人类基因组中常见变异与罕见变异分布模式差异研究

论文摘要

目的探讨人类遗传变异中常见变异与罕见变异在基因组功能区域和基因区域分布模式的差异。方法根据国际千人基因组计划(1000 Genomes Project,1 KG)计算得到的次要等位基因频率把基因组变异位点分为常见变异和罕见变异;分析这两类变异在染色体、种族及基因组功能区域中的整体分布特征;分析致病性、性状相关和表达调控型3类功能性变异位点中这两类变异在基因组功能区域的分布差异;分析常见变异和罕见变异在基因区域分布密度的差异,并对密度分布排名前500位和后500位的基因进行本体(GO)的功能富集分析。结果这两类变异在基因组功能区域的分布特点基本一致,在基因组非编码区(内含子区和基因间区)分布最多。与基因组功能变异整体分布不同,致病性变异中这两类变异在基因组功能区域的分布模式差异具有显著性意义(χ~2=2503.74,P<0.001),罕见变异在外显子区和剪接位点处频率较高,常见变异在非编码区频率较高。性状相关和表达调控型变异中这两类变异在基因组功能区域上的分布比较类似,其中常见变异在编码区和非编码区的比例均高于罕见变异。此外,这两类变异在基因区域的密度分布模式也不相同。结论在致病性、性状相关和表达调控型3类功能性变异位点中,这两类变异在基因组功能区域和基因区域的分布模式均不相同。

论文目录

• 1材料与方法
•   1.1材料
•     1.1.1数据库
•     1.1.2主要软件
•   1.2方法
•     1.2.1变异位点的获取及基因组坐标转换
•     1.2.2基因注释信息的获取及基因组功能区域的划分
•     1.2.3基因功能富集分析
•   1.3统计学分析
• 2结果
•   2.1常见变异和罕见变异在基因组功能区域的整体分布一致
•   2.2功能性变异位点中的常见变异和罕见变异的基因组分布存在显著差异
•   2.3常见变异和罕见变异在基因水平的密度分布模式差异
•   2.4常见变异和罕见变异不同分布密度基因的功能富集分析
• 3讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李磊,路浩,卢一鸣,周钢桥

关键词: 常见变异,罕见变异,基因组功能区域,分布模式

来源: 军事医学 2019年12期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 南京医科大学公共卫生学院流行病学系,南京医科大学公共卫生学院全球健康中心,军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)

基金: 国家自然科学基金(31771397),北京市科技新星计划(xx2018059)

分类号: R394

页码: 881-888

总页数: 8

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