江口萝卜猪钙调磷酸酶调节亚基编码基因(PPP3R1)多态性研究

论文摘要

钙调磷酸酶（CaN）对于肌纤维类型的转化起关键作用,所以其调节亚基（CnB）编码基因（PPP3R1）对于畜禽肉质性状有着重要影响。该试验以江口萝卜猪为研究对象,采用混合DNA池测序的方法研究钙调磷酸酶调节亚基基因（PPP3R1）外显子多态性。运用生物信息学分析软件预测了SNPs突变位点对基因编码的mRNA二级结构、蛋白质的理化性质、蛋白质二、三级结构的影响。结果表明,在江口萝卜猪PPP3R1基因中共检测到6个SNPs位点,分别为Exon2-T23>G、Exon3-G41>A、Exon3-T52>G、Exon3-C116>T、Exon4-A35>G、Exon6-T56>C。其中,Exon2-T23>G、Exon3-T52>G为错义突变,会导致氨基酸序列第9位和第32位的亮氨酸变为色氨酸。生物信息学分析发现,所有突变位点均不改变mRNA二级结构,但Exon3-T52>G和Exon3-C116>T突变会使二级结构最小自由能增加,导致稳定性降低。蛋白理化性质分析发现,CnB蛋白为较稳定的亲水性蛋白,不是分泌蛋白,两个位点突变后会增加其稳定性和亲水性。Exon3-T52>G位点对蛋白二、三级结构无影响,Exon2-T23>G位点则会导致蛋白二、三级结构的改变,稳定性略微降低。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 样本采集与DNA池构建
•   1.2 引物设计与PCR扩增
•   1.3 序列分析及等位基因频率估算
•   1.4 数据分析
• 2 结果与分析
•   2.1 DNA提取与PCR扩增
•   2.2 测序
•   2.3 等位基因频率估算
•   2.4 生物信息学分析
•     2.4.1 mRNA二级结构预测
•     2.4.2 蛋白质理化性质分析
•     2.4.3 蛋白质二级结构预测
•     2.4.4 蛋白质三级结构预测
•     2.4.5 蛋白信号肽预测
• 3 讨 论
• 4 结 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张继,吴雪,邱淦远,刘鹏程,杨茂林,刘若余

关键词: 钙调磷酸酶,基因,江口萝卜猪,多态性,生物信息学

来源: 家畜生态学报 2019年12期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 畜牧与动物医学

单位: 贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

基金: 贵州省科技支撑计划项目(黔科合支撑[2017]2590号)

分类号: S828

页码: 22-28

总页数: 7

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