导读:本文包含了肝癌相关基因论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:原发性肝癌,基因多态性,肝功能指标
肝癌相关基因论文文献综述
韩竖霞,张平安,赵友云[1]（2019）在《miRNA-221/222基因多态性及肝功能指标与乙型肝炎病毒相关原发性肝癌的关联性研究》一文中研究指出目的:探讨miRNA-221/222基因多态性及肝功能相关指标与乙型肝炎病毒相关原发性肝癌(HBV-PHC)的关联性,为PHC寻找潜在的生物学标志物,为PHC的早期鉴别诊断和预防控制提供理论依据。方法:回顾性分析295例HBV感染后不同转归的患者(其中HBV-PHC 94例,肝硬化104例,慢性乙型肝炎97例)的肝功能指标(ALT、AST、ALP、GGT、TBil、DBil、TP、Alb);采用双重FQ-PCR技术检测miRNA-221/222的SNP基因位点rs2858061和rs2858059的基因型;SPSS20.0软件分析各组数据的相关性。结果:3组患者ALT和TP水平差异均有统计学意义(P<0.05);PHC患者GGT、ALP和AST水平明显高于CHB和LC组,差异有统计学意义(P<0.05);CHB组与LC组之间差异无统计学意义(P>0.05);PHC组患者TBil、DBil、Alb水平与LC组比较,差异无统计学意义(P>0.05)。miRNA-SNP结果显示,miRNA-221的rs2858061位点中,与CC基因型相比,CG基因型和GG基因型在HBV-PHC组、CHB组和LC组之间无显着性差异(P>0.05);等位基因C和G的分布在3组之间无显着性差异(P>0.05);miRNA-222基因rs2858059位点中,与TT相比,CT型和CC型在3组间无显着性差异(P>0.05);等位基因C和T的分布在3组中无显着性差异(P>0.05)。结论:监测肝功能相关指标对于HBV-PHC的早期鉴别诊断有一定的指导意义;miRNA-221/222基因多态性与HBV-PHC发生无相关性。(本文来源于《中西医结合肝病杂志》期刊2019年05期）
白云帆[2]（2019）在《基于网络分析和机器学习的肝癌中糖链相关基因筛选》一文中研究指出中国癌症发病率和死亡率均较高,随着二代测序的飞速发展,运用生物统计学和计算机语言对生物学问题的挖掘也变得如火如荼。因此,应用生物信息学揭示并解决生物学问题,在科学研究中扮有越来越重要的角色。糖链相关基因如糖基转移酶、糖苷水解酶,已被证实与肿瘤的迁移、复发、抗化疗药物等密切相关。已有众多针对癌症发生发展的糖链相关基因及其功能对癌症表型的影响与分子机制的研究。本课题组前期发现TCGA数据库的RNA-seq数据显示,在多种癌症组织中,多种糖链相关基因的表达量都有显着改变。基于以上发现,本实验将聚焦于肝癌中差异表达的糖链相关基因,运用机器学习和加权基因共表达网络(WGCNA,Weighted Correlation Network Analysis)网络进行分析,旨在找到在癌症的发生和发展中发挥着重要作用的糖链相关基因,及与其协同变化的其它基因,从更大的尺度去整体把握糖链相关基因的变化,进一步找到关键基因(hub gene),并对其功能进行生物信息分析。本课题选取TCGA和GTEx数据库中糖链相关基因的肝癌表达谱,比较了叁种机器学习模型(随机森林,支持向量机,逻辑回归)预测癌症发生的能力,发现叁者的AUC值分别为0.9836,0.9903,0.9986。结合混淆矩阵的结果,发现叁种模型对癌症样本预测能力比正常样本强。综合比较叁个模型的AUC、混淆矩阵和误差率,发现逻辑回归是叁种模型中效果最好的模型。利用逻辑回归,共筛选到16个和肝癌发生发展密切相关的有统计学意义的基因,分别为FUT7、FUT8、HYAL3、CHI3L1、PIGM、MGAT2、GLT6D1、AMY2B、A4GALT、LFNG、MAN1C1、PIGB、HEXB、NEU4、GALNT13、FUT9。同时,为了进一步研究糖链相关基因的相互作用网络,对TCGA和GTEx数据库中肝癌表达谱进行WGCNA的构建。通过计算任意两对基因之间的皮尔森相关系数的绝对值,选择最佳加权系数6时,R~2最大并接近0.9,做出模型拟合效果最好的WGCNA。