导读:本文包含了计算机辅助分子设计论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:分子,印迹,药物,甲基丙烯酸,聚合物,活性,基团。
计算机辅助分子设计论文文献综述
梁馨元,张磊,刘琳琳,都健[1]（2019）在《基于分子动力学的橡胶聚合物计算机辅助设计方法》一文中研究指出聚合物分子设计的关键步骤是得到能够满足多种性质要求的重复单元结构。作为化学产品工程中的新型发展手段,计算机辅助分子设计(CAMD)技术可以通过基团贡献法生成满足约束条件的聚合物重复单元结构,分子动力学(MD)技术则可以在微观层面上进行计算机实验模拟系统性质。建立了聚合物的CAMD-MD通用设计方法,并进行轮胎橡胶聚合物的分子设计,首先基于基团贡献法进行重复单元的设计;其次,利用层次分析法确定多性质权重排名,并基于分子动力学方法探究候选结构的性质;最后将方法应用于实际橡胶结构中,模拟得到聚能密度、密度、玻璃化转换温度和热导率性质,验证了方法的可行性。(本文来源于《化工学报》期刊2019年02期）
丛肖静,王存新[2]（2017）在《A类G蛋白偶联受体:结构、功能、计算机辅助药物设计及分子动力学模拟》一文中研究指出G蛋白偶联受体(G protein coupled receptors,GPCR)是目前研究最广泛的药物靶标蛋白.超过30%的已上市药物以GPCR为靶点.这一重要的跨膜蛋白家族及其分子结构和功能一直是各大制药公司和学术界的研究热点.近年来,GPCR X射线衍射晶体学方面取得了重大突破,已有30多个A类GPCR的高分辨率结构得到了解析.这为基于结构的药物设计和GPCR功能研究提供了结构依据,以及新的药物靶点和药物设计策略.利用这些结构,计算机模拟方法也在GPCR的结构和功能研究中得到了广泛应用,并在过去几年中取得了一些突破性的成果.这些研究进展深化了对GPCR的动态结构、配体识别和激活机制等方面的理解.简要回顾近年来对A类GPCR的结构和功能研究方面的最新进展,并特别对计算机辅助药物设计和分子模拟在这方面的应用进行重点讨论.(本文来源于《北京工业大学学报》期刊2017年12期）
石文涛,臧婷婷,王志超,刘畅[3]（2017）在《化工热力学:从基团贡献法到计算机辅助分子设计》一文中研究指出传统上化工热力学的重要任务是通过实验测定和发展计算方法预测给定体系的热力学性质,为化工过程的开发和优化提供支持。在这一过程中,以基团贡献法为代表的分子热力学方法发展日趋成熟,为石化工业等化工过程的高速发展奠定了理论基础。然而在新世纪里化工热力学是否已经发展完善,只剩下修修补补的工作,还是仍存在继续发展的活力,是目前科研讨论的热点。在本文中,我们通过介绍丹麦工业大学Gani教授开发的虚拟生产过程设计实验室这一软件,介绍了目前化工热力学的一个发展方向-即面向产品工程的计算机辅助分子设计。(本文来源于《化工时刊》期刊2017年06期）
赵爽,刘军娜[4]（2017）在《计算机辅助药物分子设计教学改革初探》一文中研究指出计算机辅助药物分子设计作为一门发展迅速的交叉学科,在新药的开发研究过程中发挥着越来越重要的作用。该课程知识更新速度快、专业性强,有助于提高生物、医学和药学学生的专业素养。为了提高计算机辅助药物分子设计的教学水平,该文结合河南科技大学化工与制药学院相关专业的现状,从教学内容的选择、相关专业软件的学习及课程考核体系等方面提出了该课程教学改革中的一些问题和具体建议。(本文来源于《安徽农学通报》期刊2017年Z1期）
刘景陶,刘映雪[5]（2016）在《计算机辅助药物设计在分子对接中的应用》一文中研究指出计算机辅助药物设计的基本出发点是针对药物作用靶点和药物分子的结构、功能及与药物作用方式,来设计作用专一、活性强、不良反应少的新药。药物分子必须分布到受体生物大分子部位并与受体结合,才有可能发挥药理作用。准确预测药物分子与受体生物大分子结合的复合物的结构和结合位点,是药物设计中最重要的环节,发现全新结构的先导化合物是药物发现的目标。作为药物设计的核心技术,"分子对接"是基于受体分子结构虚拟筛选的核心,是一种模拟小分子与生物大分子结合叁维结构及其结合强度的计算方法,通过分子对接(docking)的方法,确定小分子与受体的结合构象,并评价其与受体的结合活性。(本文来源于《科技创新与应用》期刊2016年34期）
