导读:本文包含了抗原模拟论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:抗原,噬菌体,复合物,抗体,分子,结构,免疫。
抗原模拟论文文献综述
王学丽,李娅茹,王梦梦,丁婕,卢瑛[1]（2019）在《体外模拟胃液消化对虾中主要过敏原原肌球蛋白抗原表位的影响》一文中研究指出目的:以南美白对虾中主要过敏原原肌球蛋白(TM)为研究对象,研究TM在体外模拟胃液(SGF)消化中表位的变化情况。方法:SDS-PAGE、Western blot和间接ELISA用于分析TM在SGF中的消化情况以及免疫活性和过敏原性的变化,并采用质谱方法分析TM抗原表位的变化。结果:SDS-PAGE和Western blot结果显示,随着消化时间的增加,TM条带逐渐变浅,但是在2 h时仍具有免疫活性。间接ELISA结果显示,消化2 h后,TM的免疫活性及过敏原性分别下降89.1%和80.8%。质谱结果表明,TM在胃液消化过程中大部分抗原表位会被破坏,但是TM在胃液中消化2 h时仍具有免疫活性和过敏原性,很可能是因为消化片段中存在有3个不被破坏的抗原表位(肽段111～125、137～141和153～161)和4个抗消化能力很强的抗原表位(肽段50～66、144～151、145～164和150～163)所致。结论:本研究可为今后探讨人体消化对TM过敏原性的影响机理及脱敏或低致敏性食品的开发提供科学依据。(本文来源于《中国免疫学杂志》期刊2019年19期）
陈郑珊[2]（2019）在《基于分子模拟的抗原抗体复合物结构预测及初步应用》一文中研究指出对于许多重要的疾病,包括烈性传染病、免疫系统疾病和癌症等,使用抗体都是一种有效的治疗手段。借助计算机以原子水平模拟抗体分子的生物学行为,以抗体结构为起点研究抗原抗体的结合模式、抗体分子的改造和设计以及相关理化性质的预测,其重要作用日益受到关注。分子对接是模拟和预测抗原-抗体复合物结构的重要方法,虽然已有不少大分子对接算法和打分函数,但在成千上万的对接模拟构象中筛选确定出接近真实情况的近天然结构仍然是具有挑战性的。本研究的主要目的是建立一种处理抗原-抗体对接模拟结果、从对接模拟构象中筛选出近天然结构的方法,从而能够更有效地通过分子对接等分子模拟方法预测抗原-抗体复合物结构。本研究收集整理抗原-抗体复合物结构,经过分子对接和聚类分析建立训练集和测试集,根据所定义的抗原抗体接触面的各个参数(或称接触面描述符)的计算方法,为训练集中的全部对接模拟构象(包括近天然结构和不合理结构)计算出各项参数,得到所有的样本数据。将各项参数指标作为回归模型的自变量,利用训练集样本数据进行自变量筛选和回归分析得到logistic回归模型(方程)。在进行预测时,依据回归方程为各个对接模拟构象计算出的概率值,对其进行排序筛选而得出预测的近天然结构。所建立方法的特点是以各项特定参数统计归纳出抗原抗体接触面的特征,使得筛选出的对接模拟结构具有符合抗原-抗体接触面特征的最大可能性。经测试集验证logistic回归模型良好的预测性能后,使用分子对接和回归模型预测埃博拉包膜蛋白与ZMapp抗体的复合物结构,对比报道的实验结构,其中对中和抗体4G7结合模式的预测具有很高的准确性。采用本研究建立的基于分子模拟的抗原抗体复合物结构预测方法,预测一株炭疽致死因子(lethal factor,LF)单抗2B9的关键氨基酸,并对该抗体进行改造优化。使用Discovery Studio 4.5软件对2B9抗体进行建模,从PDB数据库下载LF的晶体结构并做处理,将两者进行对接后得到5000个对接模拟构象。对每个对接模拟构象计算出logistic回归方程中的各个自变量参数值,代入回归方程中得到该构象是近天然结构的概率值。按所得概率值的大小将对接结果重新排序,选取排序靠前的对接模拟构象进行后续分析和预测。基于选取的对接模拟构象统计得出抗体上的关键氨基酸的预测结果,并通过实验验证了这些排序靠前的对接模拟构象的整体准确性。