在此基础上,将遗传相似性矩阵转换为邻接矩阵,最后获得13个基因表达相关性模块。运用验证集对对每个模块进行保守性验证,发现gold、turquoise和blue模块的保守性最好(Z>10)。通过模块与表型的相关性分析,发现turquoise模块和blue模块和表型的相关性最高,高达0.8,0.73,这表明其在癌症发生发展中发挥着重要的作用。对这两个模块进行GO和KEGG富集分析,发现富集到很多重要的生物学通路,如蛋白质运输,RNA定位等。在以上结果的基础上,本研究利用机器学习和turquoise模块中共有的重要基因NEU4进行了转录组验证。在NEU4基因过表达的转录组中发现,83个潜在转录因子中有15个发生差异表达,且这些转录因子均在turquoise模块中,验证了turquoise模块的可信度以及相关基因在癌症发生发展中的重要性。同时在NEU4基因过表达的转录组中,显示有差异的B4GALT2和PLOD3基因也发生了差异表达,证明了网络构建的准确性和可重复性。本研究基于机器学习和WGCNA,构建了一个与肝癌密切相关的糖链相关基因互作网络,并筛选出重要的糖链相关基因,为下一步探索这些基因的生物学功能和意义提供思路,同时也为肝癌糖生物学的发展提供一定的线索,为肝癌的诊断和治疗提供了理论依据和数据支持。(本文来源于《哈尔滨工业大学》期刊2019-06-01）
全柳霞,吴立然,李晶[3]（2019）在《Axin2基因对肝癌细胞中Wnt/β-catenin信号通路相关分子表达的调控及机制》一文中研究指出目的探讨Axin2基因对肝癌细胞中Wnt/β-catenin信号通路相关分子表达的调控及其机制。方法通过TOPflash试验检测Axin2基因对Wnt/β-catenin信号通路的影响;荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,QPCR)法检测Axin2基因在正常肝细胞LO2及3种肝癌细胞HepG2、HHCC、HB611中的表达水平;对肝癌细胞HepG2中Axin2的表达进行干扰,并检测Wnt/β-catenin信号通路相关基因(β-catenin、Cyclin A、CDK2、Wnt5a、STAT3、EGFR、APC)mRNA转录水平及相关蛋白(β-catenin、Cyclin A、CDK2、APC)的表达量。结果 Axin2对Wnt/β-catenin信号通路有显着抑制作用,且呈剂量依赖性(P <0. 05);3种肝癌细胞Axin2的表达水平显着低于正常肝细胞LO2(P <0. 05);干扰HepG2细胞中Axin2基因表达后,Axin2基因m RNA转录及蛋白表达水平降低,Wnt信号通路下游基因β-catenin、Cyclin A、CDK2、Wnt5a、STAT3和EGFR基因mRNA转录水平及β-catenin、Cyclin A、CDK2蛋白表达量均上升,而APC基因mRNA转录水平及蛋白表达量降低。结论 Axin2基因通过调控Wnt/β-catenin信号通路相关基因的表达抑制肝癌细胞的生成,本研究为寻找新的肝癌治疗靶点及防治药物提供了实验依据。(本文来源于《中国生物制品学杂志》期刊2019年05期）
赵海潮[4]（2019）在《CNOT7基因敲减通过JAK/STAT通路减少GM-CSF分泌对肝癌肿瘤免疫微环境影响的相关研究》一文中研究指出目的:研究人CCR4-NOT转录复合体亚基7(human CCR4-NOT transcription complex subunit 7,CNOT7)敲减通过JAK/STAT通路减少肿瘤来源的GM-CSF分泌,进而干预髓源性抑制细胞(Myeloid-derived suppressor cells,MDSCs)在局部肿瘤免疫微环境的作用及相关机制。方法:1.ELISA法检测肝癌、肝炎、健康志愿者外周血GM-CSF分泌水平及TTCS和NTCS中GM-CSF分泌水平,并进行比较;2.流式细胞术检测肿瘤组织、瘤缘、非肿瘤正常肝组织中MDSCs数量;3.筛选合适肝癌细胞系;使用RNA干扰(RNAi)技术,将CNOT7重组质粒及相应对照空载体质粒转染HepG2细胞;4.Western blot方法检测敲减组、空质粒组和对照组CNOT7及信号传导过程中STAT1、STAT3、GM-CSF的蛋白表达水平。