张孝刚,朱秋劲,王一波,孙涛[6]（2016）在《计算机分子模拟辅助设计分子印迹聚合物及其机理研究》一文中研究指出对叁聚氰胺(MEL)为模板,丙烯酰胺(AM)为功能单体,乙二醇二甲基丙烯酸酯(EGDMA)为交联剂的分子印迹组装体系分子模拟分析,辅助设计了叁聚氰胺分子印迹聚合物,分析其印迹机理。结果表明:组装体系中发生相互作用的基团主要为MEL分子的叁个氨基氢和叁嗪环上的叁个氮,AM中的氨基氢和羰基氧,EGDMA中羰基氧。AM的羰基氧比EGDMA对质子的亲和力强,易于形成氢键。AM中两个氨基氢靠近羰基的氨基质子形成氢键能力强。AM与EGDMA形成复合物的AVG△E均高于对应模板复合物体系,EGDMA比模板更有利于竞争单体。MEL与AM、EGDMA相互作用主要形成MEL-AM-EGDMA复合物,其次为MEL-3AM。最终MIPs中对MEL具有特异性识别的作用位点为AM的氨基氢和羰基氧和EGDMA中的羰基氧。选定c(MEL)∶c(AM)∶c(EGDMA)=1∶1∶10,即浓度分别为:c(MEL)=4 mmol/L,c(AM)=4 mmol/L,c(EGDMA)=40 mmol/L作为最优MEL-MIPs制备基础浓度。(本文来源于《化学研究与应用》期刊2016年09期）
王岩,刘俊渤,唐珊珊,靳瑞发,常海波[7]（2015）在《计算机辅助设计叁聚氰胺分子印迹聚合物》一文中研究指出借助密度泛函理论(DFT)长程校正方法,以叁聚氰胺(MAM)为印迹分子,甲基丙烯酸(MAA)为功能单体,分别以二甲基丙烯酸乙二醇酯(EGDMA)、叁羟甲基丙烷叁甲基丙烯酸酯(TRIM)及二乙烯苯(DVB)为交联剂,以乙腈(ACN)、甲醇(MT)、乙醇(EA)、甲苯(TL)、四氢呋喃(THF)及二甲基亚砜(DMSO)为溶剂,模拟了MAM与MAA单体分子印迹聚合物(MIPs)自组装体系的构型,讨论了MAM与MAA的成键作用位点,及其稳定复合物的印迹反应比例及印迹作用机理,依据结合能(ΔE)优化了交联剂和溶剂,并借助分子中原子理论(AIM)揭示了MAM与MAA印迹作用的本质.计算结果表明,MAM印迹分子叁嗪环上的N与胺基上H均通过氢键与MAA单体进行印迹聚合反应,且在印迹反应比例为1∶6,以TL为溶剂时形成的MAMMAA有序复合物结合能最低,构型最稳定;与TRIM及EGDMA交联剂相比,DVB与MAM结合能最低,更适宜作为MAM-MAA印迹聚合物的交联剂.本研究为MAM-MIPs合成时印迹比例、交联剂及溶剂的选择提供了理论依据.(本文来源于《高分子学报》期刊2015年06期）
吴云龙[8]（2015）在《一种EZH2小分子抑制剂的计算机辅助筛选、设计、合成及生物活性研究》一文中研究指出在过去的几年里,表观遗传修饰,如DNA甲基化、组蛋白甲基化和组蛋白乙酰化作用已表现出乐观的抗肿瘤治疗效果。目前,一些有效的药物,如5-Azacytidine和GSK126已在临床上作为新的抗肿瘤药物使用。组蛋白甲基化可视为一个高度可逆的过程,它与多种肿瘤的生成和恶化有着密切的联系。由于GSK126作为第一个组蛋白甲基化抑制剂走进抗癌药物市场,所以越来越多的科研工作者对EZH2和其抑制剂进行深入研究。对EZH2活性的抑制被认为是一个治疗癌症的有效途径。人们普遍认为EZH2功能的突变与肿瘤的发生密切相关。本论文首先通过计算机辅助药物设计方法,在SPECS的数据库中进行有效筛选,筛选得到在理论上对EZH2具有有效抑制性的小分子化合物,然后对筛选的化合物进行抑制活性测试,发现对于EZH2抑制活性好的化合物,并对化合物的选择性进行测试,再筛选出类似物,再测定这些类似物的生物活性。在这些化合物中,FELI_42和FELI_254对EZH2具有明显的抑制活性。进一步实验研究表明,这些化合物对肿瘤细胞的增殖具有明显的抑制作用。综上所述,通过对这些化合物结构的进一步优化,可以为EZH2抑制剂的研发提供一些有效的参考思路,进而为肿瘤的治疗提供新的帮助。(本文来源于《上海应用技术学院》期刊2015-06-03）
