新型分节段黄病毒的发现及其流行病学研究

论文摘要

近年来通过高通量测序技术发现了一类新型分节段黄病毒—荆门病毒属（Jingmenvirus）,主要成员包括Jingmen tick virus、Mogiana tick virus及Guaico Culex virus。该类病毒基因组分为4或5个节段,其中有2个节段来源于黄病毒的非结构蛋白,其他节段则表达病毒结构蛋白。该类病毒可感染蜱、蚊、牛、猴等动物,并且在中国、巴西、美国、乌干达地区都有分布。本研究在我国东北地区蜱咬伤病人血液中分离鉴定了一种新型分节段黄病毒-阿龙山病毒（Alongshan virus,ALSV）,并开展了人及动物流行病学研究。1.阿龙山病毒的分离鉴定:2017年4月采集哨点医院蜱咬伤病人血样进行宏病毒组学分析,发现1例病人血样中含有类似荆门蜱病毒（Jingmen tick virus,JMTV）的核酸序列,同源性57.4–74.5%。将血样接种Vero细胞,5–7天后可见轻微细胞病变;电镜负染观察,可见直径80–100 nm的带囊膜的近球形病毒粒子,切片观察可见胞质中有病毒颗粒。病毒基因全长为11350 bp,分为4个节段。由于病人发现于内蒙古阿龙山地区,因此命名为阿龙山病毒（ALSV）。2.阿龙山病毒基因组生物信息学分析:同源性分析发现ALSV与JMTV氨基酸同源性为23.7–80.9%;蛋白质组学分析ALSV存在类似黄病毒NS5和NS2b-NS3片段的NSP1和NSP2非结构蛋白,以及VP1囊膜蛋白、VP2核衣壳蛋白、VP3膜蛋白三个结构蛋白。进化分析发现ALSV与JMTV处于黄病毒属、瘟病毒属、肝炎病毒属之间,单独形成一个分枝,且分别处于不同分枝,表明ALSV属于分节段的荆门病毒属（Jingmenvirus）但是区别于JMTV的分节段黄病毒新种。3.阿龙山病毒在蜱咬伤病人流行病学分析:2017年4–8月采集的374份蜱咬伤住院病人血样中共检出86例ALSV阳性病例,患者主要集中在内蒙古东部及黑龙江大兴安岭地区,男性居多（73.3%）,多为野外工作者（97.7%）,有近期蜱叮咬史（95.3%）。病人发病潜伏期为3–7天,以头痛（80.2%）、发烧（77.9%）、疲乏（59.3%）为主要症状,住院10-14天可痊愈。4.阿龙山病毒在动物的流行病学分析:采集内蒙古东部地区牛羊血清各240份,检测发现牛羊ALSV ELISA抗体阳性率为4.6–9.2%;中和抗体阳性率为1.7–4.2%,说明牛羊存在ALSV的既往感染。RT-qPCR检测牛羊ALSV阳性率为26.3–27.5%,表明牛羊存在ALSV近期感染,可能为ALSV的储存宿主。在黑龙江和内蒙古采集蜱1105只,通过巢式PCR在全沟硬蜱中检出ALSV,黑龙江感染率3.7%,内蒙古6.5%,表明全沟硬蜱可能为ALSV的传播媒介。遗传进化分析显示牛、羊、蜱及人源ALSV同源性在98%以上,且位于进化树同一分枝,表明各宿主源ALSV在进化上密切相关。本研究发现了一种新型分节段黄病毒—阿龙山病毒,是世界上发现的第一个感染人的分节段黄病毒,对于蜱传疾病的防控具有重要指导意义,同时也为蜱传病研究提供了新的方向。