结果:1.肝癌组、肝炎组、对照组外周血GM-CSF水平无明显差异(P>0.05)。2.与肿瘤组(9.66±2.73 pg/ml)和正常肝组织组(11.61±2.89pg/ml)相比,瘤缘组(32.16±8.90pg/ml)GM-CSF水平较高,其差异有统计学意义(P<0.05)。3.流式结果表明与肝癌组织组(4.16±2.22%)、正常肝组织组(6.22±2.29%)相比,瘤缘组(11.90±3.96%)中CD33~+CD11b~+细胞比率明显增多,具有统计学差异(P<0.05)。4.筛选出HepG2人肝癌细胞株进行转染后,与HepG2~(EV)组和HepG2组相比,HepG2~(shCNOT7)组细胞CNOT7蛋白低表达(P<0.01),STAT1蛋白表达上调(P<0.01),STAT3蛋白表达下调(P<0.01),GM-CSF蛋白表达明显减少(P<0.01)。结论:1.与健康人群和乙肝患者相比较,肝癌患者外周血GM-CSF无明显差异;肝癌局部MDSCs分布情况于GM-CSF分泌水平相关,于肿瘤边缘大量集聚。2.CNOT7敲减可以通过JAK/STAT通路,影响STAT1和STAT3表达,以此来减少肿瘤来源的GM-CSF分泌,进而干预MDSCs在局部的免疫抑制功能,来达到调节肿瘤免疫微环境、抑制肿瘤细胞增殖和迁移的目的。(本文来源于《山西医科大学》期刊2019-05-20）
谭斯亮[5]（2019）在《PRKAA1基因多态性与HBV相关慢性肝炎、肝硬化和肝癌的遗传易感性研究》一文中研究指出目的:通过对腺苷活化蛋白激酶(AMPK)α1亚基(PRKAA1)rs3792822,rs10036575和rs154268叁个位点基因多态性的检测,探讨PRKAA1基因多态性与HBV相关慢性肝炎(Chronic hepatitis B,CHB)、肝硬化(Liver Cirrhosis,LC)和肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)遗传易感性的关系,为评估HBV相关性肝脏疾病患病风险和为临床针对性治疗提供新的思路。方法:本课题纳入研究对象共571例,其中病例组424例,包括慢性肝炎组138例,肝硬化组137例,肝癌组150例,健康对照组146例。采用SNa Pshot测序法(也叫小测序法)分别检测PRKAA1基因rs3792822,rs10036575和rs154268共叁个位点的基因多态性,然后计算叁个位点各组等位基因和基因型分布频率。采用群体遗传学原理中的哈-温平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)定律分析各组所选研究对象是否来自同一孟德尔群体,是否具有群体代表性和可比性。采用Logistic回归分析校正性别、年龄等混杂因素后,计算比值比(odds ratio,OR)和95%可信区间(Confidence interval,CI),分析PRKAA1基因叁个单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)与HBV相关的CHB,LC和HCC遗传易感性的关系。通过在线软件SHEsis构建PRKAA1 rs3792822、rs10036575和rs154268叁个位点的单倍型,分析各单倍型与CHB、LC和HCC遗传易感性的关系。结果1.健康对照组146例,其中男性120例(82.2%),女性26例(17.8%),平均年龄(48.24±11.41)岁;CHB组138例,其中男108例(78.3%),女性30例(21.7%),平均年龄(39.71±11.69)岁;LC组137例,其中男108例(78.7%),女性29例(21.3%),平均年龄(47.04±11.69)岁;HCC组150例,其中男性127例(84.7%),女性23例(15.7%),平均年龄(50.53±10.35)岁。各病例组与健康对照组的男女性别比例差异无统计学意义(P>0.05),方差分析结果显示四个研究组的平均年龄差异有统计学意义(P<0.05),通过各组间两两比较,发现CHB组的平均年龄小于其他叁组(P<0.05),LC组和HCC组平均年龄差异存在统计学意义(P<0.05),LC组和健康对照组、HCC组和健康对照组之间平均年龄差异均无统计学意义(P>0.05)。