基于Hi-c数据的酵母染色体三维结构重构

论文摘要

通过染色体交互频率数据（Hi-c）来预测染色体三维空间结构是近年表观遗传研究热点。研究表明染色体三维空间结构在生物基因表达、调控等方面起到重要作用,对其进行三维重构是研究细胞代谢过程的基本途径。针对酵母Hi-c数据在不同染色体所呈现出的统计特征,拟合出每条染色体交互频率数据分布的数学模型,然后利用梯度上升迭代算法预测并重构其三维结构,并给出模型评估指标。实验结果表明,模型具有较高可重复性和预测精确度。

论文目录

• 1 理论与方法
•   1.1 酵母染色体Hi-c数据分布拟合函数模型
•   1.2 染色体三维模型建立
•   1.3梯度上升优化算法
• 2 模型评价
•   （1） 距离Pearson相关系数 （DPCC）
•   （2） 距离Spearman相关系数 （DSCC）
• 3 实验结果
• 4 结论与展望

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 丰继华,牟锦,郭亚茹

关键词: 数据,三维结构,梯度上升算法

来源: 生物信息学 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 云南民族大学电气信息工程学院

基金: 国家自然科学基金项目(No.31160234)

分类号: Q811.4;Q343.2

页码: 182-188

总页数: 7

文件大小: 2835K

下载量: 148