张菘[9]（2015）在《计算机辅助设计高活性小分子新型SAHA衍生物及其合成与生物活性评价》一文中研究指出背景:组蛋白去乙酰化酶抑制剂(Histone Deacetylase Inhibitors,HDACi)凭借其靶点性强、临床应用广泛、治疗毒副作用相对较小等众多优势获得研究者的关注。多年来大量的临床试验结果证明HDACi对多种癌症均有显着的疗效,虽然其抗癌作用机理仍未完全明了。但是,通过组蛋白乙酰化修饰作用影响基因转录活性和表达而发挥作用已经得到很多研究确证。HDACi作用肿瘤细胞后能够抑制肿瘤细胞中失调高度激活表达的组蛋白去乙酰化酶(Histone Deacetylases,HDACs),起到提升相应的原抑癌基因的表达水平,从而达到抑制肿瘤细胞无限增值、诱导肿瘤细胞分化、调节细胞周期检查和凋亡,导致促进肿瘤细胞死亡。现今已经有许多HDACi抗癌药物投入到了临床试验阶段上,这些抑制剂中最早通过临床试验成功上市的SAHA已被美国所属的食品药物管理局(FDA)授权实际应用于临床各型肿瘤治疗以及预防中,但十分让人感到可惜的是现阶段研究的HDACi绝大多数为非特异性组蛋白去乙酰化酶抑制剂(nonspecific-HDACi),这就造成了很多临床治疗中出现的副作用,所以导致HDACi在临床上的使用也受到了相当大的应用限制。以经典药物伏立诺他(SAHA)类HDACi的结构为母体结构,结合现代药物设计方法-计算机辅助药物设计(Computer-Aided Drug Design,CADD),设计、合成了一系列新型的SAHA类衍生物,对这些衍生物与HDAC酶的作用方式进行了分析比较,并且对其进行了抗肿瘤实验生物活性评价以及其抗肿瘤的分子机制进行研究和探讨。希望通过对SAHA表面结构区的修饰增加这类抑制剂对HDAC的抑制活性,减少其毒副作用。目的:根据经典的组蛋白去乙酰化酶抑制SAHA的结构特点和分子对接原理,采用计算机辅助设计小分子SAHA类衍生物结构,进行化学合成,然后,通过细胞生物实验,检测其对HDACs的抑制活性、对肿瘤细胞增殖的抑制作用以及对正常细胞的毒性作用,评价其作用于药物靶点的能力、抗肿瘤活性和毒性作用。筛选出具有高活性、低毒性的HDACi,并且对其诱导胶质瘤细胞凋亡和自噬的分子机制进行探讨。方法:分子对接以HDAC8(PDB code 1T69)为筛选模型对比SAHA使用Autodocking等对接软件进行SAHA类衍生物-HDAC8酶活性对接。分析对接结果显示,对接分数比较高的衍生物在理论上能与HDAC8酶亲和性更强。从而筛选出这些高分衍生物,通过酰胺反应和异羟肟酸结合进行合成。CCK-8的方法考察了这些衍生物对人胶质瘤细胞增殖活性抑制作用以及对正常细胞的毒性作用,筛选浓度在0.1μM到30μM之间,研究细胞株为人胶质瘤细胞MGR2、U373、U251和人正常细胞肝细胞LO2、人正常肺细胞MRC5。使用Elisa方法考察了抑制剂对Beclin-1,Caspase-3,9和Bcl-2活性的影响。通过腹腔注射(I.P.)不同浓度的HDACi到小鼠体内,在不同时间点取小鼠脑和肺组织经过研磨破碎,通过HPLC测定抑制剂浓度值,确认HDACi是否能到达靶点器官;Bliss法测定药物在小鼠中的LD50值,考察抑制剂对小鼠的毒副作用。结果:这些抑制剂在与HDAC8分子对接结果中均比阳性对照SAHA分数高,理论上与靶点组蛋白去乙酰化酶有更高的亲和力;在体外抗胶质肿瘤活性研究实验检测结果表明,这些新的SAHA类衍生物均能抑制HDACs和肿瘤细胞增殖,且作用敏感。对比阳性药物SAHA其中以N3F,N2E,N25为代表化合物对于胶质瘤的治疗效果均强于SAHA表现更出色。呈现出对癌细胞高杀伤性,对正常人细胞低毒性的特点。尤其是化合物N3F和N2E表现出色,在U251细胞中N3F的IC50=0.1187μM,正常细胞中毒性低。构效关系研究表明,通过对SAHA表面结构区进行修饰,能够增强这些新衍生物对HDAC酶的抑制作用。