各病例组与健康对照组PRKAA1基因rs3792822、rs10036575和rs154268叁个位点的基因型分布频率均符合哈-温平衡定律(均为P>0.05)。2.PRKAA1基因rs3792822位点有GG、GA和AA叁种基因型。以GG基因型为参照,PRKAA1基因rs3792822位点叁种基因型及等位基因的携带频率在CHB组、LC组和HCC组的差异无统计学意义(均为P>0.05)。3.PRKAA1基因rs1003657位点有CC、CT和TT叁种基因型。以TT基因型为参照,结果显示:CC基因型可显着增加HCC的患病风险,其OR=1.971,95%CI:1.007-3.858,P=0.048。但在各病例组间进行比较,未发现存在统计学差异(均为P>0.05)。在对各组进行年龄分层分析时发现,≥50岁人群携带CT基因型可增加患LC和HCC的风险,其OR值和95%CI分别为:OR=3.851,95%CI:1.316-11.272,P=0.014;OR=2.633,95%CI:1.074-4.658,P=0.034。在男性人群与女性人群中进行分层比较分析,叁种基因型及等位基因的携带频率亦无统计学差异(均为P>0.05)。4.PRKAA1基因rs154268位点有CC、CT和TT叁种基因型。以CC基因型为参照,PRKAA1基因rs154268位点叁种基因型及等位基因的携带频率在CHB组、LC组和HCC组的差异无统计学意义(均为P>0.05)。在女性人群中,与健康对照组相比,LC组T等位基因的携带频率增加(P<0.05)。5.健康对照组和各病例组构建的单倍型有CAT、CGT、TGC和TGT,与CHB、LC和HCC的患病风险均无相关性(均为P>0.05)。结论1.PRKAA1基因rs10036575位点突变基因型CC可能增加健康人群患HCC的风险,杂合子CT基因型可能增加≥50岁健康人群LC和HCC的患险风险。2.PRKAA1基因rs154268位点携带等位基因T可能增加女性健康人群LC的患病风险。3.PRKAA1基因rs3792822位点基因多态性与HBV相关的慢性肝炎、肝硬化和肝癌的患病风险可能无相关性。4.PRKAA1基因rs3792822、rs10036575和rs154268构建的单倍型与HBV相关的慢性肝炎、肝硬化和肝癌的患病风险可能无相关性。(本文来源于《广西医科大学》期刊2019-05-01）
古丽米热·依米提（YIMIT,Gulimira）[6]（2019）在《PIWI/piRNA通路相关基因在肝癌中表达调控作用的研究》一文中研究指出目的:检测肝癌动物模型组织和肝癌细胞中PIWI/piRNA通路相关Piwil4、Piwil2、Mael、Ddx4基因mRNA和蛋白的表达水平变化,探讨PIWI/piRNA通路基因与肝癌的关系;将肝癌细胞系中Piwil4基因进行敲除,构建基因敲除的细胞系,检测Piwil4的表达、敲除细胞系的凋亡水平、细胞增殖能力,探讨PIWIL4对肝癌细胞凋亡和增殖能力的影响。方法:(1)大鼠肝癌动物模型的建立及应用酶联免疫吸附(ELISA)技术检测肿瘤标记物在模型动物血清中的水平变化。(2)采用qRT-PCR、Western-blot和免疫组织化学法检测肝癌动物模型肝脏组织PIWI/piRNA通路相关基因Piwil2、Piwil4、Mael和Ddx4的mRNA及蛋白表达水平变化。(3)大鼠肝癌细胞(CBRH-7919)和大鼠正常肝细胞(BRL)体外培养,用qRT-PCR和Western-blot法检测PIWI/piRNA通路相关基因Piwil2、Piwil4、Mael和Ddx4的mRNA和蛋白表达水平变化。(4)利用CRISPR/Cas9技术对CBRH-7919细胞的Piwil4基因进行敲除,应用Western-blot检测PIWIL4蛋白的表达,应用FCM和CCK-8检测Piwil4敲除细胞系凋亡水平和细胞增殖能力。结果:(1)ELISA方法结果显示,与正常肝脏组织相比,肝癌模型组肿瘤标记物HSP(27.43±3.18)、AFP(6.70±3.17)、ASMA(62.63±2.65)浓度明显升高,差异均有统计学意义;(2)qRT-PCR和Western-blot结果显示,肝癌模型肝脏组织中Piwil2、Piwil4、Mael和Ddx4的mRNA相对表达水平分别为(51.61±22.98、114.8±15.74、5.66±2.02、15.07±6.17),与正常组比较,肝癌模型组织中基因表达均上调表达。