基于选取的对接模拟构象的整体结构信息,使用以抗原-抗体接触面氨基酸对偏好性为原理的抗体点突变优化算法,设计抗体2B9的单点突变体,通过实验证实,获得了亲和力增强的抗体突变体,说明本研究建立的抗原-抗体结构预测和抗体优化设计方法具有较高的准确性。本研究建立了基于分子对接等分子模拟方法和logistic回归模型筛选对接模拟结构的抗原抗体复合物结构预测方法;另外实现了基于多个对接模拟构象的整体结构信息和抗原-抗体接触面氨基酸对偏好性的抗体点突变优化算法,并且开发了相应的软件。运用该抗原抗体复合物结构预测方法,预测文献报道的埃博拉病毒包膜蛋白抗体的结合模式,具有较高的准确性;综合应用以上方法对LF的抗体2B9进行点突变优化改造,获得了亲和力增强的突变株。本研究建立的方法能够提高分子对接预测抗原-抗体复合物结构的准确性和有效性,并且为抗体的优化改造提供有益的指导。(本文来源于《军事科学院》期刊2019-05-31）
池刚[3]（2018）在《TLR2/4配体增强肝脏炎症促进模拟抗原诱发自身免疫性肝炎》一文中研究指出目的:自身免疫性肝炎(AIH)的形成和发展是模拟抗原在自身免疫耐受减弱的情况下诱发自身免疫应答,从而导致慢性的肝脏炎症和纤维化。在AIH发病过程中,肝脏自身免疫耐受能力减弱的机制尚不清楚。本文拟研究腺病毒(Ad)和四氯化碳(CCl_4)诱发的非AIH炎症,是否能够促进模拟抗原诱发自身免疫应答和AIH,并探讨相关的免疫调节机制。方法:(1)尾静脉注射Ad、pCYP2D6、Ad/pCYP2D6、腹腔注射CCl_4并用CCl_4/pCYP2D6处理C57/BL6小鼠,HE染色检测肝组织中炎症细胞浸润;Real-time PCR检测肝组织中炎症相关基因Il1b、Il6和Tnfa的表达;观察Ad、CCl_4及CYP2D6单独作用在第5天、10天和15天时,是否能引起肝脏非AIH炎症;在第28天时,观察Ad/pCYP2D6或CCl_4/pCYP2D6实验组中是否有自身抗体产生。在非AIH炎症期间,尾静脉注射psTLR2/4质粒,封闭体内的TLR2/4的配体,Real-time PCR检测肝组织中炎症相关基因Il1b、Il6和Tnfa的表达,观察非AIH炎症是否减弱;同时,观察在模拟抗原存在的情况下,sTLR2/4是否能够降低自身抗体的水平。(2)用不同剂量的Ad和CCl_4处理小鼠,检测ALT(谷丙转氨酶)在血清中的酶活水平和TLR2/4配体HSP70和HMGB1的释放情况,同时,Real-time PCR检测第5天时炎症基因Il1b、Il6和Tnfa的表达,观察不同剂量的Ad和CCl_4对肝细胞的损伤程度;用不同剂量的Ad、CCl_4与模拟抗原共同处理小鼠,ELISA检测自身抗体的水平;注射不同次数的CCl_4,用Real-time PCR检测不同时间点炎症基因Il1b和Il6表达变化;用不同次数CCl_4和CYP2D6共同处理小鼠,ELISA检测自身抗体变化,观察炎症的强烈程度与免疫应答强度的关系。(3)用Ad、CCl_4、pCYP2D6、Ad/pCYP2D6和CCl_4/pCYP2D6分别处理小鼠,在第5周时,HE染色检测AIH炎症,并计算第5周、7周和9周的炎症评分,检测ALT在血清中的酶活水平。用天狼猩红染色检测第9周时肝纤维化并计算纤维化评分,同时在第9周和12周时,用Real-time PCR检测肝组织中Col1a1和Col1a2的基因表达;用Ad/pCYP2D6、CCl_4/pCYP2D6和psTLR2/4处理小鼠后,在第5周和8周时,HE染色并计算AIH炎症评分,而且在第9周和12周时,用Real-time PCR检测肝组织中Col1a1和Col1a2的基因表达。(4)在Ad/CYP2D6和CCl_4/CYP2D6引起AIH时,继续用CYP2D6加强免疫,在第35天和第56天时,ELISA检测自身抗体的变化;用HE染色并计算AIH炎症评分,观察炎症的变化。