蛋白质功能模块检测的聚类方法综述

论文摘要

在蛋白质相互作用（Protein-Protein Interaction,PPI）网络中检测蛋白质功能模块有助于预测未知蛋白质的功能模块。随着蛋白质相互作用有效数据迅速增长,如何通过PPI网络获得有效的蛋白质功能模块成为最大挑战。阐述PPI网络的发展及现状,通过对当前蛋白质功能模块检测算法进行归纳总结,把它们分为单元聚类和多元聚类,并对每类的代表性方法进行详细阐述;讨论蛋白质相互作用网络功能模块检测研究所面临的挑战及未来研究方向。

论文目录

• 1 引言
• 2 蛋白质功能模块检测的聚类方法
•   2.1 单元聚类算法
•     2.1.1 基于密度的聚类算法
•     2.1.2 基于层次聚类算法
•     2.1.3 基于划分聚类算法
•     2.1.4 单元聚类算法优缺点总结
•   2.2 多元聚类算法
•     2.2.1 基于蚁群聚类与PPI网络功能模块检测算法
•     2.2.2 基于多元蛋白质序列特征提取蛋白质相互作用的检测算法
•     2.2.3 基于多元密度PPI网络图聚类算法
•     2.2.4 基于智能种群与PPI网络图聚类算法
•     2.2.5 基于神经网络与PPI网络图聚类算法
•     2.2.6 多元聚类算法总结
• 3 结论与展望

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 霍思聪,黎英

关键词: 蛋白质相互作用,蛋白质功能模块,检测,聚类

来源: 计算机工程与应用 2019年08期

年度: 2019

分类: 信息科技,基础科学

专业: 生物学,计算机软件及计算机应用

单位: 南宁师范大学计算机与信息工程学院,南宁师范大学广西高校科学计算与智能信息处理重点实验室

基金: 国家自然科学基金(No.61741203,No.61866006),广西自然科学基金(No.2016GXNSFAA380243),广西创新驱动发展专项基金(No.桂科AA17204091),广西南宁市科学研究与技术开发计划项目(No.20181015-5)

分类号: Q51;TP311.13

页码: 17-26

总页数: 10

文件大小: 1390K

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