与正常组比较,肝癌模型组织中PIWIL2(1.16±0.34),PIWIL4(2.23±0.49),MAEL(0.14±0.02),DDX3(1.36±0.12)蛋白表达水平明显上调,有显着性差异;IHC法检测结果表明,与正常组比较PIWIL2(807.4±7.58),PIWIL4(879.9±12.64),MAEL(904.6±8.73),DDX4(874.8±7.95)蛋白表达水平上调表达,有显着性差异。(3)qRT-PCR检测结果显示,CBRH-7919细胞中Piwil2、Piwil4、Mael和Ddx4 mRNA相对表达水平分别为(5.33±0.54、6.62±1.39、1.05±0.19、5.17±0.73),正常肝细胞BRL中mRNA相对表达水平分别为(0.92±0.18、2.69±0.82、0.26±0.11、1.02±0.17)。与正常肝细胞比较,CBRH-7919细胞中基因相对表达水平均上调,具有显着性差异。Western-blot结果显示,CBRH-7919中PIWIL2、PIWIL4、MAEL和DDX4蛋白表达水平分别为(1.12±0.19、1.35±0.14、0.84±0.10、0.79±0.11),正常肝细胞BRL中蛋白表达水平分别为(0.50±0.10、0.56±0.11、0.48±0.18、0.34±0.19)。与正常肝细胞比较,CBRH-7919细胞中蛋白表达水平均上调,具有显着性差异。(4)用CRISPR/Cas9技术构建敲除Piwil4基因的肝癌细胞系,并观察敲除Piwil4基因对细胞增殖能力的影响。Western-blot结果显示,肝癌细胞CBRH-7919和空载组细胞的PIWIL4蛋白表达几乎不受影响,基因敲除后细胞中的PIWIL4蛋白不表达。通过CCK-8检测发现KO组细胞比空载组细胞增殖活性显着降低。FCM法结果显示,与空载组细胞相比KO组细胞凋亡率明显增加。结论:(1)大鼠肝癌动物模型血清中肿瘤标记物浓度升高。(2)PIWI/piRNA通路在肝癌的发生、发展中可能起重要作用。(3)KO组细胞增殖能力下降,凋亡率升高。说明Piwil4具有促进细胞增殖,抑制细胞凋亡的作用。(本文来源于《新疆医科大学》期刊2019-05-01）
孙变银[7]（2019）在《胆管细胞型肝癌相关基因的生物信息学分析及功能预测》一文中研究指出目的:采用生物信息学方法分析胆管细胞型肝癌(intrahepatic cholangiocarcinoma,ICCA)相关差异表达基因,并对差异表达基因进行基因功能和信号通路分析,为临床筛选ICCA发生、发展的相关分子标志物及药物靶点提供理论基础。方法:从GEO数据库下载包括正常胆管细胞型肝癌组织和癌旁组织的基因芯片(GSE322225),该数据集包含149例胆管细胞型肝癌组织样本和6例癌旁组织样本。通过GEO2R工具在线分析,筛选出ICCA组织中差异表达基因(DEGs)。利用DAVID数据库对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)富集分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)信号通路分析并对差异表达基因进行功能注释。基于STRING数据库,构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)调控网络,利用其中的MCC算法筛选具有高度连接性的关键基因。基于TCGA数据库在线软件分析关键基因的表达情况和预后效应。结果:共筛选出209个胆管细胞型肝癌差异表达基因,包括149个上调的基因和60个下调的基因。GO富集分析显示:上调的差异表达基因生物学功能主要涉及细胞内蛋白质的结合、转录过程调控和细胞凋亡调控等过程;下调的差异表达基因生物学功能主要涉及各种生物膜的生物学行为、氧化反应和氧结合过程、参与多种内源性物质(如类花生四烯酸、脂肪酸、甾醇等)和外源性物质(致癌物、药物等)的生物转化等过程。