杜鹃花属映山红与皋月杜鹃的基因组调查

论文摘要

杜鹃花花大色艳、花叶繁茂,灿若云锦,有着"木本花卉之王"的美誉。杜鹃花野生资源在全球有着广泛的地理分布,其中中国分布有566种,是杜鹃花资源的多样化中心。通过对两个杜鹃花种质资源的高通量测序研究,我们首次测定了映山红和皋月杜鹃的基因组,运用生物信息学的方法,分析了两种材料的杂合度、GC含量、重复度等基因组信息,为开展相关近缘物种的全基因组测序提供一定的理论指导;同时,我们对两个材料的基因组进行了de novo拼接,获得的序列信息可以为分子标记的开发及基因挖掘提供数据参考。研究结果表明:映山红与皋月杜鹃的基因组大小分别均在608 Mb和567 Mb;它们都具有很高的杂合度,其中,映山红杂合度约在1.9%,皋月杜鹃杂合度约在2.6%;因为两个材料的杂合度均很高,且它们的自交亲和性差,极难获得相对纯合的材料,建议后期在对它们进行全基因组测序时,应优先采用大片段的三代测序手段,利用二代测序进行Hi-c的辅助组装及错误较正,并结合bionano光学图谱技术,有望得到较好的结果。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 测序数据总量统计
•   1.2 17-mer （长度为17的核苷酸片段） 分析与基因组长度估测
•   1.3 杂合率估计
•   1.4 GC含量
•   1.5 基因组组装
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 试验材料
•   3.2 DNA的提取与纯化
•   3.3 建库测序
•   3.4 建库信息及数据量统计
•   3.5 K-mer分析及基因组大小预测
•   3.6 杂合率分析
•   3.7 GC含量与分布分析
•   3.8 基因组的拼接
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 周媛,资宏,童俊,董艳芳,毛静,徐冬云,方林川

关键词: 杜鹃,基因组大小,杂合度,单分子测序

来源: 分子植物育种 2019年15期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,园艺

单位: 武汉市农业科学院林业果树研究所湖北省园林植物工程技术研究中心,华中农业大学园艺林学学院

基金: 国家自然科学基金项目(No.31601792),国家自然科学基金项目(No.31300587),湖北省技术创新专项重大项目(2017ABA162)共同资助

分类号: S685.21;Q943.2

DOI: 10.13271/j.mpb.017.004928

页码: 4928-4935

总页数: 8

文件大小: 1325K

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