导读:本文包含了基于的基因序列分型论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,序列,细菌,间日,疟原虫,链式反应,引物。
基于的基因序列分型论文文献综述
吴丹[1]（2019）在《山西太原淋球菌多抗原序列分型以及mtrR、porB1b耐药基因的研究》一文中研究指出目的:1.研究山西太原地区淋球菌临床分离株对头孢曲松、头孢克肟、阿奇霉素、环丙沙星、大观霉素、四环素、青霉素七种药物的敏感性;2.采用NG-MAST初步探索山西太原地区淋球菌的基因型,把握本地区淋球菌不同基因型的流行状况,为疾病防控提供理论依据。3.分析山西太原地区淋球菌头孢菌素敏感性改变和耐药基因mtrR和porB1b的关系。方法:1.收集2017年9月-2018年12月间,山西医科大学第二医院皮肤科、泌尿外科、药敏室、山西疾病预防控制中心的淋球菌61株,用琼脂稀释法检测头孢曲松、头孢克肟、阿奇霉素、环丙沙星、大观霉素、四环素、青霉素七种药物的药敏。2.提取其DNA,对por和tbpB基因片段进行扩增并测序,并在NG-MAST官网中分析每株菌的por和tbpB对应的等位基因号,以及NG-MAST基因序列,用MegaX软件对por和tbpB基因序列做进化树,用Bootstrap法对进化树的可靠性进行检验,分析序列的同源性。3.对药敏中的头孢曲松和头孢克肟低敏和耐药的菌株和其中一株敏感的菌株的DNA进行提取,扩增mtrR和porB1b基因片段并测序,对比分析其潜在突变。结果:1.头孢曲松、头孢克肟、阿奇霉素、四环素、大观霉素、环丙沙星、青霉素的耐药率分别为0、0、4.92%、34.43%,9.8%,100%,100%。2.(1)61株淋球菌经测序分析,por一共得到44种等位基因,其中基因型por1132,por2001,por6993,por581是山西地区por的优势基因型。(2)tbpB一共得到26种等位基因型,其中tbpB4,tbpB186,tbpB1058,tbpB566是山西地区的优势菌型。(3)一共发现49种NG-MAST基因分型,其中新的基因型别有21种一共22株,而NG-MAST3305、NG-MAST2083是山西地区流行的MAST基因型。3.(1)9株低敏株中都发现了mtrR启动子位置的33位A的删失,A39T、G45D、H105Y氨基酸置换在低敏株中不完全发现,而敏感株中没有发现此突变。(2)9株低敏株和低敏株的porB1b氨基酸序列中全存在M18T、Q143K、S258R的置换,而A121D、A121G以及G120K只在低敏株中发现,在215位点所有菌株都存在置换。结论:1.四环素、大观霉素、环丙沙星、青霉素已不再适合山西地区淋球菌治疗,而头孢曲松、头孢克肟和阿奇霉素仍可用于山西太原地区淋球菌的治疗。2.(1)por等位基因号90、5692、1123可能为短链上同一来源基因型。(2)淋球菌的tbpB的进化图可以发现tbpB4、1601、446、75、447、156、1058的亲缘关系比较近,它们可能是短链上来源相同的基因型。(3)山西太原淋球菌新的基因型别较多,山西地区的淋球菌基因分型需要持久的监测。3.(1)mtrR启动子区第33位A的缺失与淋球菌药物敏感性降低可能有关,而A39T、G45D以及H105Y氨基酸的置换与淋球菌药物敏感性降低可能没有关系;(2)porB1b第120、121位点氨基酸序列突变可能影响淋球菌对头孢菌素的药物敏感性。(本文来源于《山西医科大学》期刊2019-05-25）
侯霞霞,王云霞,胡雪,吕志勇,刘丽君[2]（2019）在《肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应指纹图谱技术用于细菌分型的研究进展》一文中研究指出肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)指纹图谱技术利用普遍存在于生物体内的ERIC进行引物设计,通过基因扩增,获得能够表征其基因组结构的产物,该方法简单易行、重复性好、用时短,被广泛应用于细菌基因分型及同源性判别。本文简述细菌分型的研究背景和ERIC-PCR指纹图谱技术的原理及特点,归纳该技术在细菌基因分型方面的优缺点及其在常见食源性致病菌基因分型中的应用现状,并对ERIC-PCR指纹图谱技术应用于乳品企业污染菌溯源的研究进行展望。(本文来源于《乳业科学与技术》期刊2019年02期）