论文目录

• 摘要
• abstract
• 英文缩略表
• 第一章 引言
•   1.1 黄病毒概述
•     1.1.1 黄病毒研究史
•     1.1.2 黄病毒生命周期机制
•     1.1.3 黄病毒主要蛋白结构及功能
•     1.1.4 黄病毒的宿主范围及流行病学
•     1.1.5 黄病毒检测方法
•   1.2 分节段黄病毒的研究进展
•     1.2.1 分节段黄病毒研究史
•     1.2.2 分节段黄病毒基因组结构及编码蛋白功能
•     1.2.3 分节段黄病毒系统发育分析
•     1.2.4 分节段黄病毒宿主范围及地域分布
•   1.3 东北地区重要的蜱传人兽共患病原流行情况
•     1.3.1 蜱传森林脑炎病毒
•     1.3.2 发热伴血小板减少综合征病毒
•     1.3.3 淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒
•     1.3.4 斑点热群立克次体
•     1.3.5 无形体
•     1.3.6 伯氏疏螺旋体
•     1.3.7 巴贝西虫
•   1.4 总结与展望
• 第二章 ALSV的分离鉴定
•   2.1 材料与方法
•     2.1.1 病人样品及细胞
•     2.1.2 主要仪器与试剂
•     2.1.3 病人样品病毒宏基因组学前期制备
•     2.1.4 ALSV阳性样品筛选
•     2.1.5 病毒的分离与鉴定
•     2.1.6 病毒的全基因组扩增
•     2.1.7 病毒在不同细胞的增殖能力分析
•   2.2 结果
•     2.2.1 病毒宏基因组学测序结果
•     2.2.2 病毒的分离与鉴定结果
•     2.2.3 病毒全基因组扩增结果
•     2.2.4 病毒在不同细胞的增殖能力检测结果
•   2.3 讨论
• 第三章 ALSV全基因组的生物信息学分析
•   3.1 方法
•     3.1.1 基因序列选取
•     3.1.2 同源性分析
•     3.1.3 糖基化位点分析
•     3.1.4 信号肽分析
•     3.1.5 跨膜区域分析
•     3.1.6 ALSV基因组序列保守区分析
•     3.1.7 ALSV的系统发育进化分析
•   3.2 结果与分析
•     3.2.1 ALSV与黄病毒其他成员同源性分析结果
•     3.2.2 ALSV基因组序列糖基化位点分析结果
•     3.2.3 ALSV基因组序列信号肽分析结果
•     3.2.4 ALSV基因组序列跨膜区分析结果
•     3.2.5 ALSV基因组序列保守区分析结果
•     3.2.6 ALSV的系统发育进化分析结果
•   3.3 讨论
• 第四章 ALSV在蜱咬病人的流行病学分析
•   4.1 材料与方法
•     4.1.1 毒株、细胞与病人血样
•     4.1.2 主要仪器与试剂
•     4.1.3 蜱叮咬住院病人的ALSV感染情况筛查
•     4.1.4 ALSV感染病人其他蜱传病原体检测
•     4.1.5 ALSV感染病人病例整理分析
•     4.1.6 ALSV感染病人阳转情况检测
•   4.2 结果与分析
•     4.2.1 蜱叮咬住院病人ALSV检测结果及人口统计学分析结果
•     4.2.2 ALSV感染病人其他蜱传病检测结果
•     4.2.3 ALSV感染病人临床症状及生化指标统计分析结果
•     4.2.4 ALSV感染病人阳转情况检测结果
•   4.3 讨论
• 第五章 ALSV在动物中的流行病学分析
•   5.1 材料与方法
•     5.1.1 毒株、细胞与样品采集
•     5.1.2 主要仪器与试剂
•     5.1.3 主要溶液及配置
•     5.1.4 ALSV VP2 原核表达
•     5.1.5 牛羊血清ALSV抗体ELISA方法检测
•     5.1.6 牛羊血清ALSV中和抗体实验
•     5.1.7 牛羊血清样品ALSV实时荧光定量PCR检测
•     5.1.8 ALSV阳性样品的病毒分离与鉴定
•     5.1.9 系统发育进化分析
•     5.1.10 统计学分析
•   5.2 结果
•     5.2.1 ALSV VP2 蛋白重组表达
•     5.2.2 牛羊血清ALSV抗体ELISA检测结果
•     5.2.3 牛羊血清中和抗体检测结果
•     5.2.4 ALSV荧光定量RT-q PCR检测方法建立
•     5.2.5 牛羊血清样品分子生物学检测结果
•     5.2.6 牛羊样品血清学及分子生物学检测结果比较
•     5.2.7 蜱样品分子生物学检测结果
•     5.2.8 ALSV阳性样品病毒分离
•     5.2.9 不同宿主分离ALSV毒株遗传进化分析
•   5.3 讨论
• 第六章 全文结论
• 参考文献
• 致谢
• 作者简介

文章来源

类型: 博士论文

作者: 王泽东

导师: 朱兴全

关键词: 分节段黄病毒,荆门蜱病毒,阿龙山病毒

来源: 中国农业科学院

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 中国农业科学院

基金: 中国农业科学院科技创新工程项目(编号:CAAS-ASTIP-2016-LVRI-03),中国农业科学院农科英才计划项目,国家重点研发计划项目(编号:2017YFD0501700)珍惜濒危野生动物重要疫病防控,国家重点研发计划项目(编号:2017YFD0501304)弓形虫病现场诊断技术与基因缺失疫苗研究

分类号: S852.65

DOI: 10.27630/d.cnki.gznky.2019.000051

总页数: 107

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