在第63天时,天狼猩红染色观察肝纤维化的变化并计算纤维化评分。(5)用Ad和CCl_4处理小鼠,第14天时,从脾脏和肝脏中分离脾细胞和Treg细胞共孵育3天,流式检测脾细胞的增殖情况;用Real-time PCR检测脾脏和肝脏Treg细胞中Foxp3基因表达;用Western blot检测Foxp3蛋白水平;用Ad、CCl_4和psTLR2/4处理小鼠,第14天时,从脾脏和肝脏中分离脾细胞和Treg细胞共孵育3天,流式检测脾细胞的增殖情况;用Real-time PCR检测肝脏Treg细胞中Foxp3基因表达;Western blot检测其蛋白水平,观察非AIH炎症是否破坏肝脏Treg细胞的功能。(6)用Ad和CCl_4处理小鼠,ELISA检测血清IL-6及IL-12的蛋白表达;用Western blot检测Treg细胞中p-STAT3和STAT3、p-STAT4和STAT4的蛋白水平。用Ad和CCl_4处理小鼠,同时用抗IL-6和抗IL-12的抗体体内封闭IL-6和IL-12,Real-time PCR检测肝脏Treg中Foxp3的mRNA表达;用Western blot检测其蛋白水平。腹腔注射CCl_4并pIL-6/pIL-12质粒转染小鼠,用Real-time PCR检测肝脏Treg中Foxp3的表达水平;体外用T细胞增殖实验检测T细胞的增殖比例。(7)用Ad、CCl_4、pCYP2D6、Ad/pCYP2D6和CCl_4/pCYP2D6分别处理小鼠,在第28天时,用Real-time PCR检测肝脏中Il2和Ifng的基因表达;在模拟抗原CYP2D6存在时,用不同剂量的Ad和CCl_4处理小鼠,在第28天时,用Real-time PCR检测肝脏中Il2和Ifng的基因表达;用Ad/pCYP2D6、CCl_4/pCYP2D6和psTLR2/4同时处理小鼠,在第28天时,用Real-time PCR检测肝脏中Il2和Ifng的基因表达。观察Ad/CYP2D6、CCl_4/CYP2D6及sTLR2/4对Th1免疫应答的影响。(8)用CCl_4/pCYP2D6和pIL6/pIL12分别处理小鼠,在第28天时,用Real-time PCR检测肝脏中Il4和Il13的基因表达。用CCl_4/pCYP2D6和pIL6/pIL12/pCYP2D6分别处理小鼠,ELISA检测自身抗体;用Ad、CCl_4和pIL6/pIL12分别处理小鼠,ELISA检测血清中IL-4、IL-25和IL-33的蛋白水平,用Ad和Ad/psTLR2/4、CCl_4和CCl_4/psTLR2/4分别处理小鼠,ELISA检测血清中IL-4、IL-25和IL-33的蛋白水平;用Ad/pCYP2D6、CCl_4/pCYP2D6及psTLR2/4处理小鼠,用Real-time PCR检测肝脏中Il4和Il13的基因表达;用抗IL-4、抗IL-25和抗IL-33的抗体体内封闭IL-4和IL-13,用Real-time PCR检测肝脏中Il4和Il13的基因表达。结果:(1)单独用Ad感染和重复注射CCl_4可以引起持续的非AIH炎症,而单独在肝脏转染表达CYP2D6不能引起非AIH炎症。在Ad和CCl_4引起非AIH炎症的同时,在肝脏中转染表达CYP2D6,非AIH炎症不影响CYP2D6的表达,但可促进CYP2D6诱发自身免疫应答,产生抗CYP2D6抗体和抗自身肝蛋白抗体。在非AIH炎症期间,用可溶性TLR2/4(sTLR2/4)阻断TLR2/4配体,炎症相关基因的表达下调。抑制非AIH炎症促进CYP2D6诱发自身免疫应答、抗CYP2D6抗体和自身抗体水平显着下降。(2)高剂量的Ad和CCl_4导致更严重的肝损伤和更多的TLR2/4配体释放,而且更高浓度的Ad和CCl_4使肝组织中的炎症基因的表达更强。在模拟抗原CYP2D6存在时,高浓度的Ad和CCl_4诱导更高滴度的抗CYP2D6抗体和自身抗体的产生。