其中N3F能明显促进Beclin-1,Caspase-3,9活性,抑制Bcl-2的活性。并且抑制Caspase酶活性后能明提升Beclin-1表达。N25小鼠体内分布研究实验中发现N25能穿过血脑屏障顺利达到靶点器官(脑)从而发挥治疗效果。而且N25在小鼠的毒性反应实验中呈较低毒性(LD50:240.840mg/kg)。以上结果表明对SAHA-Cap结构的修改能得到高活性、低毒性的小分子化合物。结论:根据异羟肟酸类结构特点设计、合成新型的SAHA衍生物,研究了其与HDAC8相互作用,并且对化合物结构进行了波普鉴定。针对胶质瘤进行了一系列细胞活性的筛选,选取较为敏感的细胞株进行HDAC酶活性测定。筛选出活性更高活性的新型SAHA类构造的HDACi。并对活性较高的化合物进行了LD50测定。为今后治疗胶质瘤提供临床候选药物。(本文来源于《广东药学院》期刊2015-05-01）
童彦军[10]（2014）在《表位基因工程学和免疫原性分子度量学:一种计算机辅助的VLP疫苗设计方法》一文中研究指出疫苗研发的周期及成本问题,以及耐药株的出现,给抗病毒疫苗的研发带来了越来越多的挑战。一种利用计算机辅助进行疫苗设计的方法,极大的促进了免疫原性高、稳定性良好的疫苗的开发进程。本方法将外源病毒抗原设计在已构建好的病毒样颗粒(VLPs)上,并证明这种构建物具有和天然病毒相似的对抗体的结合亲和力,其中结合亲和力是评价免疫原性的一项分子指标。我们将乙肝病毒(HBV)的pre S1表位采用基因工程技术置于人乳头(本文来源于《微生物学免疫学进展》期刊2014年06期）
计算机辅助分子设计论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
G蛋白偶联受体(G protein coupled receptors,GPCR)是目前研究最广泛的药物靶标蛋白.超过30%的已上市药物以GPCR为靶点.这一重要的跨膜蛋白家族及其分子结构和功能一直是各大制药公司和学术界的研究热点.近年来,GPCR X射线衍射晶体学方面取得了重大突破,已有30多个A类GPCR的高分辨率结构得到了解析.这为基于结构的药物设计和GPCR功能研究提供了结构依据,以及新的药物靶点和药物设计策略.利用这些结构,计算机模拟方法也在GPCR的结构和功能研究中得到了广泛应用,并在过去几年中取得了一些突破性的成果.这些研究进展深化了对GPCR的动态结构、配体识别和激活机制等方面的理解.简要回顾近年来对A类GPCR的结构和功能研究方面的最新进展,并特别对计算机辅助药物设计和分子模拟在这方面的应用进行重点讨论.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
计算机辅助分子设计论文参考文献
[1].梁馨元,张磊,刘琳琳,都健.基于分子动力学的橡胶聚合物计算机辅助设计方法[J].化工学报.2019
[2].丛肖静,王存新.A类G蛋白偶联受体:结构、功能、计算机辅助药物设计及分子动力学模拟[J].北京工业大学学报.2017
[3].石文涛,臧婷婷,王志超,刘畅.化工热力学:从基团贡献法到计算机辅助分子设计[J].化工时刊.2017
[4].赵爽,刘军娜.计算机辅助药物分子设计教学改革初探[J].安徽农学通报.2017
[5].刘景陶,刘映雪.计算机辅助药物设计在分子对接中的应用[J].科技创新与应用.2016
[6].张孝刚,朱秋劲,王一波,孙涛.计算机分子模拟辅助设计分子印迹聚合物及其机理研究[J].化学研究与应用.2016
[7].王岩,刘俊渤,唐珊珊,靳瑞发,常海波.计算机辅助设计叁聚氰胺分子印迹聚合物[J].高分子学报.2015
[8].吴云龙.一种EZH2小分子抑制剂的计算机辅助筛选、设计、合成及生物活性研究[D].上海应用技术学院.2015
[9].张菘.计算机辅助设计高活性小分子新型SAHA衍生物及其合成与生物活性评价[D].广东药学院.2015
[10].童彦军.表位基因工程学和免疫原性分子度量学:一种计算机辅助的VLP疫苗设计方法[J].微生物学免疫学进展.2014
论文知识图