汪国庆,李贞,彭奕冰[3]（2019）在《微卫星多态性和重复序列PCR分析技术在热带假丝酵母菌基因分型中的应用》一文中研究指出目的:评估微卫星多态性分析技术和重复序列PCR分析技术在临床热带假丝酵母菌基因分型中的应用。方法:收集2014年8月到2015年11月来自上海4家医院临床分离的热带假丝酵母菌共50株,分别以Ca21、Ca22、Com21两两组合为引物,选用最合适的引物组合进行重复序列聚合酶链反应(repetitive extragenic palindromic polymerase chain reaction,REP-PCR)后电泳获得REP-PCR分型。采用Ctrm1、Ctrm10、Ctrm12这3种微卫星标记进行微卫星多态性分析。比较2种基因分型方法的结果和分辨力。结果:REP-PCR以Ca21-Com21引物组合的分型效果最好,50株热带假丝酵母菌经REP-PCR分型得到共7种REP-PCR型,鉴别力指数(index of discriminatory power, DP)为0.75。经多态性分型得30种基因型,DP为0.97。结论:微卫星多态性分析简便、快捷,分辨力高于REP-PCR检测,可作为实验室基因分型的首选方法。(本文来源于《诊断学理论与实践》期刊2019年01期）
车雷,张国斌,高丹,赵梁,王晓丽[4]（2019）在《沈阳市鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析》一文中研究指出目的了解沈阳市肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物携带汉坦病毒(HV)的基因型别及变异情况。方法选取沈阳市HFRS高发地区,于2017年春、秋两季分别在居民区和野外同时捕获宿主动物(鼠),并采集鼠肺。采用间接免疫荧光试验(IFA)筛选出HV抗原阳性的鼠肺,用RT-PCR从IFA筛选阳性的鼠肺中扩增G2基因片段。经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,对扩增产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件进行同源性分析。结果筛选出HFRS抗原阳性的鼠肺17份,对阳性鼠肺标本经RT-PCR检测,10份标本扩增出目的片段,均为HV汉城型(SEO)。扩增产物测序结果与国内毒株及部分国际标准株比较,10份SEO型HV之间核苷酸同源性高达99.3%～100%。与80-39株(韩国,1980)同源性最高,为95.6%～96.2%,推导氨基酸同源性为99.3%。结论沈阳市HFRS鼠间疫情的HV基因型以SEO型为主,检测出的鼠间HV G2基因片段之间高度同源,无明显变异,遗传物质相对稳定。(本文来源于《中国媒介生物学及控制杂志》期刊2019年01期）
朱小甫,吴旭锦[5]（2018）在《Ⅰ群禽腺病毒hexon基因分型与序列分析》一文中研究指出对鸡群中感染的Ⅰ群禽腺病毒hexon基因进行分型与序列分析,以期明确Ⅰ群禽腺病毒基因型的分布和hexon基因变异情况。参考GenBank上FAdV基因序列,设计2对引物,采用套式PCR技术扩增临床病料中Ⅰ群禽腺病毒hexon基因,测序后获得了8株FAdV hexon基因片段。结果表明,构建系统进化树发现,其中HM、SXFS、LQQD、HXGB、GSPL、DYQY和FP共7株属于FAdV-4型,而GS株属于FAdV-1型。7株FAdV-4型毒株核苷酸同源性在99.9%～100%之间,推导的氨基酸序列同源性均为100%,提示这7株FAdV-4型流行毒株高度同源。FAdV-1型的GS与CELO株核苷酸、推导的氨基酸序列同源性均为99.2%,提示GS与CELO株亲缘关系较近。在鸡群中发现存在FAdV-1型和FAdV-4型Ⅰ群禽腺病毒,各血清型毒株之间高度同源,毒株遗传稳定性高。(本文来源于《动物医学进展》期刊2018年10期）
马娜[6]（2018）在《鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及进化亲缘关系研究》一文中研究指出目的:利用MLVA基因分型技术,通过对我国不同地区的鼠疫耶尔森菌DNA模板进行基因分型工作,探讨不同地区的基因分型情况及亲缘关系,为我国鼠疫耶尔森菌溯源提供更丰富的数据库及资料。方法:本研究选取的样本由中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室在2017年提供,来自不同地区的鼠疫耶尔森菌DNA模板共180株。其中甘肃省11株;西藏自治区40株;四川省31株;新疆自治区37株;青海25株;内蒙古自治区36株。本实验选用“14+12”分级分型方案,一共26个VNTR位点进行MLVA分型,其中14个位点进行每个地区的菌株分型,针对14位点分型后菌株数量较多MLVA型再利用12位点进一步再分型。经实验分析后得出各位点的重复数,经过软件Bio Numerics聚类分析后得到各位点的分辨指数,本研究以分辨指数相似度大于60%的分为一个基因群组,分辨指数完全相同的分为一个基因型。绘制聚类图及最小生成树。结果:1.