与单次注射CCl_4相比,重复注射CCl_4导致更强的炎症基因表达,而且在模拟抗原CYP2D6存在时,重复注射CCl_4可以诱导更强的自身免疫应答。(3)Ad和CCl_4导致的肝脏非AIH炎症在5周后消失,且肝损伤也消失;而Ad/CYP2D6和CCl_4/CYP2D6处理5周后,却诱发持续的AIH炎症和肝损伤,同时Ad/CYP2D6和CCl_4/CYP2D6可以诱发肝纤维化,Col1a1和Col1a2表达上调;非AIH炎症期间用sTLR2/4封闭TLR2/4配体,AIH炎症减弱,不能诱发肝纤维化和Col1a1和Col1a2表达上调。(4)在Ad/CYP2D6和CCl_4/CYP2D6诱导产生自身免疫应答后,继续转染表达模拟抗原CYP2D6,增强自身免疫应答,升高自身抗体水平,加重AIH炎症和肝纤维化。如果单独转染且持续表达模拟抗原CYP2D6并不能诱发AIH。(5)在Ad和CCl_4诱导的非AIH肝脏炎症中,肝脏的Treg抑制功能下降,但对脾脏Treg的功能无影响,同样,在肝脏Treg中的Foxp3基因表达下降,而脾脏Treg中的Foxp3基因表达无影响,而且肝脏Foxp3基因表达下调,与Ad和CCl_4的剂量和CCl_4注射次数正相关;在非AIH炎症中,以sTLR2/4阻断TLR2/4配体,可阻止肝脏Treg功能降低,阻止Foxp3基因的表达下调。(6)在Ad和CCl_4诱导的非AIH肝脏炎症中,肝组织中的IL-6和IL-12表达持续升高,增强肝脏Treg细胞中的STAT3和STAT4的激活水平。体内单独封闭IL-6或IL-12后,可以部分抑制肝脏Foxp3的表达下调,但如果同时封闭体内的IL-6和IL-12,则可以几乎完全抑制肝脏Foxp3的表达下调。相应地,肝脏转染表达IL-6/IL-12,可以显着抑制肝脏Foxp3的表达,而且可以使Treg的抑制功能下降。(7)Ad/CYP2D6和CCl_4/CYP2D6诱导肝脏产生Th1免疫应答。而且更高剂量的Ad和CCl_4可以促进模拟抗原CYP2D6诱导更强的Th1免疫应答;非AIH炎症时期用sTLR2/4阻断TLR2/4配体后,可抑制Th1应答的诱导,抑制肝脏中Il2和Ifng基因表达上调。(8)与IL-6/IL-12/CYP2D6相比,CCl_4/CYP2D6诱导肝脏产生强烈的Th2应答,而且Il4和Il13的基因表达上调;CCl_4/CYP2D6诱导体内产生高水平自身免疫抗体,而IL-6/IL-12/CYP2D6不能有效诱导自身抗体的产生。非AIH炎症可以使肝脏IL-4、IL-25和IL-33的表达升高,以sTLR2/4阻断TLR2/4配体,则可以抑制IL-4、IL-25和IL-33的表达,而且也可以抑制Th2的免疫应答反应。在Ad/CYP2D6和CCl_4/CYP2D6诱导的AIH中,体内封闭IL-4和IL-25,可抑制肝脏Th2免疫应答反应,抑制肝脏Il4和Il13基因表达上调,而体内封闭IL-33则无影响。体内封闭IL-4后,对Th1免疫应答无影响。结论:由腺病毒(Ad)和化学物质(CCl_4)诱导的肝脏损伤导致释放更多的危险信号(TLR2/4配体),从而诱导了强而持续的肝脏非AIH炎症。非AIH炎症中持续增加的IL-6和IL-12通过激活肝脏Treg细胞中的STAT3和STAT4通路,抑制了Treg细胞中Foxp3表达,从而降低了Treg细胞的抑制功能。在模拟抗原存在下,Treg细胞功能减弱和IL-12表达上调促进了Th1的免疫应答。同时,非AIH炎症可以促进肝脏内IL-4和IL-25的表达上调,适度表达的IL-4可与IL-25协同作用而启动Th2的免疫应答,但不足以抑制Th1的免疫应答,有利于平衡Th1/Th2应答。因此,Ad/CYP2D6和CCl_4/CYP2D6能够诱导小鼠产生AIH,并导致肝纤维化。(本文来源于《华中科技大学》期刊2018-05-01）
