基于生物信息学方法预测野葛中的miRNA及其靶基因

论文摘要

目的:基于GitHub上释放的野葛转录组序列和miRBase中的microRNAs（miRNA）数据,通过生物信息学方法预测野葛中保守的miRNA,为研究其在野葛中的生物学作用奠定基础。方法:根据miRNA在植物中的保守性,利用psRobot软件的前体预测模块"psRobot-mir"将miRBase数据库中已知的miRNA序列与野葛转录组序列进行比对,按照miRNA的判定标准进行筛选,并随机选取了7条miRNA进行茎-环PCR验证,随后利用psRNATarget软件对这些miRNA进行了靶基因预测。结果:在野葛中共预测出34条潜在的miRNA序列,它们属于18个基因家族,miRNA茎-环PCR验证的成功率是100%。基于罚分≤3,预测出235个靶基因,其中66个具有明确的功能,涉及野葛抗病、生长发育、转录调节、胁迫应答等,其中28个为抗病蛋白。结论:预测出的野葛保守miRNA及其靶基因,为今后解析miRNA在野葛抗病和次生代谢产物合成中的作用奠定了基础。

论文目录

• 1 材料
• 2 方法
•   2.1 已知植物miRNA序列的获得
•   2.2 野葛转录组数据及注释文件的获得
•   2.3 野葛miRNA的生物信息学预测
•   2.4 茎-环PCR验证miRNA的真实性
•     2.4.1 第一链反转录
•     2.4.2 荧光定量PCR
•   2.5 野葛miRNA的靶基因预测
• 3 结果与分析
•   3.1 野葛miRNA预测结果及其二级结构
•   3.2 野葛miRNA真实性验证
•   3.3 野葛miRNA靶基因预测结果及主要功能分析
• 4 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 姚怡玮,徐静,杨萌,李燕呢,何美军,郭坤元,吴斌

关键词: 野葛,生物信息学,靶基因

来源: 中国现代中药 2019年04期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学,农业科技

专业: 生物学,农作物,生物医学工程

单位: 中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室/中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所,北京市海淀区植物组织培养技术实验室,湖北省农业科学院中药材研究所

基金: 国家自然科学基金(81274015),恩施州科技计划研究与开发项目(XYJ2016000305)

分类号: S567.19;Q811.4

DOI: 10.13313/j.issn.1673-4890.20180904005

页码: 429-437

总页数: 9

文件大小: 1348K

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