菌株DNA基本特征:本研究菌株选自全国的15个生态型及3个生物型,其中新疆菌株生态型最多,有5个生态型;甘肃菌株有4个生态型;青海有3个生态型;西藏、四川和内蒙古菌株分别只有2个生态型。新疆和甘肃分别有古典型和中世纪型菌株,四川和青海则分别来自古典型和田鼠型,内蒙古菌株有田鼠型和中世纪型菌株,而西藏全部菌株只有古典型菌株。2.不同地区14位点MLVA分型结果:新疆地区分为5群,22个MLVA型,A群中MLVA型最多,19株菌占比51.4%;青海地区分为4群,14个基因型;甘肃地区分为3个群,6个MLVA型,B群中菌株数目最多,占比54.5%。3.不同地区“14+12”MLVA分型结果:西藏地区经14位点分为2个群,13个基因型,西藏地区样本菌株在B群中有34株菌占比85.0%,其中B群MLVA 8型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a群、b群共5个基因型;四川地区经14位点分为2个群,5个基因型,其中A群MLVA 2型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a-e 5个群共9个基因型;内蒙古地区经14位点分为2个群,7个基因型,其中B群MLVA 1型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a群、b群共15个基因型。4.不同传统型MLVA基因分型结果:本研究选取的14位点将180株菌分为8群、25簇、64个基因型。共有10个生态型完全分布在特定的基因群组中,4个生态型分布在2个不同的群组中,1个生态型较为分散,分布于3个基因群组中;田鼠型和中世纪型分布有单独的群组,不与古典型相交叉;古典型菌株没有单独的群组,分散在不同的基因群中。5.亲缘关系:中世纪型菌株由内蒙古地区中世纪型菌株基因进化而来,田鼠型菌株由青海地区田鼠型菌株基因进化而来;西藏、新疆地区的大部分菌株较为独立,而四川、青海、甘肃、及西藏和新疆的小部分古典型菌株相互之间的基因位点差异较小,可由相同的基因型进化而来。结论:1.只用14位点MLVA分型方法对新疆、甘肃和青海的菌株分型就可以有较高的分辨率;而内蒙古、西藏和四川地区的菌株需结合12位点的再分型才能提高基因分型的分辨率。2.与鼠疫菌传统型结合分析,鼠疫菌在遗传进化上具有一定的稳定性。3.本研究发现,不仅同地区菌株之间有亲缘关系,不同地区间也可以通过基因分型方法发现其存在的基因层面的进化、发展关系。(本文来源于《吉林大学》期刊2018-10-01）
王灿,李璞媛,苑鑫,童贻刚,高明明[7]（2018）在《基于荚膜多糖基因wzc可变区序列的肺炎克雷伯菌荚膜分型》一文中研究指出目的对分离培养的肺炎克雷伯菌菌株进行荚膜分型以判断不同荚膜型在其中的分布。方法对来源于北京地区的肺炎克雷伯菌菌株参照编码肺炎克雷伯菌荚膜多糖基因中一段wzc基因可变区(CD1-VR2-CD2)序列设计引物,运用PCR法扩增目的片段并进行测序,与已发表的荚膜型或NCBI数据库上比对测序结果,最终确定荚膜型别。结果在实验室保存的231株肺炎克雷伯菌中,有210株可用此法进行荚膜分型(分型率为90. 9%);在分出的40种不同的荚膜型中,K47为最常见的荚膜型别,占17. 1%(36/210);其次为K15型,占10. 5%(22/210),其他为K1和K2型,分别占5. 7%(12/210)和6. 6%(14/210)。结论基于荚膜多糖基因wzc可变区序列进行分型的方法操作简单,更有利于不同实验室之间的结果相互比较。另外,K47、K15、K1和K2型为临床肺炎克雷伯杆菌常见的荚膜型。(本文来源于《军事医学》期刊2018年08期）
葛彪,田改生,李勤学,李冯锐[8]（2018）在《序列特异性引物联合RT-PCR在LRRK2基因多态性分型中的应用》一文中研究指出目的建立帕金森病(PD)相关基因LRRK2疾病易感位点R1628P、G2385R的新检测方法。方法设计序列特异性引物,采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)的方法,对已知基因型的标准品进行分型检验;检测100例未知基因型的PD样品,并用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RLFP)的方法对待检样品基因型进行验证。结果标准品分型结果完全正确,待检的100例样品分型结果与PCR-RLFP分型结果完全吻合。结论序列特异性引物联合实时荧光定量PCR可成功实现对LRRK2疾病易感位点R1628P、G2385R的基因型分型。(本文来源于《中国老年学杂志》期刊2018年12期）