陈郑珊,迟象阳,范鹏飞,张冠英,王美荣[4]（2018）在《利用回归模型筛选出近天然的抗原-抗体对接模拟结构》一文中研究指出在抗原-抗体分子对接模拟所生成的大量计算生成构象中筛选出近天然结构,即接近真实情况的抗原-抗体结合模式。借鉴QSAR原理,定义抗原-抗体接触面描述符并利用Discovery Studio 4.5软件平台计算出各对接模拟构象的接触面描述符和能量参数。构造训练集数据进行回归分析,建立预测对接模拟构象是否是近天然结构的数学模型。通过测试集和实际应用情况检验该数学模型。通过回归分析所建立的数学模型能够在成百上千的抗原-抗体对接模拟构象中有效筛选出其中的近天然结构,在测试集验证和4G7抗体结合模式预测应用中具有良好的表现,验证了该数学模型的有效性和实用性。经验性的抗原-抗体接触面特征如氢键密度、氨基酸对偏好性指数等以及能量参数能够共同有效表征近天然结构,所建立的数学模型有效增强了通过分子对接预测抗原-抗体结合模式的可行性。(本文来源于《生物工程学报》期刊2018年06期）
陈益国,侯晓睿,朱平,刘北一[5]（2017）在《模拟肽聚糖表位的序列分析及其抗原性鉴定》一文中研究指出目的:在线预测肽聚糖(PGN)模拟抗表原位并鉴定其抗原性。方法:利用抗PGN单克隆抗体从12线性噬菌体随机展示肽库中筛选模拟PGN表位的阳性克隆,对阳性克隆进行DNA测序和推导氨基酸序列,结合生物信息学分析阳性序列GRWxHxVxWAGL的抗原性以及T细胞表位,根据分析对阳性序列进行修饰与合成,ELISA法鉴定阳性序列的抗原性。结果:经对噬菌体12线性肽库的3轮筛选,夹心ELISA鉴定得到16个与抗PGN单克隆抗体结合的克隆,DNA测序并推导氨基酸序列,该序列与前期具有抗金黄色葡萄球菌活性序列No.31(ATWxHxLxSAGL)含有保守序列WxHx…AGL。在线分析(http://bio.dfci.harvard.edu/Tools/antigenic.pl,www.syfpeithi.de,http://www.darrenflower.info/mhcpred)表明,含保守序列的阳性序列GRWxHxVxWAGL包含与人和小鼠MHC结合表位(-WxHxVxW-),C端加入AGGS后具有T细胞表位(DNAstar),据此合成线性肽Biotin-GRWxHxVxWAGLAGGS(命名为SP39)。ELISA结果显示,SP39能与抗PGN单抗及抗S.aureus全菌多抗结合,PGN能抑制SP39与抗PGN单克隆抗体结合。结论:经噬菌体肽库筛选获得阳性序列GRWxHxVxWAGLAGGS,该序列可能模拟PGN抗原表位。(本文来源于《中国免疫学杂志》期刊2017年08期）
殷启风[6]（2017）在《人CD55抗原模拟表位的筛选及其对乳腺癌细胞的抑瘤作用研究》一文中研究指出目的:利用噬菌体肽库展示技术从Ph.D.12噬菌体肽库中筛选能够和人CD55单克隆抗体(CD55 Mc Ab)特异性结合的短肽,从中找到CD55的抗原模拟表位,设计出与人肿瘤免疫逃逸蛋白CD55同源的的短肽,为肿瘤治疗奠定理论基础。方法:以人CD55单克隆抗体为靶标,Ph.D.12肽库通过4轮噬菌体筛选淘选出与CD55单克隆抗体特异性结合的短肽,计算每轮回收率。4轮筛选后,随机挑选11个噬菌体单克隆和野生型噬菌体进行竞争结合,计算其结合力。利用ELISA、竞争结合实验鉴定筛选出结合力强的噬菌体单克隆,E.coli ER2378宿主菌表达和纯化噬菌体。将阳性噬菌体克隆交由公司测序,测序结果里找出出现频率高的短肽序列,设计与人CD55单克隆抗体具有高亲和性及特异性的短肽,并对其体外抗乳腺癌作用效果进行研究。CCK8实验检测CD55抗原模拟表位对乳腺癌细胞(MDA-MB-231和MCF-7细胞)增殖的影响。荧光显微镜验证短肽在细胞中的摄入和分布。透射电镜(Transmission electron microscopy,TEM)和流式细胞术检测该短肽在乳腺癌细胞MDA-MB-231细胞和MCF-7细胞凋亡中的影响。结果:4轮筛选后,每轮噬菌体回收率都达到了较高数量级。