KEGG信号通路分析显示:上调基因主要涉及PI3K-Akt信号通路、剪接体、ECM受体相互作用等生物学过程;下调基因主要涉及细胞色素P450的生物代谢、化学致癌物的生物代谢、视黄醇的新陈代谢等各种生物代谢过程。蛋白-蛋白相互作用PPI网络筛选出COL1A2、DHX16、NCOR1、CYP2B6、SMAD3、MRPS5、SF3B2、GABBR1、GART、U2SURP、CYP2A6和CYP4A11等12个关键基因。TCGA数据库验证12个关键基因结果显示8个关键基因在胆管细胞型肝癌组织中呈高表达,4个基因呈低表达;生存分析结果显示只有CYP2B6的低表达与患者预后不良密切相关。结论:1、PI3K-AKT、剪接体、ECM受体通路相关基因的高表达对ICCA发病具有一定的意义。2、细胞色素P450的生物代谢、化学致癌物的代谢等各种生物代谢通路相关基因的低表达可能促进了ICCA的发生和发展。3、SMAD、MRPS5、GART、GRBBP1等基因在ICCA的发病中发挥一定作用。(本文来源于《吉林大学》期刊2019-05-01）
王永坤,李保国[8]（2019）在《肝癌转移中脂代谢-免疫相关基因的筛选》一文中研究指出肝癌转移是肝癌患者治疗失败和死亡的主要原因,寻找与肝癌发生转移相关的基因对于研究肝癌转移的分子机制,及时诊断、防治肝癌转移具有重要的生物学意义。我们在前期研究中已经发现脂肪代谢可能与免疫微环境存在关联。本研究从GEO数据库下载27例伴有高低转移的肝细胞癌样本的表达谱信息,比较高低转移样本之间基因表达谱的差异,从中筛选出91个脂代谢相关的差异表达基因。通过脂代谢基因的表达谱数据,我们计算了22种免疫细胞在这27例转移样本中的免疫细胞占比,并通过皮尔森相关性分析筛选出脂代谢-免疫相关基因,进一步探究脂代谢与与免疫微环境之间的关系。最后,通过KEGG通路Pathway功能富集分析以及预后分析发现CYP4A11、CYP3A5、CYP2C8、ALDH2、BDH1、ALDH7A1等脂代谢-免疫相关基因可能在肝癌侵袭和转移中发挥重要作用。(本文来源于《软件》期刊2019年03期）
朱新锋,张霞,白建华,高红强[9]（2019）在《全反式维甲酸对肝癌细胞系HepG2中肿瘤干细胞相关基因蛋白表达的影响》一文中研究指出目的探讨全反式维甲酸(ATRA)对肝癌细胞系HepG2中肿瘤干细胞相关基因蛋白表达的影响。方法选取肝癌细胞系HepG2细胞株行传代培养后,分选CD133+的HepG2肝癌干细胞接种于96孔板,分为高量组、低量组、对照组,每组32孔。高量组加入10μmol/L ATRA,低量组加入1μmol/L ATRA,对照组不作任何处理。通过细胞增殖实验(MTT法)检测细胞增殖能力,通过蛋白质印迹法检测Cyclin D和STAT3基因蛋白水平,统计分析所有HepG2肝癌干细胞的细胞增殖能力、Cyclin D和STAT3基因蛋白水平。结果耐药型肝癌HepG2细胞在1、5、10d时细胞增殖能力方面,高量组、低量组、对照组呈逐渐上升趋势,但高量组上升值明显低于低量组,低量组上升值明显低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);蛋白质印迹法ATRA的1、5、10d结果表明,与对照组比较,高量组、低量组Cyclin D和STAT3基因蛋白表达水平不断下降,但高量组下降值明显高于低量组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 ATRA可有效降低肝癌细胞系HepG2中肿瘤干细胞Cyclin D、STAT3等基因蛋白表达水平,有利于抑制HepG2肝癌干细胞的增殖。(本文来源于《重庆医学》期刊2019年05期）
余小花,占静,马瑞,魏柏[10]（2019）在《应用基因芯片筛选HBV对肝癌细胞耐药相关基因影响的初步研究》一文中研究指出目的通过基因芯片技术探测HBV感染对肝癌细胞耐药相关基因表达的影响,为深入研究HBV在肝癌多药耐药中的作用及机制提供新的依据。方法以HepG2细胞作为对照,用稳定表达HBV的肝癌细胞HepG2. 2. 15模拟HBV感染的肝癌细胞,利用基因芯片筛选出耐药相关差异表达基因。Real-time PCR检测部分耐药基因表达以验证芯片筛选结果的准确性。结果肝癌细胞HepG2和HepG2. 2. 15中差异表达基因共1 263个,与药物相关基因58个,其中上调基因数31个,下调基因数27个,涉及药物转运相关基因、药物代谢相关基因、细胞增殖相关基因、细胞周期调控基因等。Real-time PCR检测MDR1、MRP2、LRP和GST结果与芯片结果一致,确定芯片检测结果可靠。结论 HBV感染影响肝癌细胞耐药相关基因表达,为进一步研究HBV感染在肝癌多药耐药中的作用提供线索。(本文来源于《胃肠病学和肝病学杂志》期刊2019年02期）
