银杏SQUAMOSA启动子结合蛋白(SBP)基因家族的鉴定及表达分析

论文摘要

SBP转录因子在植物生长发育、信号转导、胁迫应答等方面起着重要的调控作用,由SBP基因家族基因编码。为探究银杏SBP基因家族的特征及表达模式,采用高通量测序技术对银杏的叶、花芽和胚珠进行转录组测序,鉴定SBP基因家族成员,并进行基因定位、miRNA156靶位点预测、进化关系以及表达模式的分析。本研究共鉴定到15个银杏SBP基因家族成员,该基因家族在染色体上分布较分散,编码产物长度差异较大,其中有5个成员具有miRNA156靶位点。蛋白保守基序分析显示,除GbSBP5、GbSBP12、GbSBP14不具有完整的SBP保守结构域外,其余成员编码蛋白均具有SBP保守结构域(包括2个锌指结构和1个核定位信号)。聚类分析表明,银杏SBP基因家族成员可以分为8个亚组。表达分析显示, SBP基因家族成员在银杏叶、花芽、胚珠中的表达水平存在一定差异,且在叶和花芽的不同发育时期呈现出不同的表达模式。本研究为银杏SBP基因家族的功能分析奠定了基础,并为银杏分子育种提供了一定的理论依据。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 植物材料
•   1.2 转录组测序与数据处理
•   1.3 银杏SBP基因家族成员的鉴定及生物信息学分析
•   1.4 银杏SBP基因家族聚类分析
•   1.5 银杏SBP基因家族miR156靶位点的预测
•   1.6 银杏SBP基因家族的表达分析
• 2 实验结果
•   2.1 转录组测序及数据分析
•   2.2 银杏SBP基因家族成员的鉴定与分析
•   2.3 银杏SBP家族蛋白的保守序列分析
•   2.4 银杏SBP基因家族miR156靶位点预测
•   2.5 银杏SBP基因家族的聚类分析
•   2.6 银杏SBP基因家族的表达分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 杨果,董金金,李萌,汪贵斌,郁万文,杨婷婷,刘艳玲,唐隆平,蒋舜村,王义强

关键词: 银杏,转录组测序,基因家族,生物信息学,表达分析

来源: 植物生理学报 2019年07期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,林业

单位: 中南林业科技大学林业生物技术湖南省重点实验室,中南林业科技大学经济林培育与保护教育部重点实验室,南京林业大学南方现代林业协同创新中心,东安舜皇山国家森林公园

基金: 国家重点研发计划(2017YFD0600701),国家自然科学基金(31570682)~~

分类号: Q943.2;S792.95

DOI: 10.13592/j.cnki.ppj.2019.0125

页码: 993-1003

总页数: 11

文件大小: 2870K

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