竞争结合实验结果显示11个噬菌体单克隆和第3、4轮筛选后的噬菌体都与CD55单克隆抗体亲和力都非常显着。ELISA结果显示有8个噬菌体单克隆和CD55单克隆抗体亲和力显着。根据测序结果得到两条高表达短肽序列HAHTPTRGVMHA(简称H肽)和QVNGLGERSQQM(简称Q肽)。CCK8实验证明Q短肽序列对乳腺癌MDA-MB-231细胞和MCF-7细胞的毒性作用显着且具有剂量依赖性,而H短肽较Q肽药效较差,达到相同抑瘤率所需作用浓度较高。荧光显微镜观察到Q短肽分布在细胞膜表面。透射电镜和流式细胞术显示Q短肽具有诱导MDA-MB-231和MCF-7细胞凋亡的作用。结论:利用噬菌体随机12肽库成功得到两条CD55单克隆抗体特异性结合的CD55抗原模拟表位短肽序列HAHTPTRGVMHA和QVNGLGERSQQM,其中Q肽比H肽作用更显着,能够抑制乳腺癌细胞增殖并诱导其凋亡,为乳腺癌靶向治疗提供新思路和新靶标。(本文来源于《青岛大学》期刊2017-05-18）
曲志华,张小强,周亚盼,梁晓瑜,张妍[7]（2017）在《超高压处理对消减乳源酪蛋白抗原性影响的体外模拟研究》一文中研究指出目的:研究超高压结合不同模拟胃肠消化对于消减乳源酪蛋白抗原性的影响。方法:以乳源酪蛋白为研究对象,采用不同的压力、温度、保压时间、超高压次数来处理酪蛋白,并对处理后的酪蛋白进行模拟成人、婴儿胃肠消化,用间接酶联免疫吸附法来检测经过处理后酪蛋白过敏原消减效果,并且使用正交设计确定消减酪蛋白过敏原最优处理条件组合。结果:在相同超高压处理条件下,对酪蛋白进行模拟成人、婴儿胃肠消化环境,其结果显示成人比婴儿胃肠消化后酪蛋白过敏原消减的效果更好;高压结合模拟成人胃肠消化的最佳条件组合是:350 MPa、温度30℃、保压时间15 min、高压3次,抑制率为22.67%;高压结合模拟婴儿胃肠消化的最佳条件组合是:350 MPa、温度30℃、保压时间20 min、高压1次,抑制率为39.95%。结论:高压结合不同胃肠消化后都可以消减酪蛋白过敏反应,而且结合成人胃肠消化比结合婴儿胃肠消化对过敏原的消减效果更好。(本文来源于《食品工业科技》期刊2017年09期）
胡云霏,葛猛,岑静,李润成,余兴龙[8]（2017）在《一种改进的高效模拟抗原表位噬菌体的筛选方法》一文中研究指出以抗红斑丹毒丝菌多克隆抗体为研究对象,首先加入噬菌体与抗体作用,保证目的噬菌体与抗体的高效结合,再通过蛋白A和蛋白G能快速、高亲和力吸附抗体Fc段的特性,将抗体-噬菌体复合物固定在酶标孔中;经洗涤和洗脱后将筛选的噬菌体稀释,分装到10块96孔培养板中扩增。第1轮筛选所获得的噬菌体种类一般少于1×104个,经约1 000倍稀释后,每个酶标孔中扩增的噬菌体少于10个,这将极大地降低噬菌体因竞争扩增而丢失的概率,甚至无噬菌体丢失。结果显示,相比于传统方法从224个样品中获得36个多肽,本次从100个样品中就获得了72个多肽。同时,为满足大量噬菌体样品的验证工作,采用加入40 m L/L吐温-80的培养基在10 m L离心管中以2 m L体积扩增噬菌体,最终的噬菌体效价提高了317%,总量超过8×1010,足以满足后续试验的要求。该改进的方法可以显着提高噬菌体筛选的效率,可操作性强,具有广泛的普遍适用性。(本文来源于《中国兽医科学》期刊2017年01期）
赵燕凌,张辉,王效春,谢鲜梅[9]（2016）在《基于AgI模拟酶纳米材料构建阻抗型免疫传感器用于检测癌胚抗原》一文中研究指出目的设计一种基于AgI模拟酶纳米材料的阻抗型免疫传感器,对血清样品中的癌胚抗原(CEA)进行高灵敏检测。方法合成一种壳聚糖修饰的碘化银(CS-AgI)纳米材料,利用透射电镜(TEM)和傅里叶红外光谱(FTIR)法对合成的CS-AgI进行表征,以CS-AgI为信号标记物修饰CEA抗体,采用夹心式免疫分析法在金电极表面制备一种高效、灵敏的电化学免疫传感器,采用电化学工作站定量分析检测所构建免疫传感器的电化学性能。