,王勇

关键词: 猪细小病毒型,全基因组,同源性分析,遗传进化分析

来源: 江苏农业学报 2019年05期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 安徽农业大学动物科技学院,宁波市疾病预防控制中心

基金: 家畜疫病病原生物学国家重点实验室开放课题(SKLVEB2016KFKT003),安徽省自然科学基金项目(1708085MC-83),国家自然科学基金项目(31602063)

分类号: S852.651

页码: 1154-1160

总页数: 7

文件大小: 1795K

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