马铃薯多酚氧化酶基因家族生物信息学及表达分析

论文摘要

通过搜索马铃薯全基因组,获得马铃薯多酚氧化酶(PPO)基因家族序列,并对其进行生物信息学及表达分析。结果显示:共获得12个马铃薯PPO基因,即StuPPO1、StuPPO2、StuPPO3、…、StuPPO12;除StuPPO9位于2号染色体外,其余11个基因串联于8号染色体的276kb范围内;对具有3个典型结构域(Tyrosinase、PPO1_DWL、PPO1_KFDV)的基因蛋白序列进行进一步分析,结果显示StuPPO1、StuPPO2、StuPPO3、StuPPO4、StuPPO6蛋白序列相似性大于80%,且大部分StuPPO蛋白位于叶绿体;启动子顺式作用元件分析显示,StuPPO1、StuPPO2、StuPPO3、StuPPO6、StuPPO8、StuPPO9具有MeJA响应元件,StuPPO1、StuPPO3、StuPPO4、StuPPO6、StuPPO7、StuPPO8、StuPPO9具有ABA响应元件,StuPPO2、StuPPO4、StuPPO8、StuPPO9具有IAA响应元件;少数PPO基因具有对SA、GA及低温等胁迫响应相关元件;基因表达分析结果表明,不同的PPO基因其表达模式有较大的差异,StuPPO1、StuPPO2、StuPPO3在马铃薯块茎、根、匍匐茎、茎、叶柄、顶部幼叶、中部叶片、底部老叶组织中均有表达,StuPPO4仅在块茎、根、匍匐茎、茎中表达,而StuPPO6、StuPPO7、StuPPO8、StuPPO9在8个部位都没有检测到表达。此外,同一基因在不同组织中的表达也有着较大的差异。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 方法
•     1.2.1 马铃薯、茄子、番茄、苹果PPO蛋白序列获得
•     1.2.2 马铃薯PPO基因生物信息学分析
•     1.2.3 进化树分析
•     1.2.4 总RNA的提取及第一条c DNA的合成
•     1.2.5 基因表达检测及定量PCR分析
• 2 结果与分析
•   2.1 马铃薯PPO基因家族鉴定及基本信息预测
•   2.2 马铃薯PPO基因家族蛋白序列分析
•   2.3 马铃薯PPO蛋白序列相似性及进化分析
•   2.4 StuPPO蛋白亚细胞位置预测
•   2.5 StuPPO蛋白理化性质分析
•   2.6 马铃薯PPO基因家族基因启动子顺式作用元件分析
•   2.7 马铃薯PPO基因在马铃薯不同部位的表达
• 3 结论与讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 王丽,王万兴,索海翠,胡新喜,秦玉芝,李小波,熊兴耀

关键词: 马铃薯,基因家族,生物信息学,基因表达

来源: 湖南农业大学学报(自然科学版) 2019年06期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 农作物

单位: 湖南农业大学园艺园林学院,广东省农业科学院作物研究所,广东省农作物遗传改良重点实验室,中国农业科学院蔬菜花卉研究所,农业部薯类作物生物学与遗传育种重点实验室

基金: 国家公益性行业(农业)科研专项(201503001),广东省省级科技计划项目(2017A020208033,2017B020201005,2017B020232002),广东省自然科学基金项目(2018A030313336),2017年省级农业发展和农村工作专项(粤财农[2017]88号),中国农业科学院科技创新项目(CAAS–ASTIP–IVFCAAS),作物种质创新与资源利用重点实验室(省部共建国家重点实验室培育基地)科学基金开放项目(18KFXM03)

分类号: S532

DOI: 10.13331/j.cnki.jhau.2019.06.007

页码: 601-610

总页数: 10

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