结果成功合成CS-AgI纳米颗粒,颗粒呈球形,粒径约为100nm。以CS-AgI纳米颗粒为信号标记物构建的免疫传感器在pH 7.0的磷酸盐缓冲液中检测CEA时表现出良好的电化学性能,其交流阻抗响应值与样品中的CEA浓度的对数呈线性增加趋势,并在CEA浓度为0.1~80ng/mL范围内展现出良好的线性关系(r=0.996),检测限达到0.05ng/mL。结论基于AgI模拟酶纳米材料构建的阻抗型免疫传感器可以高灵敏检测CEA,同时具有较好的精确性、重现性和选择性,为癌症的早期诊断和早期治疗提供了实验依据。(本文来源于《第二军医大学学报》期刊2016年12期）
吴凡,庄乃保,张印则,徐华,周华友[10]（2016）在《随机噬菌体肽库筛选血型D抗原模拟多肽方案的建立及初步验证》一文中研究指出目的探讨随机噬菌体十二肽库筛选血型D抗原模拟多肽的影响因素,以建立最佳筛选方案。方法对比洗脱时间分别为4、8、12、16和30 min的洗脱液滴度;3轮清洗缓冲液中Tween 20浓度分别为0.1%、0.2%、0.5%和分别为0.1%、0.5%、0.5%时每轮淘洗的投入/产出比,以及3轮封闭缓冲液均为0.5%BSA和分别为0.5%BSA、1%明胶、5%脱脂奶时每轮淘洗的投入/产出比,以分析筛选效果,得出最佳筛选方案。对采用最佳筛选方案筛选得到的阳性克隆测定其DNA序列和做抗体竞争抑制试验检测D抗原模拟表位。结果洗脱8 min时洗脱液滴度为(2.31±0.25)×10~6pfu/m L,洗脱4、12、16和30 min时的洗脱液滴度与之相比明显下降(P<0.01)。当洗脱时间为8 min且3轮封闭缓冲液均为0.5%BSA时,3轮淘洗清洗缓冲液Tween 20浓度分别为0.1%、0.5%、0.5%时投入/产出比分别为1.69×10~7、4.95×10~5、9.58×10~2,与清洗缓冲液Tween 20浓度分别为0.1%、0.2%、0.5%时投入/产出比分别为2.70×10~7、4.57×10~5、1.14×10~3相比,对筛选效果影响不大。当洗脱时间为8 min且3轮淘洗清洗缓冲液Tween 20浓度分别为0.1%、0.5%、0.5%时,3轮封闭缓冲液分别为0.5%BSA、1%明胶、5%脱脂奶时投入/产出比分别为1.93×10~7、6.44×10~3、6.23×10~1,明显优于3轮淘洗封闭缓冲液均为0.5%BSA时的投入/产出比(分别为1.94×10~7、1.66×10~5、8.23×10~2)。通过优化方案筛选得到1个抑制率约为50%的十二肽序列"VHWDFRQWWQPS"。结论洗脱时间、清洗缓冲液成分以及封闭缓冲液类型对筛选效率有一定影响。洗脱时间为8 min,3轮淘洗的清洗缓冲液Tween 20浓度分别为0.1%、0.5%、0.5%和3轮淘洗的封闭缓冲液分别为0.5%BSA、1%明胶、5%脱脂奶粉时,筛选效果较优,可获得较理想的血型D抗原模拟多肽。(本文来源于《中国输血杂志》期刊2016年08期）
抗原模拟论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
对于许多重要的疾病,包括烈性传染病、免疫系统疾病和癌症等,使用抗体都是一种有效的治疗手段。借助计算机以原子水平模拟抗体分子的生物学行为,以抗体结构为起点研究抗原抗体的结合模式、抗体分子的改造和设计以及相关理化性质的预测,其重要作用日益受到关注。分子对接是模拟和预测抗原-抗体复合物结构的重要方法,虽然已有不少大分子对接算法和打分函数,但在成千上万的对接模拟构象中筛选确定出接近真实情况的近天然结构仍然是具有挑战性的。本研究的主要目的是建立一种处理抗原-抗体对接模拟结果、从对接模拟构象中筛选出近天然结构的方法,从而能够更有效地通过分子对接等分子模拟方法预测抗原-抗体复合物结构。本研究收集整理抗原-抗体复合物结构,经过分子对接和聚类分析建立训练集和测试集,根据所定义的抗原抗体接触面的各个参数(或称接触面描述符)的计算方法,为训练集中的全部对接模拟构象(包括近天然结构和不合理结构)计算出各项参数,得到所有的样本数据。