肝癌相关基因论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
中国癌症发病率和死亡率均较高,随着二代测序的飞速发展,运用生物统计学和计算机语言对生物学问题的挖掘也变得如火如荼。因此,应用生物信息学揭示并解决生物学问题,在科学研究中扮有越来越重要的角色。糖链相关基因如糖基转移酶、糖苷水解酶,已被证实与肿瘤的迁移、复发、抗化疗药物等密切相关。已有众多针对癌症发生发展的糖链相关基因及其功能对癌症表型的影响与分子机制的研究。本课题组前期发现TCGA数据库的RNA-seq数据显示,在多种癌症组织中,多种糖链相关基因的表达量都有显着改变。基于以上发现,本实验将聚焦于肝癌中差异表达的糖链相关基因,运用机器学习和加权基因共表达网络(WGCNA,Weighted Correlation Network Analysis)网络进行分析,旨在找到在癌症的发生和发展中发挥着重要作用的糖链相关基因,及与其协同变化的其它基因,从更大的尺度去整体把握糖链相关基因的变化,进一步找到关键基因(hub gene),并对其功能进行生物信息分析。本课题选取TCGA和GTEx数据库中糖链相关基因的肝癌表达谱,比较了叁种机器学习模型(随机森林,支持向量机,逻辑回归)预测癌症发生的能力,发现叁者的AUC值分别为0.9836,0.9903,0.9986。结合混淆矩阵的结果,发现叁种模型对癌症样本预测能力比正常样本强。综合比较叁个模型的AUC、混淆矩阵和误差率,发现逻辑回归是叁种模型中效果最好的模型。利用逻辑回归,共筛选到16个和肝癌发生发展密切相关的有统计学意义的基因,分别为FUT7、FUT8、HYAL3、CHI3L1、PIGM、MGAT2、GLT6D1、AMY2B、A4GALT、LFNG、MAN1C1、PIGB、HEXB、NEU4、GALNT13、FUT9。同时,为了进一步研究糖链相关基因的相互作用网络,对TCGA和GTEx数据库中肝癌表达谱进行WGCNA的构建。通过计算任意两对基因之间的皮尔森相关系数的绝对值,选择最佳加权系数6时,R~2最大并接近0.9,做出模型拟合效果最好的WGCNA。在此基础上,将遗传相似性矩阵转换为邻接矩阵,最后获得13个基因表达相关性模块。运用验证集对对每个模块进行保守性验证,发现gold、turquoise和blue模块的保守性最好(Z>10)。通过模块与表型的相关性分析,发现turquoise模块和blue模块和表型的相关性最高,高达0.8,0.73,这表明其在癌症发生发展中发挥着重要的作用。对这两个模块进行GO和KEGG富集分析,发现富集到很多重要的生物学通路,如蛋白质运输,RNA定位等。在以上结果的基础上,本研究利用机器学习和turquoise模块中共有的重要基因NEU4进行了转录组验证。在NEU4基因过表达的转录组中发现,83个潜在转录因子中有15个发生差异表达,且这些转录因子均在turquoise模块中,验证了turquoise模块的可信度以及相关基因在癌症发生发展中的重要性。同时在NEU4基因过表达的转录组中,显示有差异的B4GALT2和PLOD3基因也发生了差异表达,证明了网络构建的准确性和可重复性。本研究基于机器学习和WGCNA,构建了一个与肝癌密切相关的糖链相关基因互作网络,并筛选出重要的糖链相关基因,为下一步探索这些基因的生物学功能和意义提供思路,同时也为肝癌糖生物学的发展提供一定的线索,为肝癌的诊断和治疗提供了理论依据和数据支持。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
肝癌相关基因论文参考文献
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