李妍,刘海灿,杨健,王蕊,鲜小萍[9]（2018）在《陕西分离株结核分枝杆菌可变数目串联重复序列基因分型研究》一文中研究指出目的初步探讨陕西分离株结核分枝杆菌可变数目串联重复序列(VNTR)分型及分布特征,为结核病的防控提供参考。方法 2016年1-12月在陕西省10个市(地)连续收集肺结核患者的痰标本,常规培养后进行MTB并初步鉴定。提取细菌基因组DNA,采用聚合酶反应(PCR)对15个VNTR位点进行检测,采用Bio-Numerics5.0软件进行基因型聚类分析。结果经初步鉴定共分离出300株MBT,基因聚类分析将全部菌株分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ4个基因群,分别占10.00%(30/300)、4.00%(12/300)、85.67%(257/300)和0.33%(1/300);共含281个基因型,其中267株为单一基因型菌株,余33株分为14簇。11个VNTR位点对不同MTB菌株具有较强的分辨能力,其中MIRU26、QUB11b、Mtub04、Mtub21位点的多态性较好,Qub26、MIRU10、Mtub39、MIRU31、Qub4156、ETRA、MIRU40位点的多态性尚可,Mtub30、ETRC、MIRU4、MIRU16位点的多态性较差。结论陕西分离株结核分枝杆菌存在基因多态性,其主要流行型为Ⅲ型。(本文来源于《中国病原生物学杂志》期刊2018年04期）
宋观波,徐超,王利磊,魏庆宽,李瑾[10]（2018）在《鲁西南地区间日疟原虫Pvmsp-1基因分型及序列同源性研究》一文中研究指出目的了解不同时期鲁西南地区间日疟原虫Pvmsp-1基因分型及序列同源性特征。方法收集不同时期采制的鲁西南地区间日疟患者厚、薄血膜标本,用巢式PCR方法扩增间日疟Pvmsp-1基因icb5~icb6片段,对产物进行PvuⅡ酶切鉴定和序列比对分析及系统进化分析。结果 25份间日疟样品巢式PCR产物大小均为470bp,经PvuⅡ酶切均获得350bp和120bp两条片段,为Sal-1型。进化树分析25个样品株处于同一个大分支,且与Sal-1型标准株株同属一个总分枝,而与Belem型标准株遗传距离较远。结论鲁西南地区不同时期流行株间日疟原虫Pvmsp-1基因均为Sal-1型,株间序列同源性较高。(本文来源于《中国病原生物学杂志》期刊2018年03期）
基于的基因序列分型论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)指纹图谱技术利用普遍存在于生物体内的ERIC进行引物设计,通过基因扩增,获得能够表征其基因组结构的产物,该方法简单易行、重复性好、用时短,被广泛应用于细菌基因分型及同源性判别。本文简述细菌分型的研究背景和ERIC-PCR指纹图谱技术的原理及特点,归纳该技术在细菌基因分型方面的优缺点及其在常见食源性致病菌基因分型中的应用现状,并对ERIC-PCR指纹图谱技术应用于乳品企业污染菌溯源的研究进行展望。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基于的基因序列分型论文参考文献
[1].吴丹.山西太原淋球菌多抗原序列分型以及mtrR、porB1b耐药基因的研究[D].山西医科大学.2019
[2].侯霞霞,王云霞,胡雪,吕志勇,刘丽君.肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应指纹图谱技术用于细菌分型的研究进展[J].乳业科学与技术.2019
[3].汪国庆,李贞,彭奕冰.微卫星多态性和重复序列PCR分析技术在热带假丝酵母菌基因分型中的应用[J].诊断学理论与实践.2019
[4].车雷,张国斌,高丹,赵梁,王晓丽.沈阳市鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析[J].中国媒介生物学及控制杂志.2019
[5].朱小甫,吴旭锦.Ⅰ群禽腺病毒hexon基因分型与序列分析[J].动物医学进展.2018
[6].马娜.鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及进化亲缘关系研究[D].吉林大学.2018
[7].王灿,李璞媛,苑鑫,童贻刚,高明明.基于荚膜多糖基因wzc可变区序列的肺炎克雷伯菌荚膜分型[J].军事医学.2018
[8].葛彪,田改生,李勤学,李冯锐.序列特异性引物联合RT-PCR在LRRK2基因多态性分型中的应用[J].中国老年学杂志.2018
[9].李妍,刘海灿,杨健,王蕊,鲜小萍.陕西分离株结核分枝杆菌可变数目串联重复序列基因分型研究[J].中国病原生物学杂志.2018
[10].宋观波,徐超,王利磊,魏庆宽,李瑾.鲁西南地区间日疟原虫Pvmsp-1基因分型及序列同源性研究[J].中国病原生物学杂志.2018
论文知识图