将各项参数指标作为回归模型的自变量,利用训练集样本数据进行自变量筛选和回归分析得到logistic回归模型(方程)。在进行预测时,依据回归方程为各个对接模拟构象计算出的概率值,对其进行排序筛选而得出预测的近天然结构。所建立方法的特点是以各项特定参数统计归纳出抗原抗体接触面的特征,使得筛选出的对接模拟结构具有符合抗原-抗体接触面特征的最大可能性。经测试集验证logistic回归模型良好的预测性能后,使用分子对接和回归模型预测埃博拉包膜蛋白与ZMapp抗体的复合物结构,对比报道的实验结构,其中对中和抗体4G7结合模式的预测具有很高的准确性。采用本研究建立的基于分子模拟的抗原抗体复合物结构预测方法,预测一株炭疽致死因子(lethal factor,LF)单抗2B9的关键氨基酸,并对该抗体进行改造优化。使用Discovery Studio 4.5软件对2B9抗体进行建模,从PDB数据库下载LF的晶体结构并做处理,将两者进行对接后得到5000个对接模拟构象。对每个对接模拟构象计算出logistic回归方程中的各个自变量参数值,代入回归方程中得到该构象是近天然结构的概率值。按所得概率值的大小将对接结果重新排序,选取排序靠前的对接模拟构象进行后续分析和预测。基于选取的对接模拟构象统计得出抗体上的关键氨基酸的预测结果,并通过实验验证了这些排序靠前的对接模拟构象的整体准确性。基于选取的对接模拟构象的整体结构信息,使用以抗原-抗体接触面氨基酸对偏好性为原理的抗体点突变优化算法,设计抗体2B9的单点突变体,通过实验证实,获得了亲和力增强的抗体突变体,说明本研究建立的抗原-抗体结构预测和抗体优化设计方法具有较高的准确性。本研究建立了基于分子对接等分子模拟方法和logistic回归模型筛选对接模拟结构的抗原抗体复合物结构预测方法;另外实现了基于多个对接模拟构象的整体结构信息和抗原-抗体接触面氨基酸对偏好性的抗体点突变优化算法,并且开发了相应的软件。运用该抗原抗体复合物结构预测方法,预测文献报道的埃博拉病毒包膜蛋白抗体的结合模式,具有较高的准确性;综合应用以上方法对LF的抗体2B9进行点突变优化改造,获得了亲和力增强的突变株。本研究建立的方法能够提高分子对接预测抗原-抗体复合物结构的准确性和有效性,并且为抗体的优化改造提供有益的指导。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
抗原模拟论文参考文献
[1].王学丽,李娅茹,王梦梦,丁婕,卢瑛.体外模拟胃液消化对虾中主要过敏原原肌球蛋白抗原表位的影响[J].中国免疫学杂志.2019
[2].陈郑珊.基于分子模拟的抗原抗体复合物结构预测及初步应用[D].军事科学院.2019
[3].池刚.TLR2/4配体增强肝脏炎症促进模拟抗原诱发自身免疫性肝炎[D].华中科技大学.2018
[4].陈郑珊,迟象阳,范鹏飞,张冠英,王美荣.利用回归模型筛选出近天然的抗原-抗体对接模拟结构[J].生物工程学报.2018
[5].陈益国,侯晓睿,朱平,刘北一.模拟肽聚糖表位的序列分析及其抗原性鉴定[J].中国免疫学杂志.2017
[6].殷启风.人CD55抗原模拟表位的筛选及其对乳腺癌细胞的抑瘤作用研究[D].青岛大学.2017
[7].曲志华,张小强,周亚盼,梁晓瑜,张妍.超高压处理对消减乳源酪蛋白抗原性影响的体外模拟研究[J].食品工业科技.2017
[8].胡云霏,葛猛,岑静,李润成,余兴龙.一种改进的高效模拟抗原表位噬菌体的筛选方法[J].中国兽医科学.2017
[9].赵燕凌,张辉,王效春,谢鲜梅.基于AgI模拟酶纳米材料构建阻抗型免疫传感器用于检测癌胚抗原[J].第二军医大学学报.2016
[10].吴凡,庄乃保,张印则,徐华,周华友.随机噬菌体肽库筛选血型D抗原模拟多肽方案的建立及初步验证[J].中国